一种基于Y染色体SNP特征位点确定谱系的方法技术

本发明专利技术公开了一种基于Y染色体SNP特征位点确定谱系的方法，所述方法包括如下步骤：(a)确定检测对象的Y染色体SNP特征位点；(b)根据上述Y染色特SNP特征位点是否发生突变确定检测对象的谱系；本发明专利技术上述方法通过Y染色体SNP特征位点快速实现检测对象谱系的确定，该方法具有准确性高和效率高的特点；此外，本发明专利技术Y染色体SNP特征位点基于TaqMan探针法快速检测，是一步法扩增就能完成检测，不需要纯化和模版制备，简化了Y

【技术实现步骤摘要】
一种基于Y染色体SNP特征位点确定谱系的方法


[0001]本专利技术涉及谱系确定
，具体涉及一种基于Y染色体SNP特征位点确定谱系的方法。

技术介绍

[0002]目前实现个体谱系识别对Y染色体和线粒体SNP检测的方法有以下几种：
[0003]1.测序法(一代测序)：对目标位点区段进行PCR扩增，之后利用纯化试剂盒对PCR产物进行纯化去除反应体系中的各种组分，再基于PCR产物为模板利用测序引物和测序试剂盒进行测序反应，测序反应产物经纯化试剂盒纯化之后再经与去离子甲酰胺混合变性之后上测序仪测序。该技术涉及步骤较多，很难实现大规模的高通量快速检测，同时成本也很高。
[0004]2.测序法(二代测序)：二代测序可以实现大样本的高通量检测，但是该技术需要非常复杂的建库和测序过程，最终产生大量的数据，数据分析必须要专业人士才能完成。该技术目前成本很高，很难大规模推广使用。
[0005]3.SNP芯片检测法：芯片技术是将需要检测位点信息设计成为探针，并在一个芯片上集中多个位点信息，实现大规模的快速检测，但是芯片杂交和数据读取以及数据解读都需要非常专业的技术人员独立分工完成。目前该方法成本也相对较高，很少用于个体谱系识别对Y染色体SNP检测。
[0006]4.PCR产物限制性酶切法：该技术利用突变位点序列特征设计限制性内切酶酶切位点，通过PCR扩增实现酶切位点的引入，对PCR产物进行酶切之后电泳分型，根据酶切结果判断突变类型。该技术有很多缺陷，有些突变位点很难引入酶切位点，限制性内切酶活性也影响了酶切效果而产生假阴性结果，往往需要测序结果来检验数据质量。该技术应用上涉及很多步骤及电泳图像读取不能实现自动化，不可能实现大样本的高通量检测。
[0007]5.基于多重PCR扩增的Snapshot检测法：该方法是目前法医学上个体谱系识别对Y染色体SNP检测的主要方法，该方法可以实现多个位点的快速检测。Snapshot技术需要PCR制备Snapshot反应模板，经酶法纯化备用。利用各个突变位点信息设计Snapshot反应引物，为区分不同位点将Snapshot反应引物设计为有长度差异，以便区分不同位点信息。利用Snapshot模板、引物和试剂盒完成单个碱基扩增反应，之后再经一轮酶纯化，与去离子甲酰胺和Liz内标混合变性，用一代测序仪分离片段大小以及读取单碱基扩增时引入的荧光信号，以区分不同位点的SNP变异信息。该技术实验步骤繁琐，多重扩增经常出现有些位点信息缺失，需要补数据。还有多重扩增需要花大量时间去优化反应体系，以实现各个位点荧光信号的均一性。该技术产生的数据读取存在一定误差，需要实验人员手动检查原始数据，由于信号强度差异，会出现假阴性。所以需要对数据抽样测序确认。
[0008]目前决定个体Y染色体谱系识别的SNP单倍型分析的常用技术是Snapshot技术，该技术是最近几年才逐渐成熟应用于法医检查，也已经有多项相关专利。该技术根据引物长度分辨不同SNP信息，以带荧光末端双脱氧核苷酸信号判定每个SNP的单倍型信息，可以实
现多重扩增。该技术也是一项理想的Y
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SNP分型手段，但是Snapshot技术存在一些自身的不足。首先，Snapshot技术需要进行两步PCR扩增(一步检测产物扩增和一步延伸反应扩增)，同时需要进行两步酶法纯化(一步检测扩增产物纯化和一步延伸产物纯化)；其次，多重扩增的体系需要根据情况来调整引物和模版的配比，才能使最终检测信号强度保持一致；第三，Snapshot检测结果，需要人工检查原始数据的可靠性，才能对数据质量有一个保障；第四，多重扩增过程中，经常出现部分位点信息缺失，需要耗时费力地重复实验补充大量的缺失位点信息。因此，开发一种能解决上述技术问题的产品是非常必要的。

