L1TD1作为结肠癌的预测生物标志物制造技术

本发明专利技术涉及生物标志物，例如含LINE‑1型转座酶结构域1(L1TD1)作为结肠癌的预后标志物。本发明专利技术还涉及预后结肠癌的方法，以及用于所述方法的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】L1TD1作为结肠癌的预测生物标志物专利
本专利技术涉及分子诊断领域。更具体地，本专利技术涉及用于预后结肠癌的手段和方法。专利技术背景在多种癌症中已检测到干细胞样基因签名，并且胚胎干细胞因子OCT4和NANOG与多种癌症类型中增强的肿瘤发生和不良预后相关。含LINE-1型转座酶结构域1(L1TD1)是未分化的胚胎干细胞自我更新所需的RNA结合蛋白。最近，显示L1TD1蛋白与人胚胎干细胞(hESC)中的OCT4、NANOG、LIN28和SOX2形成核心相互作用网络，而L1TD1的消耗导致hESC中OCT4、NANOG和LIN28的下调。早前的报道已经表明OCT4和NANOG与不同类型癌症的不良预后相关联。除了胚胎干细胞，早前报道了在大脑和结肠以及在诸如精原细胞瘤、胚胎癌、髓母细胞瘤和结肠腺癌的不同癌症中有L1TD1的表达。已显示L1TD1对于胚胎癌细胞的自我更新至关重要，并支持精原细胞瘤细胞的生长。有趣的是，来自人类蛋白质图谱的免疫组织化学数据表明L1TD1在结肠癌样品的子集中以高水平表达。此外，WO2013/033626和US2010/0292094公开了相对于对照水平更高水平的L1TD1指示结肠癌、肿瘤性大肠细胞或倾向于肿瘤状态发作的细胞。结肠癌是全球第三大最常诊断的癌症，2012年有140万新病例。尽管结直肠癌是研究最深入的癌症类型之一，但仍缺乏可预测的预后标志物。专利技术概述本专利技术的目的是提供用于预后受试者中的结肠癌的改进的方法和手段。该目的通过以下方法、用途和试剂盒来实现，其特征在于独立权利要求中所述的内容。在从属权利要求中公开了本专利技术的一些具体实施方案。因此，本专利技术提供了预后受试者中的结肠癌的方法，其中该方法包括对从所述受试者获得的样品测定L1TD1和ASRGL1表达的水平，和将测定的L1TD1和ASRGL1的水平与相应的对照水平进行比较，以及在所述比较的基础上预后所述结肠癌。还提供了L1TD1和ASRGL1在预后结肠癌中的用途。在另一方面，本专利技术提供了用于本方法的试剂盒，该试剂盒包括一种或多种测试剂，所述测试剂能够特异性地检测从要确定其结肠癌的受试者获得的生物学样品中L1TD1和ASRGL1的表达水平。在以下附图、详细描述和实例中阐述了本专利技术的其他方面、特定实施方案、目的、细节和优点。附图的简要说明在下文中，将参照附图通过优选实施方案更详细地描述本专利技术，其中图1A至1C–Kaplan-Meier曲线显示了三个结肠癌数据集的无疾病生存。曲线展现了基于L1TD1表达水平(高或低)的两组结肠癌患者的生存数据。具有实线的曲线对应于具有高L1TD1表达的患者，具有点线的曲线代表具有低L1TD1表达的患者。x轴显示无疾病生存时间(以年为单位)，y轴显示无疾病生存的概率。风险表显示在给定时间点处于风险中的患者数量。图2–热图显示了对于L1TD1的20个最显著共表达的相互作用伙伴的Spearman等级相关性的符号P值，所述相互作用伙伴是在精原细胞瘤和干细胞数据集的基础上确定的；(A)精原细胞瘤和干细胞数据集，和(B)结肠癌数据集中的共表达。通过首先对hESC和精原细胞瘤数据集中的相互作用伙伴进行排名来选择最高的相互作用伙伴，其基于为L1TD1和所述相互作用伙伴之间的成对相关性计算的Spearman等级相关性值的降序。然后选择这些数据集上的最大排名作为每个相互作用伙伴的代表性统计。根据此最大排名对列表进行排序(升序)，并从列表的上方起选择了20个相互作用伙伴。Spearman等级相关性的符号P值定义为1–Spearman等级相关性的P值乘以相关性的符号。图3A表明健康结肠细胞针对L1TD1的免疫染色揭示了L1TD1的组织化的和调节的表达。图3B表明结直肠腺癌样品的免疫染色揭示了高水平的L1TD1表达。图4A至4C是Kaplan-Meier曲线，显示了三个结肠癌数据集的无疾病生存。该曲线展示了基于三组结肠癌患者的L1TD1和ASRGL1表达水平的其生存数据：不表达L1TD1或ASRGL1的患者(实线)、仅表达L1TD1但不表达ASRGL1的患者(短划线)以及表达L1TD1和ASRGL1的患者(点线)。x轴显示无疾病生存时间(以年为单位)，y轴显示无疾病生存的概率。图5A至5C是Kaplan-Meier曲线，显示了三个结肠癌数据集的无疾病生存。