基于转座的疗法制造技术

提供了利用新颖转座酶和/或嵌合转座酶用于靶向转座的基因治疗组合物和方法。于靶向转座的基因治疗组合物和方法。于靶向转座的基因治疗组合物和方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】基于转座的疗法
专利

[0001]本专利技术部分地涉及使用能够转座的酶(例如，工程化转座酶和/或嵌合转座酶)的双重系统以及用于靶向人类基因组安全港位点(GSHS)的转座子。
[0002]优先权
[0003]本申请要求2020年5月4日提交的美国临时专利申请号63/019,709、2020年5月20日提交的美国临时专利申请号63/027,561、2020年7月29日提交的美国临时专利申请号63/058,200以及2021年4月15日提交的美国临时专利申请号63/175,345的优先权和权益，每篇专利申请的全部内容以引用的方式并入本文中。
[0004]以电子方式提交的文本文件的描述
[0005]本申请含有经由EFS
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Web与之一起以电子方式提交的ASCII格式的序列表。2021年5月3日创建的ASCII副本命名为SAL
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003PC_ST25.txt并且大小为182,990字节。序列表以全文引用的方式并入本文中。

技术介绍

[0006]人类基因疗法是一种有前景的方法，它递送用于治疗和减轻各种疾病和疾患，包括遗传性和获得性疾病的基因。基因疗法涉及用健康的基因拷贝替换或补充突变基因(这种基因导致疾病)，使功能不当的突变基因(或任何其它基因)灭活或沉默，或将新基因引入染色体中。安全有效地将基因整合至宿主基因组中的能力对于在人类中进行成功的基因疗法是至关重要的。
[0007]当前，在基因疗法试验中用于永久或瞬时基因转移的最常用载体是基于病毒的。尽管有可能使用病毒载体高效地达成稳定的基因组整合，但多项研究已经显示存在严重的缺点和安全问题。因此，已经显示腺病毒和腺相关病毒(AAV)引发宿主人类反应，这些反应会限制施用或再施用，而逆转录病毒/慢病毒优先将转基因整合至常染色质中，从而增加插入诱变或肿瘤发生的风险。病毒系统的货物大小也受限制，从而限制转基因及其调控元件的大小和数量。病毒载体
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宿主相互作用可以包括免疫原性，并且病毒载体DNA在宿主基因组中的整合可能具有基因毒性作用。此外，由于AAV基因组主要以游离形式存在于受感染细胞的细胞核中，因此它可能在细胞增殖(诸如肝脏生长或其它器官生长)的条件下损失，从而限制治疗功效。因此，病毒载体的局限性，诸如致病性、昂贵的生产和系统不稳定性已经证明是使用基于病毒的系统的主要障碍。事实上，基于病毒的载体的再施用可以促进免疫反应，这些反应可能导致危及生命的全身效应并限制基因转移功效。参见Kay等,Proc Natl Acad Sci U S A 1997；94:4686
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91；Hernandez等,J Virol 1999；73:8549
‑
58。
[0008]非病毒载体(即，基于脂质、基于聚合物、基于脂质聚合物和聚赖氨酸)是用于封装转基因DNA或RNA直至它到达细胞靶标的合成工具。与病毒载体相比，非病毒载体的制备一般更安全，并且降低了致病和免疫并发症的风险。已经通过修饰非病毒载体的表面来设计非病毒载体以用于靶向疗法。参见例如Lestini等,J Control Release 2002；78:235
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47。
[0009]用于非病毒人类基因疗法中的核酸酶也正在评价中。成簇规则间隔短回文重复
(CRISPR)/CRISPR相关(Cas9)和转录激活子样效应子(TALE)核酸酶(TALEN)系统诱导双链DNA断裂(DSB)。DSB增强同源重组以在特定序列处插入转基因，但在未知远程位点处的脱靶DNA分裂会导致意外突变，这需要复杂的基因毒性筛选进行检测。CRISPR系统使用与用户定义的向导RNA(gRNA)复合的Cas9来识别和切割互补序列。TALEN和CRISPR都使用宿主同源定向修复以在所需序列处引入共同递送的供体模板。TALEN和CRISPR方法证明了有效的基因转移，但关于它们的细胞毒性和基因毒性作用的问题仍然是临床应用的重大障碍。此外，使用同源定向修复的基因添加需要复制，由此将核酸酶技术限于分裂组织(即，在诸如中枢神经系统的非分裂系统中无效)。其它基因编辑技术，诸如先导编辑和碱基对编辑，限于校正碱基对或小核苷酸延伸段。这些特征限制了这种技术在体内和体外应用于具有单一常见致病核苷酸变体的疾病。然而，大多数遗传病症在一个或多个基因中具有数百甚至数千个致病核苷酸变体。
[0010]重组酶识别并结合转座子末端的特定序列，介导末端之间的突触相互作用以将它们结合在一起，与靶标DNA相互作用，并且执行作为重组基础的DNA断裂和连接反应。整合酶是能够将DNA(例如，病毒的)整合至另一段DNA(通常是宿主染色体)中的重组酶。
[0011]DNA转座子是使用“剪切和粘贴”机制的移动元件。DNA通过双链分裂从供体分子切下并整合至接受体分子中。在转座酶存在下，转座子从DNA上的一个位置移动至DNA上的第二个位置，所述转座酶是一种结合至转座子末端并催化其移动至宿主中的特定基因组位置的酶。
[0012]基于转座酶的基因疗法的一个主要问题是由于随机整合所致的插入诱变，尽管主要在已知序列(例如，TTAA(SEQ ID NO:1)序列)处，靠近或处于激活癌基因、中断肿瘤抑制基因或破坏正常基因转录的基因座内。因此，虽然非病毒转座子基因治疗方法在治疗患有遗传病症的个体方面具有很大的前景，但挑战在于降低随机插入的风险。
[0013]因此，临床需要改善能够转座的酶，诸如转座酶的安全性，以降低插入诱变和肿瘤发生的风险。

技术实现思路

[0014]因此，本专利技术部分地提供了在疗法中具有特殊用途，但避免现有转座酶的限制的新颖转座酶组合物。
[0015]在一些方面，提供了一种适合用于基因疗法，并且有利地用于具有持久耐用的大有效载荷(例如，转座子)的基因疗法的哺乳动物转座酶。在一些方面，哺乳动物转座酶是已经被设计成具有N端氨基酸取代和C端氨基酸缺失的小棕蝠(Myotis lucifugus)转座酶(MLT转座酶)的工程化型式。在实施方案中，MLT转座酶具有SEQ ID NO:2的氨基酸序列或其变体。在实施方案中，MLT转座酶进一步工程化为具有氨基酸取代以改善活性，例如，在对应于SEQ ID NO:2的位置S8、C13和/或N125处。
[0016]在一些方面，提供了一种包含转座酶(例如，MLT转座酶)或编码转座酶的核酸的组合物，其中所述转座酶包含与SEQ ID NO:2具有至少约80％序列同一性的氨基酸序列，其中所述转座酶在对应于SEQ ID NO:2的位置S2的位置处包含氨基酸取代。
[0017]本专利技术提供了一种基因转移系统或构建体，所述基因转移系统或构建体包含如图1A
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D中或图2中所示的能够通过转座进行基因组整合的单体或头对尾二聚体酶和由向导
RNA(gRNA)编程的DNA结合结构域(DBD)，诸如转录激活子样效应蛋白(TALE)DBD或非活性(dCas9)(称为dCas9/gRNA复合物)。具有融合至能够转座的酶(本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种包含转座酶或编码所述转座酶的核酸的组合物，其中所述转座酶包含与SEQ ID NO:2具有至少约80％序列同一性的氨基酸序列，其中所述转座酶在对应于SEQ ID NO:2的位置S2的位置处包含氨基酸取代。2.如权利要求1所述的组合物，其中所述酶包含与SEQ ID NO:2具有至少约90％同一性的氨基酸序列。3.如权利要求1所述的组合物，其中所述酶包含与SEQ ID NO:2具有至少约93％同一性的氨基酸序列。4.如权利要求1所述的组合物，其中所述酶包含与SEQ ID NO:2具有至少约95％同一性的氨基酸序列。5.如权利要求1所述的组合物，其中所述酶包含与SEQ ID NO:2具有至少约98％同一性的氨基酸序列。6.如权利要求1所述的组合物，其中所述取代是非极性脂肪族氨基酸。7.如权利要求2至5中任一项所述的组合物，其中所述取代是用非极性脂肪族氨基酸进行的。8.如权利要求6所述的组合物，其中所述取代选自G、A、V、L、I和P。9.如权利要求8所述的组合物，其中所述取代是S2A。10.如权利要求1
