本发明专利技术提供了通过分析分离的外排体中存在的微生物组特征标记来在患者中对疾病进行预测、诊断和预后的方法。在一个实施方案中，本文中提供了在患者中检测微生物组的方法，所述方法包括：(a)从患者获得体液样品；(b)分离所述体液样品的外排体级分；以及(c)检测所述外排体级分中存在的微生物大分子。排体级分中存在的微生物大分子。排体级分中存在的微生物大分子。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于诊断和治疗目的的对外排体相关微生物组的分离和检测
[0001]相关申请的引用
[0002]本申请要求2019年2月8日提交的美国临时申请号62/802,994的优先权权益，其全部内容通过引用并入本文。
[0003]背景
1.
[0004]本专利技术一般地涉及医学领域。更特别地，其涉及循环外排体中微生物组的检测。甚至更特别地，其涉及在疾病的分析和治疗中检测循环外排体中的微生物组。
2.
技术介绍
[0005]近年来，人结肠和其他组织中存在的微生物组已被确定为是个体健康的重要决定因素。事实上，肿瘤相关微生物组和结肠相关微生物组已被确定为对癌症治疗(包括免疫治疗)具有影响。需要用于确定微生物组是否可影响个体的健康和确定疾病的未来风险的方法。
[0006]专利技术概述
[0007]血液中的外排体携带微生物组相关标志物，例如核酸。因此，本专利技术提供了对从人血清样品分离的外排体中存在的微生物组进行分析和检测方法。
[0008]在一个实施方案中，本文中提供了在患者中检测微生物组的方法，该方法包括：(a)从患者获得体液样品；(b)分离体液样品的外排体级分(exosome fraction)；以及(c)检测外排体级分中存在的微生物大分子。在一些方面中，体液样品是血液、淋巴、唾液、痰、尿、脑脊液、骨髓抽吸物(bone marrow aspirate)、眼渗出物(eye exudate)/泪或血清。
[0009]在一些方面中，微生物组是微生物组特征标记(microbiome signature)。在一些方面中，微生物组包含两种或更多种细菌物种。在一些方面中，微生物大分子是微生物核酸分子，例如微生物DNA分子、微生物16S rRNA基因或微生物RNA分子。在一些方面中，微生物大分子是微生物蛋白质。
[0010]在一些方面中，微生物特征标记指示疾病的风险因素。在一些方面中，将微生物特征标记与已知与疾病相关的微生物特征标记进行比较。在一些方面中，微生物特征标记指示患者中的疾病。在一些方面中，所述疾病是癌症、遗传印记病症(genetic imprinting disorder)、神经病症(neurological disorder)、自身免疫病或代谢紊乱(metabolic disorder)。
[0011]在一些方面中，疾病是癌症，并且所述方法还包括从外排体级分中分离包含磷脂酰肌醇蛋白聚糖1(glypican 1)的外排体。在一些方面中，癌症是乳腺癌、肺癌、头颈癌、前列腺癌、食管癌、气管癌、脑癌、肝癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、卵巢癌、子宫癌、宫颈癌、睾丸癌、结肠癌、直肠癌或皮肤癌。
[0012]在一些方面中，所述方法还包括向患者施用治疗剂。在一些方面中，疾病是癌症并且治疗剂是抗癌治疗。
[0013]在一些方面中，所述方法还包括报告对患者的诊断。在一些方面中，报告包括准备书面或电子报告。在一些方面中，所述方法还包括向患者、医生、医院或保险公司提供该报告。
[0014]在一些方面中，患者是健康患者。在一些方面中，患者处于缓解中并且所述方法是检测复发的方法。在一些方面中，患者是人。在一些方面中，所述方法还包括第二次进行该方法。在一些方面中，所述第二次是在最初进行所述方法之后至少一天、一周或一个月。
[0015]本文中使用的就指定组分而言的“基本上不含”在本文中用于意指没有指定组分被有目的地配制成组合物和/或仅作为污染物或以痕量存在。因此，由组合物的任何非预期的污染导致的指定组分的总量远低于0.05％，优选地低于0.01％。最优选地是其中用标准分析方法不能检测到指定组分的量的组合物。
[0016]如本文中在说明书中所使用的，没有数量词修饰的名词可以意指一个/种或更多个/种。如本文中在权利要求书中所使用的，当与词语“包含/包括”结合使用时，没有数量词修饰的名词可意指一个/种或多于一个/种。
