用于预测多肽免疫原性的基于T细胞的方法技术

本公开的主题提供了用于确定组合物，例如，包含抗体或其片段的组合物，引发产生抗药物抗体(ADA)的倾向的方法，以及用于执行此类方法的试剂盒。方法的试剂盒。方法的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于预测多肽免疫原性的基于T细胞的方法
[0001]相关专利申请的交叉引用
[0002]本申请要求于2020年8月7日提交的美国临时申请第63/062,991号和2021年6月25日提交的美国临时申请第63/215，199号的优先权，这些临时申请中的每一者的内容通过引用整体并入，并且要求对其每一者的优先权。


[0003]本公开涉及用于确定组合物引发产生抗药物抗体(ADA)的倾向的方法以及用于执行此类方法的试剂盒。

技术介绍

[0004]治疗剂(例如抗体)极大地改善了越来越多的严重和难治性疾病的治疗。不幸的是，当将此类治疗剂施用于患者时，可能会引发抗药物抗体(ADA)的产生。ADA可以对治疗剂具有中和作用。这些中和作用可包括限制治疗剂的活性、增加治疗剂的清除率以及可归因于施用治疗剂的总体临床缓解的潜在降低。在某些情况下，ADA的产生也与患者严重不良事件的发生同时发生，包括超敏反应和过敏反应。
[0005]在药物开发的临床前阶段了解治疗剂的免疫原性能够提高治疗剂在随后的临床阶段成功的可能性。虽然通常使用计算机(in silico)工具预测免疫原性表位，但已经开发出几种基于细胞的技术来确定临床前治疗候选物的免疫原性潜力。其中一种技术称为主要组织相容性复合物(MHC)II类相关的肽蛋白质组学(MAPP)。MAPP参与一群抗原呈递细胞(APC)(例如树突状细胞)与目标治疗剂(例如基于多肽的治疗剂)的孵育。APC将内化治疗剂并将其加工成短肽。肽被加载到MHC II类分子上并呈递在APC的表面上。通过液相色谱质谱(LC/MS)对这些MHC
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肽复合物进行免疫沉淀和分析，可以识别治疗剂中潜在的免疫原性表位。用于确定临床前治疗候选物的免疫原性潜力的另一种技术是T细胞增殖测定，其涉及与APC(例如，树突状细胞，已与基于多肽的目标治疗剂一起孵育)共培养后检测T细胞增殖。然而，这些技术是劳动密集型的、耗时的并且需要大量的高成本设备。因此，在本领域中需要一种更具时效性和成本效益的、用于确定治疗剂(例如，基于多肽的治疗剂)引发产生ADA的倾向的方法来确定治疗剂(例如，一种基于多肽的治疗剂)引发ADA的产生的倾向。

