小麦冠层温度相关SNP位点及其在辅助筛选不同冠层温度小麦中的应用制造技术

本发明专利技术公开了小麦冠层温度相关SNP位点及其在辅助筛选不同冠层温度小麦中的应用，所述SNP位点位于SEQ ID NO.1所示序列自5

【技术实现步骤摘要】
小麦冠层温度相关SNP位点及其在辅助筛选不同冠层温度小麦中的应用


[0001]本专利技术属于分子生物学
，尤其涉及一种与小麦冠层温度相关的SNP位点、其检测试剂盒、检测引物及相关应用。

技术介绍

[0002]小麦(Triticum aestivum L.)是我国最主要的粮食作物之一。提升小麦单产是满足粮食需求不断提高的重要方式，同时也是保证粮食安全的战略目标。冠层温度对于提高小麦产量极其重要，在开花前冠层温度升高、开花后冠层温度降低均可提高小麦产量。另外冠层温度还是分析根系发育的一个重要指标，可以衡量根系在缺水条件下取水的能力，对于小麦适应干旱条件具有重要意义。目前，研究者已经定位了一些调控冠层温度的QTL：Dion Bennett等鉴定到位于染色体3B的1个冠层温度QTL。尽管已经定位了一些的与小麦冠层温度相关的QTL，但由于绝大多数QTL的表型贡献率较小，且在不同年际及环境间重复性差，所以这些QTL难以应用于小麦冠层温度的遗传改良。
[0003]CAPS标记又称为PCR
‑
RFLP(限制性片段长度多态性聚合酶链反应)，是一类以PCR为基础的共显性分子标记，揭示的是特异PCR片段的限制性长度变异信息，其基本原理是用PCR扩增目的DNA，扩增产物再用特异性内切酶消化切割成不同大小片段，直接在凝胶电泳上分辨。不同等位基因的限制性酶切位点分布不同，产生不同长度的DNA片段条带。优点是避免了RFLP分析中繁琐的转移、杂交步骤，又能保持RFLP分析的精确度。然而，SNP恰好位于限制性酶切位点的情况比较少，因此，提出了dCAPS标记，即在CAPS标记的基础上通过在扩增引物中引入错配碱基，结合SNP位点引入新的限制性内切酶作用位点，产生和CAPS标记类似的多态性。
[0004]可见，对于小麦冠层温度相关SNP位点的开发和应用具有重要的科研和实用价值。

