一种线纹尖塘鳢遗传性别相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于分子生物学技术领域，公开了一种线纹尖塘鳢遗传性别相关的SNP分子标记及其应用，具体公开了与线纹尖塘鳢性别相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示，SNP位点位于SEQ ID NO:1所示序列自5

【技术实现步骤摘要】
一种线纹尖塘鳢遗传性别相关的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种线纹尖塘鳢遗传性别相关的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolatus)，俗称澳洲笋壳鱼，隶属于鲈形目(Perciformes)，虾虎鱼亚目(Gobioidei)，塘鳢科(Eleotridae)，尖塘鳢属(Oxyeleotris)，是澳大利亚特有的经济鱼类。因具有白嫩细爽的肉质、鲜美味道、无肌尖杂刺、生长速度快等优点，19世纪引入我国，属于高档名特优淡水鱼类。线纹尖塘鳢生长速度具有典型的雌雄二态性，相同养殖条件下，17月龄的线纹尖塘鳢雄鱼体重比雌鱼重23.36％。在雌雄混合的池塘中，因为规格不齐，常造成出塘价格被压低，降低渔民收入，或需要多批次上市，给生产操作带来不便。若突破线纹尖塘鳢单性育种，获得超雄线纹尖塘鳢，实现其全雄鱼养殖，可以推动线纹尖塘鳢养殖业健康良性发展，为人民提供高档的动物蛋白。但国内外关于线纹尖塘鳢性别决定和性别控制方面鲜见研究，这极大限制了全雄鱼育种进度，有必要开展该方面研究工作，为单性育种奠定理论和技术依据。目前要确定一个物种的性别决定机制，开发性别特异分子标记成为目前最有效的研究鱼类性别机制和开展遗传性别鉴定的方法。

