一种基于耐药性病原菌风险评价获得水体活动健康建议的方法技术

本发明专利技术提供了一种基于耐药性病原菌风险评价获得水体活动健康建议的方法，用于指导人群在水体边活动的宣传和教育工作。首先使用流式细胞仪获得景观水体中细胞总数，并基于宏基因组测序技术识别病原菌并计算其浓度，然后筛选出耐药性的高风险病原菌(High

【技术实现步骤摘要】
一种基于耐药性病原菌风险评价获得水体活动健康建议的方法


[0001]本专利技术涉及微生物风险评价领域，具体涉及一种基于耐药性病原菌风险评价获得水体活动健康建议的方法。

技术介绍

[0002]随着我国水生态环境质量持续改善，景观水体区域已成为人们休闲娱乐活动的重要场所。然而，一些城市景观水体以中水为水源，也有一些河道水体受纳了部分生活污水和污水厂尾水，导致水体中存在众多对人体健康具有危害的物质，包括病原菌和抗生素抗性基因等生物风险物质。人群在水体边活动时会不同程度的摄入水体，因此有被病原菌感染的风险。识别易造成人群健康风险的病原菌和活动行为并及时进行风险防控，对于保障居民身体健康具有重要意义。
[0003]目前我国水质标准中只规定了个别病原菌的浓度阈值，然而简单的病原菌浓度阈值标准并不能全面地评估水体的微生物风险，也无法给予群众清晰的微生物风险认识。此外，抗生素耐药性是影响水体微生物风险的重要因素，受耐药性病原菌感染而患病后，治疗难度和治疗成本明显增加。因此，为获得具体的、全面的健康风险建议，需对耐药性的高风险病原菌(High
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于耐药性病原菌风险评价获得水体活动健康建议的方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤S1：采集水体样品，使用流式细胞仪定量测定水体样品中的细胞总数；步骤S2：使用滤膜过滤水体样品，提取滤膜上的微生物的DNA，使用宏基因组测序技术获得DNA的raw reads，并对raw reads进行质量控制，得到clean reads；步骤S3：对每个样品获得的clean reads进行物种注释与相对丰度统计，获得微生物的物种信息及相对丰度，进一步比对病原菌名单获得各病原菌的相对丰度；步骤S4：根据每个样品的病原菌相对丰度，结合流式细胞仪计数结果，得到样品中各病原菌的浓度；步骤S5：对每个样品获得的clean reads进行组装，获得contigs，接着对contigs进行物种注释，获得contigs的物种信息，并与病原菌名单比对，获得注释为病原菌的contigs；步骤S6：对所有contigs进行ORFs预测，将预测的ORFs与ARGs数据库进行比对，获得ARGs在contigs中的赋存情况，识别出HRP并计算其耐药性水平；步骤S7：确定人群在水体边的暴露行为以及暴露参数，利用QMRA模型，在不同暴露途径下对HRP进行定量风险评价，获得其健康风险值；步骤S8：将QMRA模型计算获得的HRP健康风险值与风险阈值比较，结合HRP的耐药性水平，提出水体活动健康管理建议。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤S4中，每个样品中各病原菌的浓度根据公式(1)计算：病原菌浓度＝每毫升细胞总数
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病原菌相对丰度公式(1)；其中，每毫升细胞总数即1mL水样含...

【专利技术属性】
技术研发人员：邹艺娜，肖子健，黄艳萍，马玉静，刘亦凡，
申请(专利权)人：河海大学，
类型：发明
国别省市：