与ATP结合位点结合的异吲哚啉衍生物制造技术

本发明专利技术涉及本文定义的式I和II的新型探针化合物。本发明专利技术还涉及合成这些新型探针化合物的方法，以及它们在测定和筛选中的用途，用于确定测试分子与靶蛋白(例如错配修复(MMR)组分蛋白PMS2和MLH1)的ATP结合位点的结合，或者用于确定这种靶蛋白在生物样品中的位置和/或数量。数量。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】与ATP结合位点结合的异吲哚啉衍生物


[0001]本专利技术涉及新型探针分子。本专利技术还涉及合成这些新型探针分子的方法，以及它们在测定和筛选中的用途，用于确定测试分子与靶蛋白(例如错配修复(MMR)组分蛋白PMS2和MLH1)的ATP结合位点的结合，或者用于确定这种靶蛋白在生物样品中的位置和/或数量。

技术介绍

[0002]ATP酶的GHKL家族包括伴侣蛋白HSP90[1]，错配修复(MMR)组分蛋白PMS2和MLH1[2]以及DNA回旋酶
‑
一种催化双链DNA超螺旋的细菌II型拓扑异构酶[3]。GHKL家族的每个成员都有一个ATP结合位点，并且已知ATP结合对GHKL家族蛋白的功能很重要[4]。
[0003]HSP90的ATP竞争性抑制剂已经显示出作为抗癌剂的效用[5，6]，并且ATP竞争性荧光探针已经被报道用于发现与HSP90的ATP结合位点结合的化合物并置换荧光探针[7]。在这种测定中，附着于在发射前快速旋转并破坏偏振光平面的小配体的荧光染料分子(所谓的荧光探针分子)，导致低荧光偏振。探针分子与缓慢旋转的蛋白质如HSP90的结合导致高荧光偏振；测试配体对探针分子的置换导致荧光偏振的浓度依赖性降低。因此，可以应用荧光偏振来提供测试化合物与蛋白质如Hsp90[7，8]或DNA回旋酶[9]结合程度的直接定量读数。
[0004]令人惊讶的是，已经发现商业上可获得的ATP衍生的荧光探针如BODIPY
‑
FL
‑
ATP
‑
γ
‑
S(Invitrogen)、EDA
‑
AMPPNP
‑
5/6
‑
TAMRA(Jena Bioscience GmbH)和EDA
‑
AMPPNP
‑
Cy5(Jena Bioscience GmbH)在根据本文举例说明的方案类型进行的荧光偏振测定中没有显示信号，并且还显示通过表面等离子体共振与MLH1的N
‑
末端结构域的结合非常弱。冈此，这些探针不适合用作荧光偏振筛选工具。
[0005]因此，需要进一步的探针化合物，其表现出对GHKL家族成员MLH1和PMS2的ATP结合位点的改善的结合，并冈此适合用作荧光偏振筛选工具。
[0006]本专利技术是考虑到前述内容而设计的。

