用于预测大肠埃希菌对抗生素药敏表型的特征基因组合、试剂盒及测序方法技术

本发明专利技术公开了一种用于预测大肠埃希菌对抗生素药敏表型的特征基因组合、试剂盒及测序方法，通过检测特征组合中的基因的存在预购判断大肠埃希菌对亚胺培南、美罗培南、头孢噻肟、头孢他啶的药敏表型。本发明专利技术提供的特征组合预测药敏表型的准确率高，有利于临床开展对大肠埃希菌相关感染的精准治疗。埃希菌相关感染的精准治疗。埃希菌相关感染的精准治疗。

【技术实现步骤摘要】
用于预测大肠埃希菌对抗生素药敏表型的特征基因组合、试剂盒及测序方法


[0001]本专利技术涉及基因测序技术，具体说，是一种用于预测大肠埃希菌对抗生素药敏表型的 特征基因组合、试剂盒及测序方法。

技术介绍

[0002]大肠杆菌属于革兰阴性菌，共生型的大肠杆菌作为肠道菌群的一部分可以与人和动物 共生，但仍有许多大肠杆菌菌株对动物和人具有致病性。如肠外致病性大肠杆菌可引起动 物和人的尿道、血液、皮肤和软组织感染；而且这类细菌是临床感染最常见的病原菌之一， 由其引起的发病在细菌引起的疾病中居世界首位，大肠杆菌耐药性的出现不仅增大了临床 治疗的难度，而且增加了对人体健康的危害。
[0003]许多的抗菌药物具有广谱、高效以及不同抗菌药物之间具有协同作用的特点，而且大 肠杆菌血清型众多，免疫预防的效果并不理想，因此使用抗菌药物治疗大肠杆菌感染依旧 是目前主要的方法，但是养殖业中不合理使用抗菌药物以及在饲料中添加抗菌药来促进动 物的生长造成了大肠杆菌耐药性越来越严重。大肠杆菌的耐药性已经成为一个令人担忧的 问题，具有通过水平基因转移积累抗性基因的能力，具有这种能力的基因有编码超广谱 β
‑
内酰胺酶(赋予对广谱头孢菌素的抗性)、碳青霉烯酶(赋予对碳青霉烯类的抗性)、 16SrRNA甲基化酶(赋予对氨基糖苷类的抗性)的基因，以及质粒介导的喹诺酮 抗性基因(赋予对氟代喹诺酮类药物的抗性)和mcr基因(赋予对多黏菌素的抗性) 等.
[0004]抗生素敏感试验(AST,简称药敏试验)在当前病原微生物耐药性持续增长的形势下， 已成为指导临床科学合理用药不可或缺的重要环节。因此，药敏检测方法的完善与发展是 快速获取科学、准确微生物耐药谱的前提，也是实现有效临床治疗的重要保障。长期以来 对于药敏检测方法研究一直备受重视。纸片扩散法、稀释法等传统方法由于它们操作相对 简单、成本低廉，一直是当前人们所推崇的药敏检测方法，但它们的检测结果易受多方面 因素干扰，包括依赖于培养，在针对一些生长缓慢菌株、难养菌及厌氧菌的药敏检测上都 存在一定的局限性，阳性率低、耗时长等不足。近年来，随着分子生物学、微生物生理学 等学科的飞速发展，一些新型的药敏检测技术(流式细胞荧光法抗生素敏感试验、基于微 流体技术的药敏试验、针对生物膜的药敏试验、基于辅助显色试剂的快速药敏检测、分子 生物学药敏检测技术等)也不断涌现。这些方法具有便捷、快速、直观等优点，但目前 在稳定性及可操作性上还有待进一步完善。
[0005]以上除分子生物雪药敏检测技术外所描述的新型药敏检测技术都属于对待检菌株耐 药性的表型检测，尽管这些药敏检测技术相对简单，但都需要迸行菌株分离、纯化，因此 一般需要较长时间才能完成，另外它还受到不同实验条件的影响，往往需要几种方法相互 印证才能获得准确的结果。为了缩短药敏检测的时间、提升药敏试验的可靠性，一些针对 细菌抗药性基因的分子生物学检测技术开始建立和运用，例如PCR技术、分子杂交技术等， 尽管该方法与传统方法相比是一种革新，但却需要建立在对细菌耐药性分子机制的深
入探 究和了解的基础上，特别是对于一些多重耐药菌该技术难以准确判别。