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9中任一项所述的组合物，其中所述酶相对于SEQ ID NO:2在C端不具有额外的残基。11.如权利要求1
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10中任一项所述的组合物，其中所述酶具有一个或多个赋予高活性的突变。12.如权利要求11所述的组合物，其中所述酶具有一个或多个选自S8X1、C13X2和/或N125X3的氨基酸取代。13.如权利要求12所述的组合物，其中所述酶具有S8X1、C13X2和N125X3取代。14.如权利要求12所述的组合物，其中所述酶具有S8X1和C13X2取代。15.如权利要求12所述的组合物，其中所述酶具有S8X1和N125X3取代。16.如权利要求12所述的组合物，其中所述酶具有C13X2和N125X3取代。17.如权利要求12
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16中任一项所述的组合物，其中X1选自G、A、V、L、I和P，X2选自K、R和H，并且X3选自K、R和H。18.如权利要求17所述的组合物，其中：X1是P，X2是R，和/或X3是K。19.如权利要求1至18中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含所述转座酶。20.如权利要求19所述的组合物，所述组合物还包含转录激活子样效应子(TALE)DNA结合结构域(DBD)或核酸酶缺陷Cas9(dCas9)/gRNA，其中所述酶能够在核酸分子的基因组安全港位点(GSHS)中的TA二核苷酸位点或TTAA(SEQ ID NO:1)四核苷酸位点处插入转座子，并且所述TALE DBD或dCas9/gRNA复合物适合于将所述嵌合酶引导至所述GSHS序列。21.如权利要求20所述的组合物，其中所述酶能够在哺乳动物细胞中的核酸分子的基因组安全港位点(GSHS)中的TA二核苷酸位点或TTAA(SEQ ID NO:1)四核苷酸位点处插入转座子。22.如权利要求19所述的组合物，其中所述TALE DBD包含一个或多个重复序列。
23.如权利要求22所述的组合物，其中所述TALE DBD包含约14个、或约15个、或约16个、或约17个、或约18个、或约18.5个重复序列。24.如权利要求22或权利要求23所述的组合物，其中所述TALE DBD重复序列包含33或34个氨基酸。25.如权利要求24所述的组合物，其中所述TALE DBD重复序列中的一者或多者在所述33或34个氨基酸的残基12和/或13处包含重复可变二残基(RVD)。26.如权利要求25所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的一个碱基对。27.如权利要求25所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的C残基并且选自HD、N(间隙)、HA、ND和HI。28.如权利要求25所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的G残基并且选自NN、NH、NK、HN和NA。29.如权利要求25所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的A残基并且选自NI和NS。30.如权利要求25所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的T残基并且选自NG、HG、H(间隙)和IG。31.如权利要求20至30中任一项所述的组合物，其中所述GSHS处于染色体中的开放染色质位置处。32.如权利要求20至31中任一项所述的组合物，其中所述GSHS选自腺相关病毒位点1(AAVS1)、趋化因子(C
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C基序)受体5(CCR5)基因、HIV
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1辅受体和人类Rosa26基因座。33.如权利要求20至32中任一项所述的组合物，其中所述GSHS位于人类染色体2、4、6、10、11或17上。34.如权利要求32或权利要求33所述的组合物，其中所述GSHS选自TALC1、TALC2、TALC3、TALC4、TALC5、TALC7、TALC8、AVS1、AVS2、AVS3、ROSA1、ROSA2、TALER1、TALER2、TALER3、TALER4、TALER5、SHCHR2
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1、SHCHR2
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2、SHCHR2
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3、SHCHR2
‑
4、SHCHR4
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1、SHCHR4
‑
2、SHCHR4
‑
3、SHCHR6
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1、SHCHR6
‑
2、SHCHR6
‑
3、SHCHR6
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4、SHCHR10
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1、SHCHR10
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2、SHCHR10
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3、SHCHR10
‑
4、SHCHR10
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5、SHCHR11
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1、SHCHR11
‑
2、SHCHR11
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3、SHCHR17
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1、SHCHR17
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2、SHCHR17
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3和SHCHR17
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4。35.如权利要求19至34中任一项所述的组合物，其中所述GSHS包含以下一者或多者：TGGCCGGCCTGACCACTGG(SEQ ID NO:23)、TGAAGGCCTGGCCGGCCTG(SEQ ID NO:24)、TGAGCACTGAAGGCCTGGC(SEQ ID NO:25)、TCCACTGAGCACTGAAGGC(SEQ ID NO:26)、TGGTTTCCACTGAGCACTG(SEQ ID NO:27)、TGGGGAAAATGACCCAACA(SEQ ID NO:28)、TAGGACAGTGGGGAAAATG(SEQ ID NO:29)、TCCAGGGACACGGTGCTAG(SEQ ID NO:30)、TCAGAGCCAGGAGTCCTGG(SEQ ID NO:31)、TCCTTCAGAGCCAGGAGTC(SEQ ID NO:32)、TCCTCCTTCAGAGCCAGGA(SEQ ID NO:33)、TCCAGCCCCTCCTCCTTCA(SEQ ID NO:34)、TCCGAGCTTGACCCTTGGA(SEQ ID NO:35)、TGGTTTCCGAGCTTGACCC(SEQ ID NO:36)、TGGGGTGGTTTCCGAGCTT(SEQ ID NO:37)、TCTGCTGGGGTGGTTTCCG(SEQ ID NO:38)、TGCAGAGTATCTGCTGGGG(SEQ ID NO:39)、CCAATCCCCTCAGT(SEQ ID NO:40)、CAGTGCTCAGTGGAA(SEQ ID NO:41)、GAAACATCCGGCGACTCA(SEQ ID NO:42)、TCGCCCCTCAAATCTTACA(SEQ ID NO:43)、TCAAATCTTACAGCTGCTC(SEQ ID NO:44)、
