一种RNA病毒的靶点序列及其应用制造技术

本申请是申请号为CN202010726669.4的分案申请。本发明专利技术提供一种RNA病毒的靶点序列，其为RNA病毒基因序列中含20～40个碱基、且与人类基因组序列相似性不低于95％的核酸序列片段，其包括SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.26所示的靶点序列。本发明专利技术还涉及构建上述靶点序列的引物组合物、与上述靶点序列相关的生物材料以及上述靶点序列的应用。本发明专利技术构建的上述序列的病毒片段具有与人基因组DNA相互作用的功能，其类似病毒miRNA，同时验证了过表达RNA病毒靶点序列对周围基因表达水平的影响，并提出上述靶点片段是RNA病毒的重要致病物质的全新概念。上述靶点序列对RNA病毒的检测及诊断、药物筛选以及开展RNA病毒引发的病症的治疗等均具有重要应用价值。有重要应用价值。有重要应用价值。

【技术实现步骤摘要】
一种RNA病毒的靶点序列及其应用
[0001]本申请是申请号为CN202010726669.4、申请日为2020年07月25日、专利技术名称为“一种RNA病毒的靶点序列及其应用”的分案申请。


[0002]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种RNA病毒的靶点序列及其应用。

技术介绍

[0003]RNA病毒也称RNA型病毒，是指遗传物质是RNA的病毒。病毒RNA的复制过程中，其错误修复机制的酶的活性很低很低，几乎是没有的，所以其变异很快。而疫苗是要根据病毒的固定核苷酸序列或蛋白进行开发制作的，所以RNA病毒疫苗较难开发。它不可单独进行繁殖，必须在活细胞内才可进行。常见的RNA病毒有：艾滋病病毒、脊髓灰质炎病毒、烟草花叶病毒、SARS病毒、MERS病毒、埃博拉病毒、新型冠状病毒(2019
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nCoV)等。冠状病毒是一类带有囊膜的不分节段的正义RNA病毒，能够感染多种哺乳动物和鸟类等宿主，特别是对人类可导致轻度至中度呼吸道疾病。在过去的二十年里，人畜共患传染过程中导致了两种高致病性冠状病毒的出现：严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome，SARS
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CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome，MERS
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CoV)。新型冠状病毒感染(Corona Virus Disease 2019，COVID
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19)，研究人员发现其病原体是由一种先前未在人类中发现的新型β冠状病毒引起的，该病毒随后被世界卫生组织(WHO)命名为severe acute respiratory syndrome
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related coronavirus 2(SARS
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CoV
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2)。新型冠状病毒感染患者初始症状多为发热、乏力和干咳，并逐渐出现呼吸困难等严重表现。部分严重病例可出现急性呼吸窘迫综合征和脓毒症休克，甚至死亡。截至2020年7月7日，SARS
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CoV
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2在全球188个国家和地区持续蔓延，造成超过1162万确诊病例，53.8万死亡病例。目前没有特异性针对冠状病毒的有效靶点。
[0004]核酸是生物体内遗传信息储存与传递的一个重要载体，在生物功能的调控上也发挥着极其重要的作用，随着人们对核酸的结构与功能认识的不断深入，核酸作为药物设计靶点的价值越来越被大家所重视。MicroRNA(miRNA)是一类长约22～25个核苷酸的单链短序列小RNA，它不编码蛋白质，但能以其5
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末端第2～8位核苷酸以非完全性碱基配对的方式结合于同源mRNA的3
’
UTR(3
’
非转译区)，最初人们认为miRNA的发卡结构中只有其中一条链中的序列发挥调控作用，通过诱导信使RNA(mRNA)的降解和转录后基因沉默来负向调节基因的表达发挥功能，而另一条链会降解掉，但后来越来越多的证据发现miRNA的上下链，都会作为独立的miRNA发挥作用。除了miRNA负向调控，有些个案报道在特殊情况下miRNA能够促进基因的表达或翻译(Vasudevan et al.,2007,Vasudevan and Steitz,2007,Place et al.,2008)。XIAOM等人在2015年发现例如has