技术实现思路

[0007]本专利技术在于发现了一系列新的探针化合物，它们能有效地结合GHKL家族蛋白MLH1和PMS2的ATP结合位点。这些探针化合物可用于评估测试化合物对MLH1和PMS2的ATP结合位点的结合亲和力的测定和方法中。此外，这些探针化合物可用于确定生物样品中MLH1或PMS2的位置和/或数量。
[0008]在第一方面，本专利技术提供了如本文所定义的式I或II的探针化合物或其盐。
[0009]另一方面，本专利技术提供了一种合成如本文所定义的式I或II的探针化合物或其盐的方法。
[0010]在另一方面，本专利技术提供了式I的探针化合物或其盐在置换测定中的用途，以确定测试分子对靶蛋白的ATP结合位点的结合亲和力。在一个实施方案中，靶蛋白选自MLH1、PMS2或HSP90。在一个特定的实施方案中，靶蛋白是MLH1或PMS2。
[0011]在另一方面，本专利技术提供了式I的探针化合物或其盐，其用于置换测定以确定测试分子对靶蛋白的ATP结合位点的结合亲和力。在一个实施方案中，靶蛋白选自MLH1、PMS2或HSP90。在一个特定的实施方案中，靶蛋白是MLH1或PMS2。
[0012]在另一方面，本专利技术提供了用于确定测试分子对靶蛋白的ATP结合位点的结合亲和力的测定，该测定包括：
[0013](i)在如本文所定义的式I的探针化合物或其盐的存在下，将测试分子与靶蛋白一起培养；和
[0014](ii)确定式I的探针化合物是否从靶蛋白的ATP结合位点被置换。
[0015]在一个实施方案中，靶蛋白选自MLH1、PMS2或HSP90。在一个特定的实施方案中，靶蛋白是MLH1或PMS2。
[0016]在另一方面，本专利技术提供了用于确定测试分子对靶蛋白的ATP结合位点的结合亲和力的方法，该方法包括：
[0017](i)在如本文所定义的式I的探针化合物或其盐的存在下，将测试分子与靶蛋白一起培养；和
[0018](ii)确定式I的探针化合物是否从靶蛋白的ATP结合位点被置换。
[0019]在另一方面，本专利技术提供了一种用于确定生物样品中存在的靶蛋白的位置和/或数量的测定，该测定包括：
[0020](i)将生物样品与如本文所定义的式I的探针化合物或其盐接触；和
[0021](ii)通过检测生物样品中存在的式I的化合物的检测部分的位置和/或强度，确定样品中存在的式I的化合物的位置和/或数量。
[0022]在另一方面，本专利技术提供了一种用于确定生物样品中存在的靶蛋白的位置和/或数量的测定，该测定包括：
[0023](i)将生物样品与如本文所定义的式II的探针化合物或其盐接触；和
[0024](ii)将生物样品与本文定义的检测部分Q或式Q
‑
L2‑
Y的化合物接触，其能够与式II的化合物上存在的官能团X反应以在生物样品中原位形成式I的化合物；
[0025](iii)通过检测生物样品中存在的式I的化合物的检测部分的位置和/或强度，确定样品中存在的式I的化合物的位置和/或数量。
[0026]在另一方面，本专利技术提供了一种用于确定生物样品中存在的靶蛋白的位置和/或数量的方法，该方法包括：
[0027](i)将生物样品与如本文所定义的式I的探针化合物或其盐接触；和
[0028](ii)通过检测生物样品中存在的式I的化合物的检测部分的位置和/或强度，确定样品中存在的式I的化合物的位置和/或数量。
[0029]在另一方面，本专利技术提供了一种用于确定生物样品中存在的靶蛋白的位置和/或数量的方法，该方法包括：
[0030](i)将生物样品与如本文所定义的式II的探针化合物或其盐接触；和
[0031](ii)将生物样品与本文定义的检测部分Q或式Q
‑
L2‑
Y的化合物接触，其能够与式II的化合物上存在的官能团X反应以在生物样品中原位形成式I的化合物；
[0032](iii)通过检测生物样品中存在的式I的化合物的检测部分的位置和/或强度，确定样品中存在的式I的化合物的位置和/或数量。
[0033]在一个实施方案中，靶蛋白选自MLH1、PMS2或HSP90。在一个特定的实施方案中，靶蛋白是MLH1或PMS2。
具体实施方式
[0034]定义
[0035]除非另有说明，否则说明书和权利要求书中使用的下列术语具有以下含义。
[0036]在本说明书中，术语“烷基”包括直链和支链烷基。提到单个烷基如“丙基”时，仅针对直链形式，提到单个本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.式I或II的探针化合物或其盐：其中：R1是卤素或(1
‑
6C)烷基、(3
‑
6C)环烷基或(3
‑
4C)环烷基
‑
(1
‑
2C)烷基，它们各自任选被一个或多个选自卤素、氰基或羟基的取代基取代；L是接头；Q是检测部分；Lx是接头；和X是官能团。2.根据权利要求1所述的探针化合物，其中R1是卤素或(1
‑
6C)烷基、(3
‑
4C)环烷基或(3
‑
4C)环烷基
‑
(1
‑
2C)烷基，它们各自任选被一个或多个卤素取代基取代。3.根据权利要求1或2所述的探针化合物，其中R1选自甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、叔丁基、环丙基、环丙基甲基、环丁基、三氟甲基。4.根据前述权利要求中任一项所述的探针化合物，其中R1是异丙基。5.根据前述权利要求中任一项所述的探针化合物，其中L是(2
‑
20C)亚烷基接头，其中所述亚烷基链进一步包含位于亚烷基链内和/或其末端之一的一至十个
‑
O
‑
键和/或一至四个
‑
C(O)
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
、
‑
C(O)O
‑
、
‑
OC(O)
‑
或三唑环键；其中R
10
是氧或(1
‑
2C)烷基，并且其中所述亚烷基链任选被一个或多个独立选自卤素、羟基、氰基、氨基、(1
‑
2C)烷基、(1
‑
2C)羟烷基、(1
‑
2C)卤代烷基或(1
‑
2C)烷氧基的取代基取代。6.根据前述权利要求中任一项所述的探针化合物，L是(2
‑
