System.ArgumentOutOfRangeException: 索引和长度必须引用该字符串内的位置。 参数名: length 在 System.String.Substring(Int32 startIndex, Int32 length) 在 zhuanliShow.Bind() 使用卷积的碱基识别制造技术_技高网

使用卷积的碱基识别制造技术

技术编号:41155001 阅读:5 留言:0更新日期:2024-04-30 18:19
本发明专利技术涉及使用卷积的碱基识别。公开了一种基于神经网络的碱基识别器,该碱基识别器检测和解释测序过程的静态、动态和机械特性,将在分析数据中每个序列周期处观察到的信息映射到核苷酸的潜在序列。基于神经网络的碱基识别器将特征工程化、降维、离散化和动力学建模的任务组合到一个端到端的学习框架中。特别是,基于神经网络的碱基识别器使用3D卷积、1D卷积和逐点卷积的组合来检测和解释诸如定相和预定相效应、空间串扰、发射重叠和衰落等检测偏差。

【技术实现步骤摘要】

所公开的技术涉及用于智能仿真的人工智能型计算机和数字化数据处理系统以及相应的数据处理方法和产品(即:基于知识的系统、推理系统和知识获取系统),并且包括用于不确定性推理的系统(例如:模糊逻辑系统)、自适应系统、机器学习系统和人工神经网络。尤其是,所公开的技术涉及利用诸如深度卷积神经网络等的深度神经网络来分析数据。参考文献出于所有目的,以下参考文献通过引用并入本文,如同在本文中做了充分的阐述一样:2019年3月21日提交的名称为“training data generation for artificialintelligence-based sequencing”的美国临时专利申请第62/821,602号(代理人案号:illm 1008-1/ip-1693-prv);2019年3月21日提交的名称为“training data generation for artificialintelligence-based sequencing”的美国临时专利申请第62/821,618号(代理人案号:illm 1008-3/ip-1741-prv);2019年3月21日提交的名称为“artificial intelligence-based base calling”的美国临时专利申请第62/821,681号(代理人案号:illm 1008-4/ip-1744-prv);2019年3月21日提交的名称为“artificial intelligence-based sequencing”的美国临时专利申请第62/821,766号(代理人案号:illm 1008-7/ip-1747-prv);2019年3月21日提交的名称为“artificial intelligence-based qualityscoring”的美国临时专利申请第62/821,724号(代理人案号:illm 1008-9/ip-1752-prv);2017年4月21日提交的随后于2017年10月26日公布为pct公告第wo 2017/184997al号的名称为“photonic stucture-based devices and compositions for usein luminescent imaging of multiple sites within a pixel,and methods of usingthe same”的pct专利申请第pct/us2017/028883号;2016年8月17日提交并随后于2017年3月2日公布为pct公告第wo 2017/034868al号的名称为“in-line pressure accumulator and flow-control system forbiological or chemical assays”的pct专利申请第pct/us2016/047253号;2017年6月20日提交并随后于2017年12月28日公布为pct公告第wo 2017/223041al号的名称为“super-resolution microscopy”的pct专利申请第pct/us2017/038259号;2016年3月22日提交并随后于2016年9月29日公布为us2016/0281150 al的名称为“methods,carrier assemblies,and systems for imaging samples for biological orchemical analysis”的美国专利申请第15/077,182号;2015年11月24日发布的名称为“super resolution imaging”的美国专利第9,193,998b2号;2018年4月10日发布的名称为“microdevices and biosensor cartridges forbiological or chemical analysis and systems and methods for the same”的美国专利第9,937,497b2号;2017年7月6日公布的名称为“systemis and methods for bochemical analysisincluding a base instrument and aremovable cartridge”的美国公告第us2017/0189904 al号;2015年3月11日提交并随后于2017年1月19日公布为us2017/0016060 al的名称为“disposable,integrated microfluidic cartridge and methods of making and usingsame”的美国专利申请第15/125,124号;2016年5月4日公布为ep公告第ep 2 173 467 bl号的名称为“method andapparatus using electric field for improved biological assays”的欧洲专利申请第08781608.8号;2016年3月10日提交并随后于2019年1月1日以美国专利第10,167,505b2号获得专利权并发布的名称为“integrated sequencing apparatuses and methods of use”的美国专利申请第15/067,013号;以及2013年4月26日提交并随后于2015年8月4日以美国专利第9,096,899b2号获得专利权并发布的名称为“microdevices and biosensor cartridges for bological orchemical analysis and systems and methods for the same”的美国专利申请第13/882,088号。


技术介绍

1、本节中所讨论的主题不能仅仅因为在本节中提及而被认为是现有技术。同样地,本节中所提及的或与作为
技术介绍
而提供的主题相关的问题不应被认为之前已经在现有技术中得到了认可。本节中的主题仅仅代表不同的方法,这些方法本身也可以对应于所述要求保护的技术的实施方式。

2、用于碱基识别的数据存在已知和未知的技术误差、偏差和错误的情况。碱基识别中的一个重大挑战是解释检测数据中的这些缺陷。用于碱基识别的动力学模型依赖于大量的技术专长和生物化学直觉。为了处理这些偏差,动力学模型使用显式编程进行特征工程化以及转换和校正矩阵的计算。

3、本专利技术提供了一种基于神经网络的碱基识别器,该碱基识别器可以自动从检测数据中提取特征,以学习检测和解释这些缺陷。从而可以利用深度学习来提高测序技术的准确性和吞吐量。


技术实现思路

本文档来自技高网...

【技术保护点】

1.一种神经网络实现的对分析物进行碱基识别的方法,所述方法包括:

2.一种神经网络实现的对分析物进行碱基识别的方法,所述方法包括:

3.一种神经网络识别的对分析物进行碱基识别的方法,所述方法包括:

4.一种非暂时性计算机可读存储介质,其印有计算机程序指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在处理器上执行时,执行包括以下步骤的方法:

5.一种非暂时性计算机可读存储介质,其印有计算机程序指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在处理器上执行时,执行包括以下步骤的方法:

6.一种非暂时性计算机可读存储介质,其印有计算机程序指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在处理器上执行时,执行包括以下步骤的方法:

7.一种系统,包括耦合到存储器的一个或多个处理器,所述存储器加载有计算机指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在所述处理器上执行时,执行包括以下步骤的动作:

8.一种系统,包括耦合到存储器的一个或多个处理器,所述存储器加载有计算机指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在所述处理器上执行时,执行包括以下步骤的动作:

9.一种系统,包括耦合到存储器的一个或多个处理器,所述存储器加载有计算机指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在所述处理器上执行时,执行包括以下步骤的动作:

...

【技术特征摘要】

1.一种神经网络实现的对分析物进行碱基识别的方法,所述方法包括:

2.一种神经网络实现的对分析物进行碱基识别的方法,所述方法包括:

3.一种神经网络识别的对分析物进行碱基识别的方法,所述方法包括:

4.一种非暂时性计算机可读存储介质,其印有计算机程序指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在处理器上执行时,执行包括以下步骤的方法:

5.一种非暂时性计算机可读存储介质,其印有计算机程序指令以对分析物进行碱基识别,当所述指令在处理器上执行时,执行包括以下步骤的方法:

6.一种非暂时性计算机可读存储介质,其印有计算机程序指令以...

【专利技术属性】
技术研发人员:E·科斯特姆
申请(专利权)人:因美纳有限公司
类型:发明
国别省市:

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