SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和、或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列制造技术

本申请涉及近交系大鼠SNP标记应用的技术领域，具体公开了一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列。具体地，SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，所述SNP标记包括40个SNP位点；以及用于合成上述SNP位点的引物序列。本申请能够同时对BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY 6种近交系大鼠进行品系鉴定。近交系大鼠进行品系鉴定。

【技术实现步骤摘要】
SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和、或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列


[0001]本申请涉及大鼠SNP标记应用的
，具体地涉及一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列。

技术介绍

[0002]实验动物(laboratory animal)是指经人工饲育且对其携带的微生物实行控制、遗传背景明确或者来源清楚、用于科学研究、教学、生产、检定以及其他科学实验的动物。常见的实验动物有实验大鼠和实验小鼠。近年来，许多科研工作者已经对小鼠基因组进行基因操作并不断将技术加以改进，到目前为止，全球实验小鼠的品系有超过24000种，包括有数千种封闭群、近交系、重组同类系、重组近交系和突变系等品系。相比较而言，大规模转基因大鼠品系的开发一直落后于小鼠。
[0003]在实验动物急剧增加的同时，也伴随着研究人员对实验动物遗传质量检测重视程度的提升。只有明确了背景鼠的遗传情况，才能保证后续科学研究的合理性和准确性。目前，实验动物遗传质量检测的方法主要包括毛色基因检测法、生化标记基因检测法、免疫标记基因检测法、下颌骨形态测量分析法以及分子标记检测法等。因上述方法各自的局限以及操作的繁琐等不足，这些遗传质量检测的方法以逐渐被分子方法所取代。
[0004]分子方法包括简单序列长度多态性(SSLP)基因分型法和单核苷酸多态性(SNP)基因分型法。与上述遗传质量检测的传统方法相比，采用分子方法来进行遗传质量检测具有如下优势：(1)SSLP基因分型法和SNP基因分型法均可使用来自尾部或耳朵组织样本的DNA进行检测，故无需对实验动物实施安乐死。(2)SSLP基因分型法和SNP基因分型法均为基于PCR扩增的检测方式，故对检测实验室没有苛刻的要求，任何能够执行常规PCR工作的实验室均可轻松实现对实验动物的遗传质量检测。(3)SSLP基因分型法和SNP基因分型法均具有较高的灵敏和较好的可重复性，且成本较低。然而，SNP基因分型法比SSLP基因分型法具有更丰富的遗传变异标记，且SNP基因分型法已被证明是一种更快、更有效且更便宜的基因分型法。
[0005]基于上述，需要建立一组适合的SNP位点对大鼠遗传质量进行检测。

