检测DNA甲基化的试剂及用途制造技术

本文公开一种鉴定甲状腺结节性质的方法，包括检测样品中选自以下(1)和(2)所述区域的DNA甲基化水平：(1)选自以下的一个或多个基因的片段：SLC16A3、DNM2、IL17C、CDH1、TSHR、BIN1、SLC17A5，(2)(1)所述基因的上下游10Kb以内的核酸区域。核酸区域。

【技术实现步骤摘要】
检测DNA甲基化的试剂及用途


[0001]本专利技术属于分子辅助诊断领域，具体涉及在甲状腺结节良恶性筛查中的应用。

技术介绍

[0002]DNA甲基化是表观遗传的一种机制，是真核细胞基因组常见的表观遗传学修饰，也是脊椎动物DNA在不改变DNA序列的情况下重要的自然化学修饰方式，在细胞增殖、分化、发育等方面起重要作用，与肿瘤的发生、发展关系密切。DNA甲基化在体内有着重要作用，其效应有转录抑制、染色质结构调节、X染色体失活、基因组印记等，DNA甲基化异常可以通过影响染色质结构以及癌基因和抑癌基因的表达而参与肿瘤的发生和进展。
[0003]CpG二核苷酸是哺乳动物发生DNA甲基化的最主要靶点，分布于整个染色体组。健康人基因组中，CpG岛中的CpG位点通常处于非甲基化状态，而在CpG岛外的CpG位点则通常高甲基化，这种甲基化的形式在细胞分裂的过程中能够稳定保留。当肿瘤发生时，通常抑癌基因非CpG岛区的CpG位点甲基化程度降低，而CpG岛中的CpG则呈高度甲基化状态，导致染色质结构改变及抑癌基因表达的降低。
[0004]随着过去十几年来遗传学和表观遗传学的不断发展，越来越多的研究者认识到肿瘤的发生并不完全由遗传基因决定，表观遗传学的后天影响同样发挥重要作用。甲状腺癌中的表观遗传学改变主要体现为抑癌基因和甲状腺相关基因的异常甲基化。研究甲状腺癌的DNA甲基化可以为我们提供新的分子标志物，为早期诊断、治疗方案选择和预后评估提供可靠依据。
[0005]甲状腺结节(Thyroid nodules)是甲状腺细胞异常增生后在甲状腺组织中形成的团块。甲状腺结节非常常见，尽管大多数甲状腺结节是良性的，但还是有一小部分甲状腺结节进展为甲状腺癌。为了更早期诊断和治疗甲状腺癌，同时降低非必要的手术，需要对甲状腺结节进行良恶性鉴别。
[0006]目前对甲状腺结节的评估主要通过超声检查(ultrasonography,US)和细针穿刺活检(fine needle aspiration biopsy,FNAB)。在甲状腺结节的诊断程序中，US是目前敏感性最高的检查方法，可测量结节的大小、确定结节的内部结构等。提示甲状腺结节为恶性的US征象包括：结节的高度大于宽度(OR＝10.15)、缺乏声晕(OR＝7.14)、微小钙化(OR＝6.76)、边界不规则(OR＝6.12)、回声减低(OR＝5.07)、实性结节(OR＝4.69)、结节内部血流丰富(OR＝3.76)等。直径＞1cm，且超声检查有恶性征象的结节再行FNAB判断结节性质。细胞学检查结果中还有高达20％的结节为不确定甲状腺结节(indeterminate thyroid nodules)，这部分结节需要结合分子检测。市面上已有Gene Expression Classifier和ThyroSeqv2产品，前者阳性预测值(positive predictive value,PPV)很低，只有46％；后者PPV也只有42％
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77％。因此需要更精确的分子诊断工具。
[0007]本领域仍需用于甲状腺结节诊断的高特异性、高灵敏度方法。

技术实现思路

[0008]本专利技术的目的是提供检测DNA甲基化的试剂及其在甲状腺结节良恶性筛查中的用途。
[0009]本专利技术第一方面提供一种分离的来自哺乳动物的核酸分子，选自以下各组中的一组或多组或与其具有至少70％相同性的变体：(a)7号染色体的片段和6号染色体的片段，(b)2号染色体的片段和19号染色体的片段，(c)2号染色体的片段和17号染色体的片段，(d)17号染色体的片段、19号染色体的片段和16号染色体的片段，所述片段长为30
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5000bp，优选30
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3000bp，其中，7号染色体的片段包含7号染色体上的位点73508994、73509017、73509055、73509062、73509073、73509075、73509112、73509133、73509138、73509148、73509160中的一个或多个，6号染色体的片段包含6号染色体上的位点74290205、74290207、74290220、74290225、74290228中的一个或多个，2号染色体的片段包含2号染色体上的位点127822478、127822492、127822495、127822514、127822551、127822568、127822582、127822593、127822616、127822644中的一个或多个，19号染色体的片段包含19号染色体上的位点10870373、10870377、10870427、10870429、10870441、10870448中的一个或多个，17号染色体的片段包含17号染色体上的位点80189165、80189174、80189177、80189197、80189225、80189230、80189239、80189645、80189671、80189674、80189684、80189687、80189698、80189709、80189719、80189726、80189728、80189739、80189757、80189787、80189792、80189811、80189817、80189832、80189841中的一个或多个，16号染色体的片段包含16号染色体上的位点88700818、88700826、88700844、88700849、88700857、88700869、88700875、88700891、88700897、88700916、88700920、88700937、88700943、88700948、88700967、88700970、88700993、88701004、88701021、88701029、88701036、88701043、88701051、88701060、88701074、88701081、88701090、88701099、88701111、88701115、88701133、88701140、88701148、88701159、88701161、88701176、88701178、88701180、88701183、88701190、88701201、88701204、88701210、88701212、88701236、88701240、88701266、88701278、88701281、88701285、88701305、88701421、88701442、88701451中的一个或多个，所述变体中的上述位点未突变。
[0010]在一个或多个实施方案中，所述片段的长度为30
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2000bp，30
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1500bp，50
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1000bp，50
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800bp，50
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500bp，50
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400bp，50
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350bp，50
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300bp，50
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种分离的来自哺乳动物的核酸分子，具有选自以下(1)和(2)的核酸序列或与其具有至少70％相同性的变体：(1)选自以下的一个或多个基因的核酸片段：SLC16A3、DNM2、IL17C、CDH1、TSHR、BIN1、SLC17A5，所述片段长为50
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1000bp，其中，BIN1基因的片段包含BIN1基因的位点：127822478、127822492、127822495、127822514、127822551、127822568、127822582、127822593、127822616、127822644中的一个或多个，SLC16A3基因的片段包含SLC16A3基因的位点：80189165、80189174、80189177、80189197、80189225、80189230、80189239、80189645、80189671、80189674、80189684、80189687、80189698、80189709、80189719、80189726、80189728、80189739、80189757、80189787、80189792、80189811、80189817、80189832、80189841中的一个或多个，DNM2基因的片段包含DNM2基因的位点：10870373、10870377、10870427、10870429、10870441、10870448中的一个或多个，IL17C基因的片段包含IL17C基因的位点：88700818、88700826、88700844、88700849、88700857、88700869、88700875、88700891、88700897、88700916、88700920、88700937、88700943、88700948、88700967、88700970、88700993、88701004、88701021、88701029、88701036、88701043、88701051、88701060、88701074、88701081、88701090、88701099、88701111、88701115、88701133、88701140、88701148、88701159、88701161、88701176、88701178、88701180、88701183、88701190、88701201、88701204、88701210、88701212、88701236、88701240、88701266、88701278、88701281、88701285、88701305、88701421、88701442、88701451中的一个或多个，CDH1基因的片段包含CDH1基