用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术涉及番茄耐盐技术领域，具体涉及一种用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记及其应用。该分子标记为SL2.50ch07：5101860处6bp的缺失或SL2.50ch07：5090520处18bp的缺失。其中SL2.50ch07：5101860处6bp的缺失为耐盐的主效位点，该分子标记为番茄耐盐相关的共显性标记，可以用于区分材料在耐盐相关InDel位点是否为纯合，不需要酶切，只需要一次PCR反应和凝胶电泳就可以鉴定番茄植株的耐盐抗性，能够有效的辅助番茄耐盐种质资源的选育。效的辅助番茄耐盐种质资源的选育。

【技术实现步骤摘要】
用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及番茄耐盐
，具体涉及一种用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]土壤盐渍化是影响番茄生长和产量的重要原因之一，盐胁迫引起的离子毒害主要是细胞中钠、钾离子比例失衡。钠元素作为盐渍土壤中的主要离子，其主要从植物根系吸收并积累在光合组织中，钠离子失衡会导致细胞毒性，从而降低植物生产力。根据联合国教科文组织和粮农组织发布的数据，在全球范围内，盐碱地总面积为9.5438公顷，其中我国为9913万公顷，大约占世界盐碱地总面积的十分之一，因此，创建能够适应盐渍化土壤的耐盐种质资源，选育耐盐新品种，提高盐渍化土壤中番茄的产量，对于促进可持续发展具有重要意义。

