独龙牛分子标记的特异性引物及检测方法技术

本发明专利技术涉及独龙牛分子标记的特异性引物及检测方法分子标记引物包括17对引物对；所述17对引物对择一或组合使用，组合使用时为引物组。所述的引物对或引物组用于鉴定或区分独龙牛和其它。使用本发明专利技术中的17对Indel标记的特异性引物和方法能够用于独龙牛的品种遗传特征鉴定工作。征鉴定工作。征鉴定工作。

【技术实现步骤摘要】
独龙牛分子标记的特异性引物及检测方法


[0001]本专利技术属于分子标记
，具体涉及独龙牛品种Indel位点标记的特异性引物及检测方法


技术介绍

[0002]Gayal(Bos frontalis)是一种大型濒临灭绝的半驯养牛种，分布在中国、印度东北部、孟加拉国、缅甸和不丹的丘陵地区，在我国仅分布于云南省贡山独龙族怒族自治县的独龙江流域，该遗传资源以肉质鲜嫩著称，于2000年和2006年列入了《国家级畜禽品种资源保护名录》和《FAO濒危农畜遗传资源品种名录》；1987年列入了《云南省家畜家禽品种志》。然而，独龙牛长期处于半野生半驯化状态，国外商业品种的冲击更使其种质资源面临严峻威胁，经济价值无法提升。为了科学保护独龙牛种质资源，提升肉质产品竞争力，推动农村经济发展，改善云南边疆地区农民生活水平，实现“兴边富民”的长远目标，开展该种的特异遗传变异标记及群体遗传特征分析以及分子标记育种具有重要意义。目前，尚未见独龙牛遗传分子标记开发的相关报道，尚属空白。

