一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用制造技术

本发明专利技术提供了一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用，通过全基因组关联分析（GWAS）技术方法，首次在斑点叉尾鮰基因组上筛选到位于20号染色体上的2个与增重性状相关联的SNP分子标记。该SNP位点的多态性与斑点叉尾鮰的增重性状显著关联，所述的SNP分子标记连锁遗传，具有增重优势的斑点叉尾鮰基因型为TG/TG型。

【技术实现步骤摘要】
一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用
本专利技术属于鱼类生长性状的分子标记选择
，涉及一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及应用，具体涉及2个与斑点叉尾鮰增重性状相关的SNPs分子标记及其应用。
技术介绍
随着高通量测序技术的进步和成本的降低，基于基因组测序的GWAS研究逐渐应用于动植物各种性状遗传解析。GWAS在育种领域的应用最早在奶牛中开展，Daetwyler等（2008）、Pryce等（2010）先后在奶牛基因组中筛选出与奶牛泌奶和泌奶持续力等性状相关的SNPs位点。在水产动物基因组学领域，最近几年GWAS研究方法已发展成为最为热点的研究方向之一，为进一步解析控制水产动物复杂数量性状的遗传基础和挖掘育种潜在功能基因和分子标记提供了无限可能。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记及其应用，通过全基因组关联分析首次在斑点叉尾鮰第20号染色体上筛选到2个与增重性状相关联的SNP分子标记。本专利技术主要利用BGISEQ-500平台对来自不同家系，但初始体质量相当的斑点叉尾鮰选育群体开展全基因组重测序，并将全基因组SNPs变异与增重性状进行关联分析，挖掘控制增重性状的重要SNP分子标记。为了减小环境因素对实验结果的影响，所有的家系子代在相同的环境中养殖，且投放的试验鱼具有相似的规格。本专利技术获得的SNP标记可以用于斑点叉尾鮰分子标记辅助育种，选择具有增重优势的个体作为苗种繁育的亲本。为了实现上述目的，本专利技术通过以下技术方案实现：用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其位于rrp44基因第9个内含子中。优选的，第一个SNPs标记位于20号染色体的第14657971个碱基处，突变类型为C/G，命名为g.20.14657971C>T，其核苷酸序列如序列SEQIDNO.1所示；和/或，第二个SNPs标记位于20号染色体的第14658012个碱基处，突变类型为C/T，命名为g.20.14658012C>G，其核苷酸序列如序列SEQIDNO.2所示。序号序列SEQIDNO.1TACTAACTAGSCTCTTTAAAASEQIDNO.2GTTGAAAACTYTGATTTTTAC优选的，所述第一个SNPs标记的序列第11位碱基Y是C或T，所述第二个SNPs标记的序列第11位碱基S是C或G。优选的，SNP位点的基因型为TG和/或CC型。作为本专利技术的另一方面，本专利技术提供一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记的筛选方法，其包括以下步骤，1)提取待测鱼样本的DNA，构建斑点叉尾鮰基因组重测序文库，在BGISEQ-500测序平台上对所有文库进行PE150双端测序；2)获得待测鱼样本的每月增重量；3)测序数据过滤与SNPs分型：测序的原始数据经过滤和质控后，与斑点叉尾鮰参考基因组比对，使用GATK软件检测SNPs，ANNOVAR软件注释捕获到的变异，VCFtools软件确定遗传变异的遗传位置；4)生长性状全基因组关联分析：使用SNP&VariationSuitv8.5.0软件的单位点混合线性模型GWAS（EMMAX）进行增重性状的全基因组关联分析，获得目标SNP分子标记。优选的，将获得的所述目标SNP分子标记使用SHEsis软件进行连锁分析。作为本专利技术的另一方面，本专利技术提供一种用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记的应用。优选的，用于斑点叉尾鮰分子标记辅助育种，选择具有增重优势的个体作为苗种繁育的亲本。本专利技术的有益效果如下：本专利技术运用全基因组关联分析（Genomewideassociationstudy，GWAS）技术方法在斑点叉尾鮰全基因组范围内筛选得到与其增重性状相关的SNPs分子标记，进一步采用基于Sanger测序的基因分型技术在另外一个选育群体中对2个SNPs分子标记与斑点叉尾鮰增重性状相关性进行验证。