【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、生物样本中存在的特定核酸序列的检测已被用作例如鉴定和分类微生物、诊断传染病、检测和表征遗传异常、鉴定与癌症相关联的遗传变化、研究对疾病的遗传易感性，以及测量对各种类型的治疗的反应的方法。用于检测生物样本中的特定核酸序列的常用技术是核酸测序。
2、核酸测序方法已从maxam和gilbert所使用的化学降解方法以及sanger所使用的链伸长方法得到了发展。现在使用了允许在单个芯片上并行处理数千个核酸的若干测序方法。一些平台包括基于珠粒的格式和微阵列格式，其中二氧化硅珠粒用探针进行官能化，这取决于此类格式在包括测序、基因分型或基因表达谱分析在内的应用中的应用。
3、一些测序系统使用基于荧光的检测，无论是用于“边合成边测序”还是用于基因分型，其中给定的核苷酸用荧光标签标记，并且基于检测来自该标签的荧光来鉴定核苷酸。
4、对于能够灵敏地表征靶向dna基因座处的表观遗传改变的方法仍存在尚未满足的需求。染色质可及性(通过atac-seq)和与dna基因座相关联的蛋白(通过chip-seq)是采用现有杂交捕获技术难以靶向的表观遗传元件的示例。通常，dna序列富集测定与表观遗传特征相关。然而，由于这些序列是先验未知的，因此设计适当的杂交捕获寡核苷酸以有效地富集表观遗传测定针对特定感兴趣的基因组区域(例如，基因组基因座)的输出具有挑战性。
5、已经提出使用失活cas(dcas9)进行靶向基因座特异性蛋白分离以鉴定组蛋白基因调节因子的早期方法；参见例如，tsui等人，“dcas9-tar
技术实现思路
1、本文提供了用于使用靶向表观遗传测定、邻近诱导标签化、链侵入、限制或连接来检测分析物的系统和方法。
2、本文的一些示例提供了一种用于检测分析物的方法。该方法可包括将供体识别探针与该分析物的第一部分偶联。该供体识别探针可包含特异于该分析物的该第一部分的第一识别元件、与该分析物的该第一部分对应的第一寡核苷酸、以及与该第一识别元件和该第一寡核苷酸偶联的转座酶。该方法可包括将受体识别探针与该分析物的第二部分偶联。该受体识别探针可包含特异于该分析物的该第二部分的第二识别元件和与该第二识别元件偶联并与该分析物的该第二部分对应的第二寡核苷酸。该方法可包括使用转座酶产生包含该第一寡核苷酸和该第二寡核苷酸的报告多核苷酸。该方法可包括基于包含该第一寡核苷酸和该第二寡核苷酸的该报告多核苷酸检测分析物。
3、在一些示例中，该分析物包含第一分子。在一些示例中，该分析物的第一部分包含第一分子的第一部分，并且该分析物的第二部分包含第一分子的第二部分。
4、在一些示例中，第一分子包括蛋白质或肽。该第一识别元件可包括特异于该蛋白质或肽的第一部分的第一抗体或第一适体。该第二识别元件可包括特异于该蛋白质或肽的第二部分的第二抗体或第二适体。
5、在一些示例中，该第一分子包括靶多核苷酸。该第一识别元件可包括特异于该靶多核苷酸的第一亚序列的第一crispr相关(cas)蛋白。该第二识别元件可包括特异于该靶多核苷酸的第二亚序列的第二cas蛋白。在一些示例中，该靶多核苷酸包括rna，并且该第一cas蛋白和该第二cas蛋白独立地选自由rcas9和dcas13组成的组。
6、在一些示例中，该第一分子包括碳水化合物。该第一识别元件可包括特异于碳水化合物的第一部分的第一凝集素。该第二识别元件可包括特异于碳水化合物的第二部分的第二凝集素。
7、在一些示例中，该第一分子包括生物分子。该生物分子可特异于第一识别元件和第二识别元件。
8、在一些示例中，分析物进一步包含与第一分子相互作用的第二分子。在一些示例中，分析物的第一部分包含该第一分子，并且分析物的第二部分包含该第二分子。
9、在一些示例中，第一分子可包括第一蛋白质或第一肽；并且该第一识别元件可包括特异于该第一蛋白质或第一肽的第一抗体或第一适体。或者，例如，该第一分子可包括第一靶多核苷酸；并且该第一识别元件可包括特异于该第一靶多核苷酸的第一crispr相关(cas)蛋白。或者，例如，该第一分子可包括第一碳水化合物；并且该第一识别元件可包括特异于该第一碳水化合物的第一凝集素。或者，例如，该第一分子可包括特异于该第一识别元件的第一生物分子。
10、应当理解的是，任何合适的第二分子与上述第一分子中的任何第一分子相容。例如，该第二分子可包括第二蛋白质或第二肽；并且该第二识别元件可包括特异于该第二蛋白质或第二肽的第二抗体或第二适体。或者，该第二分子可包括第二靶多核苷酸；并且该第二识别元件包括特异于该第二靶多核苷酸的第二cas蛋白。或者，该第二分子可包括第二碳水化合物；并且该第二识别元件可包括特异于该第二碳水化合物的第二凝集素。或者，该第二分子可包括特异于该第二识别元件的第二生物分子。
11、在一些示例中，该第二寡核苷酸的一部分包含双链多核苷酸，该转座酶将第一寡核苷酸标签化至该双链多核苷酸以产生该报告多核苷酸。
12、在一些示例中，该第一寡核苷酸包含与该分析物的该第一部分对应的第一条形码，并且该第二寡核苷酸包含与该分析物的该第二部分对应的第二条形码。
13、在一些示例中，该第一寡核苷酸包含与转座酶偶联的嵌合末端(me)转座子末端。
14、在一些示例中，该第一寡核苷酸具有与该第二寡核苷酸不同的序列。
15、在一些示例中，第一寡核苷酸包含正向引物，并且第二寡核苷酸包含反向引物。