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miR
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26a
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1、has
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miR
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3179和has
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24
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1等能够与增强子结合，该结果发表在RNABiology杂志上，并在全基因组的水平上激活基因表达(XIAO M,LI J,LI W,et al.2017.MicroRNAs activate gene transcription epigenetically as an enhancer trigger.RNA Biol[J],14:1326
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1334.)。专利技术人前期工
作表明，miRNA的这种特性并非是个例，而是适用于很多组织和细胞。在研究miRNA自身的表观遗传学调控机制时，在7种不同的组织细胞中，对1594条miRNA前体进行了系统分析，意外地发现有300多条miRNA前体在基因组中的位置与增强子的组蛋白修饰标志H3K4mel或H3K27ac高度重叠。这让专利技术人将同时具有组织细胞特异性的miRNA和增强子这两个重要的分子生物学事件联系起来(Xiao et al.,2017)。基于此，专利技术人认为miRNA是重要的双功能分子。当miRNA位于细胞浆时，它可以作用于mRNA 3
’
UTR区域，如同灭火器一样，阻断mRNA的翻译进而发挥基因的负调控作用；与此相反的是，当它位于细胞核中时，就像一个点火器，通过结合增强子改变增强子的染色质状态，从而激活基因的转录表达。专利技术人把定位于核内并有激活作用的RNA称为NamiRNA(nuclear activating miRNA)。基于此，专利技术人提出了NamiRNA
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增强子
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靶基因网络激活模型，用于揭示细胞核内miRNA功能。令人惊喜的是，NamiRNA与靶基因存在直接的正向调控关系，它还参与肿瘤细胞的增殖、迁移与侵袭等生物学行为。
[0005]透明质酸(hyaluronic acid，HA)是蛋白多糖中糖胺多糖(glycosaminoglycan，GAG)的主要成分之一，也是目前研究较多的细胞外基质(extracellular matrix，ECM)成分之一，在正常组织功能和发育中发挥重要作用，包括为细胞提供支持和锚定，促进细胞间信号传导以及促进细胞移动和迁移。HA由一类称为HA合成酶(hyaluronic acid synthase，HAS)的整合膜蛋白合成，其中脊椎动物具有三种类型：HAS1、HAS2和HAS3。这些酶通过将葡萄糖醛酸和N
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乙酰氨基葡糖反复添加到新生多糖中来延长HA，并通过细胞膜挤出和进入细胞外空间。HA是一种大分子黏性糖胺聚糖，可由Ⅱ型肺上皮细胞、内皮细胞及肺成纤维细胞分泌，其中成纤维细胞可受致病因子，如氧自由基等的刺激合成大量HA。HA的基本结构是β
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D葡萄糖酸和2
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乙酰基
‑2‑
去氧
‑
D
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葡萄糖分别以β1.3和β2.4糖苷链连接的重复二糖直链分子聚合体，为最主要的糖胺多糖，HA在肺组织主要分布于毛细血管和细支气管周围的间质中，广泛表达于细胞外基质，也可表达于细胞表面。透明质酸的最大作用就是可以吸收和保存水分，一个透明质酸分子可以吸附9个水分子，透明质酸的增多无疑会加剧局部水分的增多。已有研究表明HA具有增加局部水肿并促进炎症级联反应，导致白细胞迁移、增殖和分化。
[0006]透明质酸合成酶抑制剂(4