技术实现思路

[0006]本公开提供了用于确定组合物相对于参考倾向引发产生对该组合物具有特异性的抗体的倾向的方法。在某些实施例中，本公开的方法可以包括(a)在存在该组合物的情况下培养淋巴细胞以产生受刺激的淋巴细胞；(b)在不存在该组合物的情况下培养淋巴细胞以产生未受刺激的淋巴细胞；(c)确定是CD4+并且表达以下项的受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(d)确定是CD4+并且表达以下项的未受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；以及(e)计算刺激指数值。在某些实施例中，当(e)中的刺激指数值大于或等于参考刺激指数值时，则组合物具
有较大的倾向引发对所述组合物具有特异性的抗体。在某些实施例中，当(e)中的刺激指数值小于参考刺激指数值时，则所述组合物具有较小的倾向引发对所述组合物具有特异性的抗体。在某些实施例中，刺激指数值可以通过以下方式确定：(i)将在(c)中确定的受刺激的淋巴细胞的百分比除以在(d)中确定的未受刺激的淋巴细胞的百分比，(ii)异常值总和分析和/或(iii)线性回归。在某些实施例中，淋巴细胞从单一供体获得的。在某些实施例中，淋巴细胞是从约20个供体至约50个供体获得，例如，从约35个至约45个供体。在某些实施例中，淋巴细胞是从至少约20个供体、至少约25个供体、至少约30个供体、至少约35个供体、至少约40个供体或至少约45个供体获得的。
[0007]在某些实施例中，用于确定组合物引发产生对该组合物具有特异性的抗体的倾向的方法包括(a)在存在组合物的情况下分别培养来自个体供体的淋巴细胞以产生受刺激的淋巴细胞；(b)在不存在组合物的情况下分别培养来自个体供体的淋巴细胞以产生未受刺激的淋巴细胞；(c)确定是CD4+并且表达以下项的来自个体供体的受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(d)确定是CD4+并且表达以下项的来自个体供体的；或(iii)未受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(e)计算供体中的每一个的刺激指数值；并且(f)在供体的刺激指数值大于或等于参考值刺激指数值的情况下，计算反应性淋巴细胞供体的数量；并且在供体的刺激指数值小于参考刺激指数值的情况下，计算未受刺激的淋巴细胞供体的数量。在某些实施例中，刺激指数值可以通过以下方式确定：(i)将在(c)中确定的单个供体的受刺激的淋巴细胞的百分比除以在(d)中确定的该单个供体的未受刺激的淋巴细胞的百分比，(ii)异常值总和分析和/或(iii)线性回归。在某些实施例中，如果受刺激供体的数量大于供体总数量的30％，则组合物具有高倾向引发产生对组合物具有特异性的抗体。在某些实施例中，如果受刺激供体的数量少于供体总数量的20％，则组合物具有低倾向引发产生对该组合物具有特异性的抗体。在某些实施例中，淋巴细胞是从约20个供体至约50个供体获得，例如，从约35个至约45个供体。在某些实施例中，淋巴细胞是从至少约20个供体、至少约25个供体、至少约30个供体、至少约35个供体、至少约40个供体或至少约45个供体获得的。
[0008]在某些实施例中，组合物包含新抗原。在某些实施例中，组合物为肽、多肽或小分子化合物。在某些实施例中，多肽为抗体或其片段，例如，抗体或其片段为人抗体、人源化抗体或嵌合抗体。在某些实施例中，组合物为抗体
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药物缀合物(ADC)。在某些实施例中，抗体或其片段为双特异性抗体。
[0009]本公开进一步提供了用于确定新抗原相对于参考抗原引发对新抗原具有特异性的免疫应答的倾向的方法。例如，但不作为限制，该方法可以包括(a)在存在新抗原的情况下培养淋巴细胞以产生受刺激的淋巴细胞；(b)在不存在新抗原的情况下培养淋巴细胞以产生未受刺激的淋巴细胞；(c)确定是CD4+并且表达以下项的受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(d)确定是CD4+并且表达以下项的未受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；以及(e)计算刺激指数值。在某些实施例中，刺激指数值可以通过(i)将在(c)中确定的受刺激的淋巴细胞的百分比除以在(d)中确定的未受刺激的淋巴细胞的百分比来确定，(ii)异常值总和分析和/或(iii)通过线性回归。在某些实施例中，当(e)中的刺激指数值大于或等于参考刺激指数值时，则新抗原具有较大的倾向引发产生对新抗原具有特异性的免疫应答，并且当(e)中的刺
激指数值小于参考刺激指数值时，则新抗原具有较小的倾向引发产生对新抗原特异性的免疫应答。本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于确定组合物相对于参考倾向引发产生对所述组合物具有特异性的抗体的倾向的方法，其包括：(a)在存在所述组合物的情况下培养淋巴细胞以产生受刺激的淋巴细胞；(b)在不存在所述组合物的情况下培养淋巴细胞以产生未受刺激的淋巴细胞；(c)确定是CD4+并且表达以下项的所述受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(d)确定是CD4+并且表达以下项的所述未受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；以及(e)计算刺激指数值；其中当(e)中的所述刺激指数值大于或等于参考刺激指数值时，则所述组合物具有较大的倾向引发对所述组合物具有特异性的抗体，并且当(e)中的所述刺激指数值小于所述参考刺激指数值时，则所述组合物具有较小的倾向引发对所述组合物具有特异性的抗体。