基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法及其筛选的多核苷酸技术

本公开属于生物信息学和生物工程技术领域，具体涉及一种基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法，基于该方法筛选得到的多核苷酸，包含多核苷酸的环状核酸分子、环化前体核酸分子、重组核酸分子、重组表达载体、重组宿主细胞及用途。本公开通过比较所有样本序列与待预测序列的莱文斯坦距离的均值，可高效准确地判断待预测序列中是否存在IRES，具有效率高、筛选结果准确的优势；且通过本公开提供的IRES预测方法筛选到的IRES活性高，为环状核酸分子在制备蛋白、作为疫苗、生产治疗性蛋白或作为基因治疗手段等方面的应用提供了丰富的翻译起始元件。手段等方面的应用提供了丰富的翻译起始元件。手段等方面的应用提供了丰富的翻译起始元件。

【技术实现步骤摘要】
基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法及其筛选的多核苷酸


[0001]本公开属于生物信息学和生物工程
，具体来说，本公开涉及一种多核苷酸在起始环状核酸分子的翻译中的用途，具有起始环状核酸分子的翻译活性的多核苷酸，包含多核苷酸的环状核酸分子、环化前体核酸分子、重组核酸分子、重组表达载体、重组宿主细胞及用途。

技术介绍

[0002]信使核糖核酸(messenger Ribonucleic Acid，mRNA)是由DNA转录而来，并为下一步蛋白质的翻译提供所需的遗传信息。当编码抗原蛋白的mRNA被注射进人体后，能够在体内合成抗原蛋白，从而诱导强烈的细胞免疫与体液免疫反应，并表现出自身免疫佐剂的特点，是一种绝佳的疫苗手段。此外，mRNA作为疫苗或产生治疗性蛋白还存在其他诸多优势，例如，与DNA载体相比，mRNA在细胞内瞬时表达，不存在整合到基因组的风险，且不依赖于细胞周期，因而具有更高的安全性；与病毒载体相比，mRNA不存在载体本身带来的免疫抵抗，因此蛋白表达更容易实现；与重组蛋白、病毒等相比，mRNA的生产过程为无细胞体系，仅涉及体外的酶催化反应，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法，其包括如下步骤：(1)选取n条含有IRES的序列作为样本序列；其中，n≥1且n为自然数；(2)将所述样本序列和待预测序列分别进行One
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Hot编码，分类变量为A、T、C、G；(3)遍历所述样本序列，计算每条样本序列与所述待预测序列的莱文斯坦距离；(4)计算所有样本序列与所述待预测序列的莱文斯坦距离的均值；(5)基于所述均值判断所述待预测序列是否包含IRES。2.根据权利要求1所述的基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法，其中，所述步骤(5)中，如果均值不小于设置的预测阈值，则判断所述待预测序列包含IRES，否则判断所述待预测序列为不包含IRES。3.根据权利要求2所述的基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法，其中，所述预测阈值不小于0.5；优选地，所述预测阈值为0.75。4.根据权利要求1
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3任一项所述的基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法，其中，所述方法还包括如下步骤：对判断为包含IRES的待预测序列进行实验验证，以验证所述待预测序列的IRES活性。5.根据权利要求4所述的基于莱文斯坦距离筛选IRES的方法，其中，所述实验验证的步骤包括：使用判断为包含IRES的待预测序列构建环状核酸分子，所述环状核酸分子中，所述待预测序列与编码荧光蛋白的核苷酸序列可操作地连接；获取所述环状核酸分子释放的荧光信号，根据所述荧光信号判断所述待预测序列的IRES活性。6.一种多核苷酸，其中，所述多核苷酸选自如下(i)
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(iv)组成的组中的至少一项：(i)包含如SEQ ID NO:1、2、3、4、9、10、11、13、14、15、17、18、19、20、25、26、27、28、41、42、45、46、51、56、59、72、79、91、98、101、104、106、107、110、115、116、117、118、119、122、123、125、127、129、130、135、139、165、179、180、183、186、188、198、200、215、216、217、218、219、220、221、222、223、225、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、239、240、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、273、274、275、276、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、289、291、293、294、296、298、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、314、315、317、318、319、321、322、323、324、326、329、331、332、333、334、335、336、348、385、387、389、392、393、394、395、406、436、438、439、441、445、457、460、496、504、507、509、511、514、534任一序列所示的核苷酸序列；(ii)如(i)所示的任一核苷...

【专利技术属性】
技术研发人员：侯强波，朱佳凤，仇宗浩，左炽健，孙振华，
申请(专利权)人：苏州科锐迈德生物医药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：