主要组织相容性复合体单核苷酸多态性制造技术

本发明专利技术涉及主要组织相容性复合体单核苷酸多态性，具体涉及一种用于为受体鉴定移植供体的核苷酸阵列、一种用于匹配移植供体和受体的核苷酸阵列和一种用于降低移植受体发展移植物抗宿主病的可能性的核苷酸阵列，所述核苷酸阵列包含对MHCγ区块中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因具有特异性的探针。本发明专利技术还涉及用于为受体鉴定移植供体的试剂盒。涉及用于为受体鉴定移植供体的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
主要组织相容性复合体单核苷酸多态性
[0001]本申请是分案申请，其原申请的申请号为201480067952.3，申请日为2014年10月15日，专利技术名称为“主要组织相容性复合体单核苷酸多态性”。


[0002]本专利技术涉及主要组织相容性复合体(MHC)的中心区域的γ基因组区块中的单核苷酸多态性(SNP)的鉴定，其可用于匹配移植供体与受体及确定疾病易感性。

技术介绍

[0003]主要组织相容性复合体(MHC)是在6号染色体的短臂上的大约4Mb的基因密集区域。MHC包含很多免疫应答基因，包括编码人类白细胞抗原(HLA)的基因。MHC也包含很多参与免疫应答和炎性反应的基因，并且与多种自身免疫和炎性疾病相关。
[0004]MHC通常作为完整区块得到遗传；然而，据显示在MHC的特定区域会以约1/100次减数分裂的频率发生重组。在这些重组热点之间，是长度至多几百kb的DNA基因组区块。因此，在一个群体中，许多无关个体(unrelated individuals)具有保守单倍型(haplotype)，或具有来自保守单倍型的重组区块。所述保守单倍型指“扩展单倍型”或“祖先单倍型”。
[0005]在MHC中有4个主要的基因组区块。这些基因组区块的精确界限是未知的，并且在主要基因组区块之间可能存在更小的基因组区块。主要区块为：α区块，其包括HLA
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A；β区块，其包括HLA
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B和HLA
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C；γ区块，其包括Bf、C2和C4基因；及δ区块，其包括HLA<br/>‑
DRB及DQB1基因。HLA
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A、HLA
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B、HLA
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C、HLA
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DRB1、HLA
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DQB1及HLA
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DPB1基因目前用于匹配移植供体和受体。因在δ区块和HLA
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DPB1的基因之间观察到高重组率，HLA
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DPB1可能是在δ区块的着丝粒侧的单独区块中。然而，HLA
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DPB1经常针对移植匹配而分型。据显示，HLA匹配对于干细胞移植后的结果改善至关重要。此外，Petersdorf等(2007)的研究显示，如果HLA匹配的供体和受体是单倍型匹配的，那么移植无关干细胞后的结果与HLA匹配但单倍型不匹配的供体/受体对相比会有所改善。在该研究中，来自供体和受体的基因组DNA被提取并且杂交到微阵列上，该微阵列包含被配置成检测HLA等位基因间的物理连锁的寡核苷酸探针。所述方法不适于常规HLA分型，且迄今为止未有用于评估或改善单倍型匹配可能性的常规测试的描述。
[0006]在分子生物学的某些方面，单倍型被描述为存在于2个核苷酸多态性之间的物理连锁。当提及HLA和MHC时，术语单倍型用于描述整个MHC，其跨度至少在HLA
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A到HLA
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DQB1的范围内。所述区域跨度为大约4Mb并且通常完整遗传。
[0007]某些单倍型在历时最多数千代后仍保持完整，并且除了在无关个体间的少量SNP外，其在序列上保持同一。不同的祖先单倍型包含HLA等位基因的独特组合，并且在整个MHC的许多区域具有独特的序列内容。与HLA匹配但单倍型不匹配的个体相比，单倍型/HLA匹配的个体具有减少的移植物抗宿主病(GVHD)，这可能是因为单倍型匹配个体共享完整的或部分祖先单倍型并且因此也共享许多独特序列。
[0008]最佳的干细胞供体是同卵双胞胎，其次是HLA单倍同一性兄弟姐妹。鉴定HLA单倍同一性兄弟姐妹的相对低的可能性经常导致需要鉴定适合的无关的HLA匹配的供体，其可
以通过供体登记来获得。然而，就算是HLA匹配的，成功结果的可能性通常仍低于单倍同一性兄弟姐妹。认为结果差距的一个原因可能是单倍同一性兄弟姐妹在MHC内的其它基因或序列上匹配，这可能有助于移植结果。
[0009]GVHD是同种异基因组织移植后常见的并发症。其通常与干细胞或骨髓移植有关，但该术语也适用于其它形式的组织移植。组织(移植物)中的免疫细胞(白细胞)识别受体(宿主)为“外来的”。该疾病的急性或暴发性形式(aGVHD)通常在移植后100天内观察到，并且由于关联的发病率和死亡率，其是移植的主要挑战。急性移植物抗宿主病以选择性破坏肝、皮肤(皮疹)、粘膜和胃肠道为特征。较新的研究表明移植物抗宿主病的其它靶器官包括免疫系统(造血系统，例如，骨髓和胸腺)自身和特发性肺炎形式的肺。
[0010]急性GVHD凭借受累器官的数量和程度来分期和分级(0
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IV)。IV级GVHD患者通常具有不良预后。如果GVHD是严重的并且要求包含类固醇和其它试剂的强烈免疫抑制来控制，则患者可能由于免疫抑制而发展严重的感染并且可能死于感染。
[0011]因此，仍然需要鉴定受体的移植供体的测试方法，以使受体发展aGVHD、特别是IV期(威胁生命)aGVHD的风险减少。