技术实现思路

[0003]本专利技术正是为了解决上述问题缺陷，提供一种独龙牛分子标记用的特异性引物并交代了详细的检测方法，对独龙牛的遗传特征、谱系地理格局、群体结构的分析，以及种质资源的科学保护与利用均具有重要的应用价值。
[0004]本专利技术采用如下技术方案实现。
[0005]独龙牛Indel分子标记引物，本专利技术该分子标记引物择一包括以下引物对：
[0006]GY
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A1：F:CAGACTTGGTCGTGCAAAGA，
[0007]R:CCAGTTCCCCTCTCCCTAAC；
[0008]GY
‑
C1：F:TGGGGACTGAGGAAGAATGG，
[0009]R:GAAGCGGGTTTTCAGACAGG；
[0010]GY
‑
C2：F：CCTGGCAGGCTAAGACCAT，
[0011]R:CAGGAAAGGAGCTTCTGTGC；
[0012]GY
‑
I1；F：TGTCACATGTCACAATCCAGT，
[0013]R：TGGAGAAGTCTAGTGGGCTG；
[0014]GY
‑
I2：F：AATTAGCCTTTACAACACAGCC，
[0015]R：GCCTAGGTGCTCTGTTCTTTC；
[0016]GY
‑
I3：F：TGCACCAGGAGAGCTATCAA，
[0017]R：TCCCTTGCTCAGTCTCACAG；
[0018]GY
‑
I4：F：CCTTTGGGCAGCCTTATCAT，
[0019]R：AGGAAGAGAGAAGGGTGTGC；
[0020]GY
‑
MY1：F：ACGATAACCCTGTATGCGAGA，
[0021]R：AGTGTTCTGTTTCAGCGGTG；
[0022]GY
‑
MY2：F：CTGGGACCATCATGTTTTCTTCT，
[0023]R：GGTGATGGAATTGTCAACTAACC；
[0024]GY
‑
N1：F：GAGCATCTTCAGAGTTTGGGT，
[0025]R：GCATTCTAACAACCTCCACCC；
[0026]GY
‑
N2：F：GTCAAAGGCAGGCTTCAAGT，
[0027]R：ACCTCACTGATCTGTACGGA；
[0028]GY
‑
N3：F：ATCGCCAGTACCTACACCAG，
[0029]R：TCAGGTTAATGAAGAGACTGCA；
[0030]GY
‑
T1：F：AGAAGATGCTTTTGATTTTGGCT，
[0031]R：CCCTGGGGTTCTTCATTTCT；
[0032]GY
‑
T2：F：AAAGTTCCCAAAGCACCACC，
[0033]R：TCTTTTGGCACCTCAGGC；
[0034]GY
‑
T3：F：CGGGACAGGTGAACTAATGAC，
[0035]R：AATCTTCTTGGGCTCTTCAGG；
[0036]GY
‑
T4：F：CAAGAAGACCTCAGCACGAT，
[0037]R：CCTGGGCTTTGATCTGGGAT；
[0038]GY
‑
T5：F：GGAGACTCAGGTTCAATCCCT，
[0039]R：CTGTTGAGCTGCCCTAGTCT；其中F为上游引物，R为下游引物。
[0040]独龙牛Indel分子标记引物组，本专利技术该引物组包括以下任意两组引物对及其以上的组合GY
‑
A1、GY
‑
C1、GY
‑
C2、GY
‑
I1、GY
‑
I2、GY
‑
I3、GY
‑
I4、GY
‑
MY1、GY
‑
MY2、GY
‑
N1、GY
‑
N2、GY
‑
N3、GY
‑
T1、GY
‑
T2、GY
‑
T3、GY
‑
T4、GY
‑
T5；具体序列如上述记载。
[0041]使用上述引物或引物组的用途，该用途为鉴定或区分独龙牛和其它牛。
[0042]本专利技术提供一种独龙牛Indel标记的检测方法，包括以下步骤：
[0043]步骤1)、提取独龙牛基因组DNA；
[0044]步骤2)、以步骤1)提取的基因组DNA为模板，利用所述的Indel标记的特异性引物中的Indel位点的特异性引物分别进行PCR扩增；
[0045]步骤3)、利用电泳仪对PCR扩增产物进行跑胶；
[0046]步骤4)、通过STRUCTURE软件分析插入缺失片段的变异情况。
[0047]所述步骤1)包括，DNA抽提：分别提取牛血液样品200μL，加400μL消化缓冲液，40μL蛋白酶K10mg/mL，混匀后于55℃消化5小时；消化清透后，加入600μL水饱和酚，轻轻颠倒混匀30分钟，6000rpm/min离心10分钟，抽提上清；再加入300μL水饱和酚，300μL氯仿/异戊醇24:1，轻轻颠倒混匀30分钟，6000rpm/min离心10分钟，抽提上清；再加入600μL氯仿/异戊醇24:1，轻轻颠倒混匀30分钟，6000rpm/min离心10分钟，抽提上清；再加入800μL预冷的异丙醇，于
‑
20℃静置过夜，1300本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.独龙牛Indel分子标记引物，其特征在于，该分子标记引物择一包括以下引物对；GY
‑
A1：F:CAGACTTGGTCGTGCAAAGA，R:CCAGTTCCCCTCTCCCTAAC；GY
‑
C1：F:TGGGGACTGAGGAAGAATGG，R:GAAGCGGGTTTTCAGACAGG；GY
‑
C2：F：CCTGGCAGGCTAAGACCAT，R:CAGGAAAGGAGCTTCTGTGC；GY
‑
I1；F：TGTCACATGTCACAATCCAGT，R：TGGAGAAGTCTAGTGGGCTG；GY
‑
I2：F：AATTAGCCTTTACAACACAGCC，R：GCCTAGGTGCTCTGTTCTTTC；GY
‑
I3：F：TGCACCAGGAGAGCTATCAA，R：TCCCTTGCTCAGTCTCACAG；GY
‑
I4：F：CCTTTGGGCAGCCTTATCAT，R：AGGAAGAGAGAAGGGTGTGC；GY
‑
MY1：F：ACGATAACCCTGTATGCGAGA，R：AGTGTTCTGTTTCAGCGGTG；GY
‑
MY2：F：CTGGGACCATCATGTTTTCTTCT，R：GGTGATGGAATTGTCAACTAACC；GY
‑
N1：F：GAGCATCTTCAGAGTTTGGGT，R：GCATTCTAACAACCTCCACCC；GY
‑
N2：F：GTCAAAGGCAGGCTTCAAGT，R：ACCTCACTGATCTGTACGGA；GY
‑
N3：F：ATCGCCAGTACCTACACCAG，R：TCAGGTTAATGAAGAGACTGCA；GY
‑
T1：F：AGAAGATGCTTTTGATTTTGGCT，R：CCCTGGGGTTCTTCATTTCT；GY
‑
T2：F：AAAGTTCCCAAAGCACCACC，R：TCTTTTGGCACCTCAGGC；GY
‑
T3：F：CGGGACAGGTGAACTAATGAC，R：AATCTTCTTGGGCTCTTCAGG；GY
‑
T4：F：CAAGAAGACCTCAGCACGAT，R：CCTGGGCTTTGATCTGGGAT；GY
‑
T5：F：GGAGACTCAGGTTCAATCCCT，R：CTGTTGAGCTGCCCTAGTCT；其中F为上游引物，R为下游引物。2.独龙牛Indel分子标记引物组，其特征在于，该引物组包括以下任意两组引物对及其以上的组合；GY
‑
A1：F:CAGACTTGGTCGTGCAAAGA，
R:CCAGTTCCCCTCTCCCTAAC；GY
‑
C1：F:TGGGGACTGAGGAAGAATGG，R:GAAGCGGGTTTTCAGACAGG；GY
‑
C2：F：CCTGGCAGGCTAAGACCAT，R:CAGGAAAGGAGCTTCTGTGC；GY
‑
I1；F：TGTCACATGTCACAATCCAGT，R：TGGAGAAGTCTAGTGGGCTG；GY
‑
I2：F：AATTAGCCTTTACAACACAGCC，R：GCCTAGGTGCTCTGTTCTTTC；GY
‑
I3：F：TGCACCAGGAGAGCTATCAA，R：TCCCTTGCTCAGTCTCACAG；GY
‑
I4：F：CCTTTGGGCAGCCTTATCAT，R：AGGAAGAGAGAAGGGTGTG...

【专利技术属性】
技术研发人员：李艳，张亚平，赵茹娟，肖剑，郭志凡，
申请(专利权)人：云南大学，
类型：发明
国别省市：