因的位点：68771035、68771037、68771045、68771051、68771059、68771064、68771073中的一个或多个，TSHR基因的片段包含TSHR基因的位点：81421983、81421989、81422010、81422017、81422032、81422035、81422063、81422084中的一个或多个，SLC17A5基因的片段包含SLC17A5基因的位点：74290205、74290207、74290220、74290225、74290228中的一个或多个，(2)(1)所述基因的上下游10Kb以内的核酸区域，其中，所述变体中的上述位点未突变；优选地，BIN1基因的片段包含BIN1基因的位点：127822478、127822492、127822495、127822514、127822551、127822568、127822582、127822593、127822616中的一个或多个，SLC16A3基因的片段包含SLC16A3基因的位点：80189671、80189674、80189684、80189687、80189698、80189709、80189719、80189726、80189728、80189739、80189757中的一个或多个，DNM2基因的片段包含DNM2基因的位点：10870427、10870429、10870441、10870448中的一个或多个，IL17C基因的片段包含IL17C基因的位点：88701004、88701021、88701029、88701036、88701043、88701051、88701060中的一个或多个，CDH1基因的片段包含CDH1基因的位点：68771035、68771037、68771045、68771051、68771059、68771064、68771073中的一个或多个，TSHR基因的片段包含TSHR基因的位点：81421983、81421989、81422010、81422017、81422032、81422035、81422063、81422084中的一个或多个，SLC17A5基因的片段包含SLC17A5基因的位点：74290205、74290207、74290220、74290225、74290228中的一个或多个，
更优选地，所述核酸分子包含选自以下的一个或多个片段：由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增的BIN1基因的片段，由SEQ ID NO:4和5作为引物扩增的SLC16A3基因的片段，由SEQ ID NO:10和11作为引物扩增的DNM2基因的片段，由SEQ ID NO:12和13作为引物扩增的IL17C基因的片段，由SEQ ID NO:14和15作为引物扩增的CDH1基因的片段，由SEQ ID NO:16和17作为引物扩增的TSHR基因的片段，由SEQ ID NO:18和19作为引物扩增的SLC17A5基因的片段。2.检测DNA甲基化水平的试剂，所述试剂：(1)检测以下(a1)
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(a7)中一组或多组的位点的DNA甲基化水平：(a1)BIN1基因的位点：127822478、127822492、127822495、127822514、127822551、127822568、127822582、127822593、127822616、127822644中的一个或多个，(a2)SLC16A3基因的位点：80189165、80189174、80189177、80189197、80189225、80189230、80189239、80189645、80189671、80189674、80189684、80189687、80189698、80189709、80189719、80189726、80189728、80189739、80189757、80189787、80189792、80189811、80189817、80189832、80189841中的一个或多个，(a3)DNM2基因的位点：10870373、10870377、10870427、10870429、10870441、10870448中的一个或多个，(a4)IL17C基因的位点：88700818、88700826、88700844、88700849、88700857、88700869、88700875、88700891、88700897、88700916、88700920、88700937、88700943、88700948、88700967、88700970、88700993、88701004、88701021、88701029、88701036、88701043、88701051、88701060、88701074、88701081、88701090、88701099、88701111、88701115、88701133、88701140、88701148、88701159、88701161、88701176、88701178、88701180、88701183、88701190、88701201、88701204、88701210、88701212、88701236、88701240、88701266、88701278、88701281、88701285、88701305、88701421、88701442、88701451中的一个或多个，(a5)CDH1基因的位点：68771035、68771037、68771045、68771051、68771059、68771064、68771073中的一个或多个，(a6)TSHR基因的位点：81421983、81421989、81422010、81422017、81422032、81422035、81422063、81422084中的一个或多个，(a7)SLC17A5基因的位点：74290205、74290207、74290220、74290225、74290228中的一个或多个，或(2)检测选自以下的一个或多个基因的核酸片段的DNA甲基化水平，所述片段长为50
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1000bp：SLC16A3、DNM2、IL17C、CDH1、TSHR、BIN1、SLC17A5，其中，BIN1基因的片段包含BIN1基因的位点：127822478、127822492、127822495、127822514、127822551、127822568、127822582、127822593、127822616、127822644中的一个或多个，SLC16A3基因的片段包含SLC16A3基因的位点：80189165、80189174、80189177、80189197、80189225、80189230、80189239、80189645、80189671、80189674、80189684、80189687、80189698、80189709、80189719、80189726、80189728、80189739、80189757、
80189787、80189792、80189811、80189817、80189832、80189841中的一个或多个，DNM2基因的片段包含DNM2基因的位点：10870373、10870377、10870427、1087042...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘蕊，苏明扬，何其晔，
申请(专利权)人：上海鹍远生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：