检测新型冠状病毒及其VOC-202012/01突变株的方法和试剂盒技术

本发明专利技术提供了检测新型冠状病毒及其VOC

【技术实现步骤摘要】
检测新型冠状病毒及其VOC
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202012/01突变株的方法和试剂盒


[0001]本专利技术属于生物技术和分子诊断领域，具体地说，本专利技术涉及一种高灵敏度、强特异性的2019
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nCoV新型冠状病毒N基因和VOC
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202012/01突变株S基因中 21991
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21993deletion(Y144 deletion)及A230637T(N501Y)PCR检测体系和检测方法。

技术介绍

[0002]新型冠状病毒是一种单股正链RNA病毒，属冠状病毒科，β冠状病毒属中的Sarbecovirus亚属。新型冠状病毒由于为单链RNA病毒，容易发生突变。病毒的突变与重组对病毒的侵染能力、繁殖能力和病毒的检测、抗体有效性均密切相关，所以对病毒的突变和重组的监视是研究病毒至关重要的一环。该病毒症状一般为发热、乏力、干咳、逐渐出现呼吸困难，严重者表现为急性呼吸窘迫综合征，脓毒症休克，难以纠正的代谢性酸中毒和凝血功能障碍。该病毒主要传播途径为呼吸道飞沫传播和接触传播，潜伏期1
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14天，多为3
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7天。潜伏期具有传染性，所致疾病没有特异治疗方法。
[0003]VOC
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202012/01突变株是一种变异新冠病毒，主要出现在伦敦以及英格兰东南 部，最早于2020年9月份在患者身上被发现。
[0004]基于此，目前需要一种灵敏、精确、快速的方法，用于检测新型冠状病毒肺炎疑似病例、聚集性病例，或用于判断患者呼吸道样本中新型冠状病毒(2019
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nCoV) 及VOC
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202012/01突变株感染所引起肺炎的治疗疗效。

