与谷子穗粒重性状连锁的分子标记、引物及其用途制造技术

本发明专利技术属于谷子育种技术领域，具体涉及一种与谷子穗粒重性状连锁的分子标记、引物及其用途。该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。本发明专利技术提供的与谷子穗粒重性状连锁的InDel分子标记，能够对谷子穗粒重进行良好分型，并用于谷子穗粒重性状的鉴定及分子标记辅助育种。助育种。助育种。

【技术实现步骤摘要】
与谷子穗粒重性状连锁的分子标记、引物及其用途


[0001]本专利技术属于谷子育种
，具体涉及一种与谷子穗粒重性状连锁的分子标记、引物及其用途。

技术介绍

[0002]谷子具有耗水少、抗旱耐瘠、营养丰富均衡、粮饲兼用等特点，是旱作生态农业绿色发展的主栽作物。谷子作为杂粮作物的代表，在满足人民膳食健康需求以及推动种业科技进步方面发挥着越来越重要的作用。提高谷子产量对促进农民增产增收具有重大意义。穗粒重是构成作物产量的重要农艺性状之一，挖掘谷子穗粒重相关基因及其优异单倍型，对提高谷子产量具有重要意义和应用价值。
[0003]InDel标记是植物中除SNP标记以外的第二大类多态性高的标记，其优点是：开发成本低、分型简单、准确性高、稳定性好、通用性强的检测简单便捷等。目前，InDel标记广泛应用于种质资源分析、遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、种质鉴定、遗传图谱构建、重要农艺性状QTL定位与图位克隆等方面。
[0004]目前，谷子中应用的分子标记，主要包括SSR和基于测序的分子标记等，SSR标记使用方便但报道的数量还非常有限，基于测序的分子标记以SNP为主，利用费用高，因此还有一定应用难度，这对于谷子基因组学的发展需求来说，特别是对于分子标记辅助选择育种，还远远不够。

