甲状腺肿瘤良恶性鉴别模型及其应用制造技术

本发明专利技术涉及用于甲状腺肿瘤良恶性鉴别和恶性潜能未定的滤泡性肿瘤评估的甲基化标志物、试剂盒、装置、计算机可读介质和系统。计算机可读介质和系统。

【技术实现步骤摘要】
甲状腺肿瘤良恶性鉴别模型及其应用


[0001]本专利技术涉及分子生物学技术和计算机领域，涉及滤泡状甲状腺肿瘤良恶性鉴别模型及其构建方法和应用。

技术介绍

[0002]甲状腺肿瘤是一种十分常见的肿瘤，有良性和恶性之分。良性肿瘤分为滤泡型腺瘤(follicular thyroid adenoma,FTA)和乳头型腺瘤(papillary thyroid adenoma,PTA)两种，其中FTA是最常见的良性肿瘤，约占甲状腺腺瘤的70％～80％。恶性肿瘤分为乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)，滤泡癌(follicular thyroid carcinoma,FTC)，未分化癌(anaplastic thyroid carcinoma)和髓样癌(medullary thyroidcarcinoma)。后两类较为少见，PTC的恶性程度低，预后较好，而FTC是一种恶性程度偏高的恶性肿瘤。除此之外，临床上还具有一类良恶性之间的交界性肿瘤，即：形态上具有非浸润性和可疑恶性肿瘤细胞核特征的包裹性滤泡型肿瘤，或者具有可疑包膜本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种试剂盒，包含检测样品中甲基化标志物的甲基化的试剂和任选的所述甲基化标志物，所述甲基化标志物选自分离自动物的以下任意一个、多个或全部：TBX15的基因间区、LHX4的第1个内含子、MYOG的第34个外显子、MYOG的3
’
UTR、HMX3的启动子、KRT85的基因间区、GPC5的启动子、FOXA1的基因间区、FOXA1的的第2个外显子、SIX6的启动子、GSE1的基因间区、WNK4的启动子、HOXB3的启动子、GATA6-AS1的启动子、CBLN2的启动子、POU3F3的启动子、KIAA2012的第15个内含子、LRRTM1的启动子、FAM95A的基因间区、SIM2的第1个内含子、PITX2的第2个内含子、CRIPAK的基因间区、RBM47的启动子、TMEM174的基因间区、FRMD1的基因间区、MYL10的基因间区、MIR153-2的第12个内含子、LINC00689的启动子、HOXA5的启动子、MYO1G的3
’
UTR、FIGNL1的第8个外显子、SOX17的基因间区、AJM1的启动子、MIR3675的第1外显子、KAZALD1的启动子、NEURL1的启动子、LINC00173的基因间区、AQP5的启动子、KRT86的第1个内含子、FRY的启动子、KCTD12的启动子、LINC00239的基因间区、ZC3H18的的第10个外显子、RFNG的启动子、TNPO2的启动子、LYL1的启动子、EPHX3的启动子、ADAMTS10的启动子、LINC01270的基因间区、OGFRP1的基因间区、LINC00887的基因间区、LINC00884的启动子、DDAH2的启动子、SNX10的基因间区、MRPL23-AS1的基因间区、MYEF2的启动子、RORA的启动子、NUDT16L1的第7个外显子、LINC01530的基因间区、PROC的基因间区、PRMT2的基因间区、LGALS1的启动子，或包含其的基因组片段，或与其具有70％序列相同性的变体，所述片段的长度为5-1500bp，所述甲基化标志物通过包括以下步骤的方法获得：(1)获取肿瘤样品和对照样品的基因组DNA中候选位点或片段的甲基化水平，(2)使用选自mhl、mhl3、umhl和pdr中的至少一种算法处理所述位点或片段的甲基化水平，(3)筛选出经处理的甲基化水平在肿瘤样品和对照样品之间存在显著差异的位点或片段和任选的其对应算法，所述位点或片段即为甲基化标志物。2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述甲基化标记物是核酸分子，所述核酸分子具有(1)动物基因组的以下序列，或与其具有至少70％相同性的变体，所述变体中的甲基化位点未发生突变：chr1:119543868:119543879，chr1:180202465:180202541，chr1:203044677:203044823，chr1:203045227:203045293，chr10:124896784:124897154，chr12:52745149:52745173，chr13:92051635:92051674，chr14:38071275:38071410，chr14:38091345:38091744，chr14:60977845:60977865，chr16:85620063:85620331，chr17:40937184:40937480，chr17:46631705:46632377，chr18:19747115:19747127，chr18:70209347:70209475，chr2:105474371:105474381，chr2:203036052:203036236，chr2:80530770:80530826，chr2:95401381:95401629，chr21:38077572:38077685，chr4:111554966:111554989，chr4:1400384:1400459，chr4:40...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘蕊，张桢珍，苏志熙，
申请(专利权)人：上海鹍远生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：