本发明专利技术公开了一种用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合，包括以下至少一种甲基化标记物：cg20884887，cg06437004，cg10483825，cg18233405，cg18766755，cg21769702，cg27134730，cg01578265，cg18842353，cg06613738，本发明专利技术公开了十个与肝癌发生相关的特异性甲基化标记物，能够显著提高早期肝癌的检出率。甲基化标记物进一步与年龄、性别信息结合后所训练出的模型在区分良性肝病(肝炎、肝硬化)和早期肝癌时的预测AUC值可达0.917，并鉴于血浆检测的无创性，适于大规模推广应用。规模推广应用。规模推广应用。
【技术实现步骤摘要】
用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合及其应用
[0001]本专利技术属于生物技术
，具体涉及一种用于早期肝癌检测的DNA 甲基化生物标记物或组合及其应用。
技术介绍
[0002][0003]众所周知的是，癌症的早发现早治疗可以极大的提高患者的成活率。肝癌 5年相对生存率仅为12.1％，但是，如果早期诊断经过有效治疗，可达到相对较好的预后，尤其是5公分以内的小肝癌，5年生存率可达到80％以上。目前，肝癌筛查效果不理想，检出率和早期诊断率相对偏低，如何早期发现癌症，已经成为医学界的关注重点，因此开发出一种新的便捷的早期癌症筛查方法对于个人，对于社会都有非常重要的意义。
[0004]DNA甲基化与肿瘤的发生紧密相关，在肿瘤细胞中普遍存在着DNA甲基化状态的改变，特点是总体甲基化水平降低和局部甲基化水平的升高。而且对于早期肿瘤的发生，甲基化的修饰也起着至关重要的作用。同时相对于其他血液肿瘤标记物来说，血液cfDNA甲基化稳定性更好，可以被稳定检出。因此，检测特定位点血液cfDNA甲基化，可以用于推测肝脏是否存在癌变，从而实现对肝癌早筛早诊的目标。
技术实现思路
[0005]为了解决现有技术存在的上述问题，本专利技术的主要目的是提供了与肝癌发生相关的DNA甲基化标记物及其组合，该甲基记标记物可用于诊断肝癌的发病情况，其技术方案如下所述：
[0006]一种用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合，包括以下至少一种甲基化标记物：cg20884887，cg06437004，cg10483825，cg18233405， cg18766755，cg21769702，cg27134730，cg01578265，cg18842353，cg06613738。
[0007]进一步的，包括cg20884887，cg06437004，cg10483825，cg18233405。
[0008]进一步的，包括cg18766755，cg21769702，cg27134730，cg01578265， cg18842353，cg06613738。
[0009]进一步的，所述cg20884887的DNA甲基化标记物为hg19人类基因组中 chr7:27208285
‑
27208286之间的CpG位点；
[0010]进一步的，所述cg06437004的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr12:21810458
‑
21810459之间的CpG位点；
[0011]进一步的，所述cg10483825的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr12:21810450
‑
21810451之间的CpG位点；
[0012]进一步的，所述cg18233405的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr8:98290148
‑
98290149之间的CpG位点。
[0013]进一步的，所述cg18766755的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr1:
153029939
‑
153029940之间的CpG位点；
[0014]进一步的，所述cg21769702的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr11:127811589
‑
127811590之间的CpG位点；
[0015]进一步的，所述cg27134730的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr2:124633001
‑
124633002之间的CpG位点；
[0016]进一步的，所述cg01578265的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr85:114110567
‑
114110568之间的CpG位点；
[0017]进一步的，所述cg18842353的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr13:697794052
‑
97794053之间的CpG位点；
[0018]进一步的，所述cg06613738的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中 chr16:15596423
‑
15596424之间的CpG位点。
[0019]一种用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合在肝癌检测中的应用其特征在于，所述的甲基化生物标记物或其组合物用于结合年龄和性别进行检测。
