用于检测SARS-CoV-2核酸的方法和组合物技术

本申请涉及COVID

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测SARS
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CoV
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2核酸的方法和组合物
[0001]描述


[0002]本申请涉及COVID
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19诊断医学领域，并且特别地涉及用于检测样品中的SARS
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CoV
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2核酸的方法。本申请还涉及用于确定样品中存在或不存在SARS
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CoV
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2的寡聚体组合。
[0003]背景
[0004]冠状病毒是一大家族的正义单链RNA病毒，可能导致动物或人类疾病。在人类中，已知若干种冠状病毒会导致呼吸道感染，从普通感冒到更严重的疾病，如中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS)。最近发现的冠状病毒SARS
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CoV
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2引起相关的冠状病毒疾病COVID
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19。
[0005]COVID
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19最常见的症状是发烧、疲倦和干咳。有些患者可能会出现疼痛(aches and pains)、鼻塞、流涕、喉咙痛或腹泻。这些症状通常是轻本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于检测样品中的SARS
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CoV
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2核酸的方法，所述方法包括：(1)将样品与用于扩增SARS
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CoV
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2靶核酸的至少一个靶区的至少两种扩增寡聚体接触，所述样品怀疑含有SARS
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CoV
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2核酸，其中所述至少两种扩增寡聚体包括：(I)用于扩增SARS
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CoV
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2核酸的第一靶区的第一扩增寡聚体和第二扩增寡聚体，其中(a)所述第一扩增寡聚体包含第一靶杂交序列，所述第一靶杂交序列包含包括以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:23组成的组的序列；和(b)所述第二扩增寡聚体包含第二靶杂交序列，所述第二靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6组成的组的序列；和/或(II)用于扩增SARS
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CoV
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2核酸的第二靶区的第一扩增寡聚体和第二扩增寡聚体，其中(a)所述第一扩增寡聚体包含第一靶杂交序列，所述第一靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:29组成的组的序列；和(b)所述第二扩增寡聚体包含第二靶杂交序列，所述第二靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31组成的组的序列；(2)进行体外核酸扩增反应，其中所述样品中存在的任何SARS
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2靶核酸用作产生扩增产物的模板；和(3)检测所述扩增产物的存在或不存在，从而指示所述样品中存在或不存在SARS
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CoV
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2靶核酸。2.根据权利要求1所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区的所述第一扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23组成的组的序列。3.根据权利要求1或2中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区的所述第二扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6组成的组的序列。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第二靶区的所述第一扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29组成的组的序列。5.根据权利要求1或4中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第二靶区的所述第二扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31组成的组的序列。6.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区和/或所述第二靶区的所述第一扩增寡聚体是还包含位于所述第一靶杂交序列5
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侧的启动子序列的启动子引物或启动子提供者。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述启动子序列是T7启动子序列。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述T7启动子序列包含SEQ ID NO:7或由SEQ ID NO:7组成。9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区的所述第一扩增寡聚体和所述第二扩增寡聚体的所述第一靶杂交序列和所述第二靶杂交序列分别包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5；或(b)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4或SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:6；或
(c)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6；或(d)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6；或(e)SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6；或(f)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:5；或(g)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:6；或(h)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5；或(i)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:6，或(j)SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5；或(k)SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:6。10.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第二靶区的所述第一扩增寡聚体和所述第二扩增寡聚体的所述第一靶杂交序列和所述第二靶杂交序列分别包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30；或(b)SEQ ID NO:27或SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:31；或(c)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:30或SEQ ID NO:31；或(d)SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30或SEQ ID NO:31；或(e)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:30；或(f)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:31；或(g)SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30；或(h)SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:31。11.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区或所述第二靶区的所述至少两种扩增寡聚体包括冗余的第一扩增寡聚体和/或冗余的第二扩增寡聚体。12.