TCTTACAGCTGCTCACTCC(SEQ ID NO:45)、TACAGCTGCTCACTCCCCT(SEQ ID NO:46)、TGCTCACTCCCCTGCAGGG(SEQ ID NO:47)、TCCCCTGCAGGGCAACGCC(SEQ ID NO:48)、TGCAGGGCAACGCCCAGGG(SEQ ID NO:49)、TCTCGATTATGGGCGGGAT(SEQ ID NO:50)、TCGCTTCTCGATTATGGGC(SEQ ID NO:51)、TGTCGAGTCGCTTCTCGAT(SEQ ID NO:52)、TCCATGTCGAGTCGCTTCT(SEQ ID NO:53)、TCGCCTCCATGTCGAGTCG(SEQ ID NO:54)、TCGTCATCGCCTCCATGTC(SEQ ID NO:55)、TGATCTCGTCATCGCCTCC(SEQ ID NO:56)、GCTTCAGCTTCCTA(SEQ ID NO:57)、CTGTGATCATGCCA(SEQ ID NO:58)、ACAGTGGTACACACCT(SEQ ID NO:59)、CCACCCCCCACTAAG(SEQ ID NO:60)、CATTGGCCGGGCAC(SEQ ID NO:61)、GCTTGAACCCAGGAGA(SEQ ID NO:62)、ACACCCGATCCACTGGG(SEQ ID NO:63)、GCTGCATCAACCCC(SEQ ID NO:64)、GCCACAAACAGAAATA(SEQ ID NO:65)、GGTGGCTCATGCCTG(SEQ ID NO:66)、GATTTGCACAGCTCAT(SEQ ID NO:67)、AAGCTCTGAGGAGCA(SEQ ID NO:68)、CCCTAGCTGTCCC(SEQ ID NO:69)、GCCTAGCATGCTAG(SEQ ID NO:70)、ATGGGCTTCACGGAT(SEQ ID NO:71)、GAAACTATGCCTGC(SEQ ID NO:72)、GCACCATTGCTCCC(SEQ ID NO:73)、GACATGCAACTCAG(SEQ ID NO:74)、ACACCACTAGGGGT(SEQ ID NO:75)、GTCTGCTAGACAGG(SEQ ID NO:76)、GGCCTAGACAGGCTG(SEQ ID NO:77)、GAGGCATTCTTATCG(SEQ ID NO:78)、GCCTGGAAACGTTCC(SEQ ID NO:79)、GTGCTCTGACAATA(SEQ ID NO:80)、GTTTTGCAGCCTCC(SEQ ID NO:81)、ACAGCTGTGGAACGT(SEQ ID NO:82)、GGCTCTCTTCCTCCT(SEQ ID NO:83)、CTATCCCAAAACTCT(SEQ ID NO:84)、GAAAAACTATGTAT(SEQ ID NO:85)、AGGCAGGCTGGTTGA(SEQ ID NO:86)、CAATACAACCACGC(SEQ ID NO:87)、ATGACGGACTCAACT(SEQ ID NO:88)、CACAACATTTGTAA(SEQ ID NO:89)和ATTTCCAGTGCACA(SEQ ID NO:90)。36.如权利要求35所述的组合物，其中所述TALE DBD结合至以下一者：TGGCCGGCCTGACCACTGG(SEQ ID NO:23)、TGAAGGCCTGGCCGGCCTG(SEQ ID NO:24)、TGAGCACTGAAGGCCTGGC(SEQ ID NO:25)、TCCACTGAGCACTGAAGGC(SEQ ID NO:26)、TGGTTTCCACTGAGCACTG(SEQ ID NO:27)、TGGGGAAAATGACCCAACA(SEQ ID NO:28)、TAGGACAGTGGGGAAAATG(SEQ ID NO:29)、TCCAGGGACACGGTGCTAG(SEQ ID NO:30)、TCAGAGCCAGGAGTCCTGG(SEQ ID NO:31)、TCCTTCAGAGCCAGGAGTC(SEQ ID NO:32)、TCCTCCTTCAGAGCCAGGA(SEQ ID NO:33)、TCCAGCCCCTCCTCCTTCA(SEQ ID NO:34)、TCCGAGCTTGACCCTTGGA(SEQ ID NO:35)、TGGTTTCCGAGCTTGACCC(SEQ ID NO:36)、TGGGGTGGTTTCCGAGCTT(SEQ ID NO:37)、TCTGCTGGGGTGGTTTCCG(SEQ ID NO:38)、TGCAGAGTATCTGCTGGGG(SEQ ID NO:39)、CCAATCCCCTCAGT(SEQ ID NO:40)、CAGTGCTCAGTGGAA(SEQ ID NO:41)、GAAACATCCGGCGACTCA(SEQ ID NO:42)、TCGCCCCTCAAATCTTACA(SEQ ID NO:43)、TCAAATCTTACAGCTGCTC(SEQ ID NO:44)、TCTTACAGCTGCTCACTCC(SEQ ID NO:45)、TACAGCTGCTCACTCCCCT(SEQ ID NO:46)、TGCTCACTCCCCTGCAGGG(SEQ ID NO:47)、TCCCCTGCAGGGCAACGCC(SEQ ID NO:48)、TGCAGGGCAACGCCCAGGG(SEQ ID NO:49)、TCTCGATTATGGGCGGGAT(SEQ ID NO:50)、TCGCTTCTCGATTATGGGC(SEQ ID NO:51)、TGTCGAGTCGCTTCTCGAT(SEQ ID NO:52)、TCCATGTCGAGTCGCTTCT(SEQ ID NO:53)、TCGCCTCCATGTCGAGTCG(SEQ ID NO:54)、TCGTCATCGCCTCCATGTC(SEQ ID NO:55)、TGATCTCGTCATCGCCTCC(SEQ ID NO:56)、GCTTCAGCTTCCTA(SEQ ID NO:57)、CTGTGATCATGCCA(SEQ ID NO:58)、ACAGTGGTACACACCT
(SEQ ID NO:59)、CCACCCCCCACTAAG(SEQ ID NO:60)、CATTGGCCGGGCAC(SEQ ID NO:61)、GCTTGAACCCAGGAGA(SEQ ID NO:62)、ACACCCGATCCACTGGG(SEQ ID NO:63)、GCTGCATCAACCCC(SEQ ID NO:64)、GCCACAAACAGAAATA(SEQ ID NO:65)、GGTGGCTCATGCCTG(SEQ ID NO:66)、GATTTGCACAGCTCAT(SEQ ID NO:67)、AAGCTCTGAGGAGCA(SEQ ID NO:68)、CCCTAGCTGTCCC(SEQ ID NO:69)、GCCTAGCATGCTAG(SEQ ID NO:70)、ATGGGCTTCACGGAT(SEQ ID NO:71)、GAAACTATGCCTGC(SEQ ID NO:72)、GCACCATTGCTCCC(SEQ ID NO:73)、GACATGCAACTCAG(SEQ ID NO:74)、ACACCACTAGGGGT(SEQ ID NO:75)、GTCTGCTAGACAGG(SEQ ID NO:76)、GGCCTAGACAGGCTG(SEQ ID NO:77)、GAGGCATTCTTATCG(SEQ ID NO:78)、GCCTGGAAACGTTCC(SEQ ID NO:79)、GTGCTCTGACAATA(SEQ ID NO:80)、GTTTTGCAGCCTCC(SEQ ID NO:81)、ACAGCTGTGGAACGT(SEQ ID NO:82)、GGCTCTCTTCCTCCT(SEQ ID NO:83)、CTATCCCAAAACTCT(SEQ ID NO:84)、GAAAAACTATGTAT(SEQ ID NO:85)、AGGCAGGCTGGTTGA(SEQ ID NO:86)、CAATACAACCACGC(SEQ ID NO:87)、ATGACGGACTCAACT(SEQ ID NO:88)、CACAACATTTGTAA(SEQ ID NO:89)和ATTTCCAGTGCACA(SEQ ID NO:90)。