为斑点叉尾鮰增重性状分子标记辅助育种提供了2个新的SNP分子标记。附图说明图1为三种基因型斑点叉尾鮰的每月增重统计，注：**p<0.01;*p<0.05。具体实施方式实施例1与斑点叉尾鮰增重性状相关的SNP分子标记的筛选1.养殖实验不同斑点叉尾鮰家系幼鱼独立养殖180日龄后，从各家系中选择规格相当的幼鱼50尾，记录其体重数据，并在每条鱼腹腔内注射一枚带有12位识别码的PIT电子标签。伤口完全愈合后，所有实验鱼投放至一口0.2hm2大小的池塘内混合养殖，养殖过程中严格执行“定时、定点、定量”投喂原则，。2.实验样品采集养殖一年后，捕获试验鱼，再次记录每条鱼的体重数据，同时采集试验斑点叉尾鮰尾鳍组织用于DNA提取。根据养殖前后体重数据，计算每条鱼的每月增重量。3.基因组DNA的提取与检测从试验鱼的尾鳍中提取基因组DNA，制备斑点叉尾鮰全基因组DNA样品。分别使用Qubit和1%琼脂糖凝胶电泳对样品进行质控，合格的DNA（总量>3µg；浓度>30ng/µL；OD260/OD280=1.80~2.00）用于下一步测序文库构建。1.文库构建与测序使用CovarisE220（Covaris,Brighton,UK）超声波将每个样品基因组DNA打断成50bp∼800bp的DNA片段。使用AgencourtAMPureXPbeads磁珠试剂盒（Beckman,Krefeld,Germany）进一步钓取100bp~300bpDNA片段。然后将钓取的DNA片段末端修复，并在3’端添加dATP以获得粘性末端。将带有dTTP尾的接头序列连接到每个样品DNA片段的两端，以区分各个样品。然后使用滚环扩增技术将单链环状DNA扩增8个循环。按照以下步骤进行单链环化处理：PCR产物与一个特殊分子一起热变性，该特殊分子与PCR产物的一条特殊链反向互补，并用DNA连接酶连接单链分子。剩余的线性分子用核酸外切酶消化，最终得到单链环状DNA，303个样品最终混合构建19个测序文库。在BGISEQ-500测序平台上对所有文库进行PE150双端测序。2.测序数据过滤与SNPs分型BGISEQ-500测序平台产生的原始数据下机后开始进行生物信息学分析。为了提高序列质量，使用Trimmomatic（version0.36）软件对原始数据进行过滤。每个样本的正向和反向FASTQ序列作为输入文件，软件的参数为“LEADING:3TRAILING:3SLIDINGWINDOW:4:15MINLEN:75”。获得的高质量reads用于后续分析。在303个样本的cleanreads中鉴定全基因组SNPs变异。使用BWA软件（bwamem-k32）将高质量的cleanreads与斑点叉尾鮰参考基因组序列进行比对。将SAM格式文件导入SAMtools软件进行序列排序和合并，结合Picard软件删除重复reads。使用GATK软件（version2.4-9）本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：位于

【技术特征摘要】
1.用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：位于rrp44基因第9个内含子中。


2.如权利要求1所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：第一个SNPs标记位于20号染色体的第14657971个碱基处，突变类型为C/G，命名为g.20.14657971C>T，其核苷酸序列如序列SEQIDNO.1所示；和/或，
第二个SNPs标记位于20号染色体的第14658012个碱基处，突变类型为C/T，命名为g.20.14658012C>G，其核苷酸序列如序列SEQIDNO.2所示。


3.如权利要求2所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：所述第一个SNPs标记的序列第11位碱基Y是C或T，所述第二个SNPs标记的序列第11位碱基S是C或G。


4.如权利要求1-3任一项所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记，其特征在于：SNP位点的基因型为TG和/或CC型。


5.权利要求1-3任一项所述的用于选择斑点叉尾鮰增重性状的SNP分子标记的筛选方法，其特征在于：包括以下步骤，...

【专利技术属性】
技术研发人员：张世勇，陈校辉，钟立强，王明华，刘洪岩，邵俊杰，边文冀，
申请(专利权)人：江苏省淡水水产研究所，
类型：发明
国别省市：江苏;32