用于扩增和检测SARS-CoV-2的多核苷酸制造技术

本文公开了与通过核酸扩增测试(NAAT)检测SARS

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于扩增和检测SARS
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CoV
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2的多核苷酸
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请是2020年6月25日提交的美国专利申请第16/912,462号的继续申请，该专利申请要求2020年3月23日提交的美国临时申请第62/993,523号和2020年4月14日提交的美国临时申请第63/009,803号的权益，其内容均通过引用以其整体并入。
[0003]本申请也是2020年6月25日提交的美国专利申请第16/912,446号的继续申请，该专利申请要求2020年3月23日提交的美国临时申请第62/993,523号和2020年4月14日提交的美国临时申请第63/009,803号的权益，其内容均通过引用以其整体并入。
[0004]序列表
[0005]本申请包括序列表，所述序列表已经以ASCII格式电子提交并且在此通过引用以其整体并入。于2021年3月22日生成的所述ASCII副本被命名为TSM
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055WO_SL.txt并且大小为23,595字节。
专利

[0006]本专利技术涉及分子生物学和核酸化学领域。本专利技术提供了用于检测SARS
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CoV
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2病毒的方法和试剂，该病毒是称为COVID
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19的疾病的病原体。本专利技术还涉及医学诊断和预后领域。特别地，本专利技术涉及用于扩增和检测SARS
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CoV
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2病毒基因组中的某些基因的多核苷酸和方法。
[0007]背景
[0008]迫切需要为在全球传播的新型冠状病毒开发一种快速、负担得起的样品输入答案输出(sample
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in answer
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out)的护理点(POC)诊断平台。2020年3月11日，世界卫生组织(WHO)基于114个国家的118,000例病例和4,291例死亡，宣布由SARS
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CoV
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2病毒引起的COVID
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19为大流行病。10天后，约翰霍普金斯冠状病毒资源中心(Johns Hopkins Coronavirus Resource Center)(https://coronavirus.jhu.edu/map.html)报告了全球329,858例确诊病例，死亡14,380例。三个月后，全球确诊病例超过850万例，并且死亡人数近50万人，几乎没有迹象表明疾病的传播在放缓。在整个这场公共卫生危机期间，无法对公众进行SARS
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CoV
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2感染的测试，显著阻碍了遏制该大流行病的努力。
[0009]本文公开的组合物和方法提供了用于使用环介导等温扩增检测SARS
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CoV
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2 RNA病毒的引物和探针。
[0010]专利技术概述
[0011]在一些实施方案中，本专利技术包括一种组合物，该组合物包含选自由组1至组17组成的组的多核苷酸组。在一些实施方案中，组合物还包含探针。在一些实施方案中，探针包含标记。在一些实施方案中，探针是标记的多核苷酸。在优选的实施方式中，标记是荧光团，其优选地共价附接到多核苷酸的末端。在特别优选的实施方案中，探针或多核苷酸是包含荧光团、猝灭剂和多核苷酸的分子信标。在一种实施方案中，荧光团是FAM，并且猝灭剂是Black Hole Quencher 1(BHQ1；LGC Biosearch Technologies)。在替代实施方式中，荧光团是ATTO 565或Alexa 594或Cy5，并且猝灭剂是BHQ1或BHQ2。
[0012]在一些实施方式中，组合物包含标记的多核苷酸，该多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:55的核苷酸5
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27、SEQ ID NO.:56的核苷酸7
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25、SEQ ID NO.:75的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:76的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:77的核苷酸5
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29、SEQ ID NO.:78的核苷酸6
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26、SEQ ID NO.:79的核苷酸5
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29、SEQ ID NO.:80的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:81的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:82的核苷酸4
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22、SEQ ID NO.:83的核苷酸6
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28、SEQ ID NO.:84的核苷酸6
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25、SEQ ID NO.:85的核苷酸3
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23和SEQ ID NO.:95的核苷酸2
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24。在另外的实施方式中，标记的多核苷酸可以包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:55、SEQ ID NO.:56、SEQ ID NO.:75至85和SEQ ID NO.:95。在某些实施方式中，标记的多核苷酸的序列选自由以下组成的组：SEQ ID NO.:55、SEQ ID NO.:56、SEQ ID NO.:75至85和SEQ ID NO.:95。
[0013]在某些实施方式中，组合物靶向SARS
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CoV2的第一开放阅读框(ORF1ab)。在这样的实施方式中，多核苷酸组可以是组11或组13，并且标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:77的核苷酸5
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29和SEQ ID NO.:79的核苷酸5