技术实现思路

[0003]本专利技术通过全基因组关联分析鉴定到与番茄耐盐性相关的遗传位点InDel_18和InDel_6，通过分析发现这两个InDel位于七号染色体的最强关联信号中包括钾离子转运家族成员SlHKT1；1和SlHKT1；2，参与番茄耐盐胁迫位点，进一步研发发现SL2.50ch07：5101860的InDel 6位点为耐盐的主要功能位点。本专利技术的目的之一在于保护上述用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记，具体为SL2.50ch07：5101860处6bp的缺失或SL2.50ch07：5090520处18bp的缺失。
[0004]该分子标记为番茄耐盐相关的共显性标记，可以区分材料在耐盐相关InDel位点是否为纯和，此外，该分子标记不需要酶切，只需要一次PCR反应和凝胶电泳就可以鉴定番茄植株是否具有耐盐抗性，利用该标记可以有效筛选当前番茄资源中的耐盐资源，同时可以结合常规育种手段将番茄耐盐主效控制基因快速准确地导入到优良番茄亲本中，创建能够适应盐渍化土壤的耐盐种质资源，选育耐盐新品种，提高盐渍化土壤中番茄的产量。
[0005]本专利技术的目的之二还在于保护用于扩增上述分子标记的引物。
[0006]作为一种优选的实施方式，所述引物至少包括如SEQ ID NO.3所示的正向外引物，如SEQ ID NO.4所示的反向外引物，如SEQ ID NO.5所示的正向内引物，如SEQ ID NO.6所示反向内引物。
[0007]本专利技术的目的之三还在于保护一种鉴定番茄耐盐基因型的试剂盒，包括上述的引物。
[0008]本专利技术的目的之四还在于保护一种用于鉴定番茄耐盐基因型的方法，包括以下步骤：提取待测番茄样本的总DNA，以待测番茄的总DNA为模板，以序列如SEQ ID NO.3～6所示的引物进行扩增，根据扩增片段的长度进行判定；其中，扩增出486bp和191bp大小带型的为耐盐基因型，扩增出480bp和332bp大小带型的为不耐盐基因型，同时扩增出191bp和332bp的为杂合基因型。
[0009]作为一种优选的实施方式，扩增时的体系为：2*Tag mix 9.6μL、外引物各0.4μL、内引物各0.6μL、DNA模板1μL、ddH2O 7.4μL。
[0010]作为一种优选的实施方式，扩增时的程序为：94℃预变性3min，94℃变性30s、55℃退火30s、72℃延伸30s进行39个循环，72℃延伸5min，冷却至15℃。
[0011]本专利技术的目的还在于保护上述分子标记、引物在鉴定番茄耐盐基因型中的应用。
[0012]本专利技术的目的还在于保护上述分子标记、引物在选育耐盐番茄品种中的应用。
[0013]专利技术的目的还在于保护上述分子标记、引物在培育耐盐番茄中的应用。
附图说明
[0014]图1为实施例1中核心种质材料及其钠离子和钾离子的检测结果，其中A为508份种质材料分类占比，B为苗期地上部Na
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、K
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和Na
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/K
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比值的检测结果，C为苗期地下部Na
+
、K
+
和Na
+
/K
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比值的检测结果；
[0015]图2为全基因组关联分析结果，其中A为苗期地上部Na
+
含量关联结果，B为苗期地上部Na
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/K
+
比值关联结果，C为四种单倍型材料在InDel_18处的基因分析结果，D为四种单倍体材料在InDel_6处的基因分析结果；
[0016]图3为全基因组进一步的关联分析结果，其中A为总关联分析示意图，B为单倍体分型分析，C为四种单倍型材料，D为四种单倍型材料中Na
+
/K
+
比值分析；
[0017]图4为实施例2中四种单倍型材料在0和200mM盐处理下的表型抑制情况，其中A为株高、根长、地上部鲜重和地下部鲜重统计结果，B为表型观察结果；
[0018]图5为实施例3分子标记开发过程中的部分电泳检测结果；
[0019]图6为实施例1、2中涉及到的部分材料用NTC7分子标记检测时的凝胶电泳结果；
[0020]图7为实施例4中部分验证材料中地上部部位Na
+
/K
+
的比值结果。
具体实施方式
[0021]下面结合具体实施例对本专利技术作进一步的详细说明，以使本领域的技术人员更加清楚地理解本专利技术。
[0022]实施例1与番茄耐盐性紧密相关的InDel位点的获得
[0023]植物受到盐胁迫时会引起一些耐受机制，包括抑制Na
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的吸收、促进Na
+
的外排、Na
+
在叶片中的重新分配以及维持细胞离子平衡(特别是Na
+
/K
+
的比值)。选择508份番茄重测序核心种质材料进行种植，其中包括287份大果番茄(BIG)、187份樱桃番茄(CER)和46份醋栗番茄(PIM)(图1A)。
[0024]针对苗期的番茄植株进行取样、消解、烘干、磨样以及钠离子和钾离子的测定，并且计算了钠离子和钾离子的比值。通过进化分析，发现在地上部中大果番茄中的Na
+
含量和Na
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/K
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比值显著低于樱桃番茄和醋栗番茄，大果番茄和樱桃番茄中的K
+
含量相对高于醋栗番茄，但是三组之间的差异不显著(图1B)，在番茄苗期地下部，大果番茄中的Na
+
含量和Na
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/K
+
比值较显著高于樱桃番茄和醋栗番茄，大果番茄和樱桃番茄中的K
+
含量较显著高于醋栗番茄(图1C)，这些数据表明，大果番茄的驯化和改良过程导致了地上部Na
+
含量和Na
+
/K
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比值的降低。
[0025]为了揭示番茄Na
+
和K
+
积累的自然变异和耐盐性相关的遗传位点，进一步利用全基
因组关联分析解析了番茄Na
+
含量、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于鉴定番茄耐盐基因型的分子标记，其特征在于，所述分子标记为SL2.50ch07：5101860处6bp的缺失或SL2.50ch07：5090520处18bp的缺失。2.用于扩增权利要求1所述的分子标记的引物。3.根据权利要求2所述的引物，其特征在于，所述引物至少包括如SEQ ID NO.3所示的正向外引物，如SEQ ID NO.4所示的反向外引物，如SEQ IDNO.5所示的正向内引物，如SEQ ID NO.6所示的反向内引物。4.一种鉴定番茄耐盐基因型的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2或3所述的引物。5.一种用于鉴定番茄耐盐基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：提取待测番茄样本的总DNA，以待测番茄的总DNA为模板，以序列如SEQ ID NO.3～6所示的引物进行扩增，根据扩增片段的长度进行判定；其中，扩增出486bp和191bp大小带型的为耐盐基...

【专利技术属性】
技术研发人员：叶杰，徐琴，王嘉颖，张曼楠，叶志彪，张俊红，张余洋，卢永恩，
申请(专利权)人：湖北洪山实验室，
类型：发明
国别省市：