一种与猪肌纤维密度和产肉性状关联的遗传标记及应用制造技术

本发明专利技术属于猪遗传标记筛选与应用技术领域，具体涉及一种与猪肌纤维密度和产肉性状关联的遗传标记及应用。所述遗传标记克隆自lncRNA pSYISL基因启动子区域片段。选择大白猪和江山乌猪为试验材料，从猪血液中提取全基因组DNA，根据NCBI数据库公布的猪pSYISL基因启动子区域序列设计引物，扩增大白猪和江山乌猪基因组，得到扩增产物，在扩增产物序列的67位有一个G或A的碱基替换，该替换导致pSYISL基因产生多态性。利用直接测序技术对SNP位点进行分型，基因型为AA的pSYISL基因对应于猪活体背膘厚度低、眼肌面积大和肌纤维密度大性状。眼肌面积大和肌纤维密度大性状。

【技术实现步骤摘要】
一种与猪肌纤维密度和产肉性状关联的遗传标记及应用


[0001]本专利技术属于猪的功能性遗传标记筛选与应用
，具体涉及一种与猪肌纤维密度和产肉性状关联的遗传标记及应用。所述遗传标记克隆自lncRNA pSYISL基因启动子区域片段。

技术介绍

[0002]长非编码RNA(lncRNA)是一种转录本长度超过200nt核苷酸的RNA，不编码功能蛋白
[1]。lncRNA参与调控基因表达、表观遗传学、细胞分化、细胞凋亡、新陈代谢、信号转导和免疫应答
[2]。单核苷酸多态性(SNP)是指由单个碱基突变而导致的基因组DNA序列的多态性，SNP有四种形式，分别为转换、颠换、插入和缺失。根据SNP与染色质的位置，可分为三种SNP，分别为编码基因的SNP(coding SNP，cSNP)，内含子区SNP(intronic SNP，iSNP)及基因启动区SNP(promoterregion SNP，pSNP)，其中cSNP保守性比较高。根据SNP对遗传的影响，SNP又可以分3类，包括错义突变(变异导致编码氨基酸改变，形成无活性或者功能低下的蛋白质或多肽)、无义突变(变异导致编码的肽链不完整或者没有活性)和同义突变(变异不会造成蛋白质序列和功能的改变)
[3]。作为基因组中最丰富的遗传变异形式，SNP发生频率很高，占据了人类基因组中所有多态性的90％以上
[4,5]。随着基因分型技术的发展，SNP已成为遗传育种中的重要工具之一，在肿瘤疾病、畜禽性状改良等方面被广泛研究。最近，研究报道lncRNA中的SNPs与表型具有显著相关性，如疾病的发生
[6,7]，肌肉生长和发育[8,9]。
[0003][0004]本申请人前期发现一个随着小鼠C2C12成肌细胞的分化，表达水平持续升高的一个lncRNA SYISL(SYNPO2 intron sense
‑
overlapping lncRNA)。前期研究发现SYISL可以招募PRC2蛋白至细胞周期素依赖性激酶抑制因子p21基因启动子上，从而促进细胞增殖，也可招募至成肌分化相关基因MyoG、MCK、Myh4等基因启动子区域，抑制肌细胞的分化
[10]。在调节猪肌肉生成中起着至关重要的作用。且通过保守性分析发现，猪基因组SYNPO2基因内含子处也存在一个全长1472bp的lncRNA AK238214(基因登录号AK238214)，该lncRNA在猪骨骼肌中也呈现出高表达状态，在猪活体水平上验证了该lncRNA在骨骼肌细胞的增殖分化过程中发挥重要作用
[11]。总之，SYISL是一种新的小鼠和猪肌生成调节因子。
[0005]非编码RNA对于骨骼肌生长发育具有重要调控作用，而lncRNA转录于非编码区域，该区域往往具有丰富的SNPs位点。其中，位于基因启动子区域的SNP往往可以通过影响转录因子或转录共激活因子与其结合进而调控基因的转录。目前，lncRNA中的SNP对猪肌肉生长发育的潜在影响在很大程度上仍未被探索，故挖掘lncRNA中功能性SNP具有重要价值。本专利技术旨在发掘并鉴定猪lncRNA SYISL(pSYISL)相关功能性SNP位点，进而为猪的遗传选育工作提供重要指导意义。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是筛选并首次证明pSYISL基因启动子存在一个与猪肌纤维密度和
产肉性状关联的功能性遗传标记，进而提高猪肌肉的生产量。
[0007]本专利技术通过以下技术方案实现：
[0008]本专利技术获得了猪pSYISL基因启动子区域片段(即pSYISL基因的转录起始位点上游
‑
605bp至上游
‑
61bp核苷酸序列)，该片段长度为545bp，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所示。通过在NCBI网站对上述序列进行blast比对，在转录起始位点上游