根据权利要求11所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区的所述冗余的第一扩增寡聚体和/或所述冗余的第二扩增寡聚体的所述第一靶杂交序列和所述第二靶杂交序列分别包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5；或(b)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:6；或(c)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；或(d)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；或(e)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；或(f)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5；或(g)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:6；或(h)SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；或(i)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；或(j)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5；或(k)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:6；或(l)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6。13.根据权利要求11所述的方法，其中用于扩增所述第二靶区的所述冗余的第一扩增
寡聚体和/或所述冗余的第二扩增寡聚体的所述第一靶杂交序列和所述第二靶杂交序列分别包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30；或(b)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:31；或(c)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31；或(d)SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31；或(e)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31。14.根据权利要求12或13所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区和所述第二靶区的所述至少两种扩增寡聚体包括冗余的第一扩增寡聚体和/或冗余的第二扩增寡聚体。15.根据权利要求14所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区和所述第二靶区的所述冗余的第一扩增寡聚体和/或所述冗余的第二扩增寡聚体分别包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31，或(b)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID N:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31，或(c)SEQ ID N:4、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31。16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，还包括在步骤(1)之前从所述样品中的其他组分纯化所述靶核酸。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述纯化步骤包括使所述样品与至少一种捕获探针寡聚体接触，所述至少一种捕获探针寡聚体包含与结合固定的探针的序列或部分共价附接连接的靶杂交序列，其中所述靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:11组成的组或选自由SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:35组成的组的序列。18.根据权利要求17所述的方法，其中所述至少一种捕获探针寡聚体序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11组成的组或选自由SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35组成的组的序列。19.根据权利要求17或18所述的方法，其中所述至少一种捕获探针寡聚体是分别包含以下或由以下组成的至少两种捕获探针寡聚体：选自由SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11组成的组的至少一种序列和选自由SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35组成的组的至少一种序列。20.根据权利要求19所述的方法，其中所述至少两种捕获探针寡聚体包含以下或由以下组成：SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:34或SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:35。21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述检测步骤(3)包括使所述体外核酸扩增反应与跟所述扩增产物杂交的至少一种检测探针寡聚体在确定存在或不存在所述扩增产物的条件下接触，从而指示所述样品中存在或不存在SARS
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CoV
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2。22.根据权利要求21所述的方法，其中所述至少一种检测探针寡聚体包含长度为约14至约40个核苷酸并与包含以下或由以下组成的靶序列杂交的靶杂交序列：SEQ ID NO:13、
SEQ ID NO:13的DNA等同物、SEQ ID NO:13的互补物、SEQ ID NO:13的互补物的DNA等同物或SEQ ID NO:13的DNA/RNA嵌合体、或SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:25的RNA等同物、SEQ ID NO:25的互补物、SEQ ID NO:25的互补物的RNA等同物或其DNA/RNA嵌合体。23.根据权利要求22所述的方法，其中所述检测探针靶杂交序列包含在SEQ ID NO:25的序列中，并且至少包括SEQ ID NO:13的序列。24.根据权利要求21至23中任一项所述的方法，其中所述检测探针寡聚体包含SEQ ID NO:13或由SEQ ID NO:13组成。25.根据权利要求21所述的方法，其中所述至少一种检测探针寡聚体包含长度为约14至约40个核苷酸并与包含以下或由以下组成的靶序列杂交的靶杂交序列：SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:36的DNA等同物、SEQ ID NO:36的互补物、SEQ ID NO:36的互补物的DNA等同物或SEQ ID NO:36的DNA/RNA嵌合体、或SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:43的RNA等同物、SEQ ID NO:43的互补物、SEQ ID NO:43的互补物的RNA等同物或其DNA/RNA嵌合体。26.根据权利要求25所述的方法，其中所述检测探针靶杂交序列包含在SEQ ID NO:43的序列中，并且至少包括SEQ ID NO:36的序列。27.根据权利要求21、25或26中任一项所述的方法，其中所述检测探针寡聚体包含SEQ ID NO:36或由SEQ ID NO:36组成。28.根据权利要求21所述的方法，其中所述至少一种检测探针寡聚体是分别包含SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:36的至少两种不同的检测探针寡聚体。29.根据权利要求21至28中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区的所述第一扩增寡聚体和所述第二扩增寡聚体和所述检测探针寡聚体分别包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:13；或(b)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:6；和SEQ ID NO:13；或(c)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5；和SEQ ID NO:13；或(d)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:13；或(e)SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:5；和SEQ ID NO:13；或(f)SEQ ID NO:23和SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:13。30.根据权利要求24至27中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第二靶区的所述第一扩增寡聚体和所述第二扩增寡聚体和所述检测探针寡聚体分别包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:36；或(b)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:31；和SEQ ID NO:36；或(c)SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:30；和SEQ ID NO:36；或(d)SEQ ID NO:29和SEQ ID NO:31；和SEQ ID NO:36。31.根据权利要求29或30所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区和/或所述第二靶区的所述至少两种扩增寡聚体包含冗余的第一扩增寡聚体和/或冗余的第二扩增寡聚体和/或冗余的检测探针寡聚体。32.根据权利要求31所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区和所述第二靶区的所述冗余的第一扩增寡聚体和/或所述冗余的第二扩增寡聚体和/或所述冗余的检测探针分别
