检测SARS-CoV-2突变的组合物、试剂盒、方法及其用途技术

本发明专利技术属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS

【技术实现步骤摘要】
检测SARS
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CoV
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2突变的组合物、试剂盒、方法及其用途


[0001]本专利技术属于分子生物学检测领域；具体地，涉及SARS
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CoV
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2的检测；更具体地，涉及SARS
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CoV
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2突变的检测。

技术介绍

[0002]作为一种RNA病毒，新冠病毒最大的特点之一就是容易变异，从变异株阿尔法(Alpha B.1.1.7)到贝塔(Beta B.1.351)，再到伽玛(Gamma P.1)和德尔塔(Delta B.1.617.2)，每次变异，新冠病毒都携带着更强的传播力。当前，印度发现的Delta变异株因为传播能力显著增强，正在成为全球主要流行的新冠病毒变异株。新的变异毒株正在攻破各个国家的防线，攻破包括我国在内的东亚、东南亚等其他国家的防线，而其更是在攻破公共卫生防控防线后，开始挑战疫苗防线。
[0003]基于全球范围的SARS
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2基因组测序分析报道，其变异主要发生在5个基因上，即S基因、N基因、ORF8基因、ORF3a基因以及ORF1ab基因，其中S基因上的突变对病毒传播能力及致病能力的影响最大。目前传播流行最广的变异株主要包括B.1.1.7、B.1.351、B.1.617.1、B.1.617.2、B.1.617.3、B.1.525、P.1、P.2、C.37等。主要突变位点为E484Q、E484K、L452R、P681R、T487K、D950N、F490S、Del247
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253、T76I、L452Q等，这些位点可能导致免疫逃逸或传染性增强。尤其是德尔塔和拉姆达毒株的出现，这些变异株正在迅速传播，并且逐级取代了传播的其他型别的新冠病毒。疫情防控面临巨大挑战，疫苗的研发也是迫在眉睫。其中有的突变可能对现SARS
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2疫苗诱导的抗体产生抵抗力，影响检测试剂及疫苗的效果，故明确病毒的突变位点对病毒的流行病学分析及临床诊断治疗意义重大。
[0004]本领域需求一种能够准确鉴定新冠不同突变的试剂，以便针对性采取防疫和治疗措施，使得应对更为效率。同时，检测所需时间短，灵敏度高。