16、在一些示例中，该方法进一步包括抑制该转座酶的活性，与此同时将该供体识别探针特异性地与该分析物的第一部分偶联并且与此同时将该受体识别探针特异性地与该分析物的第二部分偶联。在一些示例中，使用流体的第一条件抑制转座酶的活性。在一些示例中，该流体的第一条件包括以下中的至少一者：(i)存在抑制该转座酶的活性的足量的edta，和(ii)不存在用于该转座酶的活性的足量的镁离子。在一些示例中，使用dsdna猝灭剂抑制该转座酶的活性。在一些示例中，通过将封闭剂与该转座酶缔合来抑制该转座酶的活性。在一些示例中，通过单链的第二寡核苷酸抑制该转座酶的活性。在一些示例中，该方法进一步包括在使用该转座酶产生报告多核苷酸之前促进该转座酶的活性。在一些示例中，使用流体的第二条件促进该转座酶的活性。在一些示例中，该流体的第二条件包括存在用本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于检测分析物的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分析物包含第一分子。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述分析物的所述第一部分包含所述第一分子的第一部分，并且其中所述分析物的所述第二部分包含所述第一分子的第二部分。
4.根据权利要求2所述的方法，其中：
5.根据权利要求2所述的方法，其中：
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶多核苷酸包括RNA，并且其中所述第一Cas蛋白和所述第二Cas蛋白独立地选自由rCas9和dCas1 3组成的组。
7.根据权利要求2所述的方法，其中：
8.根据权利要求2所述的方法，其中：
9.根据权利要求2所述的方法，其中所述分析物进一步包含与所述第一分子相互作用的第二分子。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述分析物的所述第一部分包含所述第一分子，并且其中所述分析物的所述第二部分包含所述第二分子。
11.根据权利要求10所述的方法，其中：
12.根据权利要求10所述的方法，其中
13.根据权利要求10所述的方法，其中：
14.根据权利要求10所述的方法，其中：
15.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中：
16.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中：
17.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中：
18.根据权利要求9至14中任一项所述的方法，其中：
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述第二生物分子特异于所述第二识别元件。
20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述第二寡核苷酸的一部分包含双链多核苷酸，所述转座酶将所述第一寡核苷酸标签化至所述双链多核苷酸以产生所述报告多核苷酸。
21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸包含与所述分析物的所述第一部分对应的第一条形码，并且其中所述第二寡核苷酸包含与所述分析物的所述第二部分对应的第二条形码。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸包含与所述转座酶偶联的嵌合末端(ME)转座子末端。
23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸具有与所述第二寡核苷酸不同的序列。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸包含正向引物结合位点，并且其中所述第二寡核苷酸包含反向引物结合位点。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，所述方法进一步包括抑制所述转座酶的活性，与此同时将所述供体识别探针特异性地与所述分析物的所述第一部分偶联并且与此同时将所述受体识别探针特异性地与所述分析物的所述第二部分偶联。
26.根据权利要求25所述的方法，其中使用流体的第一条件抑制所述转座酶的所述活性。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述流体的所述第一条件包括以下中的至少一者：(i)存在抑制所述转座酶的所述活性的足量的EDTA，和(ii)不存在用于所述转座酶的所述活性的足量的镁离子。
28.根据权利要求25所述的方法，其中使用dsDNA猝灭剂抑制所述转座酶的所述活性。
29.根据权利要求25所述的方法，其中通过将封闭剂与所述转座酶缔合来抑制所述转座酶的所述活性。
30.根据权利要求25所述的方法，其中通过单链的所述第二寡核苷酸抑制所述转座酶的所述活性。
31.根据权利要求25至30中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在使用所述转座酶产生所述报告多核苷酸之前促进所述转座酶的活性。
32.根据权利要求31所述的方法，其中使用所述流体的第二条件促进所述转座酶的所述活性。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述流体的所述第二条件包括存在用于所述转座酶的所述活性的足量的镁离子。