包含以下核苷酸序列或由以下核苷酸序列组成：(a)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6和SEQ NO:13，或(b)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6和SEQ NO:13，或(c)SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6和SEQ NO:13，或(d)SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31和SEQ NO:36，或(e)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ NO:13和SEQ NO:36，或(f)SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ NO:13和SEQ NO:36或(g)SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ NO:13和SEQ NO:36。33.根据权利要求21至32中任一项所述的方法，其中所述检测探针寡聚体还包含所述核苷酸序列的核苷酸残基成员中的至少一个上的2
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甲氧基修饰。34.根据权利要求21至33中任一项所述的方法，其中所述检测探针寡聚体包含选自由化学发光标记物、荧光标记物、猝灭剂及其一种或更多种的组合组成的组的标记物。35.根据权利要求34所述的方法，其中所述标记物是连接在所述检测探针寡聚体的两个核碱基之间的化学发光吖啶酯(AE)化合物。36.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述检测步骤(3)还包括使所述体外核酸扩增反应与大体上与检测探针寡聚体互补以在储存期间稳定标记的探针的探针保护寡聚体在确定存在或不存在所述扩增产物的条件下接触，从而指示所述样品中存在或不存在SARS
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2。37.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中步骤(2)的所述扩增反应是等温扩增反应。38.根据权利要求37所述的方法，其中所述等温扩增反应是转录介导的扩增(TMA)反应。39.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述检测步骤(3)是杂交保护测定(HPA)。40.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是临床样品。41.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是血液样品。42.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样品是血浆样品或血清样品。43.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述扩增产物具有约27至约79个连续核苷酸的长度，并包含SEQ ID NO:21或SEQ ID NO:40或其互补物。44.一种用于检测样品中的SARS
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2核酸的方法，所述方法包括：(1)将样品与用于扩增SARS
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2靶核酸的至少一个靶区的至少两种扩增寡聚体接触，所述样品怀疑含有SARS
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2核酸，其中所述至少两种扩增寡聚体包括：(I)用于扩增SARS
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2核酸的第一靶区的第一扩增寡聚体和第二扩增寡聚体，其中(a)所述第一扩增寡聚体包含第一靶杂交序列，所述第一靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:23组成的组的序列；或(b)所述第二扩增寡聚体包含第二靶杂交序列，所述第二靶杂交序列包含以下或由以
下组成：选自由SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6组成的组的序列；和/或(II)用于扩增SARS
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2核酸的第二靶区的第一扩增寡聚体和第二扩增寡聚体，其中(a)所述第一扩增寡聚体包含第一靶杂交序列，所述第一靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:29组成的组的序列；或(b)所述第二扩增寡聚体包含第二靶杂交序列，所述第二靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31组成的组的序列；(2)进行体外核酸扩增反应，其中所述样品中存在的任何SARS
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2靶核酸用作产生扩增产物的模板；和(3)检测所述扩增产物的存在或不存在，从而指示所述样品中存在或不存在SARS
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2靶核酸。45.根据权利要求44所述的方法，其中所述扩增产物具有65至119个连续核苷酸的长度，并包含SEQ ID NO:21或SEQ ID NO:40或其互补物。46.根据权利要求44或45所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区的所述第一扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:22和SEQ ID NO:23组成的组的序列。47.根据权利要求44或46中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区的所述第二扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6组成的组的序列。48.根据权利要求44至47中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第二靶区的所述第一扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28和SEQ ID NO:29组成的组的序列。49.根据权利要求44至48中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第二靶区的所述第二扩增寡聚体包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31组成的组的序列。50.根据权利要求44至49中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区和/或所述第二靶区的所述第一扩增寡聚体是还包含位于所述第一靶杂交序列5
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侧的启动子序列的启动子引物或启动子提供者。51.根据权利要求50所述的方法，其中所述启动子序列是T7启动子序列。52.根据权利要求51所述的方法，其中所述T7启动子序列包含SEQ ID NO:7或由SEQ ID NO:7组成。53.根据权利要求44至52中任一项所述的方法，其中用于扩增所述第一靶区和/或所述第二靶区的所述至少两种扩增寡聚体包括冗余的第一扩增寡聚体和/或冗余的第二扩增寡聚体。54.根据权利要求53所述的方法，其中所述冗余的寡聚体是以下组：(a)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:4；或(b)SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:23；或(c)SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:23；或(d)SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6，或
(e)SEQ ID NO:27和SEQ ID NO:29，或(f)SEQ ID NO:30和SEQ ID NO:31。55.根据权利要求44至54中任一项所述的方法，还包括在步骤(1)之前从所述样品中的其他组分纯化所述靶核酸。56.根据权利要求55所述的方法，其中所述纯化步骤包括使所述样品与至少一种捕获探针寡聚体接触，所述至少一种捕获探针寡聚体包含与结合固定的探针的序列或部分共价附接连接的靶杂交序列，其中所述靶杂交序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:11组成的组或选自由SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:35组成的组的序列。57.根据权利要求56所述的方法，其中所述捕获探针寡聚体序列包含以下或由以下组成：选自由SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11组成的组或选自由SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35组成的组的序列。58.根据权利要求56或57所述的方法，其中所述至少一种捕获探针寡聚体是分别包含以下或由以下组成的至少两种捕获探针寡聚体：选自由SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:11组成的组的至少一种序列和选自由SEQ ID NO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34和SEQ ID NO:35组成的组的至少一种序列。59.根据权利要求58所述的方法，其中所述至少两种捕获探针寡聚体包含以下或由以下组成：SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:32和SEQ ID NO:34或SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:35。60.根据权利要求44至59中任一项所述的方法，其中所述检测步骤(3)包括使所述体外核酸扩增反应与被配置为与所述扩增产物特异性杂交的至少一种检测探针寡聚体在确定存在或不存在所述扩增产物的条件下接触，从而指示所述样品中存在或不存在SARS
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2。61.根据权利要求6...

【专利技术属性】
技术研发人员：高奎，安东尼，
申请(专利权)人：盖立复诊断解决方案公司，
类型：发明
国别省市：