长链非编码RNAAC107398.2在急性髓系白血病预后中的应用制造技术

本发明专利技术提供一种长链非编码RNA AC107398.2在急性髓系白血病预后中的应用。本发明专利技术通过分析AML患者的生存曲线和ceRNA网络，研究了LncRNA AC107398.2在急性髓系白血病的临床相关性和预后价值，并初步揭示了其潜在机制。研究结果显示，在化疗和移植组，AC107398.2高表达的AML患者与低表达的AML患者相比具有更高的总生存期。因此。AC107398.2是急性髓系白血病AML预后的稳定的生物标志物。差异基因和ceRNA网络分析显示，AC107398.2同蛋白质编码基因CD48，TRAT1以及microRNA miR

【技术实现步骤摘要】
长链非编码RNA AC107398.2在急性髓系白血病预后中的应用


[0001]本专利技术涉及白血病预后评估
，具体涉及长链非编码RNA AC107398.2在急性髓系白血病预后中的应用。

技术介绍

[0002]急性髓系白血病(AML)是一种遗传多样性的造血系统恶性肿瘤，预后差，死亡率高。迄今为止，其分子遗传学改变的预后意义已被广泛研究。例如，CEBPA双突变、FLT3
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ITD、MLL部分串联重复(MLL
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PTD)、BAALC表达、NPM1突变的预测价值是公认的。近年来，长非编码RNAs(LncRNAs)在癌症中的失调被认为是癌症中的常发事件。在白血病中，LncRNA
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HOTTIP畸变作为一种致癌事件，通过对白血病相关染色质和基因转录进行重编程来干扰HSC功能。LncRNA
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H19靶向miR
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29a
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3p促进急性髓系白血病细胞增殖，并通过Wnt/β
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连环蛋白信号通路抑制细胞凋亡。LncRNA
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CCDC26也是一种新的生物标志物，可预测急性髓系白血病的预后。lncRNA PANDAR的过表达预测急性髓系白血病的不良预后。然而，大量LncRNAs的致癌作用仍有待阐明。

技术实现思路

[0003]本专利技术通过分析AML患者生存曲线和构建ceRNA网络，研究了LncRNA AC107398.2在急性髓系白血病的临床相关性和预后价值，并初步揭示了其潜在机制和应用。
[0004]研究结果显示，在化疗和移植组，AC107398.2高表达的AML患者与低表达的AML患者相比具有更高的总生存期。因此。AC107398.2是急性白血病AML预后的稳定的生物标志物。差异基因和ceRNA网络分析显示，AC107398.2同蛋白质编码基因CD48，TRAT1以及microRNA miR
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9，miR
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136等共同组成调控AML疾病的途径。
附图说明
[0005]图1为长链非编码RNA
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AC107398.2对急性髓系白血病预后的影响
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总生存期和无事件生存期的Kaplan
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Meier生存曲线图；
[0006]图2为AC107398.2高表达组和AC107398.2低表达组进行差异基因分析图和ceRNA网络分析图。
具体实施方式
[0007]为使本专利技术要解决的技术问题、技术方案和优点更加清楚，下面将结合具体实施例进行详细描述。
[0008]1、材料和方法
[0009]研究队列
[0010]从TCGA(https://www.cancer.gov/)数据库下载了151个AML队列的转录组测序数据集和相应临床信息。剔除了M3型患者15例，剩下共136例具有AC107398.2表达数据的患者
被纳入后续分析。此外，也从TCGA数据库下载了剩下的这136例患者的microRNA测序数据用于后续分析。该队列临床信息包括治疗方式、年龄、性别、白细胞计数(white blood cell,WBC)、外周血原始细胞计数(peripheral blood blasts,PB_blasts)、骨髓原始细胞计数(Bone Marrow blasts,BM_blasts)、FAB分型等特征。基于研究所需，所有患者均签订了知情同意书。
[0011]统计分析
[0012]按照AC107398.2表达中位数对患者进行分组，不同分组的临床特征和相关分子特征根据是否是数值型变量还是分类变量选择Wilcoxon
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Mann
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Whitney检验的方法或者卡方检验的方法进行比较分析。总体生存和无事件生存分析采用Kaplan
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Meier和log
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rank test方法进行。所有的作图和统计的分析都在R version 4.0上进行。
[0013]差异基因和ceRNA网络分析
[0014]本研究差异基因分析采用DESeq2进行，差异基因分析阈值为FDR<0.01，|logFC|>1。差异基因功能富集分析采用Metascape(http://metascape.org/)进行分析及注释。ceRNA网络采用GDCRNAtools工具来构建。
[0015]GDCRNAtools工具使用三个标准来确定lncRNA mRNA对之间的竞争性内源性相互作用：
[0016]lncRNA和mRNA必须共享大量miRNA；lncRNA和mRNA的表达必须呈正相关；miRNA在调控lncRNA和mRNA的表达中应起相似的作用。因此只有hyperPValue>0.01，corPValue>0.01，regSim＝0的边和节点被保留。
[0017]结果
[0018]1.AC107398.2高表达组和AC107398.2低表达组临床特征和分子特征的差异比较
[0019]根据AML患者的LncRNA
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AC107398.2表达中位数，将136名患者分为AC107398.2高表达组和AC107398.2低表达组，每组包含68名患者，其临床特征和分子特征如表1所示。如表1可知，比较两组患者的临床特征和分子特征显示，NPM1基因在AC107398.2低表达组的突变频率与在AC107398.2高表达组的突变频率相比显著提高(p＝0.036)。而RUNX1基因突变则是在AC107398.2高表达组中出现的频率更高(p＝0.029)。其他临床特征例如治疗方式、年龄、性别、白细胞计数(white blood cell,WBC)、外周血原始细胞计数(peripheral blood blasts,PB_blasts)、骨髓原始细胞计数(Bone Marrow blasts,BM_blasts)以及其他突变特征例如FLT3
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ITD、IDH1/2等在AC107398.2高表达组和AC107398.2低表达组的分布没有显著性差异。
[0020]表1.AML患者的临床特征和分子特征
[0021][0022][0023][0024]2、长链非编码RNA AC107398.2对急性髓系白血病(AML)预后的影响
[0025]为了分析Lnc
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RNA AC107398.2对急性髓系白血病(AML)预后的影响，针对利用AC107398.2表达中位数分成AC107398.2高表达组和AC107398.2低表达组的两组患者，分别制作了总生存期(overall survival,OS)和无事件生存期(event
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free survival,EFS)的Kaplan
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Meier生存曲线，如图1所示。图1中：A)AC107398本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种AML患者预后用的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物为长链非编码RNA AC107398.2。2.根据权利要求1所述的一种AML患者预后用的生物标志物在急性髓系白血病患者预后评估中的应用。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，预后评估包括根据AC107398.2的表达情况预判AML患者的生存期。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，AC107398.2高表达的AML患者预判比AC107398.2低表达的AML患者具有更长的生存期。5.根据权利要求1所述的一种AML患者预后用的生物标志物在制备以AC107...

【专利技术属性】
技术研发人员：潘肖芬，
申请(专利权)人：潘肖芬，
类型：发明
国别省市：