分析绵羊耳部大小的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术公开一种分析绵羊耳部性状的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用，涉及生物技术领域，本发明专利技术提供了能够分析绵羊耳部性状特征的1920个SNP位点组合，其物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定，利用1920个SNP位点组合制成的分子探针组合、基因芯片、试剂盒能够对绵羊个体进行遗传评估，对早期难以度量的耳部性状进行个体选择，缩短世代间隔，加速育种进程，从而节约大量的育种成本。

【技术实现步骤摘要】
分析绵羊耳部大小的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用
本专利技术涉及生物
，具体涉及生物检测
，更具体的涉及分析绵羊耳部大小的基因芯片、分子探针组合、试剂盒及应用。
技术介绍
耳朵类型是现在家畜品种的一个重要性状，耳朵大小是其重要的表型之一。而绵羊耳朵不仅是绵羊重要性状之一，还是广受欢迎的食材；此外，有研究表明绵羊和人类耳朵在结构上较为相似，因此其还能作为人类耳朵相关医学研究中的模型；而且，绵羊耳部性状在绵羊品种溯源及种质资源的保护、开发利用也具有重要意义。为了更好的开展绵羊耳朵大小的研究，已经有越来越多的科研工作者利用基因分析研究绵羊耳部面积性状，目前，分子标记技术由于其准确度高、可操作性强等优点越来越受到重视，其中基于单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphisms,SNP）的分子标记技术应用得越来越广泛。SNP作为生物基因组中的一种遗传分子标记，在动植物遗传进化分析、重要经济形状筛选、分子育种等方面起着越来越重要的作用。基于SNP的SNP芯片是进行现代遗传育种便捷高效的工具，由于其容易实现SNP高通量、自动化检测，可以检测出基因组DNA上每个碱基对的变化，包括插入、缺失、颠倒、转换等，已经成为非常理想的SNP检测技术，在绵羊育种领域中的运用也越来越多。尽管绵羊现有的商业化SNP芯片有IlluminaOvineSNP50Beadchip（50K）、IlluminaSheepHDGenotypingBeadchip（680K）和IlluminaOvineLD（5K），能够覆盖绵羊全基因组的超过54K个SNP位点，可用于遗传育种、全基因组关联分析、数量性状基因座定位、基因优选及比较基因组学等研究。但是现有的绵羊SNP芯片主要依据西方品种绵羊的数据，缺乏中国绵羊品种与国外绵羊品种结合的SNP数据，存在位点均匀性不足、对功能性位点和区域的体现不足、超过10%的位点在中国绵羊群体为极低频位点等诸多问题，设计一款适用于中国绵羊群体且能对耳部面积性状进行快速有效检测SNP芯片，有着十分重要的意义。
技术实现思路
为满足我国当前绵羊品种研究以及农业生产上对绵羊耳部面积检测的需求，本专利技术提供了一种分析绵羊耳部性状的分子探针组合、基因芯片、试剂盒及应用，利用本专利技术提供的位点信息，能够快速准确的实现绵羊耳部大小沉积评价、品种筛选、品种鉴定、品种溯源、绵羊育种，有利于种质资源保护以及种质资源改良，耗时短、成本低、市场效益广阔。为实现本专利技术的技术目的，本专利技术提供以下技术方案：第一方面、1920个SNP位点组合在分析绵羊耳部大小的应用，所述1920个SNP位点组合的物理位置如表1所示：表11920个位点组合的位置信息其物理位置基于绵羊v4.0基因组序列比对确定。第二方面、分析绵羊耳部大小的方法，将待测绵羊的基因组DNA的1920个SNP位点基因型与对照绵羊基因组DNA的所述1920个SNP位点基因型进行比较；其中，所述1920个SNP位点为表1所述的1920个SNP位点。第三方面、分析绵羊耳部大小的分子探针组合，所述分子探针组合检测待测样品中如表1所示的SNP位点组合，所述表1中的位点组合的物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定。第四方面、分析绵羊耳部大小的基因芯片，所述基因芯片负载有第三方面所述的分子探针组合。第五方面、分析绵羊耳部大小的试剂盒，其具有第三方面所述的分子探针组合或第四方面所述的基因芯片。第六方面、分析绵羊耳部大小的方法，应用第三方面所述的分子探针组合或第四方面所述的基因芯片或第五方面所述的试剂盒对待测样品进行检测。