一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于生物技术与家畜育种领域，涉及一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记及其应用。该单核苷酸多态性标记位于绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位，所述绵羊参考基因组的版本为ARS

【技术实现步骤摘要】
一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记及其应用


[0001]本专利技术属于生物技术与家畜育种领域，涉及一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记及其应用。

技术介绍

[0002]自然条件下，绵羊的尾巴常常用来驱赶蚊虫，但是在实际生产中，过长的尾巴不仅容易引发感染性疾病，而且不利于交配，降低繁殖率，因此在生产实践中，常常需要对绵羊进行断尾。但是断尾不仅耗费人力、物力，而且也存在着创口易感染、易使羔羊产生应激等问题。由此可见，对绵羊短尾性状的选择是十分必要的。基于此，通过研究绵羊尾长的分子调控机制从而对短尾绵羊进行选育具有重要意义。
[0003]单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)指的是在个体基因组上的单个核苷酸发生变异，进而导致其所在整个基因位点的序列发生多态性变化，产生SNP的变异方式主要包括碱基的转换、颠倒、缺失和插入四种类型。SNP位点通常会影响基因的功能，导致生物性状的改变。随着分子生物技术的发展，单核苷酸多态性分析已被广泛应用于群体遗传学研究和相关致病基因的研究，发现了众多与生物性状相关联的候选基因和分子标记，成为研究生物遗传变异的重要依据，在现代家畜选种和遗传改良中也扮演着重要角色。
[0004]KASP(Kompetitive Allele
‑
Specific PCR)，即竞争性等位基因特异性PCR。其主要是通过终端荧光读取来判断基因分型的一种方法，原理是依据引物末端碱基的特异性匹配，利用Touch
‑
down PCR与荧光淬灭探针结合，发出荧光信号来对SNP分型以及检测InDels。其具体而言需要先根据SNP位点前后序列特异性而设计的2条竞争性等位基因特异性上游引物和1条通用下游引物，2条上游引物是根据位点等位基因序列差异而设计，在KASP扩增过程中分别与两个通用淬火探针FAM和HEX结合，发出荧光信号。最后根据荧光信号进行基因分型。该技术可对广泛存在于基因组DNA中的SNPs进行精准的判断，是一种高通量、低成本、低失误率的SNP分型技术。而且KASP标记可避免实验室凝胶电泳，实现自动化、平台化操作，具有高通量、低成本、遗传稳定性好等特点。HOXB13(homeoboxB13)基因提供产生蛋白质的指令，该蛋白质附着(结合)到DNA的特定区域并调节其他基因的活性。基于这一作用，由HOXB13基因产生的蛋白质称为转录因子。该基因家族在脊椎动物中高度保守，对脊椎动物胚胎发育至关重要。该基因被认为在胎儿皮肤发育和皮肤再生中发挥作用。
[0005]基于此，本专利技术提供一种与绵羊尾长性状相关的SNP标记。

