基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法技术

本发明专利技术提供了一种基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法，即采用激光捕获显微切割的磁珠法痕量分析及质谱分析方法，具体包括通过激光捕获显微切割技术切割福尔马林固定石蜡包埋等组织切片的痕量目标组织，并收集至管盖中；加入裂解液完全覆盖痕量目标组织，在恒温水浴中原位孵育裂解；裂解得到的蛋白质溶液中加入还原剂和烷基化试剂进行反应；再加入磁珠和乙醇，然后加入缓冲液、蛋白水解酶进行酶解；将肽段溶液进行色谱分离和质谱检测；本发明专利技术的空间分辨蛋白质组学方法能够显著降低单个样本所需的起始组织量，显著提升蛋白质提取效率和质谱鉴定能力，从而可以与现有主流空间分辨转录组技术的分辨率对接。主流空间分辨转录组技术的分辨率对接。主流空间分辨转录组技术的分辨率对接。

【技术实现步骤摘要】
基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法


[0001]本专利技术属于蛋白分析
，具体涉及一种基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法。

技术介绍

[0002]蛋白质是细胞功能的实际执行者，近年来基于质谱的蛋白质组学技术的进步，促进了对临床组织样本的蛋白质组学研究，从而推动了对疾病的认识和治疗。然而传统的蛋白质组学方法往往将临床组织作为整体进行蛋白质提取、酶解和分析，导致细胞异质性和空间定位信息的丢失。激光捕获显微切割技术(Laser Capture Microdissection,LCM)是一种能从组织中分离出特定细胞群体或组织学区域、同时保留空间定位信息的技术，其发展使特异性地对组织样品中某一个或一类细胞进行空间分辨蛋白质组学研究成为可能。2021年初，Nature methods将空间分辨转录组技术(Spatially resolved transcriptomics,SRT)评为2020年度方法。然而，具有高灵敏度的空间分辨蛋白质组技术(Spatially resolved proteomics,SRP)的开发与应用本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法，其特征在于：其包括如下步骤：(1)、将组织切片置于激光捕获显微切割仪的载物台上，选取目标组织后，进行切割并收集至显微切割专用管的管盖上；(2)、向步骤(1)的管盖上加入裂解液，并完全覆盖目标组织，在50
‑
70℃水浴下原位孵育裂解1.5
‑
2.5h，之后将含蛋白质的裂解液离心收集至管底；(3)、向步骤(2)裂解得到的蛋白质溶液中加入终浓度为5
‑
20mmol/L的还原剂和终浓度为10
‑
100mmol/L的烷基化试剂进行一步反应或顺次反应，蛋白质的还原烷基化的反应体系中，烷基化试剂终浓度不低于还原剂终浓度的2倍，之后冷却至室温；(4)、向步骤(3)中加入0.5
‑
1.5μl、30
‑
70μg/μl的磁珠，再加入乙醇，之后在室温下震荡混匀，于磁力架上静置后去除上清液，用不同浓度的乙醇冲洗磁珠；(5)、在步骤(4)冲洗后的磁珠中加入缓冲液，在水浴中超声，加入终浓度为1
‑
100ng/μl蛋白水解酶，在恒温振荡仪上300
‑
1500rpm边震荡边酶解蛋白质溶液；(6)、步骤(5)酶解4
‑
24h的样品于磁力架上静置后，收集上清液并加入甲酸溶液至终浓度0.1
‑
1wt％进行酸化终止酶解反应；(7)、将步骤(6)的肽段溶液进行色谱分离和质谱检测。2.根据权利要求1所述的基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法，其特征在于：步骤(1)中，所述组织切片的厚度为3
‑
20μm。3.根据权利要求1所述的基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法，其特征在于：步骤(1)中，所述组织切片选自福尔马林固定石蜡包埋组织切片、组织芯片或新鲜组织的冰冻切片中的一种以上。4.根据权利要求1所述的基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法，其特征在于：步骤(2)中，所述水浴的温度为60℃，所述原位孵育裂解的时间为2h。5.根据权利要求1所述的基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法，其特征在于：步骤(2)中，所述裂解液...

【专利技术属性】
技术研发人员：王慧，李辰，顾蕾，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：