技术实现思路

[0006]本申请提供一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定中的应用、引物序列，本申请能够利用上述SNP标记对近交系大鼠进行遗传质量检测，并能够同时鉴定出BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY 6种常见的近交系大鼠品系。
[0007]第一方面，本申请提供一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，采用如下的技术方案：
[0008]一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，所述SNP标记包括40个SNP位点，分别为：SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、
SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40；
[0009]进一步地，所述SNP1位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第242位，此处核苷酸分子的碱基为A或T；
[0010]所述SNP2位于SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0011]所述SNP3位于SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列的第73位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；
[0012]所述SNP4位于SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列的第315位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0013]所述SNP5位于SEQ ID NO：5所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0014]所述SNP6位于SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列的第127位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0015]所述SNP7位于SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0016]所述SNP8位于SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列的第199位，此处核苷酸分子的碱基为A或T；
[0017]所述SNP9位于SEQ ID NO：9所示的核苷酸序列的第84位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0018]所述SNP10位于SEQ ID NO：10所示的核苷酸序列的第216位，此处核苷酸分子的碱基为T或G；
[0019]所述SNP11位于SEQ ID NO：11所示的核苷酸序列的第400位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0020]所述SNP12位于SEQ ID NO：12所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0021]所述SNP13位于SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第264位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0022]所述SNP14位于SEQ ID NO：14所示的核苷酸序列的第181位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0023]所述SNP15位于SEQ ID NO：15所示的核苷酸序列的第424位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0024]所述SNP16位于SEQ ID NO：16所示的核苷酸序列的第380位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；
[0025]所述SNP17位于SEQ ID NO：17所示的核苷酸序列的第301位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0026]所述SNP18位于SEQ ID NO：18所示的核苷酸序列的第125位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0027]所述SNP19位于SEQ ID NO：19所示的核苷酸序列的第161位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0028]所述SNP20位于SEQ ID NO：20所示的核苷酸序列的第473位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；
[0029]所述SNP21位于SEQ ID NO：21所示的核苷酸序列的第476位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0030]所述SNP22位于SEQ ID NO：22所示的核苷酸序列的第148位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
[0031]所述SNP23位于SEQ ID NO：23所示的核苷酸序列的第113位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0032]所述SNP24位于SEQ ID NO：24所示的核苷酸序列的第112位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；
[0033]所述SNP25位于SEQ ID NO：25所示的核苷酸序列的第124位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；
[0034]所述SNP26位本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种SNP标记在近交系大鼠遗传质量检测中的应用，其特征在于，所述SNP标记包括40个SNP位点，分别为：SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40；所述SNP1位于SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第242位，此处核苷酸分子的碱基为A或T；所述SNP2位于SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP3位于SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列的第73位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；所述SNP4位于SEQ ID NO：4所示的核苷酸序列的第315位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP5位于SEQ ID NO：5所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；所述SNP6位于SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列的第127位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；所述SNP7位于SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列的第184位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP8位于SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列的第199位，此处核苷酸分子的碱基为A或T；所述SNP9位于SEQ ID NO：9所示的核苷酸序列的第84位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP10位于SEQ ID NO：10所示的核苷酸序列的第216位，此处核苷酸分子的碱基为T或G；所述SNP11位于SEQ ID NO：11所示的核苷酸序列的第400位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP12位于SEQ ID NO：12所示的核苷酸序列的第331位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；所述SNP13位于SEQ ID NO：13所示的核苷酸序列的第264位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP14位于SEQ ID NO：14所示的核苷酸序列的第181位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP15位于SEQ ID NO：15所示的核苷酸序列的第424位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP16位于SEQ ID NO：16所示的核苷酸序列的第380位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；所述SNP17位于SEQ ID NO：17所示的核苷酸序列的第301位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；