[0020]一种用于检测早期肝癌的试剂盒，所述试剂盒包含检查上述DNA甲基化标记物或其组合的甲基化水平的试剂。
[0021]进一步的，所述试剂盒使用下述平台：PCR扩增法，数字PCR，荧光定量 PCR，甲基化芯片法，液相芯片法，重亚硫酸盐测序，一代测序，二代测序，三代测序或者它们的组合所使用的试剂；
[0022]优选的，采用二代测序的方法。
[0023]进一步的，所述早期肝癌为I期肝癌。
[0024]一种探针，所述探针用于检测所述DNA甲基化标记物或其组合。
[0025]一种DNA甲基化生物标记物或组合检测方法，包括以下步骤：
[0026]步骤1，提取检测样本的cfDNA，NEB EM
‑
seq试剂盒酶转化处理，甲基化 DNA建库；
[0027]步骤2，使用肝癌预测panel进行靶向杂交捕获文库；
[0028]步骤3，文库定量后进行二代测序；
[0029]步骤4，数据下机，对测序数据进行质量控制以及预处理后，得到真实数据；
[0030]步骤5，对所述的甲基化生物标记物及组合进行数据分析。
[0031]本专利技术的有益效果为：
[0032]本专利技术通过研究血浆cfDNA特定CpG位点上的DNA甲基化修饰在不同时期肝癌患者疾病的人群中的甲基化差异，发现所述DNA甲基化标记物及其组合能够作为早期肝癌诊断标记物。本专利技术公开了十个与肝癌发生相关的特异性甲基化标记物，能够显著提高早期肝癌的检出率。本申请的方案使用年龄以及性别来作为标记物结合甲基化标记物来进行早期肝癌的预测，进一步提高早期肝癌的预测准确性，适于大规模推广应用。
附图说明
[0033]图1是本专利技术所公开的10个检测肝癌的甲基化标记物的研发流程图；
[0034]图2是甲基化上升的4个生物标记物在TCGA肝癌样本中独立预测的ROAUC 示意图；
[0035]图3是甲基化下降的6个生物标记物在TCGA肝癌样本中独立预测的ROAUC 示意图；
[0036]图4是10个甲基化标记物组合在TCGA肝癌样本中预测的ROAUC示意图；
[0037]图5是甲基化上升的4个生物标记物在血浆样本中独立预测肝癌的ROAUC 示意图；
[0038]图6是甲基化下降的6个生物标记物在血浆样本中独立预测肝癌的ROAUC 示意图；
[0039]图7是10个甲基化标记物组合在血浆样本中预测肝本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合，其特征在于，包括以下至少一种甲基化标记物：cg20884887，cg06437004，cg10483825，cg18233405，cg18766755，cg21769702，cg27134730，cg01578265，cg18842353，cg06613738。2.根据权利要求1所述的用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合，其特征在于，包括cg20884887，cg06437004，cg10483825，cg18233405。3.根据权利要求1所述的用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合，其特征在于，包括cg18766755，cg21769702，cg27134730，cg01578265，cg18842353，cg06613738。4.根据权利要求1或2所述的用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合，其特征在于，所述cg20884887的DNA甲基化标记物为hg19人类基因组中chr7:27208285
‑
27208286之间的CpG位点；优选为，所述cg06437004的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中chr12:21810458
‑
21810459之间的CpG位点；优选为，所述cg10483825的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中chr12:21810450
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21810451之间的CpG位点；优选为，所述cg18233405的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中chr8:98290148
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98290149之间的CpG位点。5.根据权利要求1或3所述的用于早期肝癌检测的DNA甲基化生物标记物或组合，其特征在于，所述cg18766755的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中chr1:153029939
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153029940之间的CpG位点；优选为，所述cg21769702的DNA甲基化标记物是指hg19人类基因组中chr11:127811589
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127811590之间的CpG位点；优选为，所述cg27134730的...
【专利技术属性】
技术研发人员：徐建锋，李典格，张泽跃，李清华，张素芳，
申请(专利权)人：北京莱盟君泰国际医疗技术开发有限公司，
类型：发明
国别省市：
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