本发明专利技术属法医遗传学领域，具体为针对X染色体上50个SNP位点基于MALDI-TOF MS平台检测的法医学复合扩增试剂盒。本发明专利技术的主要技术方法为单碱基延伸技术(SBE-PCR)和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术，利用X-SNP遗传标记对未知来源个体进行性别及其身份的鉴定，在复杂亲缘关系鉴定中也有不错的效果。该试剂盒包括用于复合扩增的50对引物混合物，同时扩增X染色体上的50个SNP位点，较方便地一次性检测50个X-SNP，并完成对未知个体的身份鉴定。的身份鉴定。
【技术实现步骤摘要】
基于MALDI-TOF MS平台检测的50个X-SNP的法医学复合扩增试剂盒
[0001]本专利技术涉及法医遗传学领域，具体涉及用于对未知个体进行性别及身份鉴定和及复杂亲缘关系鉴定的基于MALDI-TOF MS技术的50个X-SNP的法医学复合扩增试剂盒。
技术介绍
[0002]亲缘关系鉴定是法医遗传学中的重要组成部分，同时也是法医物证日常工作中最常见的研究内容。目前国内各鉴定机构的物证实验室常用的手段是对常染色体上的短串联重复序列(Short tandem repeats，STRs)进行检测分型，通过计算相关的法医学参数完成对亲缘关系的鉴定。通过这一方法基本能解决大部分鉴定案例，但在某些特殊的案件中，单纯使用常染色体遗传标记无法提供充分证据的时候，就需借助性染色体遗传标记。例如在父亲不在场的情况下，祖母与孙女的亲祖鉴定，同父异母的姐妹间的半同胞关系鉴定等需借助X染色体遗传标记分型的辅助分析手段进行鉴定分析。
[0003]现阶段法医遗传学将DNA的遗传标记分为两种类型：二等位遗传标记和多等位遗传标记，这种分类方法同样适用于X染色体。
[0004]多等位遗传标记就是日常检案中常用的STR标记，由于STR在人群中具有高度多态性、高杂合度等特点；同时，仅利用基于毛细管电泳(capillary electrophoresis,CE)的一代测序就可以对其进行分型，兼具快捷和廉价等优势，是当前DNA分析的主要方法。然而，STR分型技术往往对提取的DNA片段的完整性要求比较高，某些降解检材在大片段的STR位点的分型有可能丢失，显示NULL的分型，无法进行后续亲缘关系的分析；同时一些常用的STR基因座具有较高的突变率，在亲子鉴定中需要额外补充位点进一步的确认，以免错判。
[0005]二等位遗传标记分为单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)和插入/缺失(Insertion and deletion,InDel)两种类型，其中SNPs较多应用在法医遗传学中。SNP遗传标记是人类基因组中最常见的遗传变异类型，且含量丰富、分布广泛。相比于STR，SNP在人群中具有突变率低的优势，并且扩增长度大多在100bp左右，比较适合大片段降解的样本。同时，SNP更易于开展高通量的测序研究，与新兴发展的大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS)相契合，在日后的研究中展现出更好的研究价值。
[0006]目前关于SNP的检测方法有许多种：SNaPshot、焦磷酸测序(pyrosequencing)以及更多新兴发展的二代测序(next generation sequencing,NGS)技术。
[0007]SNaPshot技术是基于CE平台的方法，由于CE自身的限制，在一个反应体系中无法对大量的SNP进行处理，做不到对SNP的连续性检测，已经很少应用在日常的科研中。
[0008]焦磷酸测序技术可以有效地应对大量SNP的情况，且具有快速、直观等特点。但面对类似Poly-A尾巴存在的情况下，有可能在测序过程中出现结果不准确的情况。
[0009]基于Illumina平台的MiSeq技术是新兴发展起的测序技术，具有高通量、准确等优点，但由于其成本高昂，实验过程需要对实验人员进行较专业的技能培训导致无法广泛地应用于日常科研。
[0010]因此，本领域迫切需要开发一种通量高、快速、准确且低成本地X染色体分型的方法。
技术实现思路
[0011]本专利技术的目的就是提供一种通量高、快速、准确且低成本地X染色体分型的方法。
[0012]在本专利技术的第一方面，提供了一种X染色体核酸分型试剂盒，所述试剂盒包括：特异性检测A1组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；
[0013]A1组：
[0014][0015][0016]在另一优选例中，所述试剂盒还包括：特异性检测A2组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；
[0017]A2组：