37.如权利要求20至36中任一项所述的组合物，其中所述TALEDBD包含以下一者或多者：NH NH HD HD NH NH HD HD NG NH NI HD HD NI HD NG NH NH(SEQ ID NO:355)，NH NI NI NH NH HD HD NG NH NH HD HD NH NH HD HD NG NH(SEQ ID NO:356)，NH NI NH HD NI HD NG NH NI NI NH NH HD HD NG NH NH HD(SEQ ID NO:357)，HD HD NI HD NG NH NI NH HD NI HD NG NH NI NI NH NH HD(SEQ ID NO:358)，NH NH NG NG NG HD HD NI HD NG NH NI NH HD NI HD NG NH(SEQ ID NO:359)，NH NH NH NH NI NI NI NI NG NH NI HD HD HD NI NI HD NI (SEQ ID NO:360)，NI NH NH NI HD NI NH NG NH NH NH NH NI NI NI NI NG NH (SEQ ID NO:361)，HD HD NI NH NH NH NI HD NI HD NH NH NG NH HD NG NI NH(SEQ ID NO:362)，HD NI NH NI NH HD HD NI NH NH NI NH NG HD HD NG NH NH(SEQ ID NO:363)，HD HD NG NG HD NI NH NI NH HD HD NI NH NH NI NH NG HD(SEQ ID NO:364)，HD HD NG HD HD NG NG HD NI NH NI NH HD HD NI NH NH NI(SEQ ID NO:365)，HD HD NI NH HD HD HD HD NG HD HD NG HD HD NG NG HD NI(SEQ ID NO:366)，HD HD NH NI NH HD NG NG NH NI HD HD HD NG NG NH NH NI(SEQ ID NO:367)，NH NH NG NG NG HD HD NH NI NH HD NG NG NH NI HD HD HD(SEQ ID NO:368)，NH NH NH NH NG NH NH NG NG NG HD HD NH NI NH HD NG NG(SEQ ID NO:369)，HD NG NH HD NG NH NH NH NH NG NH NH NG NG NG HD HD NH(SEQ ID NO:370)，NH HD NI NH NI NH NG NI NG HD NG NH HD NG NH NH NH NH(SEQ ID NO:371)，HD HD NI NI NG HD HD HD HD NG HD NI NH NG(SEQ ID NO:372)，HD NI NH NG NH HD NG HD NI NH NG NH NH NI NI(SEQ ID NO:373)，NH NI NI NI HD NI NG HD HD NH NH HD NH NI HD NG HD NI(SEQ ID NO:374)，HD NH HD HD HD HD NG HD NI NI NI NG HD NG NG NI HD NI(SEQ ID NO:375)，HD NI NI NI NG HD NG NG NI HD NI NH HD NG NH HD NG HD(SEQ ID NO:376)，HD NG NG NI HD NI NH HD NG NH HD NG HD NI HD NG HD HD(SEQ ID NO:377)，NI HD NI NH HD NG NH HD NG HD NI HD NG HD HD HD HD NG(SEQ ID NO:378)，
NH HD NG HD NI HD NG HD HD HD HD NG NH HD NI NH NH NH(SEQ ID NO:379)，HD HD HD HD NG NH HD NI NH NH NH HD NI NI HD NH HD HD(SEQ ID NO:380)，NH HD NI NH NH NH HD NI NI HD NH HD HD HD NI NH NH NH(SEQ ID NO:381)，HD NG HD NH NI NG NG NI NG NH NH NH HD NH NH NH NI NG(SEQ ID NO:382)，HD NH HD NG NG HD NG HD NH NI NG NG NI NG NH NH NH HD(SEQ ID NO:383)，NH NG HD NH NI NH NG HD NH HD NG NG HD NG HD NH NI NG(SEQ ID NO:384)，HD HD NI NG NH NG HD NH NI NH NG HD NH HD NG NG HD NG(SEQ ID NO:385)，HD NH HD HD NG HD HD NI NG NH NG HD NH NI NH NG HD NH(SEQ ID NO:386)，HD NH NG HD NI NG HD NH HD HD NG HD HD NI NG NH NG HD(SEQ ID NO:387)，NH NI NG HD NG HD NH NG HD NI NG HD NH HD HD NG HD HD(SEQ ID NO:388)，NH HD NG NG HD NI NH HD NG NG HD HD NG NI(SEQ ID NO:389)，HD NG NK NG NH NI NG HD NI NG NH HD HD NI(SEQ ID NO:390)，NI HD NI NN NG NN NN NG NI HD NI HD NI HD HD NG(SEQ ID NO:391)，HD HD NI HD HD HD HD HD HD NI HD NG NI NI NN(SEQ ID NO:392)，HD NI NG NG NN NN HD HD NN NN NN HD NI HD(SEQ ID NO:393)，NN HD NG NG NN NI NI HD HD HD NI NN NN NI NN NI(SEQ ID NO:394)，NI HD NI HD HD HD NN NI NG HD HD NI HD NG NN NN NN (SEQ ID NO:395)，NN HD NG NN HD NI NG HD NI NI HD HD HD HD(SEQ ID NO:396)，NN NN HD NI HD NN NI NI NI HD NI HD HD HD NG HD HD (SEQ ID NO:397)，NN NN NG NN NN HD NG HD NI NG NN HD HD NG NN(SEQ ID NO:398)，NN NI NG NG NG NN HD NI HD NI NN HD NG HD NI NG (SEQ ID NO:399)，NI NI NH HD NG HD NG NH NI NH NH NI NH HD(SEQ ID NO:400)，HD HD HD NG NI NK HD NG NH NG HD HD HD HD(SEQ ID NO:401)，NH HD HD NG NI NH HD NI NG NH HD NG NI NH(SEQ ID NO:402)，NI NG NH NH NH HD NG NG HD NI HD NH NH NI NG(SEQ ID NO:403)，NH NI NI NI HD NG NI NG NH HD HD NG NH HD(SEQ ID NO:404)，NH HD NI HD HD NI NG NG NH HD NG HD HD HD(SEQ ID NO:405)，NH NI HD NI NG NH HD NI NI HD NG HD NI NH(SEQ ID NO:406)，NI HD NI HD HD NI HD NG NI NH NH NH NH NG(SEQ ID NO:407)，NH NG HD NG NH HD NG NI NH NI HD NI NH NH(SEQ ID NO:408)，NH NH HD HD NG NI NH NI HD NI NH NH HD NG NH(SEQ ID NO:409)，NH NI NH NH HD NI NG NG HD NG NG NI NG HD NH(SEQ ID NO:410)，NN HD HD NG NN NN NI NI NI HD NN NG NG HD HD(SEQ ID NO:411)，NN NG NN HD NG HD NG NN NI HD NI NI NG NI(SEQ ID NO:412)，NN NG NG NG NG NN HD NI NN HD HD NG HD HD(SEQ ID NO:413)，NI HD NI NN HD NG NN NG NN NN NI NI HD NN NG(SEQ ID NO:414)，HD NI NI NN NI HD HD NN NI NN HD NI HD NG NN HD NG NN(SEQ ID NO:415)，HD NG NI NG HD HD HD NI NI NI NI HD NG HD NG(SEQ ID NO:416)，NH NI NI NI NI NI HD NG NI NG NH NG NI NG(SEQ ID NO:417)，