技术实现思路

[0009]本专利技术的目的在于提供一种基于Y染色体SNP特征位点确定谱系的方法，该方法能够通过Y染色体SNP特征位点快速实现检测对象谱系的确定，具有准确性高和效率高的特点。
[0010]为了实现本专利技术的上述目的，特采用以下技术方案：
[0011]本专利技术第一方面提供一种基于Y染色体SNP特征位点确定谱系的方法，所述方法包括如下步骤：
[0012](a)确定检测对象的Y染色体SNP特征位点，其中，Y染色体SNP特征位点包括rs35284970、rs2267802、rs9306841、rs2032652、rs9341278、rs16981290、rs2032636、rs9786714、rs17306671、rs3900、rs2032631、rs2032668、rs3212291、rs34442126、rs72613040、rs13447443、rs11575897、rs78149062、rs17276338、rs2267801、rs3898、rs17316007、rs34893929、rs2032597和rs868302452；
[0013](b)根据上述Y染色特SNP特征位点是否发生突变确定检测对象的谱系。
[0014]优选地，所述Y染色体SNP特征位点对应检测对象的谱系分支如下：
[0015][0016][0017]优选地，采用TaqMan探针荧光PCR法确定Y染色体SNP特征位点是否发生突变，其中，rs35284970对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：1
～4所示；rs2267802对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：5～8所示；rs9306841对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：9～12所示；rs2032652对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：13～16所示；rs9341278对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：17～20所示；rs16981290对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：21～24所示；rs2032636对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：25～28所示；rs9786714对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：29～32所示；rs17306671对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：33～36所示；rs3900对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：37～40所示；rs2032631对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：41～44所示；rs2032668对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：45～48所示；rs3212291对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：49～52所示；rs34442126对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于Y染色体SNP特征位点确定谱系的方法，其特征在于，包括如下步骤：(a)确定检测对象的Y染色体SNP特征位点，其中，Y染色体SNP特征位点包括rs35284970、rs2267802、rs9306841、rs2032652、rs9341278、rs16981290、rs2032636、rs9786714、rs17306671、rs3900、rs2032631、rs2032668、rs3212291、rs34442126、rs72613040、rs13447443、rs11575897、rs78149062、rs17276338、rs2267801、rs3898、rs17316007、rs34893929、rs2032597和rs868302452；(b)根据上述Y染色特SNP特征位点是否发生突变确定检测对象的谱系。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述Y染色体SNP特征位点对应检测对象的谱系分支如下：
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，采用TaqMan探针荧光PCR法确定Y染色体SNP特征位点是否发生突变，其中，rs35284970对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：1～4所示；rs2267802对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：5～8所示；rs9306841对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：9～12所示；rs2032652对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：13～16所示；rs9341278对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：17～20所示；rs16981290对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：21～24所示；rs2032636对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：25～28所示；rs9786714对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：29～32所示；rs17306671对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：33～36所示；rs3900对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：37～40所示；rs2032631对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：41～44所示；rs2032668对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列依次如SEQ ID NO：45～48所示；rs3212291对应的上游引物、下游引物、原始探针和突变探针序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：翟平生，石宏，
申请(专利权)人：云南聚云基因工程有限公司，
类型：发明
国别省市：