甘薯及其近缘野生种的NBS-SSR特异标记开发及其应用制造技术

本发明专利技术涉及甘薯及其近缘野生种的NBS‑SSR特异标记开发及其应用，公开了用于鉴定甘薯蔓割病抗性的引物组合物。本发明专利技术的SSR标记多态性高、重复性好、遗传稳定和共显性等优点；与抗蔓割病候选基因紧密连锁，极大提高育种过程中分子标记辅助选择的效率，在甘薯抗蔓割病育种中具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
甘薯及其近缘野生种的NBS-SSR特异标记开发及其应用
本专利技术属于农业
，具体涉及甘薯及其近缘野生种Ipomoeatrifida全基因组的NBS-SSR特异标记开发及其应用。
技术介绍
甘薯(Ipomoeabatatas(L.)Lam.)是世界上重要的粮食、饲料、工业原料及新型能源用块根作物，我国是世界上最大的甘薯生产国，常年种植面积550万hm2，鲜薯产量约1.2×108t，分别占世界甘薯种植总面积和总产量的60％和85％。由于引种不规范导致南北方病害混发，呈现蔓延和逐步加重的趋势。选育抗病品种是最为经济有效的防治手段，传统的育种主要依赖植株的表现型选择，环境条件、基因间互作、基因型与环境互作等多种因素会影响表型选择效率，例如抗病性的鉴定就受发病条件、植株生理状况、评价标准等影响。利用分子标记辅助选择可显著提高选择效率和准确性,加快育种进程。利用甘薯基因组和转录组数据库，对353条甘薯栽培种和280条甘薯野生种NBS基因序列的SSR位点进行了诊断，并开发SSR分子标记，筛选出特异性标记，同时利用甘薯抗蔓割病和感蔓割病材料对开发出的标记进行了验证。利用分子标记尤其是功能基因开发的标记，可显著提高目标性状的准确性，大大缩短育种年限并提高了育种效率。
技术实现思路
为解决上述现有技术中所存在的问题，本研究提供一种甘薯及其近缘野生种Ipomoeatrifida全基因组的NBS-SSR特异标记开发及其应用的方法。本专利技术提供一种用于鉴定甘薯蔓割病抗性的引物组合物，由以下6对特异引物对中的至少一对组成：A1)引物对NBS2由引物NBS2-F和引物NBS2-R组成；所述引物NBS2-F为如下(a1)或(a2)；(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；所述引物NBS2-R为如下(a3)或(a4)；(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；A2)引物对NBS4由引物NBS4-F和引物NBS4-R组成；所述引物NBS4-F为如下(b1)或(b2)；(b1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；(b2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子；所述引物NBS4-R为如下(b3)或(b4)；(b3)序列表的序列4所示的单链DNA分子；(b4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；A3)引物对NBS8由引物NBS8-F和引物NBS8-R组成；所述引物NBS8-F为如下(c1)或(c2)；(c1)序列表的序列5所示的单链DNA分子；(c2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子；所述引物NBS8-R为如下(c3)或(c4)；(c3)序列表的序列6所示的单链DNA分子；(c4)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子；A4)引物对NBS11由引物NBS11-F和引物NBS11-R组成；所述引物NBS11-F为如下(d1)或(d2)；(d1)序列表的序列7所示的单链DNA分子；(d2)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子；所述引物NBS11-R为如下(d3)或(d4)；(d3)序列表的序列8所示的单链DNA分子；(d4)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子；A5)引物对NBS14由引物NBS14-F和引物NBS14-R组成；所述引物NBS14-F为如下(e1)或(e2)；(e1)序列表的序列9所示的单链DNA分子；(e2)将序列9经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列9具有相同功能的DNA分子；所述引物NBS14-R为如下(e3)或(e4)；(e3)序列表的序列10所示的单链DNA分子；(e4)将序列10经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列10具有相同功能的DNA分子；A6)引物对NBS17由引物NBS17-F和引物NBS17-R组成；所述引物NBS17-F为如下(f1)或(f2)；(f1)序列表的序列11所示的单链DNA分子；(f2)将序列11经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列11具有相同功能的DNA分子；所述引物NBS17-R为如下(f3)或(f4)；(f3)序列表的序列12所示的单链DNA分子；(f4)将序列12经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列12具有相同功能的DNA分子。其中，所述引物组合物由引物对NBS4和引物对NBS14组成。上述的引物组合物在鉴定或者辅助鉴定甘薯蔓割病抗性中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。上述的引物组合物在高抗蔓割病甘薯选育中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。本专利技术提供一种用于鉴定或者辅助鉴定甘薯蔓割病抗性的产品，所述产品含有上述的引物组合物。所述的产品在鉴定或者辅助鉴定甘薯蔓割病抗性中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。所述的产品在高抗蔓割病甘薯选育中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。本专利技术提供一种鉴定或者辅助鉴定甘薯蔓割病抗性的方法，包括如下步骤：1)以甘薯的基因组DNA为模板，用所述的引物组合物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；2)将1)中得到的所述PCR扩增产物进行电泳，得到所述甘薯的聚类分析图谱，根据聚类分析图谱分析甘薯的蔓割病抗性。所述的方法在鉴定或者辅助鉴定甘薯蔓割病抗性中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。所述的方法在高抗蔓割病甘薯选育中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。本专利技术具有如下有益效果：1、SSR标记多态性高、重复性好、遗传稳定和共显性等优点；2、与抗蔓割病候选基因紧密连锁，极大提高育种过程中分子标记辅助选择的效率，在甘薯抗蔓割病育种中具有重要意义。附图说明图1NBS-SSR位点验证(引物：NBS2，NBS4，NBS8，NBS11，NBS14，NBS17；R：鄂薯11，S：鄂紫薯13)；图2引物NBS4扩增结果；图3引物NBS14扩增结果；图4聚类分析结果。具体实施方式下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。为了使本专利技术的目的、技术方案本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于鉴定甘薯蔓割病抗性的引物组合物，由以下6对特异引物对中的至少一对组成：/nA1)引物对NBS2由引物NBS2-F和引物NBS2-R组成；/n所述引物NBS2-F为如下(a1)或(a2)；/n(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；/n(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；/n所述引物NBS2-R为如下(a3)或(a4)；/n(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；/n(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；/nA2)引物对NBS4由引物NBS4-F和引物NBS4-R组成；/n所述引物NBS4-F为如下(b1)或(b2)；/n(b1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；/n(b2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子；/n所述引物NBS4-R为如下(b3)或(b4)；/n(b3)序列表的序列4所示的单链DNA分子；/n(b4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；/nA3)引物对NBS8由引物NBS8-F和引物NBS8-R组成；/n所述引物NBS8-F为如下(c1)或(c2)；/n(c1)序列表的序列5所示的单链DNA分子；/n(c2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子；/n所述引物NBS8-R为如下(c3)或(c4)；/n(c3)序列表的序列6所示的单链DNA分子；/n(c4)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子；/nA4)引物对NBS11由引物NBS11-F和引物NBS11-R组成；/n所述引物NBS11-F为如下(d1)或(d2)；/n(d1)序列表的序列7所示的单链DNA分子；/n(d2)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子；/n所述引物NBS11-R为如下(d3)或(d4)；/n(d3)序列表的序列8所示的单链DNA分子；/n(d4)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子；/nA5)引物对NBS14由引物NBS14-F和引物NBS14-R组成；/n所述引物NBS14-F为如下(e1)或(e2)；/n(e1)序列表的序列9所示的单链DNA分子；/n(e2)将序列9经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列9具有相同功能的DNA分子；/n所述引物NBS14-R为如下(e3)或(e4)；/n(e3)序列表的序列10所示的单链DNA分子；/n(e4)将序列10经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列10具有相同功能的DNA分子；/nA6)引物对NBS17由引物NBS17-F和引物NBS17-R组成；/n所述引物NBS17-F为如下(f1)或(f2)；/n(f1)序列表的序列11所示的单链DNA分子；/n(f2)将序列11经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列11具有相同功能的DNA分子；/n所述引物NBS17-R为如下(f3)或(f4)；/n(f3)序列表的序列12所示的单链DNA分子；/n(f4)将序列12经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列12具有相同功能的DNA分子。/n...