所述SNP18位于SEQ ID NO：18所示的核苷酸序列的第125位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP19位于SEQ ID NO：19所示的核苷酸序列的第161位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP20位于SEQ ID NO：20所示的核苷酸序列的第473位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP21位于SEQ ID NO：21所示的核苷酸序列的第476位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP22位于SEQ ID NO：22所示的核苷酸序列的第148位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP23位于SEQ ID NO：23所示的核苷酸序列的第113位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；所述SNP24位于SEQ ID NO：24所示的核苷酸序列的第112位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；所述SNP25位于SEQ ID NO：25所示的核苷酸序列的第124位，此处核苷酸分子的碱基为G或C；所述SNP26位于SEQ ID NO：26所示的核苷酸序列的第92位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP27位于SEQ ID NO：27所示的核苷酸序列的第419位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；所述SNP28位于SEQ ID NO：28所示的核苷酸序列的108位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；所述SNP29位于SEQ ID NO：29所示的核苷酸序列的第246位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；所述SNP30位于SEQ ID NO：30所示的核苷酸序列的第129位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；所述SNP31位于SEQ ID NO：31所示的核苷酸序列的第138位，此处核苷酸分子的碱基为G或A；所述SNP32位于SEQ ID NO：32所示的核苷酸序列的第121位，此处核苷酸分子的碱基为T或A；所述SNP33位于SEQ ID NO：33所示的核苷酸序列的第271位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；所述SNP34位于SEQ ID NO：34所示的核苷酸序列的第361位，此处核苷酸分子的碱基为T或C；所述SNP35位于SEQ ID NO：35所示的核苷酸序列的第159位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP36位于SEQ ID NO：36所示的核苷酸序列的第199位，此处核苷酸分子的碱基为C或T；所述SNP37位于SEQ ID NO：37所示的核苷酸序列的第459位，此处核苷酸分子的碱基为
T或C；所述SNP38位于SEQ ID NO：38所示的核苷酸序列的第122位，此处核苷酸分子的碱基为A或G；所述SNP39位于SEQ ID NO：39所示的核苷酸序列的第398位，此处核苷酸分子的碱基为T或G；所述SNP40位于SEQ ID NO：40所示的核苷酸序列的第306位，此处核苷酸分子的碱基为T或C。2.一种SNP标记在近交系大鼠品系鉴定中的应用，其特征在于，所述大鼠品系选自BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY；当大鼠样本的品系类型已知时，所述大鼠品系为BN时，所述SNP位点选自权利要求1所述的SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点；所述大鼠品系为F344时，所述SNP位点选自权利要求1所述的SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点；所述大鼠品系为GK时，所述SNP位点选自权利要求1所述的SNP4、SNP19中的至少一个位点；所述大鼠品系为LEW时，所述SNP位点选自权利要求1所述的SNP10、SNP28中的至少一个位点；所述大鼠品系为SHR时，所述SNP位点选自权利要求1所述的SNP13；所述大鼠品系为WKY时，所述SNP位点包括权利要求1所述的SNP2位点与SNP10、SNP28中的至少一个位点的组合；或SNP3位点与SNP13的组合；或SNP31位点与SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点的组合；或SNP33与SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点的组合；或SNP34与SNP4、SNP19中的至少一个位点的组合；当大鼠样本的品系类型未知时，所述SNP标记包括6个SNP位点，分别为：权利要求1所述的SNP21、SNP36、SNP38、SNP39中的至少一个位点；和权利要求1所述的SNP1、SNP15、SNP18中的至少一个位点，和权利要求1所述的SNP4、SNP19的至少一个位点，和权利要求1所述的SNP10、SNP28中的至少一个位点，和权利要求1所述的SNP13位点，和权利要求1所述的SNP2、SNP3、SNP31、SNP33、SNP34中的至少一个位点。3.一种SNP标记在制备试剂盒或检测方法中的应用，其特征在于，所述试剂盒或检测方法用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定；所述SNP标记包括40个SNP位点，分别为权利要求1所述的SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6、SNP7、SNP8、SNP9、SNP10、SNP11、SNP12、SNP13、SNP14、SNP15、SNP16、SNP17、SNP18、SNP19、SNP20、SNP21、SNP22、SNP23、SNP24、SNP25、SNP26、SNP27、SNP28、SNP29、SNP30、SNP31、SNP32、SNP33、SNP34、SNP35、SNP36、SNP37、SNP38、SNP39、SNP40；所述大鼠品系选自BN、F344、GK、LEW、SHR、和WKY。4.一种用于扩增权利要求1所述的SNP标记的引物序列，其特征在于，所述引物序列用于近交系大鼠遗传质量检测和/或近交系大鼠品系鉴定；所述引物序列选自引物序列SNP1、引物序列SNP2、引物序列SNP3、引物序列SNP4、引物序列SNP5、引物序列SNP6、引物序列
SNP7、引物序列SNP8、引物序列SNP9、引物序列SNP10、引物序列SNP11、引物序列SNP12、引物序列SNP13、引物序列SNP14、引物序列SNP15、引物序列SNP16、引物序列SNP17、引物序列SNP18、引物序列SNP19、引物序列SNP20、引物序列SNP21、引物序列SNP22、引物序列SNP23、引物序列SNP24、引物序列SNP25、引物序列SNP26、引物序列SNP27、引物序列SNP28、引物序列SNP29、引物序列SNP30、引物序列SNP31、引物序列SNP32、引物序列SNP33、引物序列SNP34、引物序列SNP35、引物序列SNP36、引物序列SNP37、引物序列SNP38、引物序列SNP39、引物序列SNP40；所述大鼠品系为选自BN、F344、GK、LEW、SHR和WKY。5.根据权利要求5所述的引物序列，其特征在于，所述引物序列SNP1中，引物序列SNP1
‑
F为5'
‑
CATGCCTGGAAAAAGGCTGT
‑
3'，引物序列SNP1
‑
R为5'
‑
CCCCAAGTGATCGAGAGGAC
‑
3'；和/或，所述引物序列SNP2中，引物序列SNP2
‑
F为5
’‑
ACAAAAAGTCGCACCTCGGA
‑3’
，引物序列SNP2
‑
R为5
’‑
TGGAGCGACACTGACTAGGA
‑3’
；和/或，所述引物序列SNP3中，引物序列SNP3
‑
F为5'
‑
TAAGACTGACCTTGGCGTGC
‑
3'，引物序列SNP3
‑
R为5'
‑
GACCTCCTCTGGCTGACAAC
‑
3'；和/或，所述引物序列SNP4中，引物序列SNP4
‑
F为5
’‑
ACAGTCAGCATGTAAGCCCC
‑3’
，引物序列SNP4
‑
R为5
’‑
AGCTATCCAACAGAAACCCCT
‑3’
；和/或，所述引物序列SNP5中，引物序列SNP5
‑
F为5'
‑
AAGCGGGCATGCTATCACTT
‑
3'，引物序列SNP5
‑
R为5'
‑
AGTAAATCACCACAGCGGCA
‑
3'；和/或，所述引物序列SNP6中，引物序列SNP6
‑
F为5'
‑
TTAAGGCGACTCCTGTCTGC
‑
3'，引物序列SNP6
‑
R为5'
‑
CACCATTTGGCAAGGCACAG
‑
3'；和/或，所述引物序列SNP7中，引物序列SNP7
‑
F为5'
‑
TGCATTAGTCACCTCGTCCC
‑
3'，引物序列SNP7
‑
R为5'
‑
AAGACACGATGCACACCACT
‑
3'；和/或，所述引物序列SNP8中，引物序列SNP8
‑
F为5
’‑
GCTGCTAAAGTGAGAAGACGC
‑3’
，引物序列SNP8
‑
R为5
’‑
TTTGATGGGTGGCAGAGACC
‑3’
；和/或，所述引物序列SNP9中，引物序列SNP9
‑
F为5'
‑
AGTCATGGGGTGGCCCTAA
‑
3'，引物序列SNP9
‑
R为5'
‑
ACCACAGCAGCTTGCTTAGAA
‑
3'；和/或，所述引物序列SNP10中，引物序列SNP10
‑
F为5'
‑
CACCCAGAGAGAGTGCCAAT
‑
3'，引物序列SNP10
‑
R为5'

【专利技术属性】
技术研发人员：张晓晴，王妍，陈红，谢飞，
申请(专利权)人：斯贝福北京生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：