一种捕获目标区域序列的方法技术

本发明专利技术公开了一种捕获目标区域序列的方法，所述方法利用寡核苷酸序列竞争性结合与目标区域序列杂交的探针，进而获得目标区域序列。本发明专利技术的方法可有效提高对目标区域序列的捕获效率，节约测序成本。节约测序成本。节约测序成本。

【技术实现步骤摘要】
一种捕获目标区域序列的方法


[0001]本专利技术属于高通量测序领域，具体涉及一种捕获目标区域序列的方法。

技术介绍

[0002]基因组数据量庞大，即使采用高通量测序技术(二代测序技术)对全基因组测序仍然面临着成本高、数据分析复杂、周期长等问题。基因捕获测序技术是一种基于核酸分子碱基互补杂交原理、针对目标区域设计特异性探针并将探针与构建好的全基因组文库进行杂交捕获实现对目标区域特异性富集、通过高通量测序获得目标序列信息的技术。该技术可以有效降低测序成本，提高目标区域测序深度，更精确发现特定区域遗传变异信息。目前，常用的液相杂交捕获技术是通过在溶液中使目标文库和带有生物素标记的探针直接杂交，然后通过探针上的生物素与磁珠包裹的链霉亲和素结合使目标文库锚定在带有亲和素的磁珠上。洗去磁珠上粘连的以及探针非特异性杂交的非目标文库，实现对目标文库的富集，通过对带有目标文库的磁珠进行扩增，构建高通量测序文库。
[0003]杂交捕获技术虽然能通过对目标文库的富集，降低测序成本，但对于目标区域较小或病原微生物感染样本的杂交捕获，非目标区域文库相对占比较高，使得现有的捕获方法效果较差。现有的捕获方法的缺点包括捕获率低、浪费测序数据量、增加测序成本。
[0004]因此，本领域亟需一种高效捕获目标区域序列的方法。