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定甘薯蔓割病抗性的引物组合物，由以下6对特异引物对中的至少一对组成：
A1)引物对NBS2由引物NBS2-F和引物NBS2-R组成；
所述引物NBS2-F为如下(a1)或(a2)；
(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；
(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；
所述引物NBS2-R为如下(a3)或(a4)；
(a3)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
A2)引物对NBS4由引物NBS4-F和引物NBS4-R组成；
所述引物NBS4-F为如下(b1)或(b2)；
(b1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(b2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子；
所述引物NBS4-R为如下(b3)或(b4)；
(b3)序列表的序列4所示的单链DNA分子；
(b4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子；
A3)引物对NBS8由引物NBS8-F和引物NBS8-R组成；
所述引物NBS8-F为如下(c1)或(c2)；
(c1)序列表的序列5所示的单链DNA分子；
(c2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子；
所述引物NBS8-R为如下(c3)或(c4)；
(c3)序列表的序列6所示的单链DNA分子；
(c4)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子；
A4)引物对NBS11由引物NBS11-F和引物NBS11-R组成；
所述引物NBS11-F为如下(d1)或(d2)；
(d1)序列表的序列7所示的单链DNA分子；
(d2)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子；
所述引物NBS11-R为如下(d3)或(d4)；
(d3)序列表的序列8所示的单链DNA分子；
(d4)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子；
A5)引物对N...

【专利技术属性】
技术研发人员：王连军，杨新笋，王崇，柴沙沙，雷剑，宋峥，刘意，焦春海，
申请(专利权)人：湖北省农业科学院粮食作物研究所，
类型：发明
国别省市：湖北;42