18C)亚烷基接头，其中所述亚烷基链任选进一步包含位于亚烷基链内和/或其末端之一的一个
‑
O
‑
键和/或一个
‑
C(O)
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
或
‑
NR
10
C(O)
‑
键或一个三唑环键，并且其中R
10
是氢或(1
‑
2C)烷基。7.根据权利要求1至4中任一项所述的探针化合物，其中L是具有下式的接头：
‑
L1‑
X1‑
L2‑
X2‑
L3‑
其中L1不存在或为(1
‑
8C)亚烷基；X1不存在或选自
‑
O
‑
、
‑
C(O)
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
、
‑
C(O)O
‑
、
‑
OC(O)
‑
或三唑环；
L2是(1
‑
10C)亚烷基或式
‑
[CH2CH2‑
O]
a
‑
[CH2]
b
‑
或
‑
[CH2]
b
‑
[O
‑
CH2CH2]
a
‑
的基团，其中a是1
‑
10，并且b是1
‑
4；X2不存在或选自
‑
O
‑
、
‑
C(O)
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
、
‑
C(O)O
‑
、
‑
OC(O)
‑
或三唑环；L3不存在或为(1
‑
8C)亚烷基；其中R
10
为氢或(1
‑
2C)烷基；并且条件是X1或X2中的至少一个存在。8.根据权利要求1至4或权利要求7中任一项所述的探针化合物，其中L是具有下式的接头：
‑
L1‑
X1‑
L2‑
X2‑
L3‑
其中L1不存在或为(2
‑
6C)亚烷基；X1不存在或选自
‑
O
‑
、
‑
C(O)
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
或三唑环；L2是(2
‑
6C)亚烷基或式
‑
[CH2CH2‑
O]
a
‑
[CH2]
b
‑
或
‑
[CH2]
b
‑
[O
‑
CH2CH2]
a
‑
的基团，其中a是2
‑
10，并且b是2
‑
4；X2不存在或选自
‑
O
‑
、
‑
C(O)
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
或三唑环；L3不存在或为(2
‑
6C)亚烷基；其中R
10
为氢或甲基；并且条件是X1或X2中的至少一个存在。9.根据权利要求1至4或权利要求7或权利要求8中任一项所述的探针化合物，其中L是具有下式的接头：
‑
L1‑
X1‑
L2‑
X2‑
L3‑
其中L1是(2
‑
6C)亚烷基；X1选自
‑
O
‑
、
‑
C(O)
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
、
‑
C(O)O
‑
、
‑
OC(O)
‑
或三唑环；L2是(2
‑
6C)亚烷基或式
‑
[CH2CH2‑
O]
a
‑
[CH2]
b
‑
或
‑
[CH2]
b
‑
[O
‑
CH2CH2]
a
‑
的基团，其中a是2
‑
10，并且b是2
‑
4；X2不存在；L3不存在；其中R
10
为氢或甲基；并且条件是X1或X2中的至少一个存在。10.根据权利要求1至4或权利要求7至9中任一项所述的探针化合物，其中L是具有下式的接头：
‑
L1‑
X1‑
L2‑
X2‑
L3‑
其中L1是(2
‑
6C)亚烷基；X1选自
‑
O
‑
、
‑
C(O)
‑
、
‑
C(0)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
或三唑环；L2是(2
‑
6C)亚烷基或式
‑
[CH2CH2‑
O]
a
‑
[CH2]
b
‑
或
‑
[CH2]
b
‑
[O
‑
CH2CH2]
a
‑
的基团，其中a是2
‑
10，并且b是2
‑
4；X2选自
‑
O
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
或三唑环；
L3不存在或为(2
‑
6C)亚烷基；其中R
10
为氢或甲基；并且条件是X1或X2中的至少一个存在。11.根据前述权利要求中任一项所述的探针化合物，其中Q是选自由荧光团、寡核苷酸、生物分子、分子传感器、蛋白质或肽组成的组的检测部分。12.根据前述权利要求中任一项所述的探针化合物，其中Q是荧光团。13.根据权利要求1到4中任一项所述的探针化合物，其中L
x
是(1
‑
8C)亚烷基接头，其中所述亚烷基链任选地进一步包含位于亚烷基链内和/或其末端之一的一个或多个
‑
O
‑
、
‑
C(O)NR
10
‑
、
‑
NR
10
C(O)
‑
、
‑
C(O)O
‑
、
‑
OC(O)
‑
或三唑环键，其中R
10
是氢或(1
‑
2C)烷基；或者L
x
是(1
‑
6C)亚烷基接头，其任选地包含位于亚烷基链内和/或其末端之一的一个
‑
O
‑
、
‑
C(O)NH
‑
、
‑
NHC(O)
‑
、
‑
C(O)O
‑
、
‑
OC(O)
‑
或三唑环键。14.根据权利要求1至4或权利要求13中任一项所述的探针化合物，其中X是选自卤素、N3或乙炔基的官能团。15.一种探针化合物，其选自以下任何一种：l
‑
(6
‑
((2
‑
(2
‑
(4
‑
((2
‑
(2，4
‑
二羟基
‑5‑
异丙基苯甲酰基)异吲哚啉
‑5‑
基)甲基)哌嗪
‑1‑
基)乙氧基)乙基)氨基)
‑6‑
氧代己基)
‑
3，3
‑
二甲基
‑2‑
((1E，3E)
‑5‑
((E)
‑
1，3，3
‑
三甲基吲哚啉
‑2‑
亚基)戊
‑
1，3
‑
二烯
‑1‑
基)
‑
3H
‑
吲哚
‑1‑
鎓；3
‑
(2
‑
((1E，3E)
‑5‑
((Z)
‑3‑
(5
‑
((2
‑
(2
‑
(4
‑
((2
‑
(2，4
‑
二羟基
‑5‑
异丙基苯甲...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱利安，
申请(专利权)人：奈奥芬莱有限公司，
类型：发明
国别省市：