非核心型耐药基因在肺炎克雷伯菌药敏预测中的应用制造技术

本申请涉及一种基于机器学习技术筛选细菌耐药表型相关重要特征基因的方法，该方法针对细菌抗生素耐药表型，基于BGWAS思想搜集公共平台上目标细菌基因组或者现行收集测序组装后得到的大样本量菌株基因组数据及其对应的抗生素药物药敏测试结果，使用机器学习方法进行基因型与耐药表型两者间关联分析，以筛选出与耐药表型相关的重要特征基因(非核心耐药基因)，同时得到重要特征基因的权重系数，最后使用ROC分析确定各药物相关耐药基因可靠性。使用ROC分析确定各药物相关耐药基因可靠性。使用ROC分析确定各药物相关耐药基因可靠性。

【技术实现步骤摘要】
非核心型耐药基因在肺炎克雷伯菌药敏预测中的应用
[0001]本申请为中国专利申请CN202111400540.5的分案申请。


[0002]本申请涉及基因测序
，具体涉及一种基于机器学习技术筛选细菌耐药表型相关重要特征基因的方法。
技术背景
[0003]全基因组关联研究(genome
‑
wide association study,GWAS)是一种从基因组水平筛选与某表型(phenotype)显著相关的遗传变异，进而阐明表型遗传机制的方法。相较于传统的分子遗传学方法，GWAS并不对表型产生的遗传机制做任何假设，而是直接从表型出发，设置合理的对照组，通过大样本的数据统计分析找到与表型关联的遗传变异。在人类复杂疾病研究中，GWAS已取得丰硕成果，极大增进了人们对复杂表型的认识。同样，GWAS也可以用于细菌研究，可为宿主适应性、耐药、毒力等复杂表型的遗传机制探索提供新思路。
[0004]针对细菌耐药性研究，鉴于耐药产生的复杂性和目前已了解的多样化的耐药性产生机制，与耐药表型相关的遗传数据可概括为SNP、插入缺失(本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基因KPC
‑
3、KPC
‑
2、OXA
‑
181、OXA
‑
232和NDM
‑
1作为非核心型耐药基因在肺炎克雷伯菌辅助药敏预测中的应用；所述药敏预测包括耐药预测和敏感预测，优选为敏感预测；更优选，所述药敏针对碳青霉烯类药物，例如亚胺培南或美罗培南；进一步优选的：当为亚胺培南时，所述基因还包括基因KPC
‑
14、NDM
‑
5、NDM
‑
7、OXA
‑
65、OXA
‑
83、OXA
‑ꢀ
。2.ADC
‑
214、ADC
‑
56、VIM
‑
27、VIM
‑
1、VIM
‑
19、VEB
‑
1中的一个或多个或全部；当为美罗培南时，所述基因还包括KPC
‑
4、OXA
‑
163、NDM
‑
7、OXA
‑
65、IMP
‑
4、ADC
‑
214、GES
‑
19、GES
‑
26、GES
‑
20、VIM
‑
27、VIM
‑
1、VIM
‑
19、VIM
‑
4、OXA
‑
24中的一个或多个或全部。3.一种针对非核心型耐药基因KPC
‑
3、KPC
‑
2、OXA
‑
181、OXA
‑
232和NDM
‑
1检测试剂在制备肺炎克雷伯菌辅助药敏预测试剂盒中的应用；所述药敏预测包括耐药预测和敏感预测，优选为敏感预测；更优选的，所述药敏针对碳青霉烯类药物，例如亚胺培南或美罗培南；进一步优选的：当为亚胺培南时，所述基因还包括基因KPC
‑
14、NDM
‑
5、NDM
‑
7、OXA
‑
65、OXA
‑
83、OXA
‑
。4.ADC
‑
214、ADC
‑

【专利技术属性】
技术研发人员：韩朋，饶冠华，高建鹏，陈方媛，蒋智，
申请(专利权)人：天津金匙医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：