用于淋病奈瑟氏菌的扩增和检测的多核苷酸制造技术

本文公开了与通过核酸扩增测试(NAAT)检测淋病奈瑟氏菌相关的引物和探针，例如以扩增测试样品中存在的淋病奈瑟氏菌核酸以及确定测试样品中存在的淋病奈瑟氏菌核酸的存在。具体而言，本公开描述了用于通过环介导等温扩增(LAMP)和分子信标杂交进行检测的与淋病奈瑟氏菌的细胞色素C或ccpA基因结合的引物和探针。针。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于淋病奈瑟氏菌的扩增和检测的多核苷酸
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请是2019年12月18日提交的美国专利申请第16/719,744号的部分接续申请，所述美国专利申请第16/719,744号是2019年7月26日提交的美国专利申请第16/523,609号的接续申请，所述美国专利申请第16/523,609号要求2019年7月25日提交的美国临时申请第62/878,639的权益，所述申请的内容各自通过引用以其整体并入本文。
[0003]序列表
[0004]本申请含有已以ASCII格式电子地提交并且据此通过引用整体并入的序列表。所述ASCII副本创建于2020年7月23日，命名为TSM
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052WO_SL.txt，大小为17,533字节。
专利

[0005]本专利技术涉及分子生物学和核酸化学领域。本专利技术提供了用于检测病原体诸如淋病奈瑟氏菌(Neisseria gonorrhoeae)的方法和试剂，因此，还涉及医学诊断和预后领域。特别地，本专利技术涉及用于扩增和检测淋病奈瑟氏菌的多核苷酸和方法。
技术背景
[0006]淋病的病原体淋病奈瑟氏菌感染泌尿生殖道，其中淋病的临床体征经常与其它性传播疾病(STD)的体征重叠。感染通常在女性中无症状，如果不治疗，则会导致更严重和永久性的健康相关并发症，诸如盆腔炎性疾病(PID)、慢性盆腔疼痛、输卵管不孕和危及生命的异位妊娠。在男性中，大多数尿道感染会导致尿道炎，偶尔会导致附睾炎，如果不治疗，则会导致不育。虽然不常见，但男性中无症状感染率也很高。在新生儿中，结膜炎会导致失明。在所有三组中，未经治疗的淋病奈瑟氏菌可传播导致急性皮炎、腱鞘炎综合征和与关节炎、脑膜炎或心内膜炎相关的败血症。
[0007]淋病奈瑟氏菌的全球影响估计为每年1.06亿新病例。在世界范围内，淋病奈瑟氏菌是第二大流行性细菌性STD，也是美国第二大常见的法定报告传染病。WHO估计，淋病奈瑟氏菌感染的发病率自1995年以来一直在稳步上升，其中从2005年至2008年增加了11.7％。将淋病奈瑟氏菌归类为与其抗生素耐药性特征谱相关的直接公共健康威胁，使临床和发病率增加的担忧变得复杂，其中估计30％的菌株对一种或多种治疗抗生素具有耐药性。
[0008]预防和减少传染病的主要公共卫生战略之一是通过筛查、及时识别和有效治疗来减少人与人之间的传播。这一策略的当务之急是进行特异且灵敏的诊断。
[0009]如通过灵敏度、特异度和样本运输便利性所测量的核酸扩增测试(NAAT)的性能超过了目前可用于诊断淋球菌感染的任何其它测试诊断的性能。美国疾病控制中心(CDC)特别建议临床和疾病控制实验室使用NAAT来检测淋病，除少数例外。沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)和淋病奈瑟氏菌的基于实验室的检测的建议—2014.MMWR 2014；63(RR
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2号)。与灵敏度和特异度相关，这些测定使用侵入性较小的样本收集，这更有利于传染病筛查。NAAT的最佳推荐样本类型包括来自男性的先接尿(first catch urine)和来自女性的阴道拭子。
[0010]FDA批准的NAAT包括Abbott RealTimeCT/NG(Abbott m2000系统平台)、Aptima COMBO或个体CT或GC测定(Hologic Panther系统平台)、BD ProbeTec测定(ET CT/GC扩增DNA测定和Q
x CT或GC扩增DNA测定和BD Viper系统平台)、Cepheid Xpert CT/NG测定(GeneXpert IV护理点设备)和Roche Diagnostics CT/NG测试(cobas 4800系统平台)。Abbott、Aptima、BD和Roche测定都包括样品制备、靶扩增和检测的自动化。虽然这得益于样品制备和有限的实际操作时间，但每个系统平台都会转化为大量的资本设备投资，并且需要至少3个小时才能得出诊断结果。Cepheid测定及其配套装置是唯一的护理点仪器，具有降低的成本和空间指纹，但仍需要约90分钟才能产生诊断结果。
[0011]因此，需要的是与护理点装置兼容的新测定法，所述测定法提供了高灵敏度、显著缩短的应答时间、降低的设备成本以及样品应答利用的潜力。