[0018][0019]在另一优选例中，所述试剂盒还包括：特异性检测A3组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；
[0020]A3组：
[0021][0022]在另一优选例中，所述试剂盒还包括：特异性检测A4组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；
[0023]A4组：
[0024][0025]在另一优选例中，所述试剂盒还包括：特异性检测A5组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；
[0026]A5组：
[0027][0028]在另一优选例中，所述的检测试剂选自下组：引物、核酸芯片、PCR试剂盒、离子交换树脂，或其组合。
[0029]在另一优选例中，所述核酸检测试剂包括：所述的各X-SNP遗传标记位点的复合扩增引物和单碱基延伸反应引物。
[0030]在另一优选例中，所述试剂盒中含有A1组X-SNP遗传标记位点的复合扩增引物对和单碱基延伸反应引物，所述复合扩增引物对的序列如SEQ ID NO:1-20所示，并且所述单碱基延伸反应引物的序列如SEQ ID NO:101-110所示。
[0031]在另一优选例中，所述试剂盒中还含有A2组X-SNP遗传标记位点的复合扩增引物对和单碱基延伸反应引物，所述复合扩增引物对的序列如SEQ ID NO:21-40所示，并且所述单碱基延伸反应引物的序列如SEQ ID NO:111-120所示。
[0032]在另一优选例中，所述试剂盒中还含有A3组X-SNP遗传标记位点的复合扩增引物对和单碱基延伸反应引物，所述复合扩增引物对的序列如SEQ ID NO:41-60所示，并且所述单碱基延伸反应引物的序列如SEQ ID NO:121-130所示。
[0033]在另一优选例中，所述试剂盒中还含有A4组X-SNP遗传标记位点的复合扩增引物对和单碱基延伸反应引物，所述复合扩增引物对的序列如SEQ ID NO:61-80所示，并且所述单碱基延伸反应引物的序列如SEQ ID NO:131-140所示。
[0034]在另一优选例中，所述试剂盒中还含有A5组X-SNP遗传标记位点的复合扩增引物对和单碱基延伸反应引物，所述复合扩增引物对的序列如SEQ ID NO:81-100所示，并且所述单碱基延伸反应引物的序列如SEQ ID NO:141-150所示。
[0035]在另一优选例中，所述试剂盒中还包括标准品DNA，所述标准品DNA包括男性标准品DNA和/或女性标准品DNA。
[0036]在另一优选例中，所述男性标准品DNA为9948+男性标准品。
[0037]在另一优选例中，所述女性标准品DNA为9947A+女性标准品。
[0038]在本专利技术的第二方面，提供了一种X染色体分型的方法，包括步骤：
[0039](i)获得一待测样品；
[0040](ii)提供如本专利技术第一方面所述的试剂盒，将待测样品进行复合扩增反应以及单碱基延伸反应；
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【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种X染色体核酸分型试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：特异性检测A1组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；A1组：2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括：特异性检测A2组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；A2组：3.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括：特异性检测A3组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；A3组：
4.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括：特异性检测A4组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；A4组：5.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括：特异性检测A5组X-SNP遗传标记位点的核酸检测试剂；A5组...
【专利技术属性】
技术研发人员：边英男，李成涛，张轶伦，李敏，罗丽，
申请(专利权)人：司法鉴定科学研究院，
类型：发明
国别省市：
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