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种RNA病毒的靶点序列，其特征在于，所述靶点序列为RNA病毒基因序列中包含20～40个碱基、且与人类基因组序列或相关家畜基因组序列的相似性不小于95％的核酸序列片段；其中，所述RNA病毒包括新型冠状病毒、严重急性呼吸综合征冠状病毒、中东呼吸综合征冠状病毒、寨卡病毒、埃博拉病毒、艾滋病病毒中的至少一种；其中，所述新型冠状病毒的靶点序列包括SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.6；所述严重急性呼吸综合征冠状病毒的靶点序列包括SEQ ID NO.7～SEQ ID NO.9；所述中东呼吸综合征冠状病毒的靶点序列包括SEQ ID NO.10～SEQ ID NO.11；所述寨卡病毒的靶点序列包括SEQ ID NO.12～SEQ ID NO.14；所述埃博拉病毒的靶点序列包括SEQ ID NO.15～SEQ ID NO.17；所述艾滋病病毒的靶点序列包括SEQ ID NO.18～SEQ ID NO.26。2.根据权利要求1所述的一种RNA病毒的靶点序列，其特征在于，所述RNA病毒还包括其他RNA病毒，所述其他RNA病毒选自诺如病毒、出血热病毒、肠病毒、克麦罗沃病毒、柯萨奇病毒、甲型肝炎病毒、登革病毒2型、风疹病毒、马尔堡病毒、脊髓灰质炎病毒、呼吸道合胞病毒、腮腺炎病毒、澳大利亚蝙蝠狂犬病毒、汉坦病毒、波瓦生病毒、兰加特病毒、埃亚契病毒、科罗拉多蜱传热病毒、拉沙病毒、鄂木斯克出血热病毒、马丘波病毒、胡宁病毒、瓜纳瑞托病毒、辛诺柏病毒、汉他病毒、普马拉病毒、多布拉伐病毒、汉城病毒、克里米亚
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刚果出血热病毒、沙比亚病毒、索戈托病毒、黑渠港病毒欧洲蝙蝠丽沙病毒1型、欧洲蝙蝠丽沙病毒2型、查帕雷病毒、轮状病毒、泰林埃博拉病毒、本迪布焦埃博拉病毒、立夫特山谷热病毒、伊尔库特病毒、甲型流感病毒、长沼病毒、科萨努尔森林病毒、黑港渠病毒、日本乙型脑炎病毒、杜文哈奇
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利萨病毒、Lujo出血热病毒、麻疹病毒、蜱传脑炎病毒、禽流感病毒、猪流感病毒、狂犬病毒中的至少一种；其中，所述其他RNA病毒的靶点序列包括SEQ ID NO.149～SEQ ID NO.737。3.一种用于构建RNA病毒的靶点序列的引物组合物，其特征在于，靶点序列SEQ ID NO.1的引物为SEQ ID NO.27～SEQ ID NO.30；和/或，靶点序列SEQ ID NO.2的引物为SEQ ID NO.31～SEQ ID NO.34；和/或，靶点序列SEQ ID NO.3的引物为SEQ ID NO.35～SEQ ID NO.38；和/或，靶点序列SEQ ID NO.4的引物为SEQ ID NO.39～SEQ ID NO.42；和/或，靶点序列SEQ ID NO.5的引物为SEQ ID NO.43～SEQ ID NO.46；和/或，靶点序列SEQ ID NO.7的引物为SEQ ID NO.47～SEQ ID NO.50；和/或，靶点序列SEQ ID NO.8的引物为SEQ ID NO.51～SEQ ID NO.54；和/或，靶点序列SEQ ID NO.10的引物为SEQ ID NO.55～SEQ ID NO.58；和/或，靶点序列SEQ ID NO.11的引物为SEQ ID NO.59～SEQ ID NO.62；和/或，靶点序列SEQ ID NO.12的引物为SEQ ID NO.63～SEQ ID NO.66；和/或，靶点序列SEQ ID NO.13的引物为SEQ ID NO.67～SEQ ID NO.70；和/或，靶点序列SEQ ID NO.14的引物为SEQ ID NO.71～SEQ ID NO.74；和/或，靶点序列SEQ ID NO.15的引物为SEQ ID NO.75～SEQ ID NO.78；和/或，靶点序列SEQ ID NO.16的引物为SEQ ID NO.79～SEQ ID NO.82；和/或，靶点序列SEQ ID NO.17的引物为SEQ ID NO.83～SEQ ID NO.86；和/或，靶点序列SEQ ID NO.18的引物为SEQ ID NO.87～SEQ ID NO.90；和/或，靶点序列SEQ ID NO.19的引物为SEQ ID NO.91～SEQ ID NO.94；和/或，靶点序列SEQ ID NO.20的引物为SEQ ID NO.95～SEQ ID NO.98；和/或，靶点序列SEQ ID NO.21的引物为SEQ ID NO.99～SEQ ID NO.102；和/或，靶点序列SEQ ID NO.22的引物为SEQ ID NO.103～SEQ ID NO.106；和/或，靶点序列SEQ ID NO.23的引物为SEQ ID NO.107～SEQ ID NO.110；和/或，靶点序列SEQ ID NO.24的引物为
SEQ ID NO.111～SEQ ID NO.114；和/或，靶点序列SEQ ID NO.25的引物为SEQ ID NO.115～SEQ ID NO.118；和/或，靶点序列SEQ ID NO.26的引物为SEQ ID NO.119～SEQ ID NO.122。4.一种与权利要求1或权利要求2所述的RNA病毒的靶点序列相关的生物材料，其特征在于，所述生物材料选自下述A)～B)中的一种：A)与权利要求1或...

【专利技术属性】
技术研发人员：于文强，徐建青，汪海林，李伟，连丞，徐鹏，
申请(专利权)人：上海市公共卫生临床中心，
类型：发明
国别省市：