一种HOOK3-FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒制造技术

本发明专利技术提供一种HOOK3

【技术实现步骤摘要】
一种HOOK3
‑
FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒


[0001]本专利技术涉及生物医学
，尤其涉及一种HOOK3
‑
FGFR1新融合基因及其应用和检测试剂盒。

技术介绍

[0002]骨髓异常增生综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)是一种起源于骨髓造血干细胞的恶性髓系血液病，约30％
‑
40％的患者会进展为急性髓系白血病(AML)。由于位于染色体的8p11.2区域的FGFR1基因的重排通常也会导致骨髓增生，因此该类疾病又被称为8p11骨髓增生综合征。8p11骨髓增生综合征患者通常携带FGFR1与不同5
′
端伙伴基因产生的融合基因，进而导致了FGFR1内激酶结构域的组成性激活。目前，已报道的FGFR1伙伴基因有15个，分别包括：TPR(1q25)RANBP2(2q13),LRRFIP1(2q37),TFG(3q12)，SQSTM1(5q35),FGFR1OP(6q27),TRIM24(7q32
‑
q34),CUX1(7q22),CNTRL(9q33),CPSF6(12q15),FGFR1OP2(12p12),ZMYM2(13q11
‑
q12),MYO18A(17q11),ERVK3
‑
1(19q13),以及BCR(22q11)。
[0003]8p11骨髓增生综合征的临床进程通常是经过一段短暂的慢性期后快速转化为AML或急性淋巴细胞白血病(ALL)，具体的临床症状可能会因为不同的伙伴基因而略有不同。8p11骨髓增生综合征也具有干细胞样的特征，虽然发生率较低，但是侵袭性高、临床预后差。8p11骨髓增生综合征患者的临床治疗主要是化疗，在条件允许的情况下，会通过异基因造血干细胞移植的方法帮助患者获得更为长期的生存。国际血液学近年来也将具有分型及预后指示意义比较明确的若干融合基因，作为重要的新的分子标志物，纳入新的血液病分子分型预后分层评估体系中，开启临床普及应用的新时期。因此，检测骨髓增生综合征相关的融合基因作为分子标志物可为患者选择治疗方案、确定移植时机、预测复发风险、评估预后提供重要依据，在造血干细胞移植疗效评价、预处理方案优化及移植后分子复发监测方面具备无可替代的重要作用。

技术实现思路

[0004]本专利技术的第一个目的在于，提供一种HOOK3
‑
FGFR1新融合基因，作为分子标志物可为患者选择治疗方案、预测复发风险、评估预后提供重要依据。
[0005]本专利技术的第二个目的在于，提供HOOK3
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FGFR1新融合基因在制备骨髓异常增生综合征诊断或监测试剂盒中的应用。部分骨髓异常增生综合征患者携带融合基因HOOK3
‑
FGFR1，其可以作为患者特异性的分子标志物，并应用于临床诊断、定期监测患者的微小残留病变。
[0006]本专利技术的第三个目的在于，提供一种HOOK3
‑
FGFR1新融合基因的检测试剂盒。
[0007]本专利技术第四个目的在于，提供一种非疾病诊断目的的检测HOOK3
‑
FGFR1新融合基因的方法。
[0008]为了实现上述第一个目的，本专利技术提供了一种HOOK3
‑
FGFR1新融合基因，所述融合基因为HOOK3
‑
FGFR1，其基因序列如SEQ ID NO.1所示。
[0009]为了实现上述第二个目的，本专利技术提供了HOOK3
‑
FGFR1新融合基因在制备骨髓异常增生综合征诊断或监测试剂盒中的应用。
[0010]为了实现上述第三个目的，本专利技术提供了检测HOOK3
‑
FGFR1新融合基因的检测试剂盒，所述试剂盒包括上游引物、下游引物、Taqman探针、内参、PCR反应缓冲液、阳性对照和阴性对照；
[0011]所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；
[0012]所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；
[0013]所述Taqman探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
[0014]作为一个优选方案，所述Taqman探针的5
’
端标记有FAM基团，所述探针的3
’
端标记有BHQ基团。当待测样品中不存在目标DNA分子时FAM的荧光被BHQ淬灭，不发出荧光；当待测样品中存在目标DNA分子时，探针与目标DNA分子结合，随后靠Taq酶的5'
→3’
双链外切酶活性降解探针而释放荧光基团FAM，发出荧光。
[0015]作为一个优选方案，所述内参中包含内参上游引物，内参下游引物和内参探针；
[0016]所述内参上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；
[0017]所述内参下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；
[0018]所述内参探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示。
[0019]作为一个优选方案，所述内参探针5
’
端标记有FAM基团，所述探针的3
’
端标记有TAMTRA基团。FAM基团为报告基团，TAMRA为淬灭基团。
[0020]PCR反应缓冲液为本领域常用缓冲液，一般包括cDNA第一链合成试剂(ReverTra Ace qPCR RT Kit，TOYOBO公司)和实时荧光PCR混合液(THUNDERBIRD qPCR MIX，TOYOBO公司，QPS
‑
101)，其主要成分包含DNA聚合酶、Mg2+、dNTP、逆转录酶、DTT。
[0021]所述阳性对照包含有带有HOOK3
‑
FGFR1融合基因的质粒标准品和带有ABL基因的质粒。所述阴性对照即去离子水。
[0022]为了实现上述第四个目的，本专利技术提供了一种非疾病诊断目的的检测HOOK3
‑
FGFR1新融合基因的方法，包括以下步骤：
[0023](1)提取人血液样本中的总RNA，将RNA反转为cDNA作为待测样品；
[0024](2)配置PCR反应液，再分别加入待测样品，阳性对照和阴性对照；
[0025](3)实时荧光PCR仪上检测，反应条件：95℃预变性1min；95℃15s，58℃35s，反应40个循环，荧光信号于56℃35s时采集；
[0026]其中所述PCR反应液包括上游引物、下游引物、Taqman探针、内参、PCR反应缓冲液、阳性对照和阴性对照；
[0027]所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；
[0028]所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；
[0029]所述Taqman探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
[0030]检测实验结果成立的条件为：若无目的基因扩增信号曲线，内参、阳性对照以及阴性对照检测均正本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种HOOK3
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FGFR1新融合基因，其特征在于，所述融合基因为HOOK3
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FGFR1，其基因序列如SEQ ID NO.1所示。2.权利要求1所述的HOOK3
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FGFR1新融合基因在制备骨髓异常增生综合征诊断或监测试剂盒中的应用。3.一种检测权利要求1所述HOOK3
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FGFR1新融合基因的检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括上游引物、下游引物、Taqman探针、内参、PCR反应缓冲液、阳性对照和阴性对照；所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；所述Taqman探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。4.根据权利要求3所述的检测HOOK3
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FGFR1新融合基因的检测试剂盒，其特征在于，所述Taqman探针的5
’
端标记有FAM基团，所述探针的3
’
端标记有BHQ基团。5.根据权利要求3所述的检测HOOK3
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FGFR1新融合基因的检测试剂盒，其特征在于，所述内参中包含内参上游引物，内参下游引物和内参探针；...

【专利技术属性】
技术研发人员：闫金松，卢莹，张学红，王海娜，李炜玲，王芙蓉，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属新华医院，
类型：发明
国别省市：