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29。在一些实施方案中，标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:79，或者更优选地SEQ ID NO.:77。优选地，多核苷酸组为组11。在另一个靶向ORF1ab的实施方式中，多核苷酸组为组12，并且标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:78的核苷酸6
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26。在一些实施方式中，标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:78。
[0014]在某些实施方式中，组合物靶向基因N，其编码一种核蛋白，该蛋白将正链病毒基因组RNA包装成螺旋状核糖核衣壳(RNP)，并通过其与病毒基因组和膜蛋白M的相互作用在病毒体组装期间发挥基础性作用。在这样的实施方式中，多核苷酸组可以是组5或组9，并且标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:75的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:76的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:80的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:81的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:82的核苷酸4
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22、SEQ ID NO.:83的核苷酸6
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28、SEQ ID NO.:84的核苷酸6
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25、SEQ ID NO.:85的核苷酸3
‑本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种组合物，包含选自由组1至组17组成的组的多核苷酸组。2.根据权利要求1所述的组合物，所述组合物还包含探针。3.根据权利要求2所述的组合物，其中所述探针包含标记。4.根据权利要求3所述的组合物，其中所述探针是标记的多核苷酸。5.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组11或组13，并且所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ IDNO.:77的核苷酸5
‑
29和SEQ ID NO.:79的核苷酸5
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29。6.根据权利要求5所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:77或SEQ ID NO.:79。7.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组11。8.根据权利要求7所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO.:78。9.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多核苷酸组为组12，并且所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:78的核苷酸6
‑
26。10.根据权利要求9所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:78。11.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组5或组9，并且所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:75的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:76的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:80的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:81的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:82的核苷酸4
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22、SEQ ID NO.:83的核苷酸6
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28、SEQ ID NO.:84的核苷酸6
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25、SEQ ID NO.:85的核苷酸3
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23。12.根据权利要求11所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:75、SEQ ID NO.:76、SEQ ID NO.:80、SEQ ID NO.:81、SEQ ID NO.:82、SEQ ID NO.:83、SEQ ID NO.:84和SEQ ID NO.:85。13.根据权利要求11所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组9。14.根据权利要求13所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸的序列是SEQ ID NO.:83。15.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组1或组4，并且所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:55的核苷酸5
‑
27。16.根据权利要求15所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:55。17.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组3或组8，并且所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:56的核苷酸7
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25。18.根据权利要求17所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:56。19.根据权利要求4所述的组合物，其中所述多核苷酸组选自由以下组成的组：组14、组15、组16和组17，并且所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:95的核苷酸2
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24。20.根据权利要求19所述的组合物，其中所述标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:95。21.根据权利要求4所述的组合物，其中所述标记是荧光团。22.根据权利要求21所述的组合物，其中所述荧光团共价附接到所述多核苷酸的末端。23.根据权利要求2所述的组合物，其中所述探针是包含荧光团、猝灭剂和多核苷酸的分子信标。24.根据权利要求23所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组5或组9，并且其中所述分
子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:75的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:76的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:80的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:81的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:82的核苷酸4
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22、SEQ ID NO.:83的核苷酸6
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28、SEQ ID NO.:84的核苷酸6
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25和SEQ IDNO.:85的核苷酸3