第七方面、第三方面所述的分子探针组合或第四方面所述的基因芯片或第五方面所述的试剂盒具有如下任一所述的用途：（1）在绵羊耳部大小评价中的应用；（2）在绵羊品种筛选的应用；（3）在绵羊品种鉴定中的应用；（4）在绵羊品种溯源中的应用；（5）在绵羊育种中的应用；（6）在种质资源保护中的应用；（7）在种质资源改良中的应用；（8）在绵羊系谱重构中的应用。有益效果：1、本专利技术基于对国内外众多绵羊的遗传资源研究，提供一种仅由1920个SNP位点组成的分析绵羊耳部大小的SNP位点组合，本专利技术提供的SNP位点组合不仅具有国内外通用性好，还能快速从基因水平上对早期不能显现的绵羊耳部大小性状进行评价，获取更准确的育种评估信息，控制育种进程，利用上述位点组合还能对绵羊品种进行筛选、鉴定和溯源，为种质资源保护和种质资源的改良提供技术支持。2、本专利技术提供的分析绵羊耳部大小的探针组合、基因芯片、试剂盒还具有通量小、成本低，分析更容易的特点，普适性广，市场前景广阔。附图说明图1是瓦格吉尔羊Vs设德兰羊（WGRversusSHE）组的曼哈顿图；图2是多浪羊Vs设德兰羊（DLSversusSHE）组的曼哈顿图；图3是本申请对群体阈值分析的判定结果进行了显著性检验的结果图。具体实施方式下面参考具体实施方式的详细描述来进一步阐明本专利技术，但这些实施例仅仅是说明性的，而不能理解为对本专利技术的限制。若未特别指明，实施例中所采用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段，可以参照《生物信息学与功能基因组学》原著第三版或者相关书籍进行，所采用的生物信息软件和产品也均为可商业获得的。未详细描述的各种过程和方法是本领域中公知的常规方法，所用材料来源、商品名以及有必要列出其组成成分者，均在首次出现时标明，其后所用相同试剂如无特殊说明，均以首次标明的内容相同。此外，还需要说明的是，本专利技术提供的位点组合及应用均是专利技术人经过艰苦的创造性劳动和优化工作才得以完成。在本文前述的位点组合部分中所描述的特征和优点，同样适用于基于位点组合所形成的分子探针组合、基因芯片、试剂盒以及其应用，在此不再赘述。需要说明的是，本专利技术所称的绵羊耳部大小是根据耳部面积的大小划分，常规面积的耳朵面积为大耳朵，发生变异的小耳畸形为小耳朵。本专利技术的所称的SNP是指单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymorphism），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，所述单个核苷酸的变异包括由单个碱基的转换、颠换、插入或缺失所导致的变异。需要说明的是，本专利技术所称的分子标记为一切可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质，包括但不限于基于分子杂交的分子标记，如RFLP、MinisatelliteDNA；基于PCR技术的分子标记，如RAPD、STS、SSR和SCAR；基于限制性酶切和PCR技术的DNA标记；基于DNA芯片技术的分子标记，如SNP；基于EST数据库发展的分析标记技术等。本专利技术提供的分子标记可以用于基因组作图、和基因定位研究、基于图谱的基因克隆、物种亲缘关系和系统分类等。需要说明的是，本专利技术所称本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.1920个SNP位点组合在分析绵羊耳部大小的应用，所述1920个SNP位点组合的物理位置如表1所示，其物理位置基于绵羊 v4.0基因组序列比对确定。/n

【技术特征摘要】
1.1920个SNP位点组合在分析绵羊耳部大小的应用，所述1920个SNP位点组合的物理位置如表1所示，其物理位置基于绵羊v4.0基因组序列比对确定。


2.分析绵羊耳部大小的方法，将待测绵羊的基因组DNA的1920个SNP位点基因型与对照绵羊基因组DNA的所述1920个SNP位点基因型进行比较；
其中，所述1920个SNP位点为权利要求1所述的1920个SNP位点。


3.分析绵羊耳部大小的分子探针组合，所述分子探针组合检测待测样品中如表1所示的SNP位点组合，所述表1中的位点组合的物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定。


4.分析绵羊耳部大小的基因芯片，所述基因芯片负载有权利要求3所述的分子探针组合。

【专利技术属性】
技术研发人员：李孟华，李心，罗凌云，杨继，吕锋骅，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：北京;11