一种高通量测序方法以及内参质控品技术

本发明专利技术公开了一种高通量测序方法以及内参质控品，涉及基因工程技术领域。本发明专利技术通过将含有特定基因突变的内参质控品与待测样本的混合产物进行杂交捕获测序，通过对所述内参质控品的测序结果的监测，实现对所述待测样本的测序的质控。与现有测序技术相比，本发明专利技术提供的测序方法能更有效地实现对所述待测样本的测序过程的质控，确认测序过程中的杂交流程是否成功，有效地降低测序过程中出现的假阳性和假阴性的比例，提高检测的精确度和灵敏度。提高检测的精确度和灵敏度。提高检测的精确度和灵敏度。

【技术实现步骤摘要】
一种高通量测序方法以及内参质控品


[0001]本专利技术涉及基因工程
，具体而言，涉及一种高通量测序方法以及内参质控品。

技术介绍

[0002]20世纪初诞生的新一代测序技术(Next Generation Sequencing，NGS)，为DNA测序
带来了突飞猛进的进展。二代测序技术具有高通量、高准确性以及低成本等技术特点，可对数以亿计的DNA片段同时进行测序。
[0003]基于二代测序的目标区域捕获方法在科研和临床基因检测领域已被广泛应用。捕获测序技术由于仅需要很少的测序数据量，不仅降低了检测成本，而且降低了数据分析过程中的计算量与计算时间。目标区域捕获是针对感兴趣的特定基因组区域，设计探针富集特定基因组区域，并通过高通量测序技术检测目标区域特定的遗传性突变或者体细胞突变。目标区域测序可用于寻找复杂疾病如癌症、糖尿病、肥胖症等的致病基因和易感基因，为攻克人类的这些疑难杂症提供一种全新的方法。
[0004]目前，已有大量的捕获测序方法被开发，主要是基于PCR的捕获技术与基于杂交的捕获技术。而基于杂交捕获的这一技术在二代测序平台中应用较为广泛，尤其是液相杂交捕获方法，在目标区域捕获
有着独有的优势，且特别适用于多基因的捕获测序。液相探针捕获技术是通过体外转录固相探针产生生物素标记的RNA探针，也可以直接通过合成产生DNA探针，在溶液中进行杂交富集的技术。基因组DNA经过文库构建过程，形成DNA文库后，再与探针杂交，经过捕获与洗脱后，获得捕获的DNA文库，再一次进行文库富集后，进行测序。
[0005]在杂交捕获过程中，由于样本质量不合格，实验过程不稳定性，实验操作不规范性，PCR过程引入错误以及不均衡性，测序覆盖度不足或不均匀，以及测序错误等原因，进而会引起实验失败、样本检测结果出现假阳假阴性，这些极大的影响了基因检测的结果。
[0006]为了有效保证分子诊断的质量，现在正加大力度开发所需标准物质/参考物质。目前，国际上常用的核酸扩增质控物大致可分为三类：分别是阳性患者样本、细胞培养物和含有单一目的片段的质粒或人工合成的DNA片段。
[0007]国内NGS实验室大多利用阳性患者的带有突变位点的参考品(PC)来监控体系的检测阈值，阴性人的无突变位点的参考品(NC)来监控实验室有无污染。由于PC、NC都是人的基因组DNA，无法在不产生污染的情况下掺入到待测样本中。因此，PC、NC仅可用于体系性能、实验室环境的外部监测，即外部质控，而不能加入待检样本中进行内部质控。
[0008]因此，为了对NGS的性能及实验过程起到更好的监控，降低假阳性、假阴性的比率，提高诊断精确度及灵敏度，急需开发一种可用于NGS流程内部质控的有效方法，以排除实验过程中产生的假阳性、假阴性，降低不同实验人员操作差异对实验结果的影响。
[0009]鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0010]本专利技术的目的在于提供一种高通量测序方法以及内参质控品。
[0011]本专利技术是这样实现的：
[0012]第一方面，本专利技术实施例提供了一种高通量测序方法，其包括：将内参质控品与待测样本的混合产物进行杂交捕获测序，通过对所述内参质控品的测序结果的监测，实现对所述待测样本的测序的质控；
[0013]所述内参质控品包括：含有基因突变的突变型核酸分子和/或含所述突变型核酸分子的载体；所述基因突变为SNV突变、Indel突变以及融合突变中的至少一种。
[0014]第二方面，本专利技术实施例提供了突变型核酸分子或含有突变型核酸分子的载体在制备高通量测序试剂盒中的应用，所述突变型核酸分子为含有基因突变的突变型核酸分子，所述基因突变包括SNV突变、Indel突变以及融合突变中的至少一种。
[0015]第三方面，本专利技术实施例提供了一种内参质控品，应用于高通量测序的质控，其包括：所述内参质控品包括含有基因突变的突变型核酸分子和/或含有所述突变型核酸分子的载体；所述基因突变包括SNV突变、Indel突变以及融合突变中的至少一种。
[0016]本专利技术具有以下有益效果：