NI NH NH HD NI NH NH HD NG NH NH NG NG NH NI(SEQ ID NO:418)，HD NI NI NG NI HD NI NI HD HD NI HD NN HD(SEQ ID NO:419)，NI NG NN NI HD NN NN NI HD NG HD NI NI HD NG(SEQ ID NO:420)，HD NI HD NI NI HD NI NG NG NG NN NG NI NI(SEQ ID NO:421)，和NI NG NG NG HD HD NI NN NG NN HD NI HD NI(SEQ ID NO:422)。38.如权利要求20所述的组合物，其中所述dCas9/gRNA复合物包含选自以下的向导RNA：GTTTAGCTCACCCGTGAGCC(SEQ ID NO:91)、CCCAATATTATTGTTCTCTG(SEQ ID NO:92)、GGGGTGGGATAGGGGATACG(SEQ ID NO:93)、GGATCCCCCTCTACATTTAA(SEQ ID NO:94)、GTGATCTTGTACAAATCATT(SEQ ID NO:95)、CTACACAGAATCTGTTAGAA(SEQ ID NO:96)、TAAGCTAGAGAATAGATCTC(SEQ ID NO:97)和TCAATACACTTAATGATTTA(SEQ ID NO:98)，其中所述向导RNA将所述酶引导至趋化因子(C
‑
C基序)受体5(CCR5)基因。39.如权利要求20所述的组合物，其中所述dCas9/gRNA复合物包含选自以下的向导RNA：CACCGGGAGCCACGAAAACAGATCC(SEQ ID NO:99)；CACCGCGAAAACAGATCCAGGGACA(SEQ ID NO:100)；CACCGAGATCCAGGGACACGGTGCT(SEQ ID NO:101)；CACCGGACACGGTGCTAGGACAGTG(SEQ ID NO:102)；CACCGGAAAATGACCCAACAGCCTC(SEQ ID NO:103)；CACCGGCCTGGCCGGCCTGACCACT(SEQ ID NO:104)；CACCGCTGAGCACTGAAGGCCTGGC(SEQ ID NO:105)；CACCGTGGTTTCCACTGAGCACTGA(SEQ ID NO:106)；CACCGGATAGCCAGGAGTCCTTTCG(SEQ ID NO:107)；CACCGGCGCTTCCAGTGCTCAGACT(SEQ ID NO:108)；CACCGCAGTGCTCAGACTAGGGAAG(SEQ ID NO:109)；CACCGGCCCCTCCTCCTTCAGAGCC(SEQ ID NO:110)；CACCGTCCTTCAGAGCCAGGAGTCC(SEQ ID NO:111)；CACCGTGGTTTCCGAGCTTGACCCT(SEQ ID NO:112)；CACCGCTGCAGAGTATCTGCTGGGG(SEQ ID NO:113)；CACCGCGTTCCTGCAGAGTATCTGC(SEQ ID NO:114)；AAACGGATCTGTTTTCGTGGCTCCC(SEQ ID NO:115)；AAACTGTCCCTGGATCTGTTTTCGC(SEQ ID NO:116)；AAACAGCACCGTGTCCCTGGATCTC(SEQ ID NO:117)；AAACCACTGTCCTAGCACCGTGTCC(SEQ ID NO:118)；AAACGAGGCTGTTGGGTCATTTTCC(SEQ ID NO:119)；AAACAGTGGTCAGGCCGGCCAGGCC(SEQ ID NO:120)；AAACGCCAGGCCTTCAGTGCTCAGC(SEQ ID NO:121)；AAACTCAGTGCTCAGTGGAAACCAC(SEQ ID NO:122)；AAACCGAAAGGACTCCTGGCTATCC(SEQ ID NO:123)；AAACAGTCTGAGCACTGGAAGCGCC(SEQ ID NO:124)；AAACCTTCCCTAGTCTGAGCACTGC(SEQ ID NO:125)；AAACGGCTCTGAAGGAGGAGGGGCC(SEQ ID NO:126)；AAACGGACTCCTGGCTCTGAAGGAC(SEQ ID NO:127)；AAACAGGGTCAAGCTCGGAAACCAC(SEQ ID NO:128)；AAACCCCCAGCAGATACTCTGCAGC(SEQ ID NO:129)；AAACGCAGATACTCTGCAGGAACGC(SEQ ID NO:130)；TCCCCTCCCAGAAAGACCTG(SEQ ID NO:131)；TGGGCTCCAAGCAATCCTGG(SEQ ID NO:132)；GTGGCTCAGGAGGTACCTGG(SEQ ID NO:133)；GAGCCACGAAAACAGATCCA(SEQ ID NO:134)；AAGTGAACGGGGAAGGGAGG(SEQ ID NO:135)；GACAAAAGCCGAAGTCCAGG(SEQ ID NO:136)；GTGGTTGATAAACCCACGTG(SEQ ID NO:137)；TGGGAACAGCCACAGCAGGG(SEQ ID NO:138)；GCAGGGGAACGGGGATGCAG(SEQ ID NO:139)；GAGATGGTGGACGAGGAAGG(SEQ ID NO:140)；GAGATGGCTCCAGGAAATGG(SEQ ID NO:141)；TAAGGAATCTGCCTAACAGG(SEQ ID NO:142)；TCAGGAGACTAGGAAGGAGG(SEQ ID NO:143)；TATAAGGTGGTCCCAGCTCG(SEQ ID NO:144)；CTGGAAGATGCCATGACAGG(SEQ ID NO:145)；GCACAGACTAGAGAGGTAAG(SEQ ID NO:146)；
ID NO:196)；CACCGCCCATAATCGAGAAGCGACT(SEQ ID NO:197)；CACCGGAGAAGCGACTCGACATGGA(SEQ ID NO:198)；CACCGGAAGCGACTCGACATGGAGG(SEQ ID NO:199)；CACCGGCGACTCGACATGGAGGCGA(SEQ ID NO:200)；AAACTGTCGAGTCGCTTCTCGATTC(SEQ ID NO:201)；AAACGCAGGGCAACGCCCAGGGACC(SEQ ID NO:202)；AAACCTGCAGGGCAACGCCCAGGGC(SEQ ID NO:203)；AAACATTAGTTTATCTTCCCACGGC(SEQ ID NO:204)；AAACGGGCGTTGCCCTGCAGGGGAC(SEQ ID NO:205)；AAACTAATCGAGAAGCGACTCGACC(SEQ ID NO:206)；AAACTACAAGACGGGAGGCAGCAGC(SEQ ID NO:207)；AAACATAAAGGTATTGCGGCACTCC(SEQ ID NO:208)；AAACTTGCTGCACCACCAAAGTGTC(SEQ ID NO:209)；AAACGAGTTTTATACCATTTGAGAC(SEQ ID NO:210)；AAACTCTCGATTATGGGCGGGATTC(SEQ ID NO:211)；AAACCTTCTCGATTATGGGCGGGAC(SEQ ID NO:212)；AAACAGTCGCTTCTCGATTATGGGC(SEQ ID NO:213)；AAACTCCATGTCGAGTCGCTTCTCC(SEQ ID NO:214)；AAACCCTCCATGTCGAGTCGCTTCC(SEQ ID NO:215)；AAACTCGCCTCCATGTCGAGTCGCC(SEQ ID NO:216)；CACCGACAGGGTTAATGTGAAGTCC(SEQ ID NO:217)；CACCGTCCCCCTCTACATTTAAAGT(SEQ ID NO:218)；CACCGCATTTAAAGTTGGTTTAAGT(SEQ ID NO:219)；CACCGTTAGAAAATATAAAGAATAA(SEQ ID NO:220)；CACCGTAAATGCTTACTGGTTTGAA(SEQ ID NO:221)；CACCGTCCTGGGTCCAGAAAAAGAT(SEQ ID NO:222)；CACCGTTGGGTGGTGAGCATCTGTG(SEQ ID NO:223)；CACCGCGGGGAGAGTGGAGAAAAAG(SEQ ID NO:224)；CACCGGTTAAAACTCTTTAGACAAC(SEQ ID NO:225)；CACCGGAAAATCCCCACTAAGATCC(SEQ ID NO:226)；AAACGGACTTCACATTAACCCTGTC(SEQ ID NO:227)；AAACACTTTAAATGTAGAGGGGGAC(SEQ ID NO:228)；AAACACTTAAACCAACTTTAAATGC(SEQ ID NO:229)；AAACTTATTCTTTATATTTTCTAAC(SEQ ID NO:230)；AAACTTCAAACCAGTAAGCATTTAC(SEQ ID NO:231)；AAACATCTTTTTCTGGACCCAGGAC(SEQ ID NO:232)；AAACCACAGATGCTCACCACCCAAC(SEQ ID NO:233)；AAACCTTTTTCTCCACTCTCCCCGC(SEQ ID NO:234)；AAACGTTGTCTAAAGAGTTTTAACC(SEQ ID NO:235)；AAACGGATCTTAGTGGGGATTTTCC(SEQ ID NO:236)；AGTAGCAGTAATGAAGCTGG(SEQ ID NO:237)；ATACCCAGACGAGAAAGCTG(SEQ ID NO:238)；TACCCAGACGAGAAAGCTGA(SEQ ID NO:239)；GGTGGTGAGCATCTGTGTGG(SEQ ID NO:240)；AAATGAGAAGAAGAGGCACA(SEQ ID NO:241)；CTTGTGGCCTGGGAGAGCTG(SEQ ID NO:242)；GCTGTAGAAGGAGACAGAGC(SEQ ID NO:243)；GAGCTGGTTGGGAAGACATG(SEQ ID NO:244)；CTGGTTGGGAAGACATGGGG(SEQ ID NO:245)；CGTGAGGATGGGAAGGAGGG(SEQ ID NO:246)；ATGCAGAGTCAGCAGAACTG(SEQ ID NO:247)；AAGACATCAAGCACAGAAGG(SEQ ID NO:248)；TCAAGCACAGAAGGAGGAGG(SEQ ID NO:249)；AACCGTCAATAGGCAAAGGG(SEQ ID NO:250)；CCGTATTTCAGACTGAATGG(SEQ ID NO:251)；GAGAGGACAGGTGCTACAGG(SEQ ID NO:252)；AACCAAGGAAGGGCAGGAGG(SEQ ID NO:253)；GACCTCTGGGTGGAGACAGA(SEQ ID NO:254)；CAGATGACCATGACAAGCAG(SEQ ID NO:255)；AACACCAGTGAGTAGAGCGG(SEQ ID NO:256)；AGGACCTTGAAGCACAGAGA(SEQ ID NO:257)；TACAGAGGCAGACTAACCCA(SEQ ID NO:258)；ACAGAGGCAGACTAACCCAG(SEQ ID NO:259)；TAAATGACGTGCTAGACCTG(SEQ ID NO:260)；AGTAACCACTCAGGACAGGG(SEQ ID NO:261)；ACCACAAAACAGAAACACCA(SEQ ID NO:262)；GTTTGAAGACAAGCCTGAGG(SEQ ID NO:263)；GCTGAACCCCAAAAGACAGG(SEQ ID NO:264)；GCAGCTGAGACACACACCAG(SEQ ID NO:265)；AGGACACCCCAAAGAAGCTG(SEQ ID NO:266)；GGACACCCCAAAGAAGCTGA(SEQ ID NO:267)；CCAGTGCAATGGACAGAAGA(SEQ ID NO:268)；
AGAAGAGGGAGCCTGCAAGT(SEQ ID NO:269)；GTGTTTGGGCCCTAGAGCGA(SEQ ID NO:270)；CATGTGCCTGGTGCAATGCA(SEQ ID NO:271)；TACAAAGAGGAAGATAAGTG(SEQ ID NO:272)；GTCACAGAATACACCACTAG(SEQ ID NO:273)；GGGTTACCCTGGACATGGAA(SEQ ID NO:274)；CATGGAAGGGTATTCACTCG(SEQ ID NO:275)；AGAGTGGCCTAGACAGGCTG(SEQ ID NO:276)；CATGCTGGACAGCTCGGCAG(SEQ ID NO:277)；AGTGAAAGAAGAGAAAATTC(SEQ ID NO:278)；TGGTAAGTCTAAGAAACCTA(SEQ ID NO:279)；CCCACAGCCTAACCACCCTA(SEQ ID NO:280)；AATATTTCAAAGCCCTAGGG(SEQ ID NO:281)；GCACTCGGAACAGGGTCTGG(SEQ ID NO:282)；AGATAGGAGCTCCAACAGTG(SEQ ID NO:283)；AAGTTAGAGCAGCCAGGAAA(SEQ ID NO:284)；TAGAGCAGCCAGGAAAGGGA(SEQ ID NO:285)；TGAATACCCTTCCATGTCCA(SEQ ID NO:286)；CCTGCATTGCACCAGGCACA(SEQ ID NO:287)；TCTAGGGCCCAAACACACCT(SEQ ID NO:288)；TCCCTCCATCTATCAAAAGG(SEQ ID NO:289)；AGCCCTGAGACAGAAGCAGG(SEQ ID NO:290)；GCCCTGAGACAGAAGCAGGT(SEQ ID NO:291)；AGGAGATGCAGTGATACGCA(SEQ ID NO:292)；ACAATACCAAGGGTATCCGG(SEQ ID NO:293)；TGATAAAGAAAACAAAGTGA(SEQ ID NO:294)；AAAGAAAACAAAGTGAGGGA(SEQ ID NO:295)；GTGGCAAGTGGAGAAATTGA(SEQ ID NO:296)；CAAGTGGAGAAATTGAGGGA(SEQ ID NO:297)；GTGGTGATGATTGCAGCTGG(SEQ ID NO:298)；CTATGTGCCTGACACACAGG(SEQ ID NO:299)；GGGTTGGACCAGGAAAGAGG(SEQ ID NO:300)；GATGCCTGGAAAAGGAAAGA(SEQ ID NO:301)；TAGTATGCACCTGCAAGAGG(SEQ ID NO:302)；TATGCACCTGCAAGAGGCGG(SEQ ID NO:303)；AGGGGAAGAAGAGAAGCAGA(SEQ ID NO:304)；GCTGAATCAAGAGACAAGCG(SEQ ID NO:305)；AAGCAAATAAATCTCCTGGG(SEQ ID NO:306)；AGATGAGTGCTAGAGACTGG(SEQ ID NO:307)；和CTGATGGTTGAGCACAGCAG(SEQ ID NO:308)。40.如权利要求20至39中任一项所述的组合物，其中所述GSHS选自图3并且所述TALE DBD包含图3的序列或其变体(例如，具有约1个、或约2个、或约3个、或约4个、或约5个突变，任选地是插入、取代或缺失)。41.