【技术实现步骤摘要】
一种引物的设计方法及系统
[0001]本专利技术属于基因
，涉及一种引物的设计方法及系统。
技术介绍
[0002]PCR是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法，由于高温变形、低温退火及适温延伸等反应组成一个周期，循环进行，使得目的DNA得以迅速扩增，具有特异性强、灵敏度高、操作简单等特点。
[0003]在PCR反应前，必须设计合适的引物。引物是一小段单链DNA或RNA，作为DNA的复制起点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。引物设计的好坏，直接影响整个实验的结果。引物设计的效果受到很多因素的影响，包括引物长度、GC含量、溶解温度、特异性等等。
[0004]目前虽然已有很多引物设计软件，但大多满足不了利用二代测序批量进行PCR扩增测序、以及多种引物方式的需求。现有的引物设计方法，比如专利申请201811591649.X“一种用于基因测序的引物设计方法及系统”虽然评估所有引物的各项特征，并根据不同引物类型进行综合打分，从而挑出最优引物，具有效果好、通用性高、可批量设计...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种引物的设计方法，其特征在于，所述引物的设计方法包括以下步骤：A1、针对目标模板序列按不同位置不同长度进行遍历得到候选引物序列；A2、计算每一个候选引物的各项基本特征值、SNP特征值以及单引物特异性特征值；A3、对每一个候选引物，针对各项基本特征值、SNP特征值以及特异性特征值打分；A4、选择位置合适的候选引物组合；A5、针对每一对候选引物组合，计算组合间的各特征值和相应得分；A6、将候选引物组合的组合间评分结果与对应两个候选引物的评分结果进行综合，从而得到候选引物组合的综合评分；A7、判断区域设计模式，若每个目标区域要求设计一对最佳引物，则选择综合评分最高的一对候选引物组合输出；若要求设计整个区域均匀全覆盖的引物，则在等距离的前提下选择该区域附近综合评分最高的候选引物组合输出。2.根据权利要求1所述的设计方法，其特征在于，通过所述引物的设计方法设计探针，其设计方法的步骤为：B1、针对目标模板序列按不同位置不同长度进行遍历得到候选oligos序列；B2、计算每一个候选oligo的各项基本特征值、SNP特征值以及单oligo特异性特征值；B3、对每个候选oligo按探针的要求进行打分，得到候选探针的得分，挑选得分最高的几个候选探针作为最终的探针；B4、针对每个挑选的探针，依次选择位置合适的候选引物组合；B5、针对每一对候选引物组合，分别对两个引物按引物的要求进行评分，得到候选引物得分；B6、针对每一对候选引物组合，计算组合间的各特征值和相应得分；B7、将候选引物组合的组合间评分结果与对应两个候选引物的评分结果进行综合，从而得到组合候选引物的综合评分；挑选得分最高的候选引物组合，作为该探针的组合引物；将组合引物评分结果与探针引物评分结果进行综合，得到该探针与组合引物的综合得分。3.根据权利要求2中所述的设计方法，其特征在于，所述A2和B2中，候选oligo的各项基本特征值包括：引物长度、溶解温度、GC含量、3
′
末端是否有A、末端自由能、poly结构、发卡结构、dimer、5末端是否为G、CG含量差异。4.根据权利要求2中所述的设计方法，其特征在于，所述A2和B2中，SNP特征值采用以下方法获得：S1、对基因组文件进行改写，增加多态性位点的信息；S2、当输入文件不为模板序列时，程序根据基因组文件自动生成模板序列及候选oligos的同时，根据携带SNP的基因组文件自动生成携带SNP的模板序列，并最后生成携带SNP的候选oligos；当输入文件为模板序列时，若提供携带SNP的模板序列，则生成候选oligos的同时，也生成携带SNP的候选oligos，否则无法生成携带SNP的候选oligos，不进行SNP检测；S3、根据携带SNP的候选oligos序列，识别序列中非ATCG的碱...
【专利技术属性】
技术研发人员：曾华萍，王煜，陈可欣，朱碧银，
申请(专利权)人：人和未来生物科技长沙有限公司，
类型：发明
国别省市：
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