34.根据权利要求29所述的方法，其中通过降解所述封闭剂来促进所述转座酶的所述活性。
35.根据权利要求31所述的方法，其中通过使第三寡核苷酸与所述第二寡核苷酸退火以形成双链多核苷酸来促进所述转座酶的所述活性。
36.根据权利要求25所述的方法，其中使用与所述第一寡核苷酸偶联的封闭基团来抑制所述转座酶的所述活性。
37.根据权利要求36所述的方法，所述方法进一步包括使用试剂去除所述封闭基团。
38.根据权利要求1至37中任一项所述的方法，其中检测所述分析物包括对所述报告多核苷酸进...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于检测分析物的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分析物包含第一分子。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述分析物的所述第一部分包含所述第一分子的第一部分，并且其中所述分析物的所述第二部分包含所述第一分子的第二部分。
4.根据权利要求2所述的方法，其中：
5.根据权利要求2所述的方法，其中：
6.根据权利要求5所述的方法，其中所述靶多核苷酸包括rna，并且其中所述第一cas蛋白和所述第二cas蛋白独立地选自由rcas9和dcas1 3组成的组。
7.根据权利要求2所述的方法，其中：
8.根据权利要求2所述的方法，其中：
9.根据权利要求2所述的方法，其中所述分析物进一步包含与所述第一分子相互作用的第二分子。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述分析物的所述第一部分包含所述第一分子，并且其中所述分析物的所述第二部分包含所述第二分子。
11.根据权利要求10所述的方法，其中：
12.根据权利要求10所述的方法，其中：
13.根据权利要求10所述的方法，其中：
14.根据权利要求10所述的方法，其中：
15.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中：
16.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中：
17.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中：
18.根据权利要求9至14中任一项所述的方法，其中：
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述第二生物分子特异于所述第二识别元件。
20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中所述第二寡核苷酸的一部分包含双链多核苷酸，所述转座酶将所述第一寡核苷酸标签化至所述双链多核苷酸以产生所述报告多核苷酸。
21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸包含与所述分析物的所述第一部分对应的第一条形码，并且其中所述第二寡核苷酸包含与所述分析物的所述第二部分对应的第二条形码。
22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸包含与所述转座酶偶联的嵌合末端(me)转座子末端。
23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸具有与所述第二寡核苷酸不同的序列。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸包含正向引物结合位点，并且其中所述第二寡核苷酸包含反向引物结合位点。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的方法，所述方法进一步包括抑制所述转座酶的活性，与此同时将所述供体识别探针特异性地与所述分析物的所述第一部分偶联并且与此同时将所述受体识别探针特异性地与所述分析物的所述第二部分偶联。
26.根据权利要求25所述的方法，其中使用流体的第一条件抑制所述转座酶的所述活性。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述流体的所述第一条件包括以下中的至少一者：(i)存在抑制所述转座酶的所述活性的足量的edta，和(ii)不存在用于所述转座酶的所述活性的足量的镁离子。
28.根据权利要求25所述的方法，其中使用dsdna猝灭剂抑制所述转座酶的所述活性。
29.根据权利要求25所述的方法，其中通过将封闭剂与所述转座酶缔合来抑制所述转座酶的所述活性。
30.根据权利要求25所述的方法，其中通过单链的所述第二寡核苷酸抑制所述转座酶的所述活性。
31.根据权利要求25至30中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在使用所述转座酶产生所述报告多核苷酸之前促进所述转座酶的活性。
32.根据权利要求31所述的方法，其中使用所述流体的第二条件促进所述转座酶的所述活性。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述流体的所述第二条件包括存在用于所述转座酶的所述活性的足量的镁离子。