技术实现思路

[0003]本专利技术第一方面的目的，在于提供与线纹尖塘鳢性别相关的SNP分子标记。
[0004]本专利技术第二方面的目的，在于提供用于扩增本专利技术第一方面的SNP分子标记的引物组。
[0005]本专利技术第三方面的目的，在于提供一种试剂盒。
[0006]本专利技术第四方面的目的，在于提供本专利技术第一方面的SNP分子标记、本专利技术第二方面的引物组和/或本专利技术第三方面的试剂盒的应用。
[0007]本专利技术第五方面的目的，在于提供一种检测线纹尖塘鳢性别的方法。
[0008]本专利技术第六方面的目的，在于提供本专利技术第五方面的方法在线纹尖塘鳢辅助育种中的应用。
[0009]为了实现上述目的，本专利技术所采取的技术方案是：
[0010]本专利技术第一个方面，在于提供与线纹尖塘鳢性别相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示，SNP位点位于SEQ ID NO:1所示序列自5
’
端起第401位，其碱基为G/A。
[0011]优选地，当所述碱基为G/G纯合子时，线纹尖塘鳢性别为雄鱼，当所述碱基为AG杂合子时，线纹尖塘鳢性别为雌鱼。
[0012]本专利技术第二个方面，在于提供用于扩增本专利技术第一方面的SNP分子标记的引物组。
[0013]优选地，所述引物组的核苷酸序列如下所示：
[0014]F：5'
‑
GGTAGATGCTCCCATTCTC
‑
3'(SEQ ID NO:2)；
[0015]R：5'
‑
AATAACTCAGGCTCCGTCT
‑
3'(SEQ ID NO:3)。
[0016]本专利技术第三个方面，在于提供一种包含本专利技术第二方面的引物组的试剂盒。
[0017]优选地，所述试剂盒还包括PCR中使用的缓冲液。
[0018]优选地，所述PCR中使用的缓冲液为PCR扩增所需要的任何试剂，比如dNTP、taq酶等。
[0019]本专利技术第四个方面，在于提供本专利技术第一方面的SNP分子标记、本专利技术第二方面的引物组和/或本专利技术第三方面的试剂盒在(1)～(4)中任一项中的应用：
[0020](1)鉴定或辅助鉴定线纹尖塘鳢性别；
[0021](2)制备鉴定或辅助鉴定线纹尖塘鳢性别的产品；
[0022](3)线纹尖塘鳢辅助育种；
[0023](4)制备线纹尖塘鳢辅助育种的产品。
[0024]本专利技术第五个方面，在于提供一种检测线纹尖塘鳢性别的方法，通过检测待测线纹尖塘鳢的基因组中本专利技术第一方面的SNP分子标记的基因性，根据基因型确定所述待测线纹尖塘鳢的性别。
[0025]优选地，当所述基因型为GG时，待测线纹尖塘鳢的遗传性别为雄性，当所述基因型为AG时，待测线纹尖塘鳢的遗传性别为雌性。
[0026]优选地，所述方法包括以下步骤：以待测线纹尖塘鳢DNA为模板，使用本专利技术第二方面的引物组或本专利技术第三方面的试剂盒进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；对PCR扩增产物进行测序分析，确定待测线纹尖塘鳢的基因组中所述的SNP分子标记的基因型。
[0027]优选地，所述线纹尖塘鳢DNA可以采用本
的常规手段提取得到，包括酚氯仿法和各种DNA提取试剂盒。
[0028]优选地，所述PCR扩增的反应程序为90～94℃预变性3～6min；90～94℃变性30～35s，50～55℃退火30～35s，70～72℃延伸80～90s，30～35个循环；70～72℃延伸5～10min。
[0029]优选地，所述PCR扩增的反应体系包括1～3mmol/LMgCl2、0.1～0.2mmol/L dNTP、0.05～0.1U/μL Taq酶，上下游引物各0.2～0.3μmol/L。
[0030]优选地，所述测序包括使用sanger法进行测序。
[0031]本专利技术第六个方面，在于提供本专利技术第五方面的方法在线纹尖塘鳢辅助育种中的应用。
[0032]本专利技术的有益效果是：
[0033]本专利技术利用分子遗传学及分子生物学的方法获得线纹尖塘鳢性别相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记可用于线纹尖塘鳢性别鉴定以及辅助育种，不受线纹尖塘鳢的年龄、性别等限制，可以实现在早期幼鱼阶段就可以进行性别筛选的目的。通过该SNP分子标记分型结果，确定线纹尖塘鳢为ZW性别决定。
[0034]利用本专利技术的SNP位点，可快速对线纹尖塘鳢遗传性别进行鉴定，在线纹尖塘鳢单性育种方面具有重要的应用价值，同时在定位性别决定基因及性别决定机制研究中也具有重要应用前景。而且对家系建立，控制养殖群体的雌雄性别比例，推动线纹尖塘鳢养殖业可持续健康发展具有重要意义和应用价值。
[0035]与之前解剖检测或生殖孔观察相比，本专利技术提供的检测线纹尖塘鳢性别的方法具
有目的性强、准确度高的优点，且操作简单、检测快速，对鱼体伤害少，便于广泛推广使用等优点。
附图说明
[0036]图1为PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图，图中，M为DL2000 marker，1～12分别代表12尾线纹尖塘鳢样品。
[0037]图2为sanger法测序峰图，上图为AG基因型峰图，下图为GG基因型峰图，图中，箭头所指之处为SNP位点。
具体实施方式
[0038]现结合具体实施例对本专利技术进行详细说明，但不限制本专利技术的范围。
[0039]本实施例中所使用的材料、试剂等，如无特别说明，为从商业途径得到的材料和试剂。
[0040]实施例1
[0041]本实施例提供可用于线纹尖塘鳢遗传本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.与线纹尖塘鳢性别相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示，SNP位点位于SEQ ID NO:1所示序列自5
’
端起第401位，其碱基为G/A。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，当所述碱基为G/G纯合子时，线纹尖塘鳢性别为雄鱼，当所述碱基为AG杂合子时，线纹尖塘鳢性别为雌鱼。3.用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物组。4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列如下所示：F：5'
‑
GGTAGATGCTCCCATTCTC
‑
3'；R：5'
‑
AATAACTCAGGCTCCGTCT
‑
3'。5.一种试剂盒，包括权利要求3或4所述的引物组。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试...

【专利技术属性】
技术研发人员：樊佳佳，马冬梅，朱华平，林明辉，钟再选，田园园，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院珠江水产研究所，
类型：发明
国别省市：