技术实现思路

[0005]鉴于以上技术问题，本专利技术提供以下技术方案：
[0006]本专利技术第一方面，提供一种与谷子穗粒重性状连锁的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
[0007]本专利技术第二方面，提供一种扩增所述分子标记的引物，所述引物为InDel
‑
20F和InDel
‑
20R，引物序列为：
[0008]InDel
‑
20F：5
′‑
CGACAATTCCCTTGTCAACT
‑3′
；
[0009]InDel
‑
20R：5
′‑
ACGCAGGCTTCTTTTCATAG
‑3′
。
[0010]本专利技术第三方面，提供一种用于检测所述分子标记的试剂盒，包括所述引物。
[0011]本专利技术第四方面，提供一种所述分子标记或所述引物或所述试剂盒在谷子穗粒重性状选育中的应用。
[0012]本专利技术第五方面，提供一种所述分子标记或所述引物或所述试剂盒在鉴定谷子穗粒重性状中的应用。
[0013]本专利技术第六方面，提供一种谷子穗粒重性状选育的方法，包括以下步骤：
[0014]以母本“矮宁黄”和父本“晋谷21号”杂交产生的后代群体的基因组DNA为模板，以权利要求2所述引物进行PCR扩增；
[0015]当扩增带型与母本矮宁黄一致时，该株系表现为穗粒重值小，当扩增带型与父本
晋谷21号一致时，该株系表现为穗粒重值大，当扩增带型表现为杂合带型时，该株系表现为穗粒重趋于中间值。
[0016]优选地，PCR扩增反应体系为10μL，包括：1.0μL10
×
PCRbuffer，2.0μL浓度为2μmol
·
L
‑1双向引物，0.8μL浓度为2.5mmol
·
L
‑1dNTP，0.1μLTaqDNA聚合酶，1.0μL浓度为50ng
·
μL
‑1模板gDNA，灭菌水5.1μL。
[0017]优选地，PCR反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环；72℃终延伸5min。
[0018]对比现有技术，本专利技术的有益效果为：
[0019]本专利技术提供的与谷子穗粒重性状连锁的InDel分子标记及其扩增引物，能够对谷子穗粒重进行良好分型，根据多态性差异，能够用于谷子穗粒重性状的分子标记辅助育种，为实现谷子穗粒重性状的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持，对于加快高产谷子品种的遗传选育具有重要的理论和实践指导意义。
附图说明
[0020]图1是高密度遗传图谱；
[0021]图2是InDel
‑
20在亲本矮宁黄及晋谷21号和部分重组自交系单株中扩增后聚丙烯酰胺凝胶电泳结果；1～11，部分重组自交系单株；P1，矮宁黄；P2，晋谷21号；
[0022]图3是穗粒重与标记分型的分析。
具体实施方式
[0023]为能清楚说明本方案的技术特点，下面通过具体实施方式，结合附图，对本专利技术进行详细阐述。本专利技术的范围并不限于下述实施例。本领域的专业人员能够理解，在不背离本专利技术的精神和范围的前提下，可以对本专利技术进行各种变化和修饰。
[0024]下述实施例中所涉及的仪器、试剂、材料等，若无特别说明，均为现有技术中已有的常规仪器、试剂、材料等，可通过正规商业途径获得。下述实施例中所涉及的实验方法，检测方法等，若无特别说明，均为现有技术中已有的常规实验方法，检测方法等。
[0025]实施例1
[0026]与谷子穗粒重性状相关的QTL、分子标记的获得
[0027]1、遗传群体的构建
[0028]矮宁黄和晋谷21号在谷子主要农艺性状(株高、穗长、穗粒重、分蘖)具有显著差异。2013年，以矮宁黄为母本、晋谷21号为父本进行杂交，2014年获得F1杂交种，以单粒传法自交繁殖，2019年为F6代，包括200个株系，种植于山西农业大学谷子研究所试验田，行长4米，行距0.33米，双亲和200个株系都采用双行种植，田间试验中的栽培管理措施同当地大田管理一致。
[0029]2、高密度遗传图谱的构建
[0030]在苗期，从200个株系中随机选取127个株系，采集新出叶片，液氮速冻后置于
‑
80℃超低温冰箱备用。
[0031]2.1、DNA提取
[0032]用CTAB法分别提取父母本及127个株系的基因组DNA，具体方法如下：
[0033](1)称取1.0g新鲜叶片，剪碎放入研钵，用液氮研磨后加入750μL1.5
×
CTAB，研磨成匀浆转入2mL的离心管中，再转入离心管中，混匀后于65℃水浴45min，期间不时缓慢摇匀。
[0034]其中1.5
×
CTAB配方如下(1L)：15g的CTAB、75mL的1mol/LTris.Cl(pH为8.0)、30mL的0.5mol/LEDTA、61.4g的NaCl，加去离子水定容至1L，使用前加入2ml的巯基乙醇，使巯基乙醇的终浓度为0.2ml/100ml。
[0035](2)待冷却至室温，加入等体积氯仿/异戊醇(氯仿与异戊醇的体积比24:1)，轻轻混匀，至下层液变为深绿色。
[0036](3)12000rpm离心10min，将上层水相移到新的1.5mL离心管，加2倍体积预冷的无水乙醇，混合静止5min。于
‑
20℃放置30min沉淀DNA。
[0037](4本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与谷子穗粒重性状连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。2.一种扩增权利要求1所述分子标记的引物，其特征在于，所述引物为InDel
‑
20F和InDel
‑
20R，引物序列为：InDel
‑
20F：5
′‑
CGACAATTCCCTTGTCAACT
‑3′
；InDel
‑
20R：5
′‑
ACGCAGGCTTCTTTTCATAG
‑3′
。3.一种用于检测权利要求2所述分子标记的试剂盒，其特征在于，包括权利要求2所述引物。4.一种权利要求1所述分子标记或权利要求2所述引物或权利要求3所述试剂盒在谷子穗粒重性状选育中的应用。5.一种权利要求1所述分子标记或权利要求2所述引物或权利要求3所述试剂盒在鉴定谷子穗粒重性状中的用途。6.一种谷子穗粒重性状选育的方法，其特征在于，包...

【专利技术属性】
技术研发人员：王军，杜晓芬，王智兰，韩康妮，连世超，李禹欣，张林义，
申请(专利权)人：山西农业大学谷子研究所山西省农业科学院谷子研究所，
类型：发明
国别省市：