RNAi介导的调控基因组和亚基因组病毒RNA的底物序列制造技术

提供了一种鉴定RNAi序列的方法，包括下列步骤：从gRNA筛选一个或多个7

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】RNAi介导的调控基因组和亚基因组病毒RNA的底物序列
[0001]要求的优先权
[0002]本申请要求于2020年8月12日提交的序列号为63/064446的美国临时专利申请的优先权，其内容通过引用并入本文。


[0003]本专利技术总体上与RNAi序列的
相关。更具体地，本专利技术涉及鉴定RNAi序列的装置、方法和系统。

技术介绍

[0004]冠状病毒，特别是SARS
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CoV
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2，引起病毒爆发，导致全球新冠病毒(Covid
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19)大流行。全球当前形势已导致全球公共卫生紧急事件。
[0005]根据世界卫生组织(WHO)的数据，截至2020年8月，作为人类病原体，Covid
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19在全球已确认超过1800万例确诊患者，其中至少687000人死亡。到2021年8月，全球病例和死亡人数已增至20000万例，其中至少有400万人死亡。
[0006]现在已知并理解，SARS
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CoV
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2可以很容易在人与人之间传播，并传播到许多大洲，导致世卫组织于2020年1月30日宣布发生国际公共卫生紧急事件(PHEIC)。
[0007]虽然科学家在开发可能的新疗法方面取得了进展，但这种高度实验性疗法的有效性和安全性仍然没有得到证实，还有许多问题仍然悬而未决。虽然SARS
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CoV
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2的疫苗或其他抗病毒治疗是最必要的，但仍然缺乏有效性。
[0008]虽然疗效对于治疗SARS
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CoV
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2大流行至关重要，但此类治疗也必须保证安全性。事实上，在进行大规模疗效试验之前，必须进行较小规模安全性试验证明安全性，这需要更多的时间。
[0009]因此，提供具有更高疗效和安全性的治疗，以使成功的可能性和SARS
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CoV
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2治疗的潜在批准时间最大化。