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考刺激指数值为从约1.0至约2.0。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考刺激指数值为约1.6或更大、约1.7或更大、或约1.8或更大。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述刺激指数值通过将在(c)中确定的受刺激的淋巴细胞的所述百分比除以在(d)中确定的未受刺激的淋巴细胞的所述百分比来确定。5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述刺激指数值通过异常值和分析来确定或通过线性回归来确定。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞包含T细胞。7.根据权利要求6所述的方法，其中至少30％的所述淋巴细胞包含T细胞。8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述T细胞包含CD8
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T细胞。9.根据权利要求8所述的方法，其中至少10％的所述T细胞包含CD8
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T细胞。10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞是从单个供体获得的。11.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞是从约20个供体至约50个供体获得的。12.根据权利要求11所述的方法，其中所述淋巴细胞是从约35至约45个供体获得的。13.根据权利要求11所述的方法，其中所述淋巴细胞是从至少约20个供体、至少约25个供体、至少约30个供体、至少约35个供体、至少约40个供体或至少约45个供体获得的。14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中约1x105至约1x107个淋巴细胞与所述组合物一起培养。15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞与约10μg/ul至约1,000μg/ml的所述组合物一起培养。16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述组合物包含肽、多肽或小分子化合物。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述肽或多肽包含新抗原。18.根据权利要求16所述的方法，其中所述多肽为抗体或其片段。19.根据权利要求18所述的方法，其中所述抗体为人抗体、人源化抗体或嵌合抗体。
20.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述组合物为抗体
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药物缀合物(ADC)。21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞与所述组合物一起培养约48小时或更短时间。22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中确定是CD4+并且表达以下项的所述受刺激的或所述未受刺激的淋巴细胞的百分比是通过流式细胞术进行的：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137。23.一种用于确定组合物引发产生对所述组合物具有特异性的抗体的倾向的方法，其包括：(a)在存在所述组合物的情况下分别培养来自个体供体的淋巴细胞以产生受刺激的淋巴细胞；(b)在不存在所述组合物的情况下分别培养来自所述个体供体的淋巴细胞以产生未受刺激的淋巴细胞；(c)确定是CD4+并且表达以下项的来自所述个体供体的所述受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(d)确定是CD4+并且表达以下项的来自所述供体的所述未受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(e)计算所述供体中的每一个的刺激指数值；并且(f)计算其中所述供体的刺激指数值大于或等于参考刺激指数值的反应性淋巴细胞供体的数量，以及其中所述供体的刺激指数值小于所述参考刺激指数值的非反应性淋巴细胞供体的数量；其中如果反应性供体的数量大于供体的总数量的30％，则所述组合物具有高倾向引发产生对所述组合物具有特异性的抗体；并且如果反应性供体的数量小于供体的总数量的20％，则所述组合物具有低倾向引发产生对所述组合物具有特异性的抗体。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述参考刺激指数值为从约1.0至约2.0。25.根据权利要求23所述的方法，其中所述参考刺激指数值为约1.6或更大、约1.7或更大、或约1.8或更大。26.根据权利要求23至25中任一项所述的方法，其中所述刺激指数值通过将在(c)中确定的个体供体的受刺激的淋巴细胞的所述百分比除以在(d)中确定的所述个体供体的未受刺激的淋巴细胞的所述百分比来确定。27.根据权利要求23至25中任一项所述的方法，其中所述刺激指数值通过异常值和分析来确定或通过线性回归来确定。28.根据权利要求23至27中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞包含T细胞。29.根据权利要求28所述的方法，其中至少30％的所述淋巴细胞包含T细胞。30.根据权利要求28或29所述的方法，其中所述T细胞包含CD8