[0017]本专利技术通过将含有特定基因突变的内参质控品与待测样本的混合产物进行杂交捕获测序，通过对所述内参质控品的测序结果的监测，实现对所述待测样本的测序的质控。与现有测序技术相比，本专利技术提供的测序方法能更有效地实现对所述待测样本的测序过程的质控，确认测序过程中的杂交流程是否成功，有效地降低测序过程中出现的假阳性和假阴性的比例，提高检测的精确度和灵敏度。
附图说明
[0018]为了更清楚地说明本专利技术实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本专利技术的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
[0019]图1为本专利技术提供的液相杂交捕获质检流程图；
[0020]图2为本专利技术提供的液相杂交捕获流程的示意图。
具体实施方式
[0021]为使本专利技术实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
[0022]本专利技术实施例提供了一种高通量测序方法，将内参质控品与待测样本的混合产物进行杂交捕获测序，通过对所述内参质控品的测序结果的监测，实现对所述待测样本的测序的质控；
[0023]所述内参质控品包括：含有基因突变的突变型核酸分子和/或含所述突变型核酸分子的载体；所述基因突变包括SNV突变、Indel突变以及融合突变中的至少一种。
[0024]本文中的“高通量测序”英文为(High
‑
throughput sequencing)，又称下一代测序技术("Next
‑
generation"sequencing technology)，其主要包括样本准备、文库构建、测序反应以及数据分析几个步骤，质控是对其中的测序反应过程进行的质控。
[0025]本文中的“SNV”、“Indel”以及“融合突变”均属于基因突变的类型，指基因在结构上发生了碱基组成或排列顺序的改变；具体地，“SNV”为单核苷酸变异，也称为点突变，“Indel”为Insertion(插入)和deletion(缺失)的缩写，指在基因组的每个位置上发生的片段序列的插入或者缺失；“融合突变”为Fusion，指2个基因的一部分或全部整合到一起，形成新的序列。
[0026]在优选的实施方式中，所述突变型核酸分子包括第一核酸、第二核酸和第三核酸；所述第一核酸的序列中含有所述SNV突变，所述第二核酸的序列中含所述Indel突变，所述第三核酸的序列中含所述融合突变。
[0027]本文中的“第一核酸、第二核酸和第三核酸”均为具有一定排列顺序的核苷酸序列，可以为D本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种高通量测序方法，其特征在于，其包括：将内参质控品与待测样本的混合产物进行杂交捕获测序，通过对所述内参质控品的测序结果的监测，实现对所述待测样本的测序的质控；所述内参质控品包括：含有基因突变的突变型核酸分子和/或含所述突变型核酸分子的载体；所述基因突变包括SNV突变、Indel突变以及融合突变中的至少一种。2.根据权利要求1所述的高通量测序方法，其特征在于，所述突变型核酸分子包括第一核酸、第二核酸和第三核酸；所述第一核酸的序列中含有SNV突变，所述第二核酸的序列中含Indel突变，所述第三核酸的序列中含融合突变；优选地，所述第一核酸的CG含量选自20％～40％；优选地，所述第二核酸的CG含量选自50％～70％；优选地，所述第三核酸的CG含量选自20％～70％；优选地，所述第三核酸包括核酸分子a和核酸分子b，所述核酸分子a的CG含量选自20％～40％，所述核酸分子b的CG含量选自50％～70％。3.根据权利要求2所述的高通量测序方法，其特征在于，所述第一核酸、所述第二核酸和所述第三核酸的序列长度均为0.8～1.2kb；优选地，所述基因突变为肿瘤突变基因和管家基因中的至少一种基因的基因突变；优选地，所述管家基因包括：RPP30、EIF2C1和RPP30中的至少一种，所述肿瘤突变基因包括：KRAS、BRCA2、EGFR、ERBB2、EML4
‑
ALK、CD74
‑
ROS1中的至少一种；优选地，所述第一核酸、所述第二核酸和所述第三核酸中的至少一种核酸中含有分子识别码序列。4.根据权利要求3所述的高通量测序方法，其特征在于，所述第一核酸包括：序列如SEQ ID No.1～3中的至少一条序列；所述第二核酸包括：序列如SEQ ID No.4～7中的至少一条序列；所述第三核酸包括：序列如SEQ ID No.8和9中的至少一条序列。5.根据权利要求1～4任一项所述的高通量测序方法，其特征在于，所述内参质控品还包括：野生型核酸分子和/或含有野生型核酸分子的载体，所述野生型核酸分子为所述突变型核酸分子对应的野生型核酸序列；优选地，所述载...

【专利技术属性】
技术研发人员：张江花，王寅，白健，李林蔚，柳焱，屈紫薇，吴琳，
申请(专利权)人：福建和瑞基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：