技术实现思路

[0005]本专利技术要解决的技术问题是提供一种与小麦冠层温度性状相关的SNP位点及其应用。
[0006]为解决上述技术问题，本专利技术所采取的技术方案如下。
[0007]用于检测与小麦冠层温度相关的SNP位点的试剂盒，所述SNP位点位于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第891位碱基；所述SNP位点的碱基为A或G，基因型AA相对于基因型GG具有或潜在具有更高的冠层温度。
[0008]作为本专利技术的一种优选技术方案，所述试剂盒包含由SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3组成的引物对F1、R1，以及由SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5组成的引物对F2、R2。
[0009]作为本专利技术的一种优选技术方案，所述试剂盒中还包含至少一种限制性内切酶；所述限制性内切酶为BstXI。
[0010]上述试剂盒的用途，在小麦分子标记辅助育种中用于在分子育种早期区分和/或
筛选待测小麦的冠层温度表型。
[0011]鉴定或辅助鉴定小麦冠层温度的方法，首先以待测小麦的基因组DNA为模板，采用由SEQ IDNO.2、SEQ ID NO.3组成的引物对F1、R1进行PCR扩增，得到PCR扩增产物P1；然后以所得PCR扩增产物P1为模板，采用由SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5组成的引物对F2、R2再次进行PCR扩增，得到PCR扩增产物P2；然后将所得PCR扩增产物P2用限制性内切酶BstXI进行酶切得到酶切产物；最后按照如下标准基于所得酶切产物鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度：如果所述酶切产物中只具有103bp的DNA片段，则待测小麦为基因型II；如果所述酶切产物中只具有81bp的DNA片段和22bp的DNA片段，则待测小麦为基因型I；基因型I的小麦的冠层温度＞基因型II的小麦的冠层温度。
[0012]上述鉴定方法的用途，用于小麦的分子标记辅助育种MAS。
[0013]一种用于检测小麦冠层温度的引物组合，包括由SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3组成的引物对F1、R1，以及由SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5组成的引物对F2、R2。
[0014]上述引物组合的用途，用于鉴定或辅助鉴定小麦的冠层温度，以及在分子育种早期区分和/或筛选待测小麦的冠层温度表型。
[0015]采用上述技术方案所产生的有益效果在于：本专利技术公开了一种与小麦冠层温度相关的SNP位点及其应用，冠层温度对于提高小麦产量极其重要，在开花前冠层温度升高、开花后冠层温度降低均可提高小麦产量；另外冠层温度还是分析根系发育的一个重要指标，可以衡量根系在缺水条件下取水的能力，对于小麦适应干旱条件具有重要意义。经过试验验证，采用本专利技术所提供的方法检测待测小麦基于TaNUP85
‑
3A基因的基因型，可以筛选或辅助筛选小麦冠层温度性状。本专利技术开发的小麦冠层温度相关SNP位点在小麦分子标记辅助育种等诸多领域均具有重要的科研和实用价值。
附图说明
[0016]图1为利用F1、R1对自然群体中23个品种小麦TaNUP85
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3A基因扩增得到的电泳图；图中展示的是对照和23个品种小麦的检测结果，1
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23的品种依次为衡麦2号、衡水6404、衡优18、淮麦18、淮麦25、淮沭10号、兰天15号、良星99、洛夫林10号、洛旱11号、洛旱13号、洛旱2号、洛旱3号、洛旱6号、洛旱7号、洛旱8号、洛旱9号、洛麦21、洛麦23、洛农10号、洛阳8628、漯麦8号、漯麦9号。
[0017]图2为自然群体中部分小麦TaNUP85
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3A基因的基因型检测电泳图；图中展示的是对照和23个品种小麦的检测结果，1
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23的品种依次为衡麦2号、衡水6404、衡优18、淮麦18、淮麦25、淮沭10号、兰天15号、良星99、洛夫林10号、洛旱11号、洛旱13号、洛旱2号、洛旱3号、洛旱6号、洛旱7号、洛旱8号、洛旱9号、洛麦21、洛麦23、洛农10号、洛阳8628、漯麦8号、漯麦9号。
[0018]图3为296个小麦品种分别种植于九个环境下，两种基因型的小麦的冠层温度的统计结果示意图；图中：“*”表示P<0.05，“**”表示P<0.01。
具体实施方式
[0019]以下实施例详细说明了本专利技术。本专利技术所使用的各种原料及各项设备均为常规市售产品，均能够通过市场购买直接获得。在本申请说明书中描述的参考“一个实施例”或“一
些实施例”等意味着在本申请的一个或多个实施例中包括结合该实施例描述的特定特征、结构或特点。由此，在本说明书中的不同之处出现的语句“在一个实施例中”、“在一些实施例中”、“在其他一些实施例中”、“在另外一些实施例中”等不是必然都参考相同的实施例，而是意味着“一个或多个但不是所有的实施例”，除非是以其他方式另外特别强调。术语“包括”、“包含”、“具有”及它们的变形都意味着“包括但不限于”，除非是以其他方式另外特别强调。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.用于检测与小麦冠层温度相关的SNP位点的试剂盒，所述SNP位点位于SEQ ID NO.1所示序列自5
’
末端第891位碱基；所述SNP位点的碱基为A或G，基因型AA相对于基因型GG具有或潜在具有更高的冠层温度。2.根据权利要求1所述的用于检测与小麦冠层温度相关的SNP位点的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包含由SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3组成的引物对F1、R1，以及由SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5组成的引物对F2、R2。3.根据权利要求1所述的用于检测与小麦冠层温度相关的SNP位点的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒中还包含至少一种限制性内切酶；所述限制性内切酶为BstXI。4.权利要求1或2或3所述的试剂盒的用途，在小麦分子标记辅助育种中用于在分子育种早期区分和/或筛选待测小麦的冠层温度表型。5.鉴定或辅助鉴定小麦冠层温度的方法，其特征在于：该方法包括如下步骤：A、以待测小麦的基因组DNA为模板，采用由SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3组成的引物对F1、R1进行PCR扩增，得到PCR扩增产物P1；然后以所得PCR扩增产物P1为模板，采用由SEQ ID NO.4、SEQ I...

【专利技术属性】
技术研发人员：郑术芝，鲍菁培，赵伟双，白蛟腾，刘昕烨，
申请(专利权)人：河北师范大学，
类型：发明
国别省市：