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T细胞。31.根据权利要求30所述的方法，其中至少10％的所述T细胞包含CD8
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T细胞。32.根据权利要求23至31中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞是从约20个供体至约50个供体获得的。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述淋巴细胞是从约35至约45个供体获得的。34.根据权利要求32所述的方法，其中所述淋巴细胞是从至少约20个供体、至少约25个供体、至少约30个供体、至少约35个供体、至少约40个供体或至少约45个供体获得的。35.根据权利要求23至34中任一项所述的方法，其中所述组合物包含肽、多肽或小分子化合物。36.根据权利要求35所述的方法，其中所述多肽为抗体或其片段。37.根据权利要求36所述的方法，其中所述抗体为人抗体、人源化抗体或嵌合抗体。38.根据权利要求35所述的方法，其中所述肽或多肽包含新抗原。39.根据权利要求23至34中任一项所述的方法，其中所述组合物为抗体
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药物缀合物(ADC)。40.根据权利要求23至39中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞与所述组合物一起培养约48小时或更短时间。41.根据权利要求23至40中任一项所述的方法，其中确定是CD4+并且表达以下项的所述受刺激的或所述未受刺激的淋巴细胞的百分比是通过流式细胞术进行的：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137。42.一种用于确定新抗原相对于参考抗原引发对所述新抗原具有特异性的免疫应答的倾向的方法，其包括：(a)在存在所述新抗原的情况下培养淋巴细胞以产生受刺激的淋巴细胞；(b)在不存在所述新抗原的情况下培养淋巴细胞以产生未受刺激的淋巴细胞；(c)确定是CD4+并且表达以下项的所述受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；(d)确定是CD4+并且表达以下项的所述未受刺激的淋巴细胞的百分比：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137；以及(e)计算刺激指数值；其中当(e)中的所述刺激指数值大于或等于参考刺激指数值时，则所述新抗原具有较大的倾向引发对所述新抗原具有特异性的免疫应答，并且当(e)中的所述刺激指数值小于所述参考刺激指数值时，则所述新抗原具有较小的倾向引发对所述新抗原具有特异性的免疫应答。43.根据权利要求42所述的方法，其中所述新抗原存在于与MHC II类分子的复合物中。44.根据权利要求42或43所述的方法，其中所述参考刺激指数值为从约1.0至约2.0。45.根据权利要求42或43所述的方法，其中所述参考刺激指数值为约1.6或更大、约1.7或更大、或约1.8或更大。46.根据权利要求42至45中任一项所述的方法，其中所述刺激指数值通过将在(c)中确定的受刺激的淋巴细胞的所述百分比除以在(d)中确定的未受刺激的淋巴细胞的所述百分比来确定。47.根据权利要求42至45中任一项所述的方法，其中所述刺激指数值通过异常值和分析来确定或通过线性回归来确定。48.根据权利要求42至47中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞包含T细胞。49.根据权利要求48所述的方法，其中至少30％的所述淋巴细胞包含T细胞。
50.根据权利要求48或49所述的方法，其中所述T细胞包含CD8
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T细胞。51.根据权利要求50所述的方法，其中至少10％的所述T细胞包含CD8
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T细胞。52.根据权利要求42至51中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞是从约20个供体至约50个供体获得的。53.根据权利要求52所述的方法，其中所述淋巴细胞是从约35至约45个供体获得的。54.根据权利要求52所述的方法，其中所述淋巴细胞是从至少约20个供体、至少约25个供体、至少约30个供体、至少约35个供体、至少约40个供体或至少约45个供体获得的。55.根据权利要求42至54中任一项所述的方法，其中所述淋巴细胞与所述新抗原一起培养约48小时或更短时间。56.根据权利要求42至55中任一项所述的方法，其中确定是CD4+并且表达以下项的所述受刺激的或所述未受刺激的淋巴细胞的百分比是通过流式细胞术进行的：(i)CD134；(ii)CD137；或(iii)CD134和CD137。57.一种用于执行根据权利要求1至56中任一项所述的方法的试剂盒。58.一种用于确定组合物相对于参考倾向引发产生对所述组合物具有特异性的抗体的倾向的方法，其包括：(a)在存在所述组合物的情况下培养抗原呈递细胞(APC)以产生受刺激的APC；(b)在不存在所述组合物的情况下培养APC以产生未受刺激的APC；(c)将所述受刺激的APC与CD4+淋巴细胞一起以及将所述未受刺激的APC与CD4+淋巴细胞一起分别培养；(...

【专利技术属性】
技术研发人员：钟山，S，
申请(专利权)人：基因泰克公司，
类型：发明
国别省市：