与豌豆白粉病抗性相关的KASP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了与豌豆白粉病抗性相关的KASP标记及其应用。本发明专利技术还公开了一个与豌豆抗白粉病抗性相关的SNP位点，该SNP位点为豌豆基因组中对应于序列表中序列4所述DNA分子的第583位脱氧核糖核苷酸，多态性为T/

【技术实现步骤摘要】
与豌豆白粉病抗性相关的KASP标记及其应用


[0001]本专利技术属于生物
，具体涉及与豌豆白粉病抗性相关的KASP标记及其应用。

技术介绍

[0002]豌豆(Pisum sativum L.)是世界上第三大豆类作物，在全世界有近90个国家种植，是人类和动物的主要蛋白质来源之一。豌豆在中国已有2000多年的栽培历史，作为蔬菜、粮食和饲料等原料广泛栽培于全国各地。据联合国粮农组织(FAO)统计，2013年我国豌豆干籽粒产量138万吨，居世界第2位，仅次于加拿大；此外，我国是世界上最大的菜用豌豆生产国。
[0003]豌豆白粉病是制约豌豆生产的最重要病害之一，该病是由专性寄生真菌豌豆白粉菌(Erysiphe pisi D.C.)引起，在温带及亚热带地区普遍发生，特别是在白天温暖、夜间冷凉的气候条件下为害严重，一般发生年份可造成25％
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50％的产量损失，严重流行时，高度感病品种的产量损失可达80％以上。目前，防治豌豆白粉病最为经济、有效且环境安全的方法是培育和推广抗病品种，而开发与豌豆白粉病抗性相关的分子标记，既可以对种质资源进行鉴定，筛选抗病种质，为品种选育提供抗源；也可以对改良品种进行前景选择，快速高效地改良目标性状，显著提高抗病优良品种的选育效率和预见性，对加快抗病新品种培育进程具有重要推动作用。
[0004]KASP(Kompetitive allele specific PCR)即竞争性等位基因特异性PCR技术，是近几年兴起的一种新的SNP分型方法，具有准确性高、灵活性强和成本低等特点，已经在多种植物上被广泛应用于高通量的SNP分型以及InDels检测。

