一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记及方法技术

本发明专利技术公开一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记及方法，所述InDel分子标记的碱基序列选自：SEQ ID NO.1；鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的方法包括以下步骤：S1、获取香菇的DNA；S2、PCR扩增香菇的DNA；S3、PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳；S4、根据电泳条带的数量和长度判断香菇的交配型；本发明专利技术提供的InDel位点和引物为香菇A交配型鉴定提供了一种新方法。

【技术实现步骤摘要】
一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记及方法
本专利技术涉及生物
，具体是一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记、引物组合物、试剂盒及方法。
技术介绍
香菇作为最重要的栽培食用菌，对其交配型多态性的研究一直受到遗传育种学者的高度重视。香菇属于四级性异宗结合食用菌，A位点上的交配型基因控制锁状细胞的形成、双核的配对、双核的同步分裂、锁状细胞与顶端细胞间隔膜的形成。B位点上的交配型基因控制核的迁移、细胞隔膜的融解、锁状细胞与次顶端细胞的融合。现有报道，中国香菇自然群体中据测算存在121种A特异型和151种B特异型，可以产生18000多种交配型。交配型和交配型相关基因的研究是揭示真菌有性生殖机制的关键。交配型基因位点的解析有利于了解异宗配合真菌的性亲和系统作用机制，也是食用菌遗传育种、菌种改良的基础。早期研究认为不同的MAT基因来源于染色体上同一DNA保守区，这些区域发生定向或非定向突变，导致不同交配方式的产生，因此同宗配合和异宗配合为共同起源。近年来，在基因组测序的基础上，担子菌中对香菇、草菇、灵芝、金针菇等交配型位点的研究不断取得进展，交配型位点被发现和鉴定以来，科学家进行了大量的研究，明确了其中一些基础性的问题，如MAT基因与交配型控制、MAT基因的信号通路及上下游基因等。因此，进一步围绕交配型基因开展有性生殖机制的深入研究，在不同的真菌中分析交配型基因的结构、功能和亲缘关系，对担子菌生长发育和遗传进化的研究仍具有重要的意义。此外，交配型基因能够控制食用菌杂交和有性繁殖过程，全面和深入了解交配型系统的分子遗传学结构并开发有效鉴定交配型的分子标记，将有助于我们解决食用菌产业发展中的育种相关科学问题。香菇目前最常用的新品种选育手段是杂交育种，而单核体是香菇杂交育种和进行遗传学研究的重要中间材料。单核体的鉴定通常采用显微镜检确认是否存在锁状联合来判断，而鉴定单核体的交配型则需要进行大量的配对和显微镜检工作，且工作量随着单核群体数量的增加而增加，多轮交配通常需耗时2个月左右，并且容易发生人为因素误检。综上所述，目前还缺少一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A快速、准确、高效鉴定的技术手段。
技术实现思路
本专利技术提供一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A快速、准确、高效鉴定的InDel分子标记、引物组合物、试剂盒及方法。为达此目的，本专利技术提供如下的技术方案：本专利技术的第一个方面，提供了一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记，所述InDel分子标记的碱基序列选自：SEQIDNO.1。SEQIDNO.1：AGTAGAAGTCGTAGT。优选的，所述香菇包括申香8号、申香10号、申香12号、申香215、香杂26、菌兴8号、N5、N6、241-4、武香1号、闽丰1号、沪香F2、金地香菇、庆元9015、Q1、931、L26、L808、Jang808、868、王Japan、香菇Cr02、Cr04、Cr62、华香8号、赣香1号、香如、浙香6号、0912、212、3176、L135、苏香、L952。本专利技术的第二个方面，提供了一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的引物组合物，所述引物组合物包括：扩增SEQIDNO.1的引物：SEQIDNO.2：5’-GTGAAGAGTAACACGGTGAG-3’SEQIDNO.3：5’-ACGAGGATAGTCAGAATCCC-3’。优选的，所述香菇包括申香8号、申香10号、申香12号、申香215、香杂26、菌兴8号、N5、N6、241-4、武香1号、闽丰1号、沪香F2、金地香菇、庆元9015、Q1、931、L26、L808、Jang808、868、王Japan、香菇Cr02、Cr04、Cr62、华香8号、赣香1号、香如、浙香6号、0912、212、3176、L135、苏香、L952。本专利技术的第三个方面，提供了一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的试剂盒，所述试剂盒包括鉴定SEQIDNO.1碱基序列的碱基、蛋白或化合物。优选的，所述试剂盒包括：扩增SEQIDNO.1的引物：SEQIDNO.2：5’-GTGAAGAGTAACACGGTGAG-3’SEQIDNO.3：5’-ACGAGGATAGTCAGAATCCC-3’。优选的，所述香菇包括申香8号、申香10号、申香12号、申香215、香杂26、菌兴8号、N5、N6、241-4、武香1号、闽丰1号、沪香F2、金地香菇、庆元9015、Q1、931、L26、L808、Jang808、868、王Japan、香菇Cr02、Cr04、Cr62、华香8号、赣香1号、香如、浙香6号、0912、212、3176、L135、苏香、L952。本专利技术的第四个方面，提供了一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的方法，包括以下步骤：S1、获取香菇的DNA；S2、PCR扩增香菇的DNA；S3、PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳；S4、根据电泳条带的数量和长度判断香菇的交配型。优选的，步骤S4的判断方法为：当扩增出大小分别为164bp和149bp的2个条带，鉴定香菇为A交配型。优选的，步骤S3中PCR扩增的引物的碱基序列选自：SEQIDNO.2、SEQIDNO.3。优选的，所述香菇包括申香8号、申香10号、申香12号、申香215、香杂26、菌兴8号、N5、N6、241-4、武香1号、闽丰1号、沪香F2、金地香菇、庆元9015、Q1、931、L26、L808、Jang808、868、王Japan、香菇Cr02、Cr04、Cr62、华香8号、赣香1号、香如、浙香6号、0912、212、3176、L135、苏香、L952。优选的，步骤S2的PCR扩增的条件为：94℃预热5min；94℃变性45s，62℃退火45s，72℃延伸45s，35个循环；72℃延伸5min。优选的，步骤S1中获取香菇的DNA的方法包括：用接种针挑取少量香菇菌丝置于离心管中(装有100uL1×TEbuffer的0.2mL)，放置于PCR仪上97℃保持5min，随后立即置于冰上冷却并用枪反复吸打20次，可快速获得基因组DNA，为了确保DNA的最佳使用状态和试验结果的准确性，DNA即制即用。本专利技术在对香菇菌株重测序的基础上，针对交配因子序列中的InDel位点设计了特异引物对，根据InDel分子标记扩增结果确定香菇菌株孢子单核体的交配型，以提高鉴定效率和准确率，并为食用菌遗传育种工作提供参考。本专利技术所提供的分子标记、方法以及实验路线和获得的研究经验可以为克隆其它食用真菌的交配型位点提供指导，利用担子菌全基因组序列信息，为拓展食用菌分子遗传学研究领域提供有益的借鉴。与现有技术相比，本专利技术有益效果及显著进步在于：本专利技术获得了可以用于鉴别香菇交配型A的类型的分子标记、引物组合物、试剂盒及方法。本专利技术提供的I本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记的碱基序列选自：SEQ ID NO.1。/n