技术实现思路

[0006]本专利技术所要解决的技术问题是，提供一种用于预测大肠埃希菌对抗生素药敏表型的特 征基因组合、试剂盒及测序方法，可一次性分析亚胺培南、美罗培南、头孢噻肟、头孢他 啶4种抗生素耐药情况，具有较好的准确率、敏感度和特异性。
[0007]为了解决上述技术问题，本专利技术采用的技术方案是：一种用于预测大肠埃希菌对抗生 素药敏表型的特征基因组合，抗生素为亚胺培南、美罗培南、头孢噻肟、头孢他啶中的一 种或几种组合；
[0008]预测大肠埃希菌对亚胺培南药敏表型的特征基因组合包括KPC
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3、NDM
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9、NDM
‑
5，基 因同时进行检测，若检测结果均为阴性，推测为敏感；若任一基因检测结果为阳性，推测 为耐药；和/或
[0009]预测大肠埃希菌对美罗培南药敏表型的特征基因组合包括NDM
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5、NDM
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9、NDM
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7、 KPC
‑
2，基因同时进行检测，若检测结果均为阴性，推测为敏感；若任一基因检测结果为 阳性，推测为耐药；和/或
[0010]预测大肠埃希菌对头孢噻肟药敏表型的特征基因组合包括CMY
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2、CMY
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42、CTX
‑
M
‑
1、 CTX
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M
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14、CTX
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M
‑
55、CTX
‑
M
‑
27、CTX
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M
‑
15、CTX
‑
M
‑
65、NDM
‑
5、NDM
‑
1、KPC
‑
3、SHV
‑
12、 TEM
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135，基因同时进行检测，若检测结果均为阴性，推测为敏感；若任一基因检测结果 为阳性，推测为耐药；和/或
[0011]预测大肠埃希菌对头孢他啶药敏表型的特征基因组合包括KPC
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3、CMY
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2、CMY
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42、 NDM
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1、CTX
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M
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55、CTX
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M
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1、CTX
‑
M
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15、SHV
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12，基因同时进行检测，若检测结果均为阴 性，推测为敏感；若任一基因检测结果为阳性，推测为耐药。
[0012]优选，所述预测大肠埃希菌对亚胺培南药敏表型的特征基因组合还包括KPC
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2、NDM
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7、 NDM
‑
1基因。
[0013]优选，所述预测大肠埃希菌对美罗培南药敏表型的特征基因组合还包括NDM
‑
1、KPC
‑
3 基因。
[0014]优选，所述预测大肠埃希菌对头孢噻肟药敏表型的特征基因组合还包括CMY
‑
44、 CMY
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30、CTX
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M
‑
9、CTX
‑
M
‑
2、NDM
‑
9、KPC
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2、SHV
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2、IMP
‑
70、TEM
‑
225、TEM
‑
116基因。
[0015]优选，所述预测大肠埃希菌对头孢他啶药敏表型的特征基因组合还包括KPC
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2、 CMY
‑
44、CMY
‑
30、NDM
‑...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于预测大肠埃希菌对抗生素药敏表型的特征基因组合，其特征在于，抗生素为亚胺培南、美罗培南、头孢噻肟、头孢他啶中的一种或几种组合，预测大肠埃希菌对亚胺培南药敏表型的特征基因组合包括KPC
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3、NDM
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9、NDM
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5，基因同时进行检测，若检测结果均为阴性，推测为敏感；若任一基因检测结果为阳性，推测为耐药；和/或预测大肠埃希菌对美罗培南药敏表型的特征基因组合包括NDM
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5、NDM
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9、NDM
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7、KPC
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2，基因同时进行检测，若检测结果均为阴性，推测为敏感；若任一基因检测结果为阳性，推测为耐药；和/或预测大肠埃希菌对头孢噻肟药敏表型的特征基因组合包括CMY
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2、CMY
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42、CTX
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M
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1、CTX
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M
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14、CTX
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M
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55、CTX
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M
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27、CTX
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M
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15、CTX
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M
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65、NDM
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5、NDM
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1、KPC
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3、SHV
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12、TEM
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135，基因同时进行检测，若检测结果均为阴性，推测为敏感；若任一基因检测结果为阳性，推测为耐药；和/或预测大肠埃希菌对头孢他啶药敏表型的特征基因组合包括KPC
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3、CMY
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2、CMY
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42、NDM
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1、CTX
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M
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55、CTX
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M
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1、CTX
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【专利技术属性】
技术研发人员：陈方媛，韩朋，饶冠华，郑琪，蒋智，
申请(专利权)人：天津金匙医学科技有限公司金匙智造天津医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：