[0017]除非明确指出仅指代替代方案或替代方案是互相排斥的，否则在权利要求书中术语“或/或者”的使用用于意指“和/或”，尽管本公开内容支持仅指代替代方案和“和/或”的限定。本文中使用的“另外的”可意指至少第二或更多。
[0018]在本申请通篇，术语“约”用于表示这样的值，其包括用于确定该值之采用的装置、方法的误差的固有变化，存在于研究对象之间的变化；或在所述值的10％以内的值。
[0019]从以下详细描述中，本专利技术的其他目标、特征和优点将变得明显。然而，应理解，虽然详细描述和具体实例指示了本专利技术的一些优选实施方案，但是其仅以举例说明的方式给出，因为根据该详细描述，本专利技术的精神和范围内的多种改变和修改对于本领域技术人员而言将变得明显。
[0020]附图简述
[0021]以下附图构成本说明书的一部分，并且被包括在内以进一步说明本专利技术的某些方面。通过结合本文中给出的具体实施方案的详细描述来参考这些附图中的一个或更多个可更好地理解本专利技术。
[0022]图1A至1B。鉴定健康血清来源的外排体中的微生物DNA。在DNA提取之前，用DNA酶处理血清来源的外排体样品以去除任何自由循环的核酸。从经DNA酶处理的来源于健康血清(1mL)的外排体分离DNA。将分离的DNA用细菌16S核糖体RNA基因的通用引物(27F
‑
B：AGRGTTYGATYMTGGCTCAG(SEQ ID NO：1)，1492R：GGYTACCTTGTTACGACTT(SEQ ID NO：2)；16S rRNA基因的约1500bp)进行PCR扩增。将来自大肠杆菌(E.coli)的DNA用作阳性对照。将来自人细胞系Panc
‑
1和成纤维细胞BJ的DNA以及空白(无模板DNA)用作阴性对照。通过凝胶电泳分析扩增的DNA。图1A示出了来自一个重复的数据；图1B示出了另一个重复的数据。
[0023]专利技术详述
[0024]健康个体血液中的外排体包含细菌微生物组。这些外排体可由体内微生物或由被细菌感染的细胞产生。因此，可通过分离循环外排体并检测其中存在的微生物组分(例如微生物核酸)来评估患者的微生物组。这允许使用简单的血液外排体测试对患者的微生物组进行取样。这样的测试的结果可确定治疗选项和粪便移植(fecal implant)结果。微生物组在外排体中更稳定，因为它保护细胞免受免疫系统的影响并且还逃避免疫清除。患者的微
生物组可表示个体的整体健康状况并提供对许多疾病风险的潜在洞察。因此，可通过对患者的外源微生物组(exo
‑
microbiome)进行取样来针对多种疾病(例如癌症)或对治疗的响应筛选患者。
[0025]I.外排体
[0026]本文中使用的术语“微囊泡”和“外排体”是指具有约10nm至约5000nm，更通常30nm至1000nm，并且最通常约50nm至750nm的直径(或当颗粒不是球形时的最大尺寸)的膜性颗粒，其中外排体膜的至少一部分直接从细胞获得。最常见的是，外排体的尺寸(平均直径)达供体细胞尺寸的5％。本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.在患者中检测微生物组的方法，所述方法包括：(a)从患者获得体液样品；(b)分离所述体液样品的外排体级分；以及(c)检测所述外排体级分中存在的微生物大分子。2.权利要求1所述的方法，其中所述微生物组是微生物组特征标记。3.权利要求1所述的方法，其中所述微生物组包含两种或更多种细菌物种。4.权利要求1所述的方法，其中所述微生物大分子是微生物核酸分子。5.权利要求4所述的方法，其中所述微生物核酸分子是微生物DNA分子。6.权利要求5所述的方法，其中所述微生物核酸分子是微生物16SrRNA基因。7.权利要求4所述的方法，其中所述微生物核酸分子是微生物RNA分子。8.权利要求1所述的方法，其中所述微生物大分子是微生物蛋白质。9.权利要求2所述的方法，其中该微生物特征标记指示疾病的风险因素。10.权利要求9所述的方法，其中将该微生物特征标记与已知与疾病相关的微生物特征标记进行比较。11.权利要求10所述的方法，其中该微生物特征标记指示所述患者中的疾病。12.权利要求1所述的方法，其中所述患者是健康患者。13.权利要求1所述的方法，其中所述患者处于缓解中并且所述方法是检测复发的方法。14.权利要求1所述的方法，其中所述体...
【专利技术属性】
技术研发人员：拉古，
申请(专利权)人：得克萨斯州大学系统董事会，
类型：发明
国别省市：
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