技术实现思路

[0005]本专利技术要解决的技术问题是如何鉴定豌豆白粉病抗性，以筛选抗白粉病豌豆种质资源、品种、品系或单株。
[0006]为了解决上述技术问题，本专利技术首先提供了一种鉴定或辅助鉴定豌豆白粉病抗性的方法。
[0007]本专利技术提供的鉴定或辅助鉴定豌豆白粉病抗性的方法包括如下步骤：检测待测豌豆基因型是否为缺失基因型，根据所述待测豌豆基因型确定该待测豌豆白粉病抗性：若待测豌豆基因型为缺失基因型，则该待测豌豆表现为或候选表现为抗白粉病；若待测豌豆基因型不为缺失基因型，则该待测豌豆表现为或候选表现为抗白粉病或感白粉病；
[0008]所述缺失基因型为SNP位点均为缺失的纯合体；所述SNP位点为豌豆基因组中对应于序列表中序列4所述DNA分子的第583位脱氧核糖核苷酸。
[0009]上述方法中，所述检测待测豌豆基因型是否为缺失基因型的方法可包括如下步骤：以待测豌豆的基因组DNA为模板，采用引物组进行PCR扩增，将所得扩增产物进行荧光信号扫描，根据所述荧光信号判断待测豌豆基因型是否为缺失基因型。
[0010]进一步的，根据所述荧光信号判断待测豌豆基因型是否为缺失基因型的方法包括如下步骤：PCR扩增结束后用Douglas
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Araya高通量流水线式荧光信号扫描仪进行荧光信号处理，用Douglas专用Kraken软件导出基因分型结果，进而判断待测豌豆基因型是否为缺失基因型：若所述待测豌豆的扩增产物的荧光信号数据经软件分析呈现红色，则所述待测豌豆的基因型为缺失基因型；否则所述待测豌豆的基因型不为缺失基因型。
[0011]更进一步的，所述引物组由上游引物F1、上游引物F2及下游引物R组成；
[0012]所述上游引物F1为序列表中序列1所示的单链DNA；
[0013]所述上游引物F2为序列表中序列2所示的单链DNA；
[0014]所述下游引物R为序列表中序列3所示的单链DNA。
[0015]上述方法中，所述检测待测豌豆基因型是否为缺失基因型的方法还可包括如下步骤：以待测豌豆的基因组DNA为模板，采用引物组进行PCR扩增，检测所得扩增产物大小，根据所述扩增产物大小判断待测豌豆基因型是否为缺失基因型。
[0016]进一步的，根据所述扩增产物大小判断待测豌豆基因型是否为缺失基因型的方法包括如下步骤：若所述待测豌豆的扩增产物大小为62bp，则所述待测豌豆的基因型为缺失基因型；否则所述待测豌豆的基因型不为缺失基因型。
[0017]更进一步的，所述引物组由上游引物F3、上游引物F4及下游引物R组成；
[0018]所述上游引物F3为序列表中序列1第22
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52位所示的单链DNA；
[0019]所述上游引物F4为序列表中序列2第22
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48位所示的单链DNA；
[0020]所述下游引物R为序列表中序列3所示的单链DNA。
[0021]上述方法中，所述PCR扩增的反应体系可为豌豆基因组DNA(10ng/μL)2.0μL，KASP Master Mix 2.5μL，混合引物(包括上游引物F1、上游引物F2和下游引物R)0.07μL，ddH2O 0.43μL。
[0022]所述PCR扩增的程序可为95℃热激活15分钟；95℃变性20秒，65
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55℃退火和延伸25秒，10个循环，每循环降低1.0℃；95℃变性10秒，56℃退火和延伸60秒，30个循环。
[0023]为了解决上述技术问题，本专利技术又提供了检测待测豌豆SNP位点基因型的物质的新用途。
[0024]本专利技术提供了检测待测豌豆SNP位点基因型的物质在如下(a1)
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(a8)中任一种中的应用：
[0025](a1)鉴定或辅助鉴定待测豌豆白粉病抗性；
[0026](a2)制备鉴定或辅助鉴定待测豌豆白粉病抗性的产品；
[0027](a3)筛选或辅助筛选抗白粉病豌豆种质资源、品种、品系或单株(筛选或辅助筛选缺失基因型的抗白粉病豌豆种质资源、品种、品系或单株)；
[0028](a4)制备筛选或辅助筛选抗白粉病豌豆种质资源、品种、品系或单株(筛选或辅助筛选缺失基因型的抗白粉病豌豆种质资源、品种、品系或单株)的产品；
[0029](a5)改良豌豆种质资源、品种、品系或单株；
[0030](a6)制备改良豌豆种质资源、品种、品系或单株的产品；
[0031](a7)豌豆育种；
[0032](a8)制备豌豆育种的产品；
[0033]所述缺失基因型为SNP位点均为缺失的纯合体；
[0034]所述SNP位点为豌豆基因组中对应于序列表中序列4所述DNA分子的第583位脱氧核糖核苷酸。
[0035]为了解决上述技术问题，本专利技术还提供了如下(b1)
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(b3)中任一种产品：
[0036](b1)上述引物组；
[0037](b2)含有(b1)所述的引物组的PCR试剂；
[0038](b3)含有(b1)所述的引物组或(b2)所述的PCR试剂的试剂盒。
[0039]进一步的，所述试剂盒还可包括KASP Master Mix和ddH2O、标准阳性模板等中的至少一种。
[0040]上述产本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定或辅助鉴定豌豆白粉病抗性的方法，包括如下步骤：检测待测豌豆基因型是否为缺失基因型，根据所述待测豌豆基因型确定该待测豌豆白粉病抗性：若待测豌豆基因型为缺失基因型，则该待测豌豆表现为或候选表现为抗白粉病；若待测豌豆基因型不为缺失基因型，则该待测豌豆表现为或候选表现为抗白粉病或感白粉病；所述缺失基因型为SNP位点均为缺失的纯合体；所述SNP位点为豌豆基因组中对应于序列表中序列4所述DNA分子的第583位脱氧核糖核苷酸。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述检测待测豌豆基因型是否为缺失基因型的方法为如下1)或2)：1)以待测豌豆的基因组DNA为模板，采用引物组进行PCR扩增，将所得扩增产物进行荧光信号扫描，根据所述荧光信号判断待测豌豆基因型是否为缺失基因型；2)以待测豌豆的基因组DNA为模板，采用引物组进行PCR扩增，检测所得扩增产物大小，根据所述扩增产物大小判断待测豌豆基因型是否为缺失基因型。3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述1)中，所述引物组由上游引物F1、上游引物F2及下游引物R组成；所述上游引物F1为序列表中序列1所示的单链DNA；所述上游引物F2为序列表中序列2所示的单链DNA；所述下游引物R为序列表中序列3所示的单链DNA。4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述2)中，所述引物组由上游引物F3、上游引物F4及下游引物R组成；所述上游引物F3为序列表中序列1第22
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52位所示的单链DNA；所述上游引物F4为序列表中序列2第22
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48位所示的单链DNA；所述下游引物R为序列表中序列3所示的单链DNA。5.检测待测豌豆SNP位点基因型的物质在如下(a1)
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【专利技术属性】
技术研发人员：孙素丽，朱振东，邓东，武文琦，段灿星，
申请(专利权)人：中国农业科学院作物科学研究所，
类型：发明
国别省市：