检测HIVK103N突变的成套试剂与试剂盒制造技术

本发明专利技术公开了检测HIV K103N突变的成套试剂与试剂盒。本发明专利技术公开的检测HIV K103N突变的成套试剂包括RT

【技术实现步骤摘要】
检测HIV K103N突变的成套试剂与试剂盒


[0001]本专利技术涉及生物医学领域中，检测HIV K103N突变的成套试剂与试剂盒。

技术介绍

[0002]人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus，HIV)在感染机体后，引起机体免疫功能缺陷损伤的一类综合性疾病即获得性免疫缺陷综合征(Acquired Immune Deficiency Syndrome，AIDS)。目前，全球艾滋病患者约有3800万人，目前艾滋病尚未有根治的方法和有效的疫苗，因此艾滋病的防治工作主要是控制艾滋病的传播，以预防为主，普及艾滋病的检测，早发现、早治疗。艾滋病病毒已是全球重大公共卫生问题。
[0003]目前，对于艾滋病患者的策略，主要是高效联合抗病毒治疗(Highly Active Anti
‑
Retroviral Therapy，HAART)的方式。但由于艾滋病病毒基因的易变性和药物的选择压力，耐药情况日益加重，一个艾滋病病毒非核苷类逆转录病毒抑制剂耐药突变K103N，该突变位于pol区的K103，该位点由AAA突变为AAC或AAT，耐药突变K103N是非核苷类逆转录病毒抑制剂高频耐药位点。艾滋病病毒耐药情况的日益加重，对HAART治疗提出了挑战。因此，在对HIV患者制定治疗方案和定期检查治疗效果时，都需要对HIV患者进行耐药检测。目前，HIV耐药检测主要通过直接基因测序法，分析基因序列检测耐药情况，基因测序需要富集白细胞或是血浆来提取核酸，再进行巢式PCR，PCR产物纯化后送公司测序，高通量深度测序具有通量大、敏感性高、可检出低频突变位点，但成本较高，耗时较长，需要专业人员和特殊仪器。
[0004]2017年4月，美国研究人员建立了一种灵敏度达到埃摩级(单拷贝)，特异性达到单碱基的核酸检测技术——基于CRISPR
‑
Cas13a的核酸检测平台SHERLOCK(Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing)，利用Leptotrichia wadei Cas13a蛋白(LwCas13a)的非特异剪切活性，结合可以高效扩增目的片段的重组聚合酶扩增技术(Recombinase Polymerase Amplification，RPA)，实现了对痕量核酸快速、廉价、高灵敏的检测。研究表明，Cas13a可用于生物样本(血液或尿液)中寨卡以及登革热病毒的鉴定，并进一步区分非洲毒株和美洲毒株的基因序列，还可用于鉴定细菌的特定类型、人体内游离的突变肿瘤DNA。以上均表明该技术在核酸检测中巨大应用前景。

