一种与黄鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用技术

本发明专利技术涉及一种与黄鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用，该SNP位点位于黃鳍棘鲷MSTN1基因组序列的第819个碱基，分子标记命名为SNP

【技术实现步骤摘要】
一种与黄鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用


[0001]本专利技术涉及分子生物
，尤其涉及一种与黄鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用。

技术介绍

[0002]黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)隶属于鱼纲Pisces、鲈形目Perciformes、鲷科Sparidae、棘鲷属Acanthopagrus，广泛分布于红海、阿拉伯海、印度洋、西太平洋沿岸和中国台湾、福建、广东、广西沿海。
[0003]黄鳍棘鲷生活于近岸海域及河口湾，杂食性，是一种重要的经济鱼类。黄鳍棘鲷养殖周期偏长，需一年半至两年才能达到5两左右的上市规格，极大限制了渔民的养殖该品种的热情。近年来，由于环境污染、过度捕捞等导致黄鳍棘鲷自然种群严重衰退，种质严重退化等；同时黄鳍棘鲷养殖群体的近亲繁殖、小规格亲本人工育苗等原因，导致黄鳍棘鲷养殖种质严重退化，抗病力减弱，养殖性能下降等。以上问题严重制约了黄鳍棘鲷养殖业的持续健康发展，因此黃鳍棘鲷的良种选育工作亟需开展。分子标记辅助选择育种是良种选育的方法之一，与目标性状基因紧密连锁的分子标记可以用来对目标性状进行关联分析，可以明确候选的分子标记与个体表型间的紧密关联，进一步缩短育种年限。
[0004]目前在黃鳍棘鲷遗传育种方面开展的工作较少，朱克诚等人利用了微卫星亲子鉴定技术手段筛选的微卫星标记能为黄鳍棘鲷增殖放流、种群选育和分子辅助家系管理提供基础信息。吴仁协等人开发的47个高多态性的黄鳍棘鲷微卫星标记可以为鲷科鱼类的种群遗传学分析提供标记来源。随着测序技术的飞速发展，大量的单核苷酸多态性(Single
‑
nucleotide polymorphisms，SNPs)应用到水产动物，如二长棘鲷(Parargyrops edita)，鲤(Cyprinus carpio)，大黄鱼(Larimichthy crocea)等。这些SNPs具有高多态性，分布广泛等众多优点，在鱼类遗传育种中具有广泛的应用前景。目前，还未见与黃鳍棘鲷生长性状相关的基因及基因位点的报道。

