一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2-InDel、试剂、试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术涉及水稻育种领域，特别是涉及一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2

【技术实现步骤摘要】
一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2
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InDel、试剂、试剂盒及其应用


[0001]本专利技术涉及水稻育种领域，特别是涉及一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2
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InDel、试剂、试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]水稻是世界上最重要的谷类作物之一，也是世界上约一半人口的主要粮食来源，水稻产量的稳步提高对于我国乃至全球的粮食生产和稳定具有重要意义。水稻的粒型是与产量直接相关的重要性状，同时与水稻的品质有密切的关系。粒型包括粒长、粒宽和千粒重这三个主要的性状，它们对水稻高产、优质育种具有重要意义。因此，发掘利用新的粒长基因等位变异可为水稻育种改良和生产实践提供基因资源。
[0003]截至目前，已被报道的粒型相关基因和QTL已达400多个。然而，大多数QTLs仅在特定的遗传背景中被发现和定位，存在于其他品种中的等位变异却并未被全部发现，也鲜有相关研究，导致对这些QTL的基因分布和功能研究尚不够完善。
[0004]目前，各研究小组主要通过对自育品种进行分子测序的手段，对这些QTL在一些特异种质中检测分析。通过基因序列分析的方式，对已克隆的QTL的新型等位变异进行挖掘，以期对这些QTL在不同材料中的分布和功能进行完善。
[0005]随着水稻粒型基因功能研究的深入，基因之间相互关系更加清晰明朗，将为水稻的遗传改良提供更多的科学依据。粒型基因作为影响水稻产量的重要性状之一，与更多其他优势基因聚合育种，已经成为育种研究的重要课题。因此，发掘新的水稻粒型QTL位点的等位变异，可为进一步阐明水稻粒型遗传机制及调控网络和高产、广适性水稻品种改良提供理论和实践支持。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供了一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2
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InDel、试剂、试剂盒及其应用。本专利技术所述InDel分子标记SG2
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InDel是一种新的水稻粒型QTL位点的等位变异，可为进一步阐明水稻粒型遗传机制及调控网络和高产、广适性水稻品种改良提供理论和实践支持。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
[0008]本专利技术提供了一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2
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InDel，所述InDel分子标记SG2
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InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；在所述SEQ ID NO.1中存在连续的3或4个重复序列；所述重复序列为GGCAGG。
[0009]本专利技术还提供了一种用于检测上述技术方案所述InDel分子标记SG2
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InDel的试剂，其特征在于，所述试剂包括引物对；所述引物对包括SG2
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InDel
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F和SG2
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InDel
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R；
[0010]所述SG2
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InDel
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F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；
[0011]所述SG2
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InDel
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R的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
[0012]本专利技术还提供了一种检测水稻粒型的试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的试剂。
[0013]优选的，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶和含镁离子的10
×
Taqbuffer。
[0014]本专利技术还提供了上述技术方案所述的InDel分子标记SG2
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InDel或上述技术方案所述的试剂或上述技术方案所述的试剂盒在检测和/或辅助检测水稻粒型中的应用。
[0015]本专利技术还提供了上述技术方案所述的InDel分子标记SG2
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InDel或上述技术方案所述的试剂或上述技术方案所述的试剂盒在水稻粒型改良中的应用。
[0016]本专利技术还提供了上述技术方案所述的InDel分子标记SG2
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InDel或上述技术方案所述的试剂或上述技术方案所述的试剂盒在选育和/或辅助选育细长粒型水稻品种中的应用。
[0017]本专利技术还提供了一种检测水稻粒型的方法，包括以下步骤：
[0018]以待检测水稻的DNA为模板，利用上述技术方案所述的试剂进行PCR扩增，得到扩增产物；
[0019]根据扩增产物的长度判断待检测水稻的粒型情况：
[0020]当所述扩增产物长度为89bp，则待测水稻的基因型为SG2，粒型为短粒；
[0021]当所述扩增产物的长度为95bp，则所述待测水稻的基因型为SG2
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Nip，粒型表现为细长粒；
[0022]当所述扩增产物为95bp和89bp，则待测水稻的基因型为杂合型，粒型介于短粒和细长粒之间。
[0023]优选的，所述PCR扩增的反应体系以10μL计，包括1μL待检测水稻的DNA、0.5μLSG2
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InDel
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F、0.5μLSG2
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InDel
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R、1μL 10
×
Taqbuffer、0.2μL dNTPs、0.2μLTaq DNA聚合酶和余量ddH2O。
[0024]优选的，所述PCR扩增的反应程序包括：95℃预变性3min；95℃变性15s、55℃退火15s、72℃延伸30s，共32个循环；72℃延伸10min。
[0025]有益效果：
[0026]本专利技术提供了一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2
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InDel，所述InDel分子标记SG2
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InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；在所述SEQ ID NO.1中存在连续的3或4个重复序列；所述重复序列为GGCAGG。本专利技术以日本晴基因组为对照，以籼稻BG1和优质恢复系籼稻华占作为实验材料，对粒长基因SG2的启动子区、基因组序列和编码序列进行测序分析，首次发现了位于水稻第2号染色体上控制粒长的SG2的新等位变异，并获得了可用于区分野生型和突变型的插入/缺失(InDel)分子标记SG2
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InDel。只需要检测分子标记SG2
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InDel的扩增条带特性，即可判断目标材料中的SG2位点是否是新的等位变异SG2
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Nip，用于指导水稻育种工作中的粒型遗传改良。该分子标记不仅可以满足在苗期就能区别水稻品种/系/单株的基因型，而且能够方便面、快捷、直接地实现目标基因在水稻种质资源以及育种后代中的鉴定，极大地降低了劳动成本、节约时间且不受环境及人为因素的影响，可为进一步阐明水稻粒型遗传机制及调控网络和高产、广适性水稻品种改良提供理论和实践支持。
附图说明
[0027]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍。
[0028]图1为采本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种水稻粒型QTL的InDel分子标记SG2
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InDel，其特征在于，所述InDel分子标记SG2
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InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；在所述SEQ ID NO.1中存在连续的3或4个重复序列；所述重复序列为GGCAGG。2.一种用于检测权利要求1所述InDel分子标记SG2
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InDel的试剂，其特征在于，所述试剂包括引物对；所述引物对包括SG2
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InDel
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F和SG2
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InDel
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R；所述SG2
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InDel
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F的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述SG2
‑
InDel
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R的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。3.一种检测水稻粒型的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述的试剂。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶和含镁离子的10
×
Taqbuffer。5.权利要求1所述的InDel分子标记SG2
‑
InDel或权利要求2所述的试剂或权利要求3或4所述的试剂盒在检测和/或辅助检测水稻粒型中的应用。6.权利要求1所述的InDel分子标记SG2
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In...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙廉平，黄晨博，曹立勇，占小登，彭泽群，程式华，李延慧，周燃，陈代波，刘可可，曹正男，胡博，
申请(专利权)人：中国水稻研究所，
类型：发明
国别省市：