【技术实现步骤摘要】
甲状腺结节良恶性相关标志物及其应用
本专利技术属于分子辅助诊断领域，涉及甲状腺结节良恶性相关标志物及其应用。
技术介绍
DNA甲基化是表观遗传的一种机制，是真核细胞基因组常见的表观遗传学修饰，能够在不改变DNA序列的情况下改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶（methyltransferase）的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价结合一个甲基基团。DNA甲基化在细胞增殖、分化、发育等方面起重要作用，与肿瘤的发生、发展关系密切，其效应有转录抑制、染色质结构调节、X染色体失活、基因组印记等。DNA甲基化异常可以通过影响染色质结构以及癌基因和抑癌基因的表达而参与肿瘤的发生和进展。CpG二核苷酸是哺乳动物发生DNA甲基化的最主要靶点，分布于整个染色体组。健康人基因组中，CpG岛中的CpG位点通常处于非甲基化状态，而在CpG岛外的CpG位点则通常高甲基化，这种甲基化的形式在细胞分裂的过程中能够稳定保留。当肿瘤发生时，通常抑癌基因非CpG岛区的CpG位点甲基化程度降低，而CpG岛中的CpG则呈高...
【技术保护点】
1.引物分子和/或探针分子在制备诊断个体甲状腺结节良恶性的检测试剂或诊断试剂盒中的应用，以及装置在制备诊断个体甲状腺结节良恶性的诊断试剂盒中的应用；其特征在于：/n所述引物分子相同于、互补于或在严谨条件下杂交于目标标志物并包含至少9个连续的核苷酸；/n所述探针分子与目标标志物的扩增产物在严谨条件下杂交；/n所述装置用于确定目标标志物的至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平；/n其中，所述目标标志物为下述（1）-（4）项所述的基因或序列：（1）TTC34基因或基因组的TTC34序列，（2）SLC16A3基因或基因组的SLC16A3序列，（3）RARG基因或基因组的RARG序...
【技术特征摘要】
1.引物分子和/或探针分子在制备诊断个体甲状腺结节良恶性的检测试剂或诊断试剂盒中的应用，以及装置在制备诊断个体甲状腺结节良恶性的诊断试剂盒中的应用；其特征在于：
所述引物分子相同于、互补于或在严谨条件下杂交于目标标志物并包含至少9个连续的核苷酸；
所述探针分子与目标标志物的扩增产物在严谨条件下杂交；
所述装置用于确定目标标志物的至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态或水平；
其中，所述目标标志物为下述（1）-（4）项所述的基因或序列：（1）TTC34基因或基因组的TTC34序列，（2）SLC16A3基因或基因组的SLC16A3序列，（3）RARG基因或基因组的RARG序列，以及（4）选自RCOR2基因或基因组的RCOR2序列和ITPKA基因或基因组的ITPKA序列中的任意一种或全部两种。
2.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述目标标志物的Hg19坐标如下：
TTC34基因，chr1:2572708-2717433；
RCOR2基因，chr11:63678702-63684636；
ITPKA基因，chr15:41786456-41795364；
SLC16A3基因，chr17:80193650-80197375；
RARG基因，chr12:53604350-53626040。
3.如权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述目标标志物为所述各基因采用以下引物扩增得到的一个或多个目标区域：
TTC34基因的目标区域：SEQIDNO:1和2所示的序列或与SEQIDNO:1和2具有至少90%相同性的序列作为引物扩增得到的TTC34基因的片段；
RCOR2基因的目标区域：SEQIDNO:3和4所示的序列或与SEQIDNO:3和4具有至少90%相同性的序列作为引物扩增得到的RCOR2基因的片段;
ITPKA基因的目标区域：SEQIDNO:5和6所示的序列或与SEQIDNO:5和6具有至少90%相同性的序列作为引物扩增得到的ITPKA基因的片段；
SLC16A3基因的目标区域：SEQIDNO:7和8所示的序列或与SEQIDNO:7和8具有至少90%相同性的序列作为引物扩增得到的SLC16A3基因的片段；
RARG基因的目标区域：SEQIDNO:9和10所示的序列或与SEQIDNO:9和10具有至少90%相同性的序列作为引物扩增得到的RARG基因的片段。
4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，所述目标区域的Hg19坐标如下：
TTC34基因的目标区域，chr1:2706494-2706702；