技术实现思路

[0005]如前所述，本领域亟需一种高效捕获目标区域序列的方法。
[0006]为降低测序过程中非目标文库的影响、解决目标区域文库捕获率低、测序成本高的问题，本专利技术人提出了一种提高文库目标区域捕获效率的置换洗脱方法，通过本专利技术的方法可以高效捕获目标区域序列。
[0007]在第一方面，本专利技术提供了一种捕获目标区域序列的方法，所述方法包括以下步骤：
[0008]1)提取样本的基因组DNA，构建全基因组文库；
[0009]2)在第一温度下，将步骤1)所述全基因组文库与目标区域序列的探针进行杂交；
[0010]3)将步骤2)的反应体系进行探针捕获；
[0011]4)在第二温度下，将步骤3)所述捕获的探针置于置换洗脱液中，所述置换洗脱液含有竞争性结合所述探针的寡核苷酸序列，所述寡核苷酸序列与所述探针反向互补；
[0012]5)纯化获得所述目标区域序列。
[0013]在第二方面，本专利技术提供了一种捕获目标区域序列的试剂盒，所述试剂盒用于实现第一方面所述的方法。
[0014]本专利技术的有益效果包括：(1)省去了对捕获磁珠进行的繁琐洗涤步骤，缩短了制备捕获文库的时间；(2)置换过程仅需对上清液进行扩增反应，实现了不带磁珠进行扩增，有效避免了捕获磁珠在扩增过程中形成空间位阻对扩增反应造成不利影响，同时还避免了扩
增产物纯化过程中磁珠总量过多、干燥时间长的不利影响，大大提高了纯化步骤的便捷性；(3)置换反应显著提高了对目标区域文库的捕获效率，节约测序成本。
附图说明
[0015]为了更清楚地说明本专利技术具体实施方式中的技术方案，下面将对具体实施方式中的附图作简单地介绍。
[0016]图1示出了本专利技术中寡核苷酸序列Oligo(O)竞争性结合探针(P)从而释放文库(L)的示意图。
[0017]图2示出了本专利技术中置换反应过程的示意图。
[0018]图3示出了本专利技术中置换反应前后反应体系的示意图。
具体实施方式
[0019]在下文中，将结合附图对本专利技术进行详细的描述。需理解，以下描述仅以示例方式来对本专利技术进行说明，而无意于对本专利技术的范围进行限制，本专利技术的保护范围以随附权利要求为准。并且，本领域技术人员理解，在不背离本专利技术的精神和主旨的情况下，可以对本专利技术的技术方案进行修改。若并未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
[0020]除非另外定义，否则本文所使用的所有技术和科学术语具有与本专利技术所述主题所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。在对本专利技术进行详细描述之前，提供以下定义以更好地理解本专利技术。
[0021]在本专利技术的上下文中，很多实施方案使用表述“包含”、“包括”或者“基本/主要由
……
组成”。表述“包含”、“包括”或“基本/主要由
……
组成”通常情况下可以理解为开放式表述，表示不仅包括该表述后面具体列出的各元素、组分、组件、方法步骤等外，还包括其他的元素、组分、组件、方法步骤。另外，在本文中，表述“包含”、“包括”或者“基本/主要由
……
组成”在某些情况下也可以理解为封闭式表述，表示仅包括该表述后面具体列出的各元素、组分、组件、方法步骤，而不包括任何其他的元素、组分、组件、方法步骤。此时，该表述等同于表述“由
……
组成”。
[0022]为了更好地理解本教导并且不限制本教导的范围，除非另外指出，否则在说明书和权利要求中使用的表示数量、百分比或比例的所有数字以及其他数值在所有情况下都应理解为由术语“约”进行修饰。因此，除非相反地指出，否则在以下说明书和所附权利要求书中阐述的数值参数为近似值，其可以根据寻求获得的所需性质而变化。至少，每个数值参数应该至少根据所报告的有效数字的数值并通过应用普通的舍入技术来进行解释。
[0023]还需要说明的是，在本文中，诸如第一和第二等之类的关系术语仅仅用来将一个实体或操作与另一个实体或操作区分开来，而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存在任何这种实际的关系或者顺序。
[0024]在本文中，术语“探针”是指通常用于检测与探针的序列互补的靶序列的单链寡核苷酸。探针的长度取决于预期用途以及所需的探针特异性。通常，探针的长度为20至500个核苷酸，优选20至100个，更优选20至50个核苷酸。探针可以是经直接标记的或经间接标记的，例如用链霉抗生物素蛋白复合物随后可结合的生物素标记的。标记可以引入核酸中的
任何位置，例如3
’
端、5
’
端或内部。术语“探针”还涵盖其骨架组成不同的核酸，例如但不限于肽核酸(PNA)、锁核酸(LNA)、二醇核酸(GNA)和苏糖核酸(TNA)。
[0025]在本文中，术语“链霉亲和素”是指可与生物素结合的蛋白质或肽，并且可包括：天然蛋清抗生物素蛋白、重组抗生物素蛋白、抗生物素蛋白的去糖基化形式、细菌链霉亲和素、重组链霉亲和素、截短型链霉亲和素和/或其任何衍生物。
[0026]在本文中，术语“磁珠”是指可在溶液中分散或悬浮的任何颗粒，其可通过施加磁场来吸引或引导。磁珠现已广泛用于细胞分离、酶的固定、核酸纯化等多个领域。
[0027]在本文中，术语“寡核苷酸序列”是指2
‑
10个核苷酸残基以磷酸二酯键连接而成的线性多核苷酸片段，但在使用这一术语时，对核苷酸残基的数目并无严格规定，有时把含有30个甚至更多核苷酸残基的多核苷酸分子也称作寡核苷酸序列。寡核苷酸序列可以包括一个或更多个非标准核苷酸、核苷酸类似物和/或经修饰的核苷酸。
[0028]如前本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种捕获目标区域序列的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1)提取样本的基因组DNA，构建全基因组文库；2)在第一温度下，将步骤1)所述全基因组文库与目标区域序列的探针进行杂交；3)将步骤2)的反应体系进行探针捕获；4)在第二温度下，将步骤3)所述捕获的探针置于置换洗脱液中，所述置换洗脱液含有竞争性结合所述探针的寡核苷酸序列，所述寡核苷酸序列与所述探针反向互补；5)纯化获得所述目标区域序列。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述置换洗脱液含有Na
+
。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述置换洗脱液不含有扩增反应抑制剂。4.根据权利要求1
‑
3中任一项所述的方法，其特征在于，所述第二温度高于所述第一温度。5.根据权利要求1
‑
4中任一项所述的方法，其特征在于...

【专利技术属性】
技术研发人员：梁加龙，韩京京，蔡万世，
申请(专利权)人：艾吉泰康生物科技北京有限公司，
类型：发明
国别省市：