技术实现思路

[0005]本专利技术所要解决的技术问题是如何检测HIV是否含有K103N突变。
[0006]为解决上述技术问题，本专利技术首先提供了一种成套试剂，所述成套试剂，包括RT
‑
RAA扩增引物对和crRNA；
[0007]所述RT
‑
RAA扩增引物对由序列表中序列7和8所示的两条单链DNA组成；
[0008]所述crRNA的靶序列为HIV基因组中的序列表中序列4的第39
‑
66位、序列5的第39
‑
66位或序列6的第39
‑
66位。
[0009]上述成套试剂中，所述crRNA的序列可为序列表中序列1、序列2或序列3所示的RNA
分子。
[0010]上述成套试剂还可包括Cas13a蛋白。
[0011]上述成套试剂可具有如下任一应用：
[0012]X1、检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变；
[0013]X2、检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变；
[0014]X3、检测或辅助检测HIV是否含有耐药基因；
[0015]X4、检测或辅助检测待测样本是否含有K103N突变HIV；
[0016]X5、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药突变HIV；
[0017]X6、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药基因HIV；
[0018]X7、制备检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变产品；
[0019]X8、制备检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变产品；
[0020]X9、制备检测或辅助检测HIV是否含有耐药基因产品；
[0021]X10、制备检测或辅助检测待测样本是否含有K103N突变HIV产品；
[0022]X11、制备检测或辅助检测待测样本是否含有耐药突变HIV产品；
[0023]X12、制备检测或辅助检测待测样本是否含有耐药基因HIV产品。
[0024]所述成套试剂可由所述RT
‑
RAA扩增引物对和所述crRNA组成，还可由所述RT
‑
RAA扩增引物对、所述crRNA与Cas13a蛋白组成。
[0025]所述待测样本可为血液样本、尿液、器官(如肝、脾、肾等)组织样本、细胞等。
[0026]本专利技术还提供了一种试剂盒，所述试剂盒包括所述成套试剂。
[0027]上述试剂盒还可包括用于特异性扩增艾滋病病毒靶点序列的其他试剂和/或用于检测所述RT
‑
RAA扩增引物的扩增产物的其他试剂。
[0028]所述用于特异性扩增艾滋病病毒靶点序列的其他试剂可为RT
‑
RAA扩增所需试剂，如RT
‑
RAA扩增试剂盒(杭州众测生物科技有限公司产品，货号82831002)中试剂。
[0029]所述用于检测所述RT
‑
RAA扩增引物的扩增产物的其他试剂可为LwCas13a蛋白、NTP Mix、T7 RNA聚合酶、RNA酶抑制剂、MgCl2溶液、HEPES缓冲液和/或报告RNA，所述报告RNA由20个U组成，其5
’
端标记有荧光基团，3
’
端标记有生物素。
[0030]上述试剂盒具有如下任一用途：
[0031]X1、检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变；
[0032]X2、检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变；
[0033]X3、检测或辅助检测HIV是否含有耐药基因；
[0034]X4、检测或辅助检测待测样本是否含有K103N突变HIV；
[0035]X5、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药突变HIV；
[0036]X6、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药基因HIV；
[0037]X7、制备检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变产品；
[0038]X8、制备检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变产品；
[0039]X9、制备检测或辅助检测HIV是否含有耐药基因产品；
[0040]X10、制备检测或辅助检测待测样本是否含有K103N突变HIV产品；
[0041]X11、制备检测或辅助检测待测样本是否含有耐药突变HIV产品；
[本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.成套试剂，包括RT
‑
RAA扩增引物对和crRNA；所述RT
‑
RAA扩增引物对由序列表中序列7和8所示的两条单链DNA组成；所述crRNA的靶序列为HIV基因组中的序列表中序列4的第39
‑
66位、序列5的第39
‑
66位或序列6的第39
‑
66位。2.根据权利要求1所述的成套试剂，其特征在于：所述crRNA的序列为序列表中序列1、序列2或序列3所示的RNA分子。3.根据权利要求2所述的成套试剂，其特征在于：所述成套试剂还包括Cas13a蛋白。4.根据权利要求1
‑
3中任一所述的成套试剂，其特征在于：所述成套试剂具有如下任一应用：X1、检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变；X2、检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变；X3、检测或辅助检测HIV是否含有耐药基因；X4、检测或辅助检测待测样本是否含有K103N突变HIV；X5、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药突变HIV；X6、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药基因HIV；X7、制备检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变产品；X8、制备检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变产品；X9、制备检测或辅助检测HIV是否含有耐药基因产品；X10、制备检测或辅助检测待测样本是否含有K103N突变HIV产品；X11、制备检测或辅助检测待测样本是否含有耐药突变HIV产品；X12、制备检测或辅助检测待测样本是否含有耐药基因HIV产品。5.一种试剂盒，包括权利要求1
‑
3中任一所述成套试剂。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括用于特异性扩增艾滋病病毒靶点序列的其他试剂和/或用于检测所述RT
‑
RAA扩增引物的扩增产物的其他试剂。7.根据权利要求5或6所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒具有如下任一用途：X1、检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变；X2、检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变；X3、检测或辅助检测HIV是否含有耐药基因；X4、检测或辅助检测待测样本是否含有K103N突变HIV；X5、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药突变HIV；X6、检测或辅助检测待测样本是否含有耐药基因HIV；X7、制备检测或辅助检测HIV是否含有K103N突变产品；X8、制备检测或辅助检测HIV是否含有耐药突变产品；X9、制备检测或辅助检测HIV是...

【专利技术属性】
技术研发人员：粟斌，姜太一，寇志华，吴昊，张彤，李小辉，刘利锋，李浩，孙岩松，韩尧，
申请(专利权)人：首都医科大学附属北京佑安医院，
类型：发明
国别省市：