如权利要求20至40中任一项所述的组合物，其中所述GSHS和所述TALE DBD序列选自：TGGCCGGCCTGACCACTGG(SEQ ID NO:23)和NH NH HD HD NH NH HD HD NG NH NI HD HD NI HD NG NH NH(SEQ IDNO:355)；TGAAGGCCTGGCCGGCCTG(SEQ ID NO:24)和NH NI NI NH NH HD HD NG NH NH HD HD NH NH HD HD NG NH(SEQ ID NO:356)；TGAGCACTGAAGGCCTGGC(SEQ ID NO:25)和NH NI NH HD NI HD NG NH NI NI NH NH HD HD NG NH NH HD(SEQ ID NO:357)；TCCACTGAGCACTGAAGGC(SEQ ID NO:26)和HD HD NI HD NG NH NI NH HD NI HD NG NH NI NI NH NH HD(SEQ ID NO:358)；TGGTTTCCACTGAGCACTG(SEQ ID NO:27)和NH NH NG NG NG HD HD NI HD NG NH NI NH HD NI HD NG NH(SEQ ID NO:359)；TGGGGAAAATGACCCAACA(SEQ ID NO:28)和NH NH NH NH NI NI NI NI NG NH NI HD HD HD NI NI HD NI(SEQ ID NO:360)；TAGGACAGTGGGGAAAATG(SEQ ID NO:29)和NI NH NH NI HD NI NH NG NH NH NH NH NI NI NI NI NG NH(SEQ ID NO:361)；
HD NI NH NH NH(SEQ ID NO:381)；TCTCGATTATGGGCGGGAT(SEQ ID NO:50)和HD NG HD NH NI NG NG NI NG NH NH NH HD NH NH NH NI NG(SEQ ID NO:382)；TCGCTTCTCGATTATGGGC(SEQ ID NO:51)和HD NH HD NG NG HD NG HD NH NI NG NG NI NG NH NH NH HD(SEQ ID NO:383)；TGTCGAGTCGCTTCTCGAT(SEQ ID NO:52)和NH NG HD NH NI NH NG HD NH HD NG NG HD NG HD NH NI NG(SEQ ID NO:384)；TCCATGTCGAGTCGCTTCT(SEQ ID NO:53)和HD HD NI NG NH NG HD NH NI NH NG HD NH HD NG NG HD NG(SEQ ID NO:385)；TCGCCTCCATGTCGAGTCG(SEQ ID NO:54)和HD NH HD HD NG HD HD NI NG NH NG HD NH NI NH NG HD NH(SEQ IDNO:386)；TCGTCATCGCCTCCATGTC(SEQ ID NO:55)和HD NH NG HD NI NG HD NH HD HD NG HD HD NI NG NH NG HD(SEQ ID NO:387)；TGATCTCGTCATCGCCTCC(SEQ ID NO:56)和NH NI NG HD NG HD NH NG HD NI NG HD NH HD HD NG HD HD(SEQ ID NO:388)；GCTTCAGCTTCCTA(SEQ ID NO:57)和NH HD NG NG HD NI NH HD NG NG HD HD NG NI(SEQ ID NO:389)；CTGTGATCATGCCA(SEQ ID NO:58)和HD NG NK NG NH NI NG HD NI NG NH HD HD NI(SEQ ID NO:390)；ACAGTGGTACACACCT(SEQ ID NO:59)和NI HD NI NN NG NN NN NG NI HD NI HD NI HD HD NG(SEQ ID NO:391)；CCACCCCCCACTAAG(SEQ ID NO:60)和HD HD NI HD HD HD HD HD HD NI HD NG NI NI NN(SEQ ID NO:392)；CATTGGCCGGGCAC(SEQ ID NO:61)和HD NI NG NG NN NN HD HD NN NN NN HD NI HD(SEQ ID NO:393)；GCTTGAACCCAGGAGA(SEQ ID NO:62)和NN HD NG NG NN NI NI HD HD HD NI NN NN NI NN NI(SEQ ID NO:394)；ACACCCGATCCACTGGG(SEQ ID NO:63)和NI HD NI HD HD HD NN NI NG HD HD NI HD NG NN NN NN(SEQ ID NO:395)；GCTGCATCAACCCC(SEQ ID NO:64)和NN HD NG NN HD NI NG HD NI NI HD HD HD HD(SEQ ID NO:396)；GCCACAAACAGAAATA(SEQ ID NO:65)和NN NN HD NI HD NN NI NI NI HD NI HD HD HD NG HD HD(SEQ ID NO:397)；GGTGGCTCATGCCTG(SEQ ID NO:66)和NN NN NG NN NN HD NG HD NI NG NN HD HD NG NN(SEQ ID NO:398)；GATTTGCACAGCTCAT(SEQ ID NO:67)和NN NI NG NG NG NN HD NI HD NI NN HD NG HD NI NG(SEQ ID NO:399)；AAGCTCTGAGGAGCA(SEQ ID NO:68)和NI NI NH HD NG HD NG NH NI NH NH NI NH HD(SEQ ID NO:400)；
NG(SEQ ID NO:420)；以及CACAACATTTGTAA(SEQ ID NO:89)和HD NI HD NI NI HD NI NG NG NG NN NG NI NI(SEQ ID NO:421)。42.如权利要求20至41中任一项所述的组合物，其中所述GSHS处于所述TA二核苷酸位点或TTAA(SEQ ID NO:1)四核苷酸位点的约25个、或约50个、或约100个、或约150个、或约200个、或约300个、或约500个核苷酸内。43.如权利要求1至42中任一项所述的组合物，其中所述酶具有一个或多个赋予高活性的突变。44.如权利要求43所述的组合物，所述酶相对于SEQ ID NO:2的氨基酸序列在对应于S8P、C13R和N125K突变中的至少一者的位置处具有突变。45.如权利要求1至18中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含所述编码转座酶的核酸。46.如权利要求45所述的组合物，其中所述核酸包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列或与其具有至少约80％同一性的核苷酸序列。47.如权利要求45所述的组合物，其中所述核酸包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列或与其具有至少约90％同一性的核苷酸序列。48.如权利要求45所述的组合物，其中所述核酸包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列或与其具有至少约93％同一性的核苷酸序列。49.如权利要求45所述的组合物，其中所述核酸包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列或与其具有至少约95％同一性的核苷酸序列。50.如权利要求45所述的组合物，其中所述核酸包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列或与其具有至少约98％同一性的核苷酸序列。51.如权利要求45所述的组合物，其中所述核酸包含用于在人类细胞中表达的SEQ ID NO:2的密码子优化型式。52.如权利要求45至51中任一项所述的组合物，其中所述核酸掺入载体中。53.如权利要求52所述的组合物，其中所述载体是非病毒载体。54.一种包含宿主细胞的组合物，所述宿主细胞包含权利要求45至53中任一项所述的核酸。55.如权利要求1至54中任一项所述的组合物，其中所述组合物呈脂质纳米颗粒(LNP)的形式。56.如权利要求55所述的组合物，其中所述LNP包含一种或多种选自以下的脂质：1,2
‑
二油酰基
‑3‑
三甲基丙烷铵(DOTAP)、与二甲基氨基乙烷
‑
氨基甲酰基混合的阳离子胆固醇衍生物(DC
‑
Chol)、磷脂酰胆碱(PC)、三油精(三油酸甘油酯)和1,2
‑
二硬脂酰基
‑
sn
‑
甘油
‑3‑
磷酰乙醇胺
‑
N
‑
[羧基(聚乙二醇)
‑
2000](DSPE
‑
PEG)、1,2
‑