‑
539bp处发现了1个SNP位点(rs702045770)。
[0009]选择大白猪和江山乌猪为试验材料，从猪血液中提取全基因组DNA，根据NCBI数据库公布的猪pSYISL基因启动子区域序列(登录号为AK238214)设计引物对，所述引物对的核苷酸序列如下所示：
[0010]正向引物：5
’‑
AGCCACAGCAATTCGG
‑3’
，
[0011]反向引物：5
’‑
TTTGTTGATGCCTAAAGGCTG
‑3’
。
[0012]上述引物对可对pSYISL基因启动子区域的功能性SNP位点进行基因型分型。
[0013]筛选得到与猪肌纤维密度和产肉性状关联的功能性遗传标记，该遗传标记的核苷酸序列如下所示(R旁的括号内为突变位点)：
[0014]AGCCACAGCAATTCGGGATCGGAGCCGCGTCTGCAACCTACACCACAGCTCAAGGCAA CGCCGGATR(G/A)GTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATGGAACCTGCAACCTCATG GTTCCTAGTCGAATTCGTTAACCACTGCACCACGACGGGAACTCCCCATCATTGACATTTAAGTCTTAGAATTCTTATTTAGTTTTTGGAAGGGGGTTTAGTTTACAAAAGCAATGCAAAACCTGTATTTATTTTCTAATACAGTTTATATAATGTTATAATATAGTTAAAAGCTCCTAACTTGTATGGTTCTTAGAAAAAGATAAATTATTTTTAATCATACATAATAAAAGAGATCATACATACATAATATGAAGTGTGGAAGAATGGCCACCTCTGGTTTACTGTTCAGTTCTCAGTGATGCAGAGGGGCCTGTAGGCAGGCCCGGCAGCCTGGCCTGGCACATGGCCCCAGGAGGAATCACTCCTTGCTGAGATACAAGTGCATAACTCCTGTGTATTCATTCTTAAACAGCCTTTAGGCATCAACAAA。
[0015]利用SEQ ID NO：1所示引物扩增大白猪和江山乌猪基因组，得到扩增产物，在该扩增产物的核苷酸序列的67位有一个G或A的碱基替换，该替换导致pSYISL基因产生多态性。利用直接测序技术对SNP位点进行分型，其中：基因型为AA的pSYISL基因对应于活体背膘厚度(显示为低)、眼肌面积低(显示为大)、肌纤维密度(显示为大)性状。进一步功能研究分析，该SNP位点能通过改变与YY1的结合来影响pSYISL基因的转录，进而影响肌肉生长发育。
[0016]本专利技术提供了一种筛选猪肌纤维密度与产肉性状相关联的功能性遗传标记方法，所述的方法包括以下步骤：
[0017]从猪血液中提取基因组DNA，根据猪pSYISL基因转录起始位点上游
‑
605到
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61bp基因组序列设计引物，用上述引物对在猪基因组DNA中进行本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种遗传标记在猪肌纤维密度和产肉性状选择中的应用，其特征在于，所述性状为猪活体背膘厚、眼肌面积和肌纤维密度，所述猪的品种为大白猪和江山乌猪，所述遗传标记的核苷酸序列如下所示：AGCCACAGCAATTCGGGATCGGAGCCGCGTCTGCAACCTACACCACAGCTCAAGGCAACGCCGGATRGTTAACCCACTGAGCAAGGCCAGGGATGGAACCTGCAACCTCATGGTTCCTAGTCGAATTCGTTAACCACTGCACCACGACGGGAACTCCCCATCATTGACATTTAAGTCTTAGAATTCTTATTTAGTTTTTGGAAGGGGGTTTAGTTTACAAAAGCAATGCAAAACCTGTATTTATTTTCTAATACAGTTTATATAATGTTATAATATAGTTAAAAGCTCCTAACTTGTATGGTTCTTAGAAAAAGATAAATTATTTTTAATCATACA...

【专利技术属性】
技术研发人员：左波，吕威，彭雅鑫，徐在言，胡静静，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：