技术实现思路

[0006]为了克服传统育种周期长、效率低等缺点，本专利技术通过对绵羊HOXB13基因进行遗传信息分析，并结合KASP分型技术，提供了一种与绵羊尾长相关的SNP标记及其应用，该SNP标记具有针对性强、直接准确等特点，为有效提高绵羊生产性能提供指导。本专利技术所提供的SNP分子标记，不受绵羊年龄等限制，可用于绵羊尾长性状的早期选育，有效鉴定绵羊的尾
长性状并进行分子育种。
[0007]本专利技术第一个目的，提供一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记，所述的单核苷酸多态性标记位于绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位，且短尾型绵羊在该位点处为参考型碱基C，长尾型绵羊在该位点处为突变型碱基G。
[0008]优选地，所述绵羊参考基因组的版本为ARS
‑
UI_Ramb_v2.0。
[0009]本专利技术第二个目的，提供一种用于检测所述单核苷酸多态性标记的KASP引物，该KASP引物包括具有FAM接头的野生型位点特异性引物、具有HEX接头的突变型位点特异性引物和通用引物；
[0010]所述野生型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因C相同的竞争性上游引物；
[0011]所述突变型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因G相同的竞争性上游引物；
[0012]通用引物为下游引物。
[0013]本专利技术第三个目的，提供一种所述单核苷酸多态性标记在鉴别绵羊尾长性状中的应用。
[0014]本专利技术第四个目的，提供一种所述单核苷酸多态性标记在绵羊尾长性状分子标记辅助选择育种中的应用。
[0015]本专利技术第五个目的，提供一种利用所述单核苷酸多态性标记鉴别绵羊尾长的方法，包括以下步骤：
[0016]提取待测绵羊血样基因组DNA；
[0017]以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用单核苷酸多态性标记的特异性引物进行PCR扩增，获得扩增目标产物片段；
[0018]根据扩增目标产物片段荧光信号的差异分析其基因型；
[0019]根据基因型的不同判断绵羊的尾长性状；
[0020]其中，单核苷酸多态性标记的特异性引物为：
[0021]上游引物1
‑
FAM：
[0022]5’‑
gaaggtgaccaagttcatgctATGGAGCCCGGCAATTATACCAC
‑3’
[0023]上游引物2
‑
HEX：
[0024]5’‑
gaaggtcggagtcaacggattATGGAGCCCGGCAATTATACCAG
‑3’
[0025]下游引物序列为：
[0026]5’‑
CAGCAAGCCTTCAATCTCCTTG
‑3’
。
[0027]优选地，PCR扩增的反应程序为：94.0℃预变性15min；94.0℃变性20s，61.0℃复性延伸60s，10个循环，每个循环复性温度降低0.6℃；94.0℃变性20s，55℃复性延伸60s，重复26个循环。
[0028]优选地，PCR扩增反应体系为：20ng/μL的DNA5μL，2
×
KASPMastermix5μL，KASPAssaymix0.14μL；
[0029]其中，KASPAssaymix包括：上游引物1
‑
FAM浓度为12μM，上游引物2
‑
HEX浓度为12μM，下游引物浓度为30μM。
[0030]优选地，基因型为CC型，则为短尾型绵羊；基因型为CG或GG型，则为长尾型绵羊。
[0031]对比现有技术，本专利技术的有益效果体现在：
[0032]1、本专利技术通过对绵羊HOXB13基因的核苷酸突变检测分析，发现并鉴定了与绵羊尾长相关的HOXB13基因SNP位点(即绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位)，并就此提供了一种鉴别绵羊尾长的分子标记及方法，可以用于快速建立短尾型的绵羊种群，有利于缩短品种培育周期，加快品种培育进程，同时也有利于提高选种的准确性。
[0033]2、本专利技术提供的SNP标记具有针对性强、直接准确等特点，能够为建立短尾绵羊种群提供指导。
[0034]3、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与绵羊尾长相关的单核苷酸多态性标记，其特征在于，所述的单核苷酸多态性标记位于绵羊参考基因组第11号染色体的第37525128位，且短尾型绵羊在该位点处为参考型碱基C，长尾型绵羊在该位点处为突变型碱基G。2.根据权利要求1所述的单核苷酸多态性标记，其特征在于，所述绵羊参考基因组的版本为ARS
‑
UI_Ramb_v2.0。3.一种用于检测权利要求1所述的单核苷酸多态性标记的KASP引物，其特征在于，该KASP引物包括具有FAM接头的野生型位点特异性引物、具有HEX接头的突变型位点特异性引物和通用引物；所述野生型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因C相同的竞争性上游引物；所述突变型位点特异性引物为末端碱基与定位于所述单核苷酸多态性标记的等位基因G相同的竞争性上游引物；通用引物为下游引物。4.一种权利要求1所述的单核苷酸多态性标记在鉴别绵羊尾长性状中的应用。5.一种权利要求1所述的单核苷酸多态性标记在绵羊尾长性状分子标记辅助选择育种中的应用。6.一种利用权利要求1所述单核苷酸多态性标记鉴别绵羊尾长的方法，其特征在于，包括以下步骤：提取待测绵羊血样基因组DNA；以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用单核苷酸多态性标记的特异性引物进行PCR扩增，获得扩增目标产物片段；根据扩增目标产物片段荧光信号的差异分析其基因型；根据基因型的不同判断绵羊的尾长性状；其中，单核苷酸多态性标记的特异性引物为：上游引物1
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【专利技术属性】
技术研发人员：李冉，张新月，姜雨，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：