基于均衡的图像处理和空间串扰衰减器制造技术

本发明专利技术所公开的技术衰减来自用于碱基检出的测序图像的空间串扰。具体地讲，本发明专利技术所公开的技术访问其像素描绘来自目标簇的强度发射和来自附加相邻簇的强度发射的图像。这些像素包括中心像素，该中心像素包含目标簇的中心。这些像素中的每个像素能够被划分成多个子像素。根据特定子像素，在包含目标簇中心的中心像素的多个子像素中，本发明专利技术所公开的技术从子像素查找表库中选择对应于该特定子像素的子像素查找表。所选择的子像素查找表包含被配置为将信噪比最大化的像素系数。本发明专利技术所公开的技术将这些像素系数与像素逐元素相乘，并且确定加权和。确定加权和。确定加权和。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】基于均衡的图像处理和空间串扰衰减器
[0001]优先权申请
[0002]本PCT专利申请要求以下专利申请的权益：2020年5月5日提交的名称为“EQUALIZATION
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BASED IMAGE PROCESSING AND SPATIAL CROSSTALK ATTENUATOR”的美国临时专利申请第63/020,449号(代理人案卷号ILLM 1032
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1/IP
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1991
‑
PRV)，以及2021年5月4日提交的名称为“EQUALIZATION
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BASED IMAGE PROCESSING AND SPATIAL CROSSTALK ATTENUATOR”的美国专利申请第17/308,035号(代理人案卷号ILLM 1032
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2/IP
‑
1991
‑
US)。优先权申请以引用方式并入本文中用于所有目的。