该曲线展示了基于三组结肠癌患者的L1TD1、ASRGL1和RETNLB表达水平的其生存数据：不表达L1TD1、ASRGL1或RETNLB的患者(实线)、仅表达L1TD1但不表达ASRGL1或RETNLB的患者(短划线)以及表达L1TD1、ASRGL1和RETNLB的患者(点线)。x轴显示无疾病生存时间(以年为单位)，y轴显示无疾病生存的概率。图6A至6C是Kaplan-Meier曲线，显示了三个结肠癌数据集的无疾病生存。该曲线展示了基于三组结肠癌患者的L1TD1、ASRGL1、RETNLB和SPINK4表达水平的其生存数据：不表达L1TD1、ASRGL1、RETNLB或SPINK4的患者(实线)，仅表达L1TD1而不表达ASRGL1、RETNLB或SPINK4的患者(短划线)以及表达L1TD1、ASRGL1、RETNLB和SPINK4的患者(点线)。x轴显示无疾病生存时间(以年为单位)，y轴显示无疾病生存的概率。专利技术详述本专利技术涉及L1TD1作为结肠癌的预后预测标志物的不同方面。因此，在一些方面，本专利技术涉及所述标志物的不同用途，并且涉及预后结肠癌的不同体外方法。本专利技术至少部分地基于令人惊讶的发现，即从患有结肠癌的受试者获得的样品中L1TD1的表达增加指示良好预后。在本专利技术的过程中，分析了三个独立的基因表达微阵列数据集(N＝1052)。研究人员着手检查L1TD1在结肠癌中的预后意义，其中假设L1TD1的高表达与不良预后有关。早前的报道表明OCT4和NANOG与不同类型的癌症(包括髓母细胞瘤和精原细胞瘤)的不良预后相关联。因此，令人惊讶的是在多个独立的结肠癌数据集中，L1TD1的高表达与正向预后相关联。目前的发现与对髓母细胞瘤的早期研究形成了对比，后者的研究表明L1TD1的高表达与不良预后相联系(Santos等人，2015，StemCellsDev.，24(22)：2700-8)。不受限于任何理论，这种差异可能是由于L1TD1与它的前20个相互作用伙伴(即OCT4、TRIM71、DPPA4、DNMT3B、LRPPRC、MRPS17、PARP1、RPF2、HSP90AA1、IGF2BP1、DNAJA2、NANOG、ALPL、EIF3B、NCL、LIN28A、NOLC1、CCT8、RRS1和SFPQ(表1))中的一个或多个缺乏共表达，这些相互作用伙伴是在早前通过质谱和共免疫沉淀研究确定的(Emani等人，2015年，StemCellReports4，519–528)。表1.L1TD1的前20个相互作用伙伴另一方面本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.预后受试者中的结肠癌的方法，其中该方法包括/n对从所述受试者获得的样品测定含LINE-1型转座酶结构域1(L1TD1)和异天冬氨酰肽酶/L-天冬酰胺酶(ASRGL1)表达的水平，和/n将L1TD1和ASRGL1的测定水平与相应的对照水平进行比较，以及/n在所述比较的基础上预后所述结肠癌，其中L1TD1和ASRGL1的表达增加指示良好预后。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180529 FI 201854891.预后受试者中的结肠癌的方法，其中该方法包括
对从所述受试者获得的样品测定含LINE-1型转座酶结构域1(L1TD1)和异天冬氨酰肽酶/L-天冬酰胺酶(ASRGL1)表达的水平，和
将L1TD1和ASRGL1的测定水平与相应的对照水平进行比较，以及
在所述比较的基础上预后所述结肠癌，其中L1TD1和ASRGL1的表达增加指示良好预后。


2.根据权利要求1所述的方法，其中该方法还包括对所述样品测定抵抗素样β(RETNLB)的水平，其中与L1TD1和ASRGL1的共表达指示良好预后。


3.根据权利要求2所述的方法，其中该方法还包括对所述样品测定丝氨酸蛋白酶抑制剂Kazal4型(SPINK4)的水平，其中与L1TD1、ASRGL1和RETNLB的共表达指示良好预后。


4.根据权利要求3所述的方法，还包括对所述样品测定一种或多种生物标志物，所述生物标志物由选自由CLCA1、HEPACAM2、FOXA3、FCGBP、ST6GALNAC1、KIAA1324、KLF4、GMDS、SLI-TRK6、SERPINA1、LINC00261、ITLN1、MUC2、DEFA5、SLC27A2、RNF186和PCCA组成的组的基因编码，其中与L1TD1、ASRGL1、RETNLB和SPINK4的共表达...

【专利技术属性】
技术研发人员：D·查伯博蒂，E·M·雷迪，L·爱罗，R·拉赫玛，A·里斯地梅基，C·哈格兰，
申请(专利权)人：图尔库大学，
类型：发明
国别省市：芬兰;FI