技术实现思路

[0005]本专利技术针对新型冠状病毒及其VOC
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202012/01突变株开发了检测的方法和试剂盒，以便能够高效率、高特异性、低成本的对感染患者进行检测，并且需要保证检测结果的可靠性。
[0006]在本专利技术的第一方面，提供了一种用于检测新型冠状病毒及其 VOC
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202012/01突变株的引物对集，所述引物对集包括：
[0007]第一引物对，所述第一引物对包括：
[0008]如SEQ ID NO.1所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.2所示的反向引物。
[0009]在另一优选例中，所述引物对集还包括：
[0010]第二引物对，所述第二引物对包括：
[0011]如SEQ ID NO.4所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.5所示的反向引物。
[0012]在另一优选例中，所述引物对集还包括：
[0013]第三引物对，所述第三引物对包括：
[0014]如SEQ ID NO.8所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.9所示的反向引物。
[0015]在另一优选例中，所述引物对集还包括：
[0016]内标引物对，所述内标引物对包括：
[0017]如SEQ ID NO.11所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.12所示的反向引物。
[0018]本专利技术的第二方面，提供了一种用于用于检测新型冠状病毒及其 VOC
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202012/01突变株的探针集，所述探针集包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的第一探针。
[0019]在另一优选例中，所述探针集还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的第二探针；优选地，所述探针集还包括SEQ ID NO.7所示的封闭探针。
[0020]在另一优选例中，所述探针集还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的第三探针。
[0021]在另一优选例中，所述探针集还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的内标探针。
[0022]在另一优选例中，各探针的5
’
端包含有荧光报告基团；和/或，各探针的 3
’
端包含有荧光淬灭基团。
[0023]在另一优选例中，各探针标记的荧光报告基团互不相同。
[0024]本专利技术的第三方面，提供了一种用于检测新型冠状病毒及其VOC
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202012/01 突变株的试剂盒，所述试剂盒包括本专利技术第一方面所述的引物对集。
[0025]在另一优选例中，所述试剂盒还包括本专利技术第二方面所述的探针集。
[0026]在另一优选例中，所述试剂盒还包括选自下组的一种或多重成分：热启动Taq酶、逆转录酶、UDG酶(尿嘧啶
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N
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糖基化酶)、dNTPs。
[0027]在另一优选例中，所述试剂盒还包括阴性质控品。
[0028]在另一优选例中，所述试剂盒还包括阳性质控品。
[0029]在另一优选例中，使用所述试剂盒过程中，配置RT
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PCR反应体系中SEQ IDNO.:1和SEQ ID NO.:2所示引物浓度为10pmol，SEQ ID NO.:3所示探针的浓度为4pmol。
[0030]在另一优选例中，使用所述试剂盒过程中，配置RT
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PCR反应体系中SEQ IDNO.:4和SEQ ID NO.:5所示引物浓度为10pmol，SEQ ID NO.:6所示探针的浓度为8pmol，SEQ ID NO.:7所示封闭探针的浓度为10pmol。
[0031]在另一优选例中，使用所述试剂盒过程中，配置RT
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PCR反应体系中SEQ IDNO.:8和SEQ ID NO.:8所示引物浓度为10pmol，SEQ ID NO.:10所示探针的浓度为3pmol。
[0032]在另一优选例中，使用所述试剂盒过程中，配置RT
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PCR反应体系中SEQ IDNO.:11和SEQ ID NO.:12所示引物浓度为6pmol，SEQ ID NO.:13所示探针的浓度为4pmol。
[0033]本专利技术的第四方面，提供了一种检测新型冠状病毒及其VOC
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202012/01突变株的方法，所述方法包括步骤：
[0034](1)提供待检测对象的核酸样本；
[0035](2)制备RT
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PCR反应体系并进行RT
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PCR检测：
[0036]其中，所述RT
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PCR反应体系包括：步骤(1)提供的所述核酸样本、本专利技术第一方面所述的引物对集、和本专利技术第二方面所述的探针集。
[0037]在另一优选例中，所述核酸样本可来自咽拭子样本、肺泡灌洗液样本、血液样本、痰液样本、粪便样本或环境样本。
[0038]在另一优选例中，所述方法为非诊断目的的检测方法。
[0039]在另一优选例中，所述PCR反应体系还包括阳性质控品，和/或阴性质控品。
[0040]在另一优选例中，所述PCR反应体系还包括PCR反应酶系。
[00本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测新型冠状病毒及其VOC
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202012/01突变株的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括引物对集和探针集；其中，所述引物对集包括：第一引物对，所述第一引物对包括：如SEQ ID NO.1所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.2所示的反向引物；第二引物对，所述第二引物对包括：如SEQ ID NO.4所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.5所示的反向引物；和第三引物对，所述第三引物对包括：如SEQ ID NO.8所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.9所示的反向引物；所述探针集包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的第一探针、核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的第二探针、核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的第三探针和核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示的封闭探针。2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述引物对集还包括：内标引物对，所述内标引物对包括：如SEQ ID NO.11所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.12所示的反向引物。3.如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述探针集还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的内标探针。4.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括选自下组的一种或多重成分：热启动Taq酶、逆转录酶、UDG酶和dNTPs。5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，使用所述试剂盒过程中：配置RT
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PCR反应体系中SEQ ID NO.:1和SEQ ID NO.:2所示引物浓度为10pmol，SEQ ID NO.:3所示探针的浓度为4pmol；配置RT
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PCR反应体系中SEQ ID NO.:4和SEQ ID NO.:5所示引物浓度为10pmol，SEQ ID NO.:6所示探针的浓度为8pmol，SEQ ID NO.:7所示封闭探针的浓度为10pmol；配置RT
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PCR反应体系中SEQ ID NO.:8和SEQ ID NO.:8所示引物浓度为10pmol，SEQ ID NO.:10所示探针的浓度为3pmol；和/或配置RT
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PCR反应体系中SEQ ID NO.:11和SEQ ID NO.:12所示引物浓度为6pmol，SEQ ID NO.:13所示探针的浓度为4pmol。6.一种非诊断目的的检测新型冠状病毒及其VOC
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202012/01突变株的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：(1)提供待检测对象的核酸样本；(2)制备RT
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PCR反应体系并进行RT
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PCR检测：其中，所述RT
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PCR反应体系包括：步骤(1)提供的所述核酸样本、引物对集和探针集，其中，所述引物对集包括：第一引物对，所述第一引物对包括：如SEQ ID NO.1所示的正向引物；和，如SEQ ID NO.2所示的反向引物；第二引物对，所述第二引物对包括...

【专利技术属性】
技术研发人员：蒋析文，范建，彭海龙，张赞，
申请(专利权)人：广州达安基因股份有限公司，
类型：发明
国别省市：