RCOR2基因的目标区域，chr11:63687060-63687339；
ITPKA基因的目标区域，chr15:41793298-41793573；
SLC16A3基因的目标区域，chr17:80189548-80189879；
RARG基因的目标区域，chr12:53613026-53613303。
5.如权利要求1所述的应用，其特征在于，
所述目标标志物的引物分子分别为：
TTC34：SEQIDNO:1和2，或与其扩增得到的片段在严谨条件下杂交的引物分子；
RCOR2：SEQIDNO:3和4，或与其扩增得到的片段在严谨条件下杂交的引物分子；
ITPKA：SEQIDNO:5和6，或与其扩增得到的片段在严谨条件下杂交的引物分子；
SLC16A3：SEQIDNO:7和8，或与其扩增得到的片段在严谨条件下杂交的引物分子；
RARG：SEQIDNO:9和10，或与其扩增得到的片段在严谨条件下杂交的引物分子；
所述与目标标志物的扩增产物在严谨条件下杂交的探针分子分别为：
TTC34：SEQIDNO:11或与其具有至少90％相同性的序列；
RCOR2：SEQIDNO:12或与其具有至少90％相同性的序列；
ITPKA：SEQIDNO:13或与其具有至少90％相同性的序列；
SLC16A3：SEQIDNO:14或与其具有至少90％相同性的序列；
RARG：SEQIDNO:15或与其具有至少90％相同性的序列。
6.如权利要求1所述的应用，其特征在于，所述检测试剂或诊断试剂盒还包括检测内参基因ACTB的引物分子和/或探针分子。
7.如权利要求6所述的应用，其特征在于，所述内参基因ACTB的引物分子为SEQIDNO:16和17所示的序列与由SEQIDNO:16和17作为引物扩增得到的ACTB基因的片段在严谨条件下杂交的序列，所述内参基因ACTB的探针包含SEQIDNO:18所示序列或与其有至少90%相同性的序列。
8.一种用于检测目标标志物的至少一个CpG二核苷酸的甲基化状态或甲基化水平以诊断甲状腺结节良恶性的检测试剂或诊断试剂盒，其包含引物分子和/或探针分子；其中，所述引物分子相同于、互补于或在严谨条件下杂交于目标标志物并包含至少9个连续的核苷酸，所述探针分子与目标标志物的扩增产物在严谨条件下杂交；其中，所述目标标志物为下述（1）-（4）项所述的基因或序列：（1）TTC34基因或基因组的TTC34序列，（2）SLC16A3基因或基因组的SLC16A3序列，（3）RARG基因或基因组的RARG序列，以及（4）选自RCOR2基因或基因组的RCOR2序列和ITPKA基因或基因组的ITPKA序列中的任意一种或全部两种。
9.如权利要求8所述的检测试剂或诊断试剂盒，其特征在于，所述目标标志物如权利要求2-4中任一项所述。
10.如权利要求8所述的检测试剂或诊断试剂盒，其特征在于，所述引物分子和探针分子如权利要求5所述。
11.如权利要求8所述的检测试剂或诊断试剂盒，其特征在于，所述所述诊断试剂或诊断试剂盒还包括检测内参基因ACTB的引物分子和/或探针分子。
12.如权利要求11所述的检测试剂或诊断试剂盒，其特征在于，所述内参基因ACTB的引物分子为SEQIDNO:16和17所示的序列与由SEQIDNO:16和17作为引物扩增得到的ACTB基因的片段在严谨条件下杂交的序列，所述内参基因ACTB的探针包含SEQIDNO:18所示序列或与其有至少90%相同性的序列。
13.如权利要求8所述的检测试剂或诊断试剂盒，其特征在于，所述诊断试剂盒还包括选自以下一种或多种物质：PCR缓冲液、聚合酶、dNTP、限制性内切酶、酶切缓冲液、荧光染料、荧光淬灭剂、荧光报告剂、外切核酸酶、碱性磷酸酶、内标、对照物、KCl、MgCl2和(NH4)2SO4。
14.如权利要求8所述的检测试剂或诊断试剂盒，其特征在于，所述检测试剂或诊断试剂盒还包括以下一个或多个方法中所用的试剂：基于重亚硫酸盐转化的PCR、DNA测序、甲基化敏感的限制性内切酶分析法、荧光定量法、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线法、基于芯片的甲基化图谱分析和质谱。
15.如权利要求14所述的检测试剂或诊断试剂盒，其特征在于，所述试剂选自以下一种或多种：重亚硫酸盐及其衍生物、荧光染料、荧光淬灭剂、荧光报告剂、内标和对照物。
16.区分基因组DNA至少一个靶区域内甲基化和未甲基化CpG二核苷酸的至少一种试剂或成组试剂在制备用于检测和/或...
【专利技术属性】
技术研发人员：苏明扬，杨世方，马建华，郗大勇，何其晔，刘蕊，
申请(专利权)人：上海鹍远生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31
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