技术实现思路

[0012]本专利技术的专利技术人描述了在MHC的γ区块编码或非编码部分中鉴定独特的DNA序列核苷酸或单核苷酸多态性(SNP)，其位于MHC的HLA
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B/C区块(δ区块)和HLA
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DRB/DQB区块(δ区块)之间。多种鉴定出的SNP对多种祖先单倍型是通用的，而其他鉴定出的SNP对祖先单倍型是特异性的。当一起使用时，这些SNP提供了γ区块SNP谱(GBSP)。专利技术人示出：大部分无关、随机个体并且因此不可能为HLA匹配的个体，具有独特的或不匹配的GBSP，而具有相同GBSP的个体可能是HLA匹配的。因此，所述SNP或GBSP可用于为需要移植的受体鉴定移植供体。通过同时在潜在的移植供体和受体中匹配MHCγ区块的SNP或GBSP，移植受体因HLA不匹配供体而发展GVHD的风险降低。另外，当在无关的潜在移植供体和受体中匹配MHC SNP或GBSP且存在单个HLA型不匹配时，5年后生存的机会大大提高。
[0013]因此，本专利技术的第一方面提供一种为需要移植的受体鉴定移植供体的方法，所述方法包括：
[0014]a)确定在需要移植的所述受体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在；
[0015]b)确定在一个或多个潜在移植供体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在；及
[0016]c)基于同时在所述移植供体和需要移植的所述受体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在，鉴定移植供体。
[0017]在一个实施方式中，所述方法包括：基于同时在移植供体和需要移植的受体的MHCγ区块中至少24个单核苷酸多态性等位基因的存在，鉴定移植供体。
[0018]在一个实施方式中，所述单核苷酸多态性在C4基因中。
[0019]在一个特定实施方式中，所述单核苷酸多态性等位基因选自C2321、T9763、C9796、T9819、T9881、T10289、T10309、C10676、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于为受体鉴定移植供体的核苷酸阵列，所述核苷酸阵列包含对MHCγ区块中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因具有特异性的探针。2.如权利要求1所述的核苷酸阵列，其中，所述为受体鉴定移植供体包括：a)通过使MHCγ区块中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因与所述探针杂交来确定在所述受体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在；b)通过使MHCγ区块中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因与所述探针杂交来确定在所述移植供体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在；和c)基于同时在所述移植供体和所述受体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在，鉴定受体的移植供体。3.一种用于匹配移植供体和受体的核苷酸阵列，所述核苷酸阵列包含对MHCγ区块中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因具有特异性的探针。4.如权利要求3所述的核苷酸阵列，其中，所述匹配移植供体和受体包括：a)通过使MHCγ区块中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因与所述探针杂交来确定在所述受体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在；b)通过使MHCγ区块中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因与所述探针杂交来确定在所述移植供体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在；和c)基于同时在所述移植供体和所述受体的MHCγ区块中一个或多个单核苷酸多态性等位基因的存在，匹配移植供体和受体。5.如权利要求1至4中任一项所述的核苷酸阵列，其中，所述探针是寡核苷酸探针。6.如权利要求5所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针被配置成检测HLA等位基因间的物理连锁。7.如权利要求5所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针对C4基因中的一个或多个单核苷酸多态性等位基因具有特异性。8.如权利要求5所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针对至少24个单核苷酸多态性等位基因具有特异性。9.如权利要求8所述的核苷酸阵列，其中，所述24个单核苷酸多态性等位基因位于C4基因中。10.如权利要求5所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针对选自C2321、T9763、C9796、T9819、T9881、T10289、T10309、C10676、A11437、A11483、G12071、A12152、A12568、A12837、G12749、A12877、A13189、C13193、A13950、A14483、T14563、T14757、A14831、T14952、G15108、C16954、T17316、T19588和/或A20170的一个或多个单核苷酸多态性等位基因具有特异性。11.如权利要求5所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针对C2321、T9763、C9796、T9819、T9881、T10289、T10309、C10676、A11437、A11483、G12071、A12152、A12568、A12837、G12749、A12877、A13189、C13193、A13950、A14483、T14563、T14757、A14831、T14952、G15108、C16954、T17316、T19588和A20170中的每一个都具有特异性。12.如权利要求5所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针包含SEQ ID No:3、SEQ ID No:4和SEQ ID No:9。13.如权利要求12所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针还包含SEQ ID No:10。
14.如权利要求12所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针还包含SEQ ID No:5
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8和10
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50中的一个或多个。15.如权利要求5所述的核苷酸阵列，其中，所述寡核苷酸探针带有可检测标记。16.一种用于降低...

【专利技术属性】
技术研发人员：D，
申请(专利权)人：康内西奥基因组学私人有限公司，
类型：发明
国别省市：