PRUNE1基因检测在多发性骨髓瘤患者预后中的应用制造技术

本发明专利技术涉及一种PRUNE1基因检测在多发性骨髓瘤患者预后中的应用，属于生物医药技术领域。本发明专利技术提供一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21扩增的多发性骨髓瘤患者预后中的应用，通过检测PRUNE1的拷贝数，预测患者的预后。通过对PRUNE1基因拷贝数分析，将伴有1q21gain(CKS1B gain)的MM患者的生存预后更好地分层，协助临床医生更好地判断患者的预后，以便制定更精细化的临床诊疗策略。更精细化的临床诊疗策略。更精细化的临床诊疗策略。

【技术实现步骤摘要】
PRUNE1基因检测在多发性骨髓瘤患者预后中的应用


[0001]本专利技术涉及一种PRUNE1基因检测在多发性骨髓瘤患者预后中的应用，属于生物医药


技术介绍

[0002]多发性骨髓瘤(Multiple myeloma,MM)是一种因骨髓中克隆性浆细胞或浆母细胞异常增殖并分泌大量无效单克隆抗体所致的血液系统恶性肿瘤。MM的异质性很强，这种疾病目前被认为是无法治愈的。染色体1q21拷贝数扩增(1q21Gain)是MM中最常见的细胞遗传学异常之一，尤其是在非白色人种患者群体中。据文献报道，约30
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50％的初诊MM患者可检测出1q21 Gain，在复发难治MM患者中其阳性率甚至可达到70％。但是，虽然具有如此高的阳性率，1q21 Gain在MM中的预后价值地位始终存在争议，直至今日尚无定论。所以，本
亟需一种对MM患者预后进行判断的方法。

技术实现思路

[0003]本专利技术的目的是为解决如何对伴有1q21 Gain的MM患者进行预后分层的技术问题。
[0004]为达到解决上述问题的目的，本专利技术所采取的技术方案是提供一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21 Gain的MM患者预后中的应用，通过检测PRUNE1的拷贝数，预测患者的预后。
[0005]优选地，所述检测PRUNE1的拷贝数，是在伴有1q21 Gain的MM患者的CD138+浆细胞中进行检测。
[0006]本专利技术提供一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21 Gain的MM患者预后中的应用具体应用在制备预测MM患者预后的检测试剂盒或基因探针中的应用。
[0007]相比现有技术，本专利技术具有如下有益效果：
[0008]本专利技术提供的一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21扩增的MM患者预后中的应用，通过对PRUNE1基因拷贝数分析，可进一步将伴有1q21 gain(CKS1Bgain)的MM患者的生存预后更好地分层，协助临床医生更好地判断患者的预后，以便制定更精细化的临床诊疗策略。
附图说明
[0009]图1为单因素生存分析联合Lasso回归分析图；明确染色体1q21上的编码基因RNA表达值对伴有1q21 Gain的MM患者生存的预后意义。
[0010]将处于染色体1q21上的215个编码基因RNA表达值结合MMRF CoMMpass中伴有1q21 gain患者的生存数据(总体生存期，Overall Survival，OS和无疾病进展期，Progression Free Survival，PFS)进行单因素生存分析后，将具有统计学意义的基因进一步进行Lasso回归分析；其中A图为13个基因对OS有显著统计学意义，B图为5个基因对PFS有显著统计学
意义。(RNA表达值作为输入自变量，患者的生存值作为目标因变量。左图为交叉验证，右图为线性回归，每一条曲线代表了每一个自变量系数的变化轨迹，纵坐标是系数的值，下横坐标是log(λ)，上横坐标是此时模型中非零系数的个数。)
[0011]图2为RNA表达值和DNA拷贝数之间的相关性分析图。将经过多因素Cox回归分析后挑选出的4个基因的RNA表达值与同一患者的该基因DNA拷贝数(CN,Copy number)进行Pearson相关性分析图。每个方框中的数字代表相关性系数，带有背景色的方框代表RNA表达值与同一患者的该基因DNA拷贝数有显著统计学相关性(p<0.05)，颜色越深p值越小。
[0012]图3为通过应用耶鲁大学开发的X
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tile软件对MMRF CoMMPass数据库中伴有1q21 Gain的MM患者的生存进行分析图；其中PRUNE1基因CN(DNA拷贝数，CN,Copy number)的最佳截断值为CN＝4(Ratio＝2)。单因素生存分析结果提示：PRUNE1 CN≥4的患者OS显著缩短(p＝0.046)。横坐标是患者生存时间，纵坐标是存活或失访患者的百分比。
[0013]图4为通过应用耶鲁大学开发的X
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tile软件对MMRF CoMMPass数据库中伴有1q21 gain的MM患者的生存进行分析图；其中PRUNE1基因CN的最佳截断值为CN＝4(Ratio＝2)。单因素生存分析结果提示：PRUNE1 CN≥4的患者PFS显著缩短(p＝0.021)。横坐标是患者生存时间，纵坐标是存活或失访患者的百分比。
[0014]图5为PRUNE1 CN联合1q21 gain FISH探针预测MMRF CoMMpass数据库中亚群MM患者的预后生存图；(PFS p<0.0001，OS p<0.0001)。横坐标是患者生存时间，纵坐标是存活或失访患者的百分比。
[0015]图6为复旦大学附属中山医院血液科患者标本中，PRUNE1 CN结合1q21 gain FISH探针将1q21 gain的MM患者生存显著分层图；(PFS：p＝0.11，OS：p＝0.022)。横坐标是患者生存时间，纵坐标是存活或失访患者的百分比。
具体实施方式
[0016]为使本专利技术更明显易懂，兹以优选实施例，并配合附图作详细说明如下：
[0017]本专利技术提供一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21 Gian的MM患者预后中的应用，通过检测PRUNE1的拷贝数，预测患者的预后。检测PRUNE1的拷贝数，是在伴有1q21 Gain的MM患者的CD138+浆细胞中进行检测。
[0018]本专利技术提供一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21g Gain的MM患者预后中的应用具体应用在制备预测多发性骨髓瘤患者预后的检测试剂盒或基因探针中的应用。
[0019]实施例
[0020]1.选取美国multiple myeloma research foundation(MMRF)支持的Relating Clinical Outcomes in MM to Personal Assessment of Genetic Profile(CoMMpass)数据库中伴有1q21 gain的MM患者(共205位)骨髓CD138+浆细胞RNA
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seq结果进行分析，将处于染色体1q21上的215个编码基因RNA表达值结合患者的生存数据(总体生存期，Overall Survival，OS和无疾病进展期，Progression Free Survival，PFS)，进行单因素生存分析以及Lasso回归分析；(如图1，图1中将处于染色体1q21上的215个编码基因RNA表达值结合MMRF CoMMpass患者的生存数据进行单因素生存分析后，将具有统计学意义的基因进一步进行Lasso回归分析，最终挑选出A图13个基因对OS有显著统计学意义，B图中5个基因对PFS有显著统计学意义。)，将有统计学意义的基因进一步纳入多因素生存分析，发现FAM72D、
PRUNE1、EFNA3的RNA表达值对伴有1q21 gain的MM本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21扩增的多发性骨髓瘤患者预后中的应用，其特征在于：通过检测PRUNE1的拷贝数，预测患者的预后。2.如权利要求1所述的一种检测PRUNE1基因拷贝数在伴有1q21扩增的多发性骨髓瘤患者预后中的应用，其特征在于...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘澎，徐佳岱，王亚文，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，
类型：发明
国别省市：