[0003]本专利技术所公开的技术涉及用于自动分析图像或识别图案的装置和相应方法。本文包括变换图像用于以下目的的系统：(a)在识别之前增强图像的视觉质量，(b)相对于传感器或存储的原型定位和记录图像，或通过丢弃无关数据来减少图像数据量，以及(c)测量图像的显著特征。具体地讲，本专利技术所公开的技术涉及使用基于均衡的图像处理技术从传感器像素去除空间串扰。
[0004]文献并入
[0005]以下文献以引用方式并入，即如同在本文完整示出一样，以用于所有目的：
[0006]2018年3月26日提交的名称为“DETECTION APPARATUS HAVING A MICROFLUOROMETER,A FLUIDIC SYSTEM,AND A FLOW CELL LATCH CLAMP MODULE”的美国非临时专利申请第15/936,365号；
[0007]2019年9月11日提交的名称为“FLOW CELLS AND METHODS RELATED TO SAME”的美国非临时专利申请第16/567,224号；
[0008]2019年6月12日提交的名称为“DEVICE FOR LUMINESCENT IMAGING”的美国非临时专利申请第16/439,635号；
[0009]2017年5月12日提交的名称为“INTEGRATED OPTOELECTRONIC READ HEAD AND FLUIDIC CARTRIDGE USEFUL FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING”的美国非临时专利申请第15/594,413号；
[0010]2019年3月12日提交的名称为“ILLUMINATION FOR FLUORESCENCE IMAGING USING OBJECTIVE LENS”的美国非临时专利申请第16/351,193号；
[0011]2009年12月15日提交的名称为“DYNAMIC AUTOFOCUS METHOD AND SYSTEM FOR ASSAY IMAGER”的美国非临时专利申请第12/638,770号；
[0012]2013年3月1日提交的名称为“KINETIC EXCLUSION AMPLIFICATION OF NUCLEIC ACID LIBRARIES”的美国非临时专利申请第13/783,043号；
[0013]2011年1月13日提交的名称为“DATA PROCESSING SYSTEM AND METHODS”的美国非临时专利申请第13/006,206号；
[0014]2014年10月31日提交的名称为“IMAGE ANALYSIS USEFUL FOR PATTERNED OBJECTS”的美国非临时专利申请第14/530,299号；
1008
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11/IP
‑
1693
‑
NL)；
[0031]2019年6月14日提交的名称为“Artificial Intelligence
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Based Generation of Sequencing Metadata”的荷兰专利申请第2023311号(代理人案卷号ILLM 1008
‑
12/IP
‑
1741
‑
NL)；
[0032]2019年6月14日提交的名称为“Artificial Intelligence
‑
Based Base Calling”的荷兰专利申请第2023312号(代理人案卷号ILLM 1008
‑
13/IP
‑
1744
‑
NL)；
[0033]2019年6月14日提交的名称为“Artificial Intelligence
‑
Based Quality Scoring”的荷兰专利申请第2023314号(代理人案卷号ILLM 1008
‑
14/IP
‑
1747
‑
NL)；以及
[0034]2019年6月14日提交的名称为“Artificial Intelligence
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Based Sequencing”的荷兰专利申请第2023316号(代理人案卷号ILLM 1008
‑
15/IP
‑
1752
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NL)。
[0035]2020年3月20日提交的名称为“Training Data Generation for Artificial Intelligence
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Based Sequencing”的美国非临时专利申请第16/825,987号(代理人案卷号ILLM 1008
‑
16/IP
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1693
‑
US)；
[0036]2020年3月20日提交的名称为“Training Data Generation for Artificial Intelligence
‑
Based Sequencing”的美国非临时专利申请第16/825,991号(代理人案卷号ILLM 1008
‑
17/IP
‑
1741
‑
US)；
[0037]2020年3月20日提交的名称为“Artificial Intelligence
‑
Based Base Calling”的美国非临时专利申请第16/826,126号(代理人案卷号ILLM 1008
‑
18/IP
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1744
‑
US)；
[0038]2020年3月20日提交的名称为“Artificial Intelligence
‑
Based Quality Sc本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种碱基检出的计算机实现的方法，所述方法包括：访问其像素描绘来自目标簇的强度发射和来自附加的相邻簇的强度发射的图像；选择包含被配置为将信噪比最大化的像素系数的查找表；将所述像素系数与所述图像中的所述像素的强度值卷积在一起，以产生输出；以及基于所述输出对所述目标簇进行碱基检出。2.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述信噪比被最大化的所述信号是来自所述目标簇的所述强度发射，而所述信噪比被最小化的所述噪声是来自所述相邻簇的所述强度发射，加上附加的噪声源。3.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，其中所述像素包括中心像素，所述中心像素包含所述目标簇的中心，并且所述像素中的每个像素能够被划分成多个子像素。4.根据权利要求3所述的计算机实现的方法，其中所述查找表是子像素查找表。5.根据权利要求4所述的计算机实现的方法，还包括：根据特定子像素，在包含所述目标簇的所述中心的所述中心像素的多个子像素中，从子像素查找表库中选择对应于所述特定子像素的所述子像素查找表，所选择的子像素查找表包含所述像素系数；将所述像素系数逐元素地乘以所述图像中的所述像素的所述强度值，并且将所述乘法的乘积求和以产生所述输出，所述像素系数充当权重，并且所述输出是所述强度值的加权和；以及使用所述输出对所述目标簇进行碱基检出，包括为多个成像通道中的每个成像通道生成所述输出，以及使用每个成像通道的所述输出来对所述目标簇进行碱基检出。6.根据权利要求5所述的计算机实现的方法，其中所述逐元素乘法为给定的均衡器系数集合添加偏差，其中所述偏差是作为背景噪声强度的平均值的DC偏移量。7.根据权利要求5所述的计算机实现的方法，还包括：从所述子像素查找表库中选择附加的子像素查找表，其对应于与所述特定子像素连续相邻的子像素；基于所选择的子像素查找表和所选择的附加子像素查找表的像素系数生成插值像素系数，所述插值像素系数被配置为最大化所述信噪比；将所述插值像素系数与所述图像中的所述像素的所述强度值卷积在一起，以产生输出；以及基于所述输出对所述目标簇进行碱基检出。8.根据权利要求7所述的计算机实现的方法，还包括：将所述插值像素系数逐元素地乘以所述图像中的所述像素的所述强度值，并且将所述乘法的乘积求和以产生所述输出，所述插值像素系数充当权重，并且所述输出是所述强度值的加权和。9.根据权利要求1所述的计算机实现的方法，还包括使用最小二乘估计、普通最小二乘法、最小均方法和递归最小二乘法中的至少一者训练均衡器，以生成所述像素系数。10.根据权利要求9所述的计算机实现的方法，还包括在离线模式下训练所述均衡器，其中在对来自先前执行的测序运行的多批次训练数据进行训练之后，所述子像素查找表的像素系数被固定。
11.根据权利要求10所述的计算机实现的方法，还包括在在线模式下训练所述均衡器，其中在正在进...

【专利技术属性】
技术研发人员：E，
申请(专利权)人：因美纳有限公司，
类型：发明
国别省市：