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记的碱基序列选自：SEQIDNO.1。


2.如权利要求1所述的一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的InDel分子标记，其特征在于，所述香菇包括申香8号、申香10号、申香12号、申香215、香杂26、菌兴8号、N5、N6、241-4、武香1号、闽丰1号、沪香F2、金地香菇、庆元9015、Q1、931、L26、L808、Jang808、868、王Japan、香菇Cr02、Cr04、Cr62、华香8号、赣香1号、香如、浙香6号、0912、212、3176、L135、苏香、L952。


3.一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的引物组合物，其特征在于，所述引物组合物包括：
扩增SEQIDNO.1的引物：
SEQIDNO.2：5’-GTGAAGAGTAACACGGTGAG-3’
SEQIDNO.3：5’-ACGAGGATAGTCAGAATCCC-3’。


4.一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括鉴定SEQIDNO.1碱基序列的碱基、蛋白或化合物。


5.如权利要求4所述的一种用于鉴定香菇同一菌株不同单核体交配型A的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：
扩增SEQIDNO.1的引物：
SEQIDNO.2：5’-GTGAAGAGTAACACGGTGAG-3’
SEQIDNO.3：5’-ACGAGGATAGTCAG...

【专利技术属性】
技术研发人员：于海龙，沈秀芬，章炉军，张美彦，尚晓冬，宋春艳，谭琦，李巧珍，刘建雨，张丹，
申请(专利权)人：上海市农业科学院，
类型：发明
国别省市：上海;31