技术实现思路

[0010]在一个实施方案中，本公开的专利技术可能是一种鉴定RNAi序列的方法，包括以下步骤：鉴定潜在7
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mer序列；并注册(registering)一个或多个命中位点(hit site)，其中所述一个或多个命中位点是基因组RNA序列中的一个或多个位置，所述基因组RNA序列中存在所述潜在7
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mer序列。在一个实施方案中，所述方法还包括以下步骤：与一个或多个命中位点一起，注册发现7
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mer序列所在基因组区域的名称和起始于7
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mer序列起始位置的注册的15
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mer序列；使用所述注册的15
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mer序列，生成核苷酸位置频率矩阵，并基于每个位置的最常见的核苷酸，生成每个7
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mer序列的生成的15
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mer；并使用所述生成的15
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mer序列预测假定RNAi分子的一个或多个命中。在一个实施方案中，所述方法还包括计算一个或多个注册的命中位点的命中可行性指数，生成总指数，并开发summary矩阵的步骤。
[0011]在一个实施方案中，可以通过筛选靶RNA中最多的7
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mer来鉴定潜在的7
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mer序列。
在一个实施方案中，所述假定RNAi分子的一个或多个命中可以基于完美匹配被预测。在一个实施方案中，所述命中可行性指数可以根据匹配序列ΔG值和所述命中位点上游和下游30个核苷酸的AU含量比例为每个命中位点加权。所述命中可行性指数可通过下式计算：其中n是生成的15
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mer，所述生成的15
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mer用于预测命中位点m，H是命中可行性，ΔG是仅考虑碱基配对匹配发生所需的自由能，P(AU)是所述命中位点上游和下游30个核苷酸的比例。
[0012]在一个实施方案中，所述总指数可通过下式计算：其中IG是总指数，所述总指数汇总所述命中效果，A是用于匹配的n个生成的15
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mer的命中数量。summary矩阵包括所述7
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mer、所述7
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mer的生成的15
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mer，有义链、所述RNAi拟议序列、所述命中可行性指数和所述总指数。在另一实施方案中，所述summary矩阵包括拟议的反义链。在另一实施方案中，所述summary矩阵还包括种子序列GC含量和引导链GC含量。
[0013]在一个实施方案中，本公开的专利技术是一种鉴定RNAi序列的方法，包括下列步骤：从gRNA筛选一个或多个7
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mer，选择所述一个或多个7
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mer的第一数量，所述第一数量基于一个或多个7
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mer的频率；并表征所述一个或多个7
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mer中每一个的一个或多个命中位点。所述方法还包括步骤：计算所述一个或多个7
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mer中每一个7
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mer的每个基因组区域的命中；选择所述一个或多个7
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mer的第二数量，所述第二数量基于sgRNA中的最多命中；并为与所述一个或多个7
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mer相关的一个或多个15
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mer创建频率矩阵。在另一实施方案中，所述方法还包括以下步骤：基于最常见核苷酸为所述一个或多个7
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mer中的每一个生成一个或多个生成的15
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mer，表征所述一个或多个生成的15
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mer中的每一个的gRNA中的命中；基于累积命中频率和长度计算summary指数；并基于一个或多个生成的特征和一个或多个结构特征选择RNAi序列的第三数量。
[0014]在一个实施方案中，所述第一数量、第二数量和第三数量可以是任何适当的数量。在一个实施方案中，所述第一数量可能是500。在一个实施方案中，所述第二数量可能是50。在一个实施方案中，所述第三数量可能是5。在一个实施方案中，所述一个或多个生成的特征和一个或多个结构特征可能是summary指数的函数。
附图说明
[0015]图1示出了根据本专利技术的RNAi设计工作流程的实施方案。
[0016]图2A是描述5个RNAi SARS
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CoV
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2沉默序列的表。
[0017]图2B是描述RNAi SARS
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CoV
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2沉默序列匹配位点数量的表。
[0018]图3A是可能攻击SARS
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CoV
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2RNA的序列的表。
[0019]图3B示出了SARS
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CoV
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2RNA的3'UTR(非翻译区)。
[0020]图4是NPM
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SC2序列3
′
UTR调节的图。
[0021]图5是N本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种鉴定RNAi序列的方法，包括以下步骤：a、鉴定潜在7
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mer序列；b、注册一个或多个命中位点，其中所述一个或多个命中位点是基因组RNA序列的一个或多个位置，所述基因组RNA序列中存在所述潜在7
‑
mer序列；c、与一个或多个命中位点一起，注册发现7
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mer序列所在基因组区域的名称，和起始于7
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mer序列起始位置的注册的15
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mer序列；d、使用所述注册的15
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mer序列，生成核苷酸位置频率矩阵，并基于每个位置的最常见核苷酸，生成每个7
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mer序列的生成的15
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mer；e、使用所述生成的15
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mer序列预测假定RNAi分子的一个或多个命中；f、计算一个或多个注册的命中位点的命中可行性指数；g、生成总指数；并h、开发summary矩阵。2.根据权利要求1所述的方法，其中通过筛选靶RNA中最多的7
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mer来鉴定潜在的7
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mer序列。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述假定RNAi分子的一个或多个命中基于完美匹配被预测。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述命中可行性指数根据匹配序列ΔG值和所述命中位点上游和下游30个核苷酸的AU含量比例为每个命中位点加权。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述命中可行性指数通过下式计算：其中n是所述生成的15
‑
mer，所述生成的15
‑
mer用于预测命中位点m，H是命中可行性，ΔG是仅考虑碱基配对匹配发生所需的自由能，P(AU)是所述命中位点上游和下游30个核苷酸的比例。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述总指数通过下式计算：其中IG是所述总指数，所述总指数汇总所述命中效果，A是用于匹配的n个生成的15
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mer的命中数量。7.根据权利要求6所述的方法，...

【专利技术属性】
技术研发人员：克里斯蒂安，
申请(专利权)人：斯派创生物制药有限公司，
类型：发明
国别省市：