一种基于微生物组学推断水中尸体溺水地点的方法及其法医学应用技术

本发明专利技术公开了一种基于微生物组学推断水中尸体溺水地点的方法及其法医学应用，属于法医学和生物医药技术领域。本发明专利技术首次提供了基于细菌三代高通量测序（16S rDNA V1

【技术实现步骤摘要】
一种基于微生物组学推断水中尸体溺水地点的方法及其法医学应用


[0001]本专利技术属于法医学和生物医药
，涉及一种基于微生物组学推断水中尸体溺水地点的方法及其法医学应用。特别是基于细菌三代高通量测序（16S rDNA V1
‑
V9全长测序）技术建立水中尸体特异性微生物库诊断海水及淡水溺水的法医学应用。

技术介绍

[0002]水中尸体的溺亡地点的判断是法医实践中亟待解决的问题，尤其是淡水和咸水交界处尸体。溺液进入肺泡后，通过断裂肺泡壁毛细血管而到达左心，再入体循环，引起左、右心腔内血液成分的改变。传统的法医诊断淡水溺水或海水溺水主要基于心血成分的改变。在淡水中溺死者，左心腔的血液成分较右心腔稀释，而在海水中溺死者，则左心血浓缩。淡水溺死者，左心血红蛋白量比右心低，左心血比重比右心低，单位体积内的离子数、电导率等左心都比右心低；在海水中溺死者则相反。另外，淡水溺死造成的溶血，可使左心内膜及主动脉内膜红染。20世纪70年代后，许多学者的实验证实，上述左、右心血电解质的差异仅在死后短时间内检测才有意义，死后10小时以上，这种测定本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于16S rDNA V1
‑
V9全长测序构建的微生物库的应用，其特征在于，所述应用包括用于鉴别水中尸体溺水地点是海水还是淡水；所述微生物库包括70个属水平微生物如下所示：d__Bacteria|p__Actinobacteria|c__unclassified|o__Corynebacteriales|f__Corynebacteriaceae|g__Corynebacterium；d__Bacteria|p__Actinobacteria|c__unclassified|o__unclassified|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Bacteroidia|o__Bacteroidales|f__Bacteroidaceae|g__Bacteroides；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Bacteroidia|o__Bacteroidales|f__Prevotellaceae|g__Prevotella；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Bacteroidia|o__Bacteroidales|f__Tannerellaceae|g__Parabacteroides；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Bacteroidia|o__Bacteroidales|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Chitinophagia|o__Chitinophagales|f__Chitinophagaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Cytophagia|o__Cytophagales|f__Cyclobacteriaceae|g__Algoriphagus；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Cytophagia|o__Cytophagales|f__Cytophagaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Bacteroidetes|c__Flavobacteriia|o__Flavobacteriales|f__Flavobacteriaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Deferribacteres|c__unclassified|o__Deferribacterales|f__Deferribacteraceae|g__Mucispirillum；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Bacillales|f__Bacillaceae|g__Bacillus；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Bacillales|f__Bacillaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Bacillales|f__Staphylococcaceae|g__Staphylococcus；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Lactobacillales|f__Carnobacteriaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Lactobacillales|f__Enterococcaceae|g__Enterococcus；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Lactobacillales|f__Enterococcaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Lactobacillales|f__Streptococcaceae|g__Lactococcus；
d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__Lactobacillales|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli|o__unclassified|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Clostridiaceae|g__Clostridium；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Clostridiaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Lachnospiraceae|g__Blautia；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Lachnospiraceae|g__Cellulosilyticum；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Lachnospiraceae|g__Lachnoclostridium；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Peptostreptococcaceae|g__Asaccharospora；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Peptostreptococcaceae|g__Clostridioides；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Peptostreptococcaceae|g__Paeniclostridium；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Peptostreptococcaceae|g__Paraclostridium；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Peptostreptococcaceae|g__Romboutsia；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__Peptostreptococcaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Clostridia|o__Clostridiales|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__Erysipelotrichia|o__Erysipelotrichales|f__Erysipelotrichaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Firmicutes|c__unclassified|o__unclassified|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Alphaproteobacteria|o__Caulobacterales|f__Caulobacteraceae|g__Brevundimonas；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Alphaproteobacteria|o__Rhodobacterales|f__Rhodobacteraceae|g__Rhodobacter；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Alphaproteobacteria|o__Rhodospirillales|f__Rhodospirillaceae|g__Thalassospira；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Betaproteobacteria|o__Burkholderiales|