技术实现思路

[0005]本专利技术克服了现有技术的不足，提供一种与黄鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点、其筛选方法及应用。
[0006]为达到上述目的，本专利技术采用的技术方案为：一种黃鳍棘鲷MSTN1基因，其特征在于，所述MSTN1基因的序列为SEQ ID NO:1。
[0007]一种与黃鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点，所述SNP位点位于MSTN1基因自5
’
端起第819位，其碱基为A或T，所述MSTN1基因的序列为SEQ ID NO:1。
[0008]一种用于检测SNP位点的引物，所述位点分子标记命名为SNP
‑
819，所述位点扩增分子标记为SNP
‑
819的引物对，SNP
‑
819R：5
’‑
GTCTCCAAAATGGGCTT
‑3’
，SNP
‑
819L：5
’‑
TAATCACCACACAGTCCG
‑3’
。
[0009]一种与黃鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点筛选方法，包括以下步骤：
[0010]S1随机选取10个黃鳍棘鲷个体的基因组DNA，以SNP
‑
819引物对为上下游引物，PCR扩增151bp；
[0011]S2扩增后使用1％琼脂糖凝胶电泳检测，凝胶图中有均一条带的样品进行测序；
[0012]S3随机选取黃鳍棘鲷个体171尾，并进行基因分型，获得SNP位点。
[0013]在本专利技术的一个较佳实施例中，进一步包括，步骤S3中包括：利用R语言aov和lm函数构建线性分析模型进行基因多态性与性状间关联分析，所述线性分析模型为yij＝u+Gi+eij，
[0014]其中，yij为性状表型值，u为群体均值，Gi为标记基因型效应值，eij为随机残差效应，统计数据用平均值
±
标准差表示；
[0015]若某一性状在标记不同基因型间呈现显著或极显著差异，利用LSD.test、TukeyHSD和snk.test函数进行多重比较。
[0016]SNP位点在黃鳍棘鲷选育中的应用。
[0017]在本专利技术的一个较佳实施例中，进一步包括，所述SNP位点的AA和AT基因型个体的躯干长大于TT基因型个体。
[0018]在本专利技术的一个较佳实施例中，进一步包括，所述SNP位点的AA和AT基因型个体的尾长大于TT基因型个体，所述SNP位点的AA和AT基因型个体的体长大于TT基因型个体。
[0019]在本专利技术的一个较佳实施例中，进一步包括，所述SNP位点的AA和AT基因型个体的尾鳍长大于TT基因型个体，所述SNP位点的AA和AT基因型个体的全长大于TT基因型个体。
[0020]一种黃鳍棘鲷亲本选育的方法，所述方法是筛选具有权利要求2所述的SNP位点来实现的。
[0021]本专利技术解决了
技术介绍
中存在的缺陷，本专利技术具备以下有益效果：
[0022]本专利技术通过候选基因关联分析法，对SNP位点与黄鳍棘鲷生长性状进行关联分析，获得了一个与生长性状相关联的SNP标记，在此SNP位置存在等位基因A和等位基因T，组成三种基因型AA、AT和TT，该标记用于快速生长性状辅助育种的优势基因型为AA或AT。
[0023]本专利技术的SNP
‑
819位点可应用于以快速生长为目标的黃鳍棘鲷育种材料早期筛选，能够有效提高育种的效率和缩短育种年限，在黃鳍棘鲷的遗传育种领域具有重要的意义。
附图说明
[0024]下面结合附图和实施例对本专利技术进一步说明。
[0025]图1黃鳍棘鲷SNP819的测序峰图。
具体实施方式
[0026]为了能够更清楚地理解本专利技术的上述目的、特征和优点，下面结合附图和具体实施方式对本专利技术进行进一步的详细描述。需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请的实施例及实施例中的特征可以相互组合。
[0027]在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本专利技术，但是，本专利技术还可以采用其他不同于在此描述的其他方式来实施，因此，本专利技术的保护范围并不受下面公开的具体实施例的限制。
[0028]实施例1
[0029]随机分别选取10个黃鳍棘鲷个体的基因组DNA，用引物信息
[0030]如下：AL_MSTN1
‑
G
‑
R1:5
’‑
TATTATCACGACTTACCG
‑3’
，
[0031]AL_MSTN1
‑
G
‑
L1:5
’‑
ATCCCTGACACGAAAC
‑3’
(2143bp)；
[0032]AL_MSTN1
‑
G
‑
R2:5
’‑
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种黃鳍棘鲷MSTN1基因，其特征在于，所述MSTN1基因的序列为SEQ ID NO:1。2.一种与黃鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于MSTN1基因自5
’
端起第819位，其碱基为A或T，所述MSTN1基因的序列为SEQ ID NO:1。3.一种用于检测权利要求2所述的SNP位点的引物，其特征在于，所述位点分子标记命名为SNP
‑
819，所述位点扩增分子标记为SNP
‑
819的引物对，SNP
‑
819R：5
’‑
GTCTCCAAAATGGGCTT
‑3’
，SNP
‑
819L：5
’‑
TAATCACCACACAGTCCG
‑3’
。4.一种与黃鳍棘鲷生长性状相关的SNP位点筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：S1随机选取10个黃鳍棘鲷个体的基因组DNA，以SNP
‑
819引物对为上下游引物，PCR扩增151bp；S2扩增后使用1％琼脂糖凝胶电泳检测，凝胶图中有均一条带的样品进行测序；S3随机选取黃鳍棘鲷...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱克诚，刘宝锁，张殿昌，江世贵，何铭聪，郭华阳，郭梁，张楠，
申请(专利权)人：中国水产科学研究院南海水产研究所，
类型：发明
国别省市：