技术实现思路

[0005]有鉴于此，第一方面，本专利技术提供了一种能够检测SARS
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CoV
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2变异株的主要突变位点的组合物，所述组合物同时包括：
[0006]第一核酸组合物：
[0007]如SEQ ID NO:1所示的突变L452R上游引物、如SEQ ID NO:2所示的突变L452R下游引物，和如SEQ ID NO:3所示的突变L452R探针；
[0008]如SEQ ID NO:4所示的突变E484Q上游引物、如SEQ ID NO:5所示的突变E484Q下游引物，和如SEQ ID NO:6所示的突变E484Q探针；
[0009]第二核酸组合物：
[0010]如SEQ ID NO:7所示的突变P681R上游引物、如SEQ ID NO:8所示的突变P681R下游引物，和如SEQ ID NO:9所示的突变P681R探针；
[0011]如SEQ ID NO:10所示的突变E484K上游引物、如SEQ ID NO:11所示的突变E484K下游引物，和如SEQ ID NO:12所示的突变E484K探针；
[0012]第三核酸组合物：
[0013]如SEQ ID NO:13所示的突变L452Q上游引物、如SEQ ID NO:14所示的突变L452Q下游引物，和如SEQ ID NO:15所示的突变L452Q探针；
[0014]如SEQ ID NO:16所示的突变T76I上游引物、如SEQ ID NO:17所示的突变T76I下游引物，和如SEQ ID NO:18所示的突变T76I探针；
[0015]第四核酸组合物：
[0016]如SEQ ID NO:19所示的突变F490S上游引物、如SEQ ID NO:20所示的突变F490S下游引物，和如SEQ ID NO:21所示的突变F490S探针；
[0017]如SEQ ID NO:22所示的突变Del247
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253上游引物、如SEQ ID NO:23所示的突变Del247
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253下游引物，和如SEQ ID NO:24所示的突变Del247
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253探针；以及
[0018]第五核酸组合物：
[0019]如SEQ ID NO:25所示的突变T487K上游引物、如SEQ ID NO:26所示的突变T487K下游引物，和如SEQ ID NO:27所示的突变T487K探针；
[0020]如SEQ ID NO:28所示的突变D950N上游引物、如SEQ ID NO:29所示的突变D950N下游引物，和如SEQ ID NO:30所示的突变D950N探针。
[0021]使用本专利技术的组合物能够对阿尔法突变、德尔塔突变、拉姆达突变主要突变位点进行鉴定，使得不同突变位点的毒株能够得到区别对待，从而使得治疗和预防更效率。本专利技术的组合物，结合荧光探针法，同时检测10个靶标，其成本低，通量高，并且操作简便，用时短。
[0022]进一步地，在一些实施方案中，本专利技术的组合物可以同时包括上述引物和探针中的一对或多对。在本专利技术中，“对”是指检测一个突变的互相匹配的上游、下游引物和探针。
[0023]举例来说，可以只包括第一核酸组合物；可以只包括第二核酸组合物；可以只包括第三核酸组合物；可以只包括第四核酸组合物；可以只包括第五核酸组合物。
[0024]举例来说，还可以只包括不同核酸组合物的一些引物和探针对，例如，如SEQ ID NO:1所示的突变L452R上游引物、如SEQ ID NO:2所示的突变L452R下游引物，和如SEQ ID NO:3所示的突变L452R探针，如SEQ ID NO:7所示的突变P681R上游引物、如SEQ ID NO:8所示的突变P681R下游引物，和如SEQ ID NO:9所示的突变P681R探针，如SEQ ID NO:13所示的突变L452Q上游引物、如SEQ ID NO:14所示的突变L452Q下游引物，和如SEQ ID NO:15所示的突变L452Q探针，如SEQ ID NO:19所示的突变F490S上游引物、如SEQ ID NO:20所示的突变F490S下游引物，和如SEQ ID NO:21所示的突变F490S探针，如SEQ ID NO:25所示的突变T487K上游引物、如SEQ ID NO:26所示的突变T487K下游引物，和如SEQ ID NO:27所示的突变T487K探针。
[0025]进一步地，第一、第二、第三、第四以及第五核酸组合物每组之内的探针的荧光基团彼此互不相同且互不干扰。
[0026]在本文中，“互不相同且互不干扰”是指组合物中每个探本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种能够检测SARS
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CoV
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2变异株的主要突变位点的组合物，所述组合物同时包括：第一核酸组合物：如SEQ ID NO:1所示的突变L452R上游引物、如SEQ ID NO:2所示的突变L452R下游引物，和如SEQ ID NO:3所示的突变L452R探针；如SEQ ID NO:4所示的突变E484Q上游引物、如SEQ ID NO:5所示的突变E484Q下游引物，和如SEQ ID NO:6所示的突变E484Q探针；第二核酸组合物：如SEQ ID NO:7所示的突变P681R上游引物、如SEQ ID NO:8所示的突变P681R下游引物，和如SEQ ID NO:9所示的突变P681R探针；如SEQ ID NO:10所示的突变E484K上游引物、如SEQ ID NO:11所示的突变E484K下游引物，和如SEQ ID NO:12所示的突变E484K探针；第三核酸组合物：如SEQ ID NO:13所示的突变L452Q上游引物、如SEQ ID NO:14所示的突变L452Q下游引物，和如SEQ ID NO:15所示的突变L452Q探针；如SEQ ID NO:16所示的突变T76I上游引物、如SEQ ID NO:17所示的突变T76I下游引物，和如SEQ ID NO:18所示的突变T76I探针；第四核酸组合物：如SEQ ID NO:19所示的突变F490S上游引物、如SEQ ID NO:20所示的突变F490S下游引物，和如SEQ ID NO:21所示的突变F490S探针；如SEQ ID NO:22所示的突变Del247
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253上游引物、如SEQ ID NO:23所示的突变Del247
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253下游引物，和如SEQ ID NO:24所示的突变Del247
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253探针；以及第五核酸组合物：如SEQ ID NO:25所示的突变T487K上游引物、如SEQ ID NO:26所示的突变T487K下游引物，和如SEQ ID NO:27...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙青芝，谭德勇，许思瑶，饶文婷，邓中平，刘佳，郭鑫武，戴立忠，
申请(专利权)人：圣湘生物科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：