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23。25.根据权利要求24所述的组合物，其中所述分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:75、SEQ ID NO.:76、SEQ ID NO.:80、SEQ ID NO.:81、SEQ ID NO.:82、SEQ ID NO.:83、SEQ ID NO.:84和SEQ ID NO.:85。26.根据权利要求23所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组1或组4，并且其中所述分子信标包含SEQ ID NO.:55的核苷酸5
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27。27.根据权利要求26所述的组合物，其中所述分子信标包含SEQ IDNO.:55。28.根据权利要求23所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组3或组8，并且其中所述分子信标包含SEQ ID NO.:56的核苷酸7
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25。29.根据权利要求28所述的组合物，其中所述分子信标包含SEQ IDNO.:56。30.根据权利要求23所述的组合物，其中所述多核苷酸组是组11或组13，并且其中所述分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ IDNO.:77的核苷酸5
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29和SEQ ID NO.:79的核苷酸5
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29。31.根据权利要求30所述的组合物，其中所述分子信标包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:77和SEQ ID NO.:79。32.根据权利要求23所述的组合物，其中所述多核苷酸组为组12，并且其中所述分子信标包含SEQ ID NO.:78的核苷酸6
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26。33.根据权利要求32所述的组合物，其中所述分子信标包含SEQ IDNO.:78。34.根据权利要求23所述的组合物，其中所述多核苷酸组选自由以下组成的组：组14、组15、组16和组17，并且其中所述分子信标包含SEQ ID NO.:95的核苷酸2
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24。35.根据权利要求34所述的组合物，其中所述分子信标包含SEQ IDNO.:95。36.一种组合物，包含SEQ ID NO.:49、SEQ ID NO.:50、SEQ ID NO.:51、SEQ ID NO.:52、SEQ ID NO.:53和SEQ ID NO.:54。37.根据权利要求36所述的组合物，所述组合物还包含分子信标，所述分子信标包含荧光团、猝灭剂和SEQ ID NO.:83。38.根据权利要求36所述的组合物，所述组合物还包含SEQ ID NO.:63、SEQ ID NO.:64、SEQ ID NO.:65、SEQ ID NO.:66、SEQ ID NO.:67和SEQ ID NO.:68。39.一种组合物，包含SEQ ID NO.:63、SEQ ID NO.:64、SEQ ID NO.:65、SEQ ID NO.:66、SEQ ID NO.:67和SEQ ID NO.:68。40.根据权利要求39所述的组合物，所述组合物还包含分子信标，所述分子信标包含荧光团、猝灭剂和SEQ ID NO.:77。41.一种组合物，包含：第一多核苷酸组，包括SEQ ID NO.:49、SEQ ID NO.:50、SEQ ID NO.:51、SEQ ID NO.:52、SEQ ID NO.:53和SEQ ID NO.:54；和第二多核苷酸组，包括SEQ ID NO.:63、SEQ ID NO.:64、SEQ ID NO.:65、SEQ ID NO.:66、SEQ ID NO.:67和SEQ ID NO.:68。
42.根据权利要求41所述的组合物，所述组合物还包含：包含SEQ ID NO.:83的核苷酸6
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28的第一标记的多核苷酸；和包含SEQ ID NO.:77的核苷酸5
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29的第二标记的多核苷酸。43.根据权利要求42所述的组合物，其中所述第一多核苷酸包含SEQ ID NO.:83，并且所述第二标记的多核苷酸包含SEQ ID NO.:77。44.根据权利要求41所述的组合物，所述组合物还包含含有SEQ IDNO.:83的第一分子信标和含有SEQ ID NO.:77的第二分子信标。45.一种分子信标，包含荧光团、猝灭剂和多核苷酸，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:55的核苷酸5
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27、SEQ ID NO.:56的核苷酸7
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25、SEQ ID NO.:75的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:76的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:77的核苷酸5
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29、SEQ ID NO.:78的核苷酸6
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26、SEQ ID NO.:79的核苷酸5
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29、SEQ ID NO.:80的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:81的核苷酸5
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22、SEQ ID NO.:82的核苷酸4
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22、SEQ ID NO.:83的核苷酸6
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28、SEQ ID NO.:84的核苷酸6
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25、SEQ ID NO.:85的核苷酸3
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23和SEQ ID NO.:95的核苷酸2
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24。46.根据权利要求45所述的分子信标，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:55、SEQ ID NO.:56、SEQ ID NO.:75
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85和SEQ ID NO.:95。47.根据权利要求46所述的分子信标，其中所述多核苷酸是选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO.:55、SEQ ID NO.:56、SEQ ID NO.:75
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85和SEQ ID NO.:95。48.根据权利要求45所述的分子信标，其中所述荧光团是FAM，并且所述猝灭剂是BHQ1。49.根据权利要求45所述的分子信标，其中所述荧光团是ATTO 565或Alexa 594，并且所述猝灭剂是BHQ1或BHQ2。50.一种检测测试样品中的SARS
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CoV
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2的方法，...

【专利技术属性】
技术研发人员：那德亚，
申请(专利权)人：达丽斯生物医学公司，
类型：发明
国别省市：