f__Burkholderiaceae|g__Ralstonia；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Betaproteobacteria|o__Burkholderiales|f__Comamonadaceae|g__Hydrogenophaga；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Betaproteobacteria|o__Burkholderiales|f__Comamonadaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Betaproteobacteria|o__Burkholderiales|f__Oxalobacteraceae|g__Janthinobacterium；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Betaproteobacteria|o__Neisseriales|f__Chromobacteriaceae|g__Microvirgula；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Betaproteobacteria|o__Neisseriales|f__Chromobacteriaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Epsilonproteobacteria|o__Campylobacterales|f__Campylobacteraceae|g__Arcobacter；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Aeromonadales|f__Aeromonadaceae|g__Aeromonas；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Aeromonadales|f__Aeromonadaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Alteromonadales|f__Alteromonadaceae|g__Alteromonas；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Alteromonadales|f__Shewanellaceae|g__Shewanella；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__Citrobacter；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__Enterobacter；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__Escherichia；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__Klebsiella；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__Salmonella；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Enterobacteriaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Erwiniaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Hafniaceae|g__Hafnia；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Morganellaceae|g__Morganella；
d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Morganellaceae|g__Proteus；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Morganellaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Morganellaceae|g__Xenorhabdus；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Yersiniaceae|g__Ewingella；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Yersiniaceae|g__Serratia；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Yersiniaceae|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Enterobacterales|f__Yersiniaceae|g__Yersinia；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Pseudomonadales|f__Pseudomonadaceae|g__Pseudomonas；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__unclassified|f__unclassified|g__unclassified；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Vibrionales|f__Vibrionaceae|g__Vibrio；d__Bacteria|p__Proteobacteria|c__Gammaproteobacteria|o__Xanthomonadales|f__Xanthomonadaceae|g__Stenotrophomonas；d__Bacteria|p__unclassified|c__unclassified|o__unclassified|f__unclassified|g__unclassified。2.如权利要求1所述的一种基于16S rDNA V1
‑
V9全长测序构建的微生物库的应用，其特征在于，其中相关微生物库的筛选方法包括如下步骤：S1. DNA提取和扩增：，采用CTAB方法提取尸体组织样本中的基因组DNA，使用带Barcode的特异引物，对细菌16S核糖体RNA基因进行PCR扩增，扩增包含微生物种属特征的16S rDNA V1
‑
V9全长片段；所述特异性引物序列为：F：AGAGTTTGATCCTGGCTCAG（SEQ ID NO.1）；R：GNTACCTTGTTACGACTT（SEQ ID NO.2）；S2. 文库构建和上机测序：使用DNA黏合酶将测序接头连接在扩增好的DNA片段两端，使用AMpure PB磁珠对DNA片段进行纯化选择，构建SMRT Bell文库；构建好的文库经Qubit浓度定量，随后用PacBio Sequel II平台进行测序；S3. 序列聚类、物种注释：使用lima软件根据Barcode序列区分各样本的数据，使用UPARSE软件在97%相似度水平对高质量序列聚类，并分别输出代表序列和OUT表；对于每个OTU的代表序列使用预先训练好的Naive Bayes分类器利用NCBI 16S rDNA数据库进行物种
注释，共注释到6个门，15个纲，27个目，46个科，70个属，95个种，获得用于建立鉴别水中尸体溺水地点是海水还是淡水的具体的微生物库。3.一种基于微生物组学推断水中尸体溺水地点的方法，其特征在于，所述方法具体包括以下步骤：S1. DNA提取和扩增：，采用CTAB方法提取尸体组织样本中的基因组DNA，使用带Barcode的特异引物，对细菌16S核糖体RNA基因进行PCR扩增，扩增包含微生物种属特征的16S rDNA V1
‑
V9全长片段；S2. 文库构建和上机测序：使用DNA黏合酶将测序接头连接在扩增好的DNA片段两端，使用AMpure PB磁珠对DNA片段进行纯化选择，构建SMRT Bell文库；构建好的文库经Qubit浓度定量，随后用PacBio Sequel II平台进行测序；S3. 序列聚类、物种注释：使用lima软件根据Barcode序列区分各样本的数据，使用UPARSE软件在97%相似度水平对高质量序列聚类，并分别输出代表序列和OUT表；对于每个OTU的代表序列使用预先训练好的Naive Bayes分类器利用NCBI 16S rDNA数据库进行物种注释，共注释到6个门，15个...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵锐，袁慧雅，王子威，张富源，王林林，官大威，陈子原，
申请(专利权)人：中国医科大学，
类型：发明
国别省市：