34.根据权利要求29所述的方法，其中通过降解所述封闭剂来促进所述转座酶的所述活性。
35.根据权利要求31所述的方法，其中通过使第三寡核苷酸与所述第二寡核苷酸退火以形成双链多核苷酸来促进所述转座酶的所述活性。
36.根据权利要求25所述的方法，其中使用与所述第一寡核苷酸偶联的封闭基团来抑制所述转座酶的所述活性。
37.根据权利要求36所述的方法，所述方法进一步包括使用试剂去除所述封闭基团。
38.根据权利要求1至37中任一项所述的方法，其中检测所述分析物包括对所述报告多核苷酸进行测序。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述测序包括对所述报告多核苷酸执行合成测序。
40.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中检测所述分析物包括：
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述珠粒包含捕获探针，并且
42.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述转座酶经由所述第一寡核苷酸与所述第一识别元件偶联。
43.根据权利要求1至42中任一项所述的方法，其中所述供体识别探针包含两个转座酶、两个第一识别元件和两个第一寡核苷酸，其中所述两个转座酶形成二聚体，所述转座酶中的每个转座酶经由所述第一寡核苷酸中的对应第一寡核苷酸与所述第一识别元件中的对应第一识别元件偶联。
44.根据权利要求1至42中任一项所述的方法，其中所述供体识别探针包含两个转座酶、一个第一识别元件和两个第一寡核苷酸，其中所述两个转座酶形成二聚体，所述转座酶中的每个转座酶经由所述第一寡核苷酸中的对应第一寡核苷酸与所述一个第一识别元件偶联。
45.根据权利要求1至42中任一项所述的方法，其中所述供体识别探针包含两个转座酶、一个第一识别元件和两个第一寡核苷酸，其中所述两个转座酶形成二聚体，所述转座酶中的至少一个转座酶经由共价键与所述一个第一识别元件偶联。
46.根据权利要求1至45中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸包括dna。
47.根据权利要求1至46中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸均包括独特分子标识符。
48.根据权利要求1至47中任一项所述的方法，其中所述转座酶包括tn5。
49.根据权利要求1至48中任一项所述的方法，其中在所述受体识别探针与所述分析物的所述第二部分偶联之前所述受体识别探针与珠粒偶联，所述方法进一步包括在所述受体识别探针与所述分析物的所述第二部分偶联之后且在所述供体识别探针与所述分析物的所述第一部分偶联之前洗涤所述珠粒。
50.根据权利要求1至49中任一项所述的方法，其中在所述转座酶与所述第一寡核苷酸和所述第一识别元件偶联之前，所述第一识别元件和所述第一寡核苷酸与所述分析物的所述第一部分偶联。
51.一种用于检测混合物中的不同分析物的方法，所述方法包括：
52.根据权利要求51所述的方法，所述方法进一步包括基于与那些分析物对应的所述报告多核苷酸的量来确定所述混合物中所检测的所述分析物的量。
53.根据权利要求51或权利要求52所述的方法，其中对于所述分析物的第一分析物，所述供体识别探针的第一供体识别探针特异于那种分析物的所述第一部分的第一形式。
54.根据权利要求53所述的方法，其中对于所述分析物的所述第一分析物，所述供体识别探针的第二供体识别探针特异于那种分析物的所述第一部分的第二形式。
55.根据权利要求54所述的方法，其中将所述供体识别探针的所述第一供体识别探针和所述第二供体识别探针与所述分析物彼此同时混合。
56.根据权利要求53所述的方法，其中对于所述分析物的所述第一分析物，所述供体识别探针的第二供体识别探针特异于那种分析物的所述第一部分的所述第一形式和第二形式两者。
57.根据权利要求56所述的方法，其中在将所述供体识别探针的所述第一供体识别探针与所述分析物混合之后，将所述供体识别探针的所述第二供体识别探针与所述分析物混合。
58.根据权利要求54至57中任一项所述的方法，其中所述分析物是蛋白质，其中所述第一形式是翻译后修饰的(ptm)，并且其中所述第二形式不是ptm。
59.根据权利要求58所述的方法，其中所述第一形式相对于所述第二形式是磷酸化、乙酰化、甲基化、亚硝基化或糖基化的。
60.根据权利要求51至57中任一项所述的方法，其中所述分析物是核酸，其中所述第一形式包括修饰的核苷酸，并且其中所述第二形式不包括修饰的核苷酸。
61.根据权利要求51至60中任一项所述的方法，所述方法进一步包括基于与所述供体识别探针的所述第一供体识别探针和所述第二供体识别探针对应的所述报告多核苷酸的量来确定所述分析物的所述第一分析物的所述第一形式和所述第二形式的量...
【专利技术属性】
技术研发人员：A·肯尼迪，S·舒尔扎贝格，K·巴斯比，C·布朗，A·普赖斯，E·维尔马斯，R·潘托哈，M·菲利，J·邹，李勇，S·阿尔马赛，A·杜塔，M·阿尔瓦雷斯，
申请(专利权)人：因美纳有限公司，
类型：发明
国别省市：
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