二肉豆蔻酰基
‑
外消旋
‑
甘油
‑3‑
甲氧基聚乙二醇
‑
2000(DMG
‑
PEG 2K)和1,2
‑
二硬脂醇
‑
sn
‑
甘油
‑3‑
磷酸胆碱(DSPC)，和/或包含一种或多种选自聚乙烯亚胺(PEI)和聚(乳酸
‑
共
‑
乙醇酸)(PLGA)以及N
‑
乙酰半乳糖胺(GalNAc)的分子。57.如权利要求55或权利要求56所述的组合物，其中所述转座酶或编码所述转座酶的核酸与编码转座子的核酸共同配制。58.如权利要求57所述的组合物，其中所述共制剂呈脂质纳米颗粒(LNP)的形式，所述
脂质纳米颗粒(LNP)封装所述酶或编码所述酶的核酸和所述编码转座子的核酸。59.如权利要求58所述的组合物，其中所述共制剂包含编码所述酶的所述核酸和编码所述转座子的所述核酸。60.如权利要求1至18中任一项所述的组合物，其中所述酶呈单体或二聚形式。61.如权利要求1至18中任一项所述的组合物，其中所述酶具有(a)基因切割(Exc+)活性，和/或(b)基因整合(Int+)或缺乏整合(Int
‑
)活性。62.一种用于将基因插入细胞基因组中的方法，所述方法包括使细胞与权利要求1至61中任一项所述的组合物接触。63.如权利要求62所述的方法，所述方法还包括使所述细胞与编码转座子的核酸接触。64.如权利要求62所述的方法，其中所述酶与编码所述转座子的所述核酸共同配制。65.如权利要求62所述的方法，其中所述共制剂呈相同脂质纳米颗粒(LNP)的形式。66.如权利要求65所述的方法，其中所述共制剂包含编码所述酶的所述核酸和编码所述转座子的所述核酸。67.如权利要求63至66中任一项所述的方法，其中所述转座子的侧翼是一个或多个反向末端，任选地选自SEQ ID NO:21和22或与其具有至少约90％、或至少约93％、或至少约95％、或至少约97％、或至少约98％、或至少约99％同一性的序列。68.如权利要求63至67中任一项所述的方法，其中所述转座子在组织特异性启动子的控制下。69.如权利要求63至68中任一项所述的方法，其中所述转座子包含编码竞争多肽的基因。70.如权利要求63至69中任一项所述的方法，其中所述转座子包含在疾病状态中有缺陷或大体上不存在的基因。71.一种用于离体治疗疾病或病症的方法，所述方法包括使细胞与权利要求1至61中任一项所述的组合物接触。72.一种用于体内治疗疾病或病症的方法，所述方法包括施用权利要求1至61中任一项所述的组合物或包含权利要求1至61中任一项所述的组合物的细胞。73.一种包含能够转座的嵌合酶的组合物，所述组合物包含：(a)转录激活子样效应子(TALE)DNA结合结构域(DBD)或核酸酶缺陷Cas9(dCas9)/gRNA复合物；(b)能够通过转座进行靶向基因组整合的酶，所述酶能够在核酸分子的基因组安全港位点(GSHS)中的TA二核苷酸位点或TTAA(SEQ ID NO:1)四核苷酸位点处插入转座子；以及(c)连接(a)和(b)的连接子。74.如权利要求73所述的组合物，其中所述组合物适合于在与生物细胞接触时促成在所述GSHS中插入所述转座子。75.如权利要求73所述的组合物，其中所述TALE DBD或dCas9/gRNA复合物适合于将所述嵌合酶引导至所述GSHS序列。76.如权利要求73所述的组合物，其中所述TALE DBD包含一个或多个重复序列。77.如权利要求76所述的组合物，其中所述TALE DBD包含约14个、或约15个、或约16个、
或约17个、或约18个、或约18.5个重复序列。78.如权利要求76或权利要求77所述的组合物，其中所述TALE DBD重复序列包含33或34个氨基酸。79.如权利要求78所述的组合物，其中所述TALE DBD重复序列中的一者或多者在所述33或34个氨基酸的残基12和/或13处包含重复可变二残基(RVD)。80.如权利要求79所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的一个碱基对。81.如权利要求79所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的C残基并且选自HD、N(间隙)、HA、ND和HI。82.如权利要求79所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的G残基并且选自NN、NH、NK、HN和NA。83.如权利要求79所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的A残基并且选自NI和NS。84.如权利要求79所述的组合物，其中所述RVD识别所述核酸分子中的T残基并且选自NG、HG、H(间隙)和IG。85.如权利要求73至84中任一项所述的组合物，其中所述GSHS处于染色体中的开放染色质位置处。86.如权利要求73至85中任一项所述的组合物，其中所述GSHS选自腺相关病毒位点1(AAVS1)、趋化因子(C
‑
C基序)受体5(CCR5)基因、HIV
‑
1辅受体和人类Rosa26基因座。87.如权利要求73至86中任一项所述的组合物，其中所述GSHS位于人类染色体2、4、6、10、11或17上。88.如权利要求86或权利要求87所述的组合物，其中所述GSHS选自TALC1、TALC2、TALC3、TALC4、TALC5、TALC7、TALC8、AVS1、AVS2、AVS3、ROSA1、ROSA2、TALER1、TALER2、TALER3、TALER4、TALER5、SHCHR2
‑
1、SHCHR2
‑
2、SHCHR2
‑
3、SHCHR2
‑
4、SHCHR4
‑
1、SHCHR4
‑
2、SHCHR4
‑
3、SHCHR6
‑
1、SHCHR6
‑
2、SHCHR6
‑
3、SHCHR6
‑
4、SHCHR10
‑
1、SHCHR10
‑
2、SHCHR10
‑
3、SHCHR10
‑
4、SHCHR10
‑
5、SHCHR11
‑
1、SHCHR11
‑
2、SHCHR11
‑
3、SHCHR17
‑
1、SHCHR17
‑
2、SHCHR17
‑
3和SHCHR17
‑
4。89.如权利要求73至88中任一项所述的组合物，其中所述GSHS包含以下一者或多者：TGGCCGGCCTGACCACTGG(SEQ ID NO:23)、TGAAGGCCTGGCCGGCCTG(SEQ ID NO:24)、TGAGCACTGAAGGCCTGGC(SEQ ID NO:25)、TCCACTGAGCACTGAAGGC(SEQ ID NO:26)、TGGTTTCCACTGAGCACTG(SEQ ID NO:27)、TGGGGAAAATGACCCAACA(SEQ ID NO:28)、TAGGACAGTGGGGAAAATG(SEQ ID NO:29)、TCCAGGGACACGGTGCTAG(SEQ ID NO:30)、TCAGAGCCAGGAGTCCTGG(SEQ ID NO:31)、TCCTTCAGAGCCAGGAGTC(SEQ ID NO:32)、TCCTCCTTCAGAGCCAGGA(SEQ ID NO:33)、TCCAGCCCCTCCTCCTTCA(SEQ ID NO:34)、TCCGAGCTTGACCCTTGGA(SEQ ID NO:35)、TGGTTTCCGAGCTTGACCC(SEQ ID NO:36)、TGGGGTGGTTTCCGAGCTT(SEQ ID NO:37)、TCTGCTGGGGTGGTTTCCG(SEQ ID NO:38)、TGCAGAGTATCTGCTGGGG(SEQ ID NO:39)、CCAATCCCCTCAGT(SEQ ID NO:40)、CAGTGCTCAGTGGAA(SEQ ID NO:41)、GAAACATCCGGCGACTCA(SEQ ID NO:42)、TCGCCCCTCAAATCTTACA(SEQ ID NO:43)、TCAAATCTTACAGCTGCTC(SEQ ID NO:44)、TCTTACAGCTGCTCACTCC(SEQ ID NO:45)、TACAGCTGCTCACTCCCCT(SEQ ID NO:46)、
TGCTCACTCCCCTGCAGGG(SEQ ID NO:47)、TCCCCTGCAGGGCAACGCC(SEQ ID NO:48)、TGCAGGGCAACGCCCAGGG(SEQ ID NO:49)、TCTCGATTATGGGCGGGAT(SEQ ID NO:50)、TCGCTTCTCGATTATGGGC(SEQ ID NO:51)、TGTCGAGTCGCTTCTCGAT(SEQ ID NO:52)、TCCATGTCGAGTCGCTTCT(SEQ ID NO:53)、TCGCCTCCATGTCGAG...

【专利技术属性】
技术研发人员：J，
申请(专利权)人：萨利欧基因治疗公司，
类型：发明
国别省市：