技术实现思路

[0012]在一些实施方案中，本文提供了包含一组选自由组1
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至组
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27组成的组的多核苷酸的组合物。在一些实施方案中，组合物还包含探针。在一些实施方案中，探针包含标记物。在一些实施方案中，探针是标记的多核苷酸。
[0013]在一些实施方案中，探针是具有选自由SEQ ID NO:73
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76组成的组的序列的标记的多核苷酸并且所述多核苷酸组的组选自组12
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15。
[0014]在一些实施方案中，标记物是荧光团。在一些实施方案中，荧光团共价附接至多核苷酸的末端。在一些实施方案中，探针是包含淬灭剂的分子信标。在一些实施方案中，荧光团是FAM，并且淬灭剂是BHQ1。在其它实施方案中，荧光团是ATTO 565或Alexa 594，并且淬灭剂是BHQ1或BHQ2。
[0015]本文还提供了包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标，其中所述多核苷酸选自由以下组成的组：SEQ ID NO:73
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75
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76，并且所述多核苷酸组选自组12
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15。在一些实施方案中，荧光团是FAM，并且淬灭剂是BHQ1。在其它实施方案中，荧光团是ATTO 565或Alexa 594，并且淬灭剂是BHQ1或BHQ2。
[0016]本文还提供了检测测试样品中淋病奈瑟氏菌的方法，所述方法包括：(a)从测试样品中提取核酸；(b)通过使步骤(a)中提取的核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性引物组的反应混合物反应来扩增靶序列，其中所述序列特异性引物组选自由组
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1至组
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27组成的组，以及(c)检测步骤(b)的扩增产物的存在或不存在；其中所述扩增产物的存在指示测试样品中淋病奈瑟氏菌的存在。
[0017]在检测测试样品中淋病奈瑟氏菌的方法的一些实施方案中，步骤(b)中靶序列的扩增在约60℃和67℃之间进行，持续时间少于30分钟。在一些实施方案中，进行扩增步骤少于15分钟。在一些实施方案中，进行扩增步骤少于10分钟。
[0018]在检测测试样品中的淋病奈瑟氏菌的方法的一些实施方案中，检测扩增产物的存在或不存在包括使扩增产物与探针杂交，所述探针包含附接至标记物的多核苷酸。
[0019]在检测测试样品中的淋病奈瑟氏菌的方法的一些实施方案中，多核苷酸包含选自由SEQ ID NO:73
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76组成的组的序列，并且序列特异性引物组选自组12
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15。
[0020]在检测测试样品中的淋病奈瑟氏菌的方法的一些实施方案中，探针是分子信标。在一些本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种组合物，其包含选自由组
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1至组
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15组成的组的序列特异性引物组。2.如权利要求1所述的组合物，其中所述序列特异性引物组选自由以下组成的组：组
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5、组
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11、组
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13、组
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14和组
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15。3.如权利要求2所述的方法，其中所述序列特异性引物组是组
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15。4.如权利要求1所述的组合物，其还包含探针。5.如权利要求4所述的组合物，其中所述探针包含标记物。6.如权利要求5所述的组合物，其中所述探针是标记的多核苷酸。7.如权利要求6所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:73的核苷酸6
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22、SEQ ID NO:74的核苷酸5
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24、SEQ ID NO:75的核苷酸3
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21和SEQ ID NO:76的核苷酸3
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24。8.如权利要求6所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO:73至SEQ ID NO:76。9.如权利要求6所述的组合物，其中所述标记物是荧光团。10.如权利要求9所述的组合物，其中所述荧光团共价附接至所述多核苷酸的末端。11.如权利要求4所述的组合物，其中所述探针是包含荧光团、淬灭剂和多核苷酸的分子信标。12.如权利要求11所述的组合物，其中所述分子信标包含选自由SEQ ID NO:73至SEQ ID NO:76组成的组的序列。13.如权利要求12所述的组合物，其中所述多核苷酸序列由SEQ ID NO:75。14.一种检测测试样品中的淋病奈瑟氏菌的方法，所述方法包括：从所述测试样品中提取核酸；通过使步骤(a)中提取的所述核酸与包含链置换DNA聚合酶和序列特异性引物组的反应混合物反应来扩增靶序列，其中所述序列特异性引物组选自由组
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1至组
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【专利技术属性】
技术研发人员：安德里亚，
申请(专利